1945年8月10日，日本遞交投降書。陳寅恪聞訊，慶幸之情自不待言，這一時期他作了好幾首詩來表達他的興奮之情。在《連日慶賀勝利以病目不能出女嬰美延亦病相對成一絕》中，他以「大酺三日樂無窮」形容他的喜悅之情。但是，與傅斯年持酒上街，痛飲歡呼「國家出頭了！」的欣喜若狂不同，陳寅恪的心情要複雜得多。在《乙酉八月十一日晨起聞日本乞降喜賦》一詩中，他表露了他的喜憂參半的心情：
降書夕到醒方知，何幸今生見此時。
聞訊杜陵歡至泣，還家賀監病彌哀。
國讎已雪南遷恥，家祭難忘北定詩。
念往憂來無限感，喜心題句又成悲。
陳寅恪的這種感慨在當時舉國歡慶的形勢下似乎顯得不合時宜，但是聯想當時中國的時局，特別是其自身的經歷，又會發現他詩中的百般滋味實在是事出有因。人們不應忘記，抗戰開始的那一年，作為近代同光體重要代表人物的陳三立（陳散原）老人，目擊時艱，憂心如焚，不堪屈辱絕食而死的壯烈舉止，詩中「家祭難忘北定詩」的話顯然說明在聽聞日本乞降的那一刻陳寅恪又想起了含辛茹苦撫養自己成人的老父，陳寅恪在詩文中自注「丁丑八月，先君卧病北平，彌留時猶問外傳馬廠之捷確否」雲，是為顯證。
回首過去的百年中國歷史，是百年的屈辱史。自1840年鴉片戰爭開始，伴隨著國外列強的日漸侵入，中國一步步陷入深淵。單就中日兩國而言，1895年甲午戰爭中國慘敗，李鴻章被迫於馬關春帆樓簽訂了喪權辱國的《馬關條約》，此後日本勢力開始大肆滲入；而今日本引火自焚，屈膝投降，自然是大快人心。陳寅恪有詩《乙酉九月三日日本簽訂降約於江陵感賦》曰：「夢裡匆匆兩乙年，竟看東海變桑田。燃萁煮豆萁先燼，縱火焚林火自延。來日更憂新世局，眾生誰懺舊因緣。石頭城上降幡出，回首春帆一慨然。」又有《春帆樓》曰：「取快恩仇誠太淺，指言果報亦茫然。當年儀叟傷心處，依舊風光海接天。」前一首詩的兩乙年，一者指馬關條約簽訂的乙未年，一者指而今日本投降的乙酉年；後一首詩中的儀叟是李鴻章。當年李鴻章無奈的簽訂馬關條約，返國後一病不起，嘔血數升，傷心且死，而今舊地依然，傷心不再，海天相接的無限風光里鑲嵌著的是中華民族百年抗爭揚眉吐氣的豪情和快意。
然而我們必須清楚，抗日戰爭的勝利，只是宣告著日本勢力退出中國，並不表示中國已經擺脫了屈辱。1945年初，美英兩國為誘使蘇聯在亞洲協助美英打擊日本，在沒有中國代表出席的情況下於蘇聯克里米亞半島的雅爾達簽訂了秘密協議，即《雅爾達密約》，允許蘇聯恢複沙皇俄國時期在中國東北的利益，並默許外蒙古獨立。而當時的重慶國民政府也於1945年8月14日同意戰後外蒙古是否獨立由其選民自決，這就意味著國民政府默認了外蒙古的獨立。日本勢力退出了中國，而蘇聯乘機又將其勢力滲入中國，中國此時的形勢與抗戰時期又有什麼實質上的區別？此外，不僅外患沒有得到事實上的改變，國家內部也開始醞釀著分裂的跡象。戰時，國共兩黨基於全面抗戰的需要，實現了國共合作，共同抗擊日寇。戰爭結束之後，內戰的烏雲又籠罩在中國的上空。內憂外患，依然壓抑著始終憂國憂民的陳寅恪。再者，1945年春，陳寅恪雙目失明，雖然經多方診治，仍不能恢複，這使他傷心不已。抗戰結束，他欣喜之餘，已經不能親眼看到慶祝勝利的盛況，對時局和自己的治學前景甚為感慨。這期間，他賦詩數首，表達他的憂慮和感慨，其中《乙酉八月聽讀張恨水著水滸新感測賦》寫道：「誰結宣和海上盟，燕雲得失涕縱橫。花門久已留胡馬，柳塞翻教拔漢旌。妖亂豫么同有罪，戰和飛檜兩無成。夢華一錄難重讀，莫遣遺民說汴京。」又有《玄菟》：「前朝玄菟陣雲深，興廢循環夢可尋。秦月至今長夜照，漢興從此又秋陰。當年覆轍當年恨，一寸殘山一寸金。留得宣和頭白老，錦江衰病獨哀吟。」這兩首傷時的作品，道不盡他對國家民族深深的憂慮之情。這顯示出他對勝利之後的中國局勢仍不明朗的預感，這種預感源於他的理性。他雖然「從來不談政治，與政治決無連涉，和任何黨派沒有關係」，但這並不表示他對國家政局前途不關注。他做學問堅持的「獨立之思想，自有之精神」同樣可以應用到他的處事原則上，不為他人的言語所動，不為時局的得失左右。
陳寅恪到達南京時，他的妻女已經從成都飛抵南京，陳寅恪住俞大維官邸。就在陳寅恪流寓南京的短暫時間內，命運讓兩條原本長年平行的人生軌跡發生了交叉，留學歸國同樣也在南京的季羨林在俞館拜訪了自己在清華園時的老師陳寅恪。事實上，當陳寅恪尚在英國就醫的時候，風聞其事的季羨林就匆忙地給自己的老師寫過一封長信彙報自己在德國十年間的學習和科研情況，並寄呈了自己在哥廷根科學院院刊及其他一些刊物上發表的論文。他鄉逢舊徒的欣喜，特別是季羨林在東方語言學方面的深湛造詣引起了陳寅恪對這位當年清華畢業生的關注，他很快就給季回覆了一封長函，一方面告訴當年的學生自己的近況和行程，一方面講要把他向北大校長鬍適、代校長傅斯年、文學院長湯用彤等幾位先生推薦，這讓年輕的季羨林感到喜出望外。這一次他顯然是專程來看老師的。師生相見論談甚歡，兩人都比較詳細地講述了闊別十餘年來的自己所經歷和見聞的種種，用季羨林的話說「先生十分高興」，臨行囑其帶上其德文論文去雞鳴寺下的中研院拜見北大代校長傅斯年。後來季為北大聘任，並很快由副教授升格為正教授而且兼任東方語言文學系的主任。這裡面固然和季自己的語言學造詣有關，我們想這還必然地與陳寅恪的褒揚性肯定大有其關係，誰都知道，在民國時期的學者圈裡，陳寅恪的話在當時確實有一言九鼎的效力。
當然，陳寅恪他們在南京並未久留，1946年秋天，清華大學在北平復校。加上為了不耽誤兩個女兒流求和小彭在南京金陵女大附中的學業，他們帶小女兒美延於當年經上海乘船北上，於1946年10月回到清華園。其長女流求曾作筆記：1946年春，（陳寅恪）由英倫乘輪船返回祖國。八年抗戰雖已勝利，內戰繼起。父親雙眼完全失去復明的希望，父母心情很沉重。為了不耽誤我和小彭妹高中課程，留我們繼續在南京金陵女大附中複課，……結束了萬里跋涉，回到北京清華大學。作為盲人教授，期望在同事和朋友們幫助下繼續從事教學與研究工作。
經歷了戰亂、失明而重新回到北平的陳寅恪，頗有恍如隔世之感。但是他很快從傷感哀愁中走了出來，投入到他為之奮鬥半生的學術研究中，他除了在清華授課外，還兼任燕京大學的導師。他將其書齋命名為「不見為凈之室」，目雖盲，但做的學問卻並不因目盲而顯得「盲目」。這是因為他對書籍太熟悉了，而且，他的記憶力非常好，這使他在目盲之後仍然能繼續他的學術研究。在成都任他助手的石泉曾回憶道：陳師記憶極好，我在成都任他的助手時，指示我代查資料，往往連版本、頁數，以至行數都對，聽陳師母說過，陳師幼年在湖南時，只有八、九歲，祖父陳寶箴會客，隨侍在旁靜聽。客走後，談過的話，別人都記不得了，陳師照述無遺。陳師母還說過，陳師從小看書，只消一遍，就能背誦，對新、舊《唐書》尤其熟。石泉曾在陳寅恪指導下做論文《中日甲午戰前後的中國政局》，他回憶在寫作論文過程中，從搜集史料到整理、鑒別與解釋史料，形成觀點，最後寫成初稿，都經過陳寅恪的指點、問難與審查，每完成一小章或一大節，都要念給他聽。陳寅恪記憶特別好，往往事隔多日後，聽下一章的內容時仍然記得以前章節的內容，前後左右，縱橫貫通地進行聯繫、分析，提出很有啟發的意見。還有一點我們必須注意，那就是陳寅恪的堅毅，畢竟在目盲之後做學問與之前肯定大有不同。這其中，如果沒有堅強的毅力，做學術研究不是那麼容易的。但是陳寅恪做到了，而且其成就是有目共睹的。
在清華，在陳慶華、王永興等人幫助下，他修訂完畢之前在成都所草的《元白詩箋證稿》等書稿，還口授了《從史實論切韻》等多篇分量很重的學術文章，另外，有《丁亥元夕用東坡韻》、《丁亥春日清華園作》等多首詩作。除繼續寫文章外，他仍認真備課，嚴謹教學，指導學生。
教學之外，陳寅恪也開始享受一位師者應有的快樂。裝點著陳寅恪快樂心情的紫藤花這一時期便曾在其心靈的深處留下無比美好的回憶。據當時已在北大任教的季羨林回憶：「有一年的春天，中山公園的藤蘿開滿了紫色的花朵，累累垂垂，紫氣瀰漫，招來了眾多的遊人和蜜蜂。我們一群弟子們，記得有周一良、王永興、汪篯等，知道先生愛花。現在雖患目疾，跡近失明；但據先生自己說，有些東西還能影影綽綽看到一團影子。大片藤蘿花的紫光，先生或還能看到。而且在那種兵荒馬亂、物價飛漲、人命微淺、朝不保夕的情況下，我們想請先生散一散心，徵詢