受聘香港大學
1940年，歐洲戰爭局勢緊張，滇越交通中斷，飛機票價高昂，陳寅恪難以赴英，同時也無法返昆。唐篔身體抱恙不能遠行，陳寅恪幾陷於進退維谷之境。經濟拮据，不能自給。時任中英文化協會領導人的杭立武及時與香港大學聯繫，加上時任香港大學中文系主任許地山的力薦，陳寅恪得以謀職港大，任香港大學的客座教授。這解決了全家在港的生計問題，使全家能暫時在香港居住，同時也利於陳寅恪學術研究的繼續，於是他向西南聯大請假一年，暫時留在香港講授。
當時陳家住在九龍城的太子道，離著位於市區的香港大學較遠，陳寅恪到港大上課需要車船倒換，來往上課，極其不易，當時他們一家在港的生活也是很艱難的。陳流求記錄道：
值歐洲戰起，地中海不能通航，父親只有暫在香港大學任課，為客座教授。那時我們住在太子道，離九龍城不遠，乘公共汽車到輪渡，渡海後再轉電車到港大，單程需近兩小時，條件是很艱苦的。
1941年春天，陳寅恪曾經由港飛往重慶出席中央研究院評議會。有詩《辛巳春由港飛渝用前韻》：
海鶴飛尋隔歲游，又披煙霧認神州。
江干柳色青仍好，夢裡蓬瀛淺水流。
草長東南迷故國，雲浮西北接高樓。
人間春盡頭堪白，未到春歸已白頭。
這首詩似是在飛機上即興依前韻所作。吳宓按：「此詩乃寅恪一九四五年一月在存仁醫院病床口授宓者。三四句末對未工，抄寫恐有誤。又按，寅恪兩次飛渝，皆為中央研究院開評議會。［此詩一九四一年作。第六句似指某大國也。］」出席會議後，陳寅恪飛回香港，繼續在港大任職。
1941年8月4日，許地山逝世，陳寅恪深為悼念，為其作輓詞，許地山的追悼會在9月21日舉行，陳君葆說「輓聯中以陳寅恪的一對為最親切有味，可謂情文兼至」，輓聯的內容如下：
人事極煩勞高齋延客蕭寺屬文心力暗殫渾未覺；
亂離相倚托嬌女寄廡病妻求葯年時回憶倍傷神。
陳寅恪曾經對別人提到，他當年研究佛道之學的時候，對於道教他只是取來作為史學研究的補充材料，對於佛教往往只是比較原文與諸譯本字句間的異同。至於其中的微言大義，都沒有發掘出來。後來，是通過讀了許地山先生所寫的佛道兩教史的論文，文章中對於教義本體有精深的評述，這令陳寅恪深受啟發和為之佩服，同時也有為以前研究方法的慚愧之意。
之後，陳寅恪繼為中文系主任。在港大任教的時候，陳寅恪曾作公開學術演講，曾經講授韋莊《秦婦吟》一詩，雖然僅僅一首詩，他竟然綿延講了兩個月，每講一點內容，往往旁徵博引，深刻剖析，足可見他的博大精深處。此外，在香港大學還有過一次用英文作學術性的公開講演，講題是《武則天與佛教》。
是年12月8日，太平洋戰爭又起，社會秩序混亂，交通阻塞。日本人佔領香港，學校停課，先生離開香港大學閑居半年。他一家生活十分艱難，將衣物換食物，生活物資極端缺乏。香港之戰初起，重慶曾經派飛機到港搶救要人，但要人如許崇智、陳濟棠以下都未接出，只接出一大家族，「箱籠累累，還有好些條狗。」消息傳到昆明，幾千學生大遊行，口號是打倒孔某。陳寅恪一家自然是擠不上飛機，困居在港。日寇入港曾經覬覦陳寅恪所居之樓房，勒令他們搬遷，陳寅恪以日語斥之，避免了一次禍端。由於陳寅恪懂日文，日軍對他還算客氣。軍部行文香港佔領軍司令，司令派憲兵隊照顧陳家，送出好多袋麵粉，但憲兵往屋裡搬，陳寅恪、唐篔硬是往外拖，就是不吃敵人的麵粉。他們甚至用官職利誘，面對這一切陳寅恪寵辱不驚，拒不接受，生活雖然艱難，但寧可以典當衣物來過活。陳隆恪也曾聽聞，「日寇饋米二袋，拒不受」，並寄「正氣狂吞賊」之句以慰勉乃弟。陳氏一家寧可挨餓而堅持氣節，與散原老人為保持民族精神絕食而死，同樣難能可貴。他們的高風亮節，令人欽佩，永留青史。
香港淪陷後，陳寅恪立即辭職閑居，日本當局持日金四十萬元委任他辦東方文學院，他堅決予以拒絕。1942年春，有人奉日方之命，專程請他到已被日軍侵佔的淪陷區上海授課。他又一次拒絕，隨即出走香港，取道廣州灣至桂林，出任廣西大學教授，不久移居燕京大學任教。當時，面對民族危亡，國民黨政府腐敗無能，消極抗日積極反共，陳寅恪感到痛心，而桂林某些御用文人，竟發起向蔣介石獻九鼎的無聊活動，勸他參加，他作《癸未春日感賦》：「九鼎銘辭爭訟德，百年粗糲總傷貧」，以示諷刺，表示自己的無奈和憤慨。這一時期，在繁忙的教學中，他仍致力於學術研究，先後發表了不少著述。
1941年，陳寅恪在香港完成《唐代政治史略稿》一書，後來印行時改名字為《唐代政治史述論稿》。原稿序末署「辛巳元旦陳寅恪書於九龍英皇太子道三百六十九號寓廬」。書稿成時，太平洋戰爭爆發，第二年陳寅恪攜稿子到桂林，鈔改後交商務印行。鈔改後的手寫稿，本名《唐代政治史略稿》，寫成後寄往上海。這些存下的稿子，是陳寅恪居港時候最完整的墨筆直行手稿。《唐代政治史述論稿》從民族升降，黨派關係，外族盛衰及外患與內政關係三處落筆，深入剖析了一代政治，建立了以氏族門閥興衰為背景，認識魏晉南北朝史的理論框架。這一理論框架的創新深刻影響了近現代學者，對日後這方面的研究起了引航燈的作用。比如關隴集團問題，大概是近現代史學界爭論最久，捲入知名學者最多的問題之一，唐長孺《魏晉南北朝隋唐史三論》中進一步提出唐朝的南朝化，田餘慶《東晉門閥政治》等名作，都是陳寅恪學術領域的不同程度地延伸。
楊遇夫（樹達）先生1942年贈陳先生詩云，「朋交獨畏陳夫子，萬卷羅胸不肯忘」。陳寅恪研究領域極為廣泛，並在中國比較語言學研究各個方面都深有造詣。他致力於漢、中古和六朝的歷史，而他的著述表面上以微不足道的枝節為基礎，但成果的影響卻相當深遠，堪稱學術界真正的貢獻。他在西方比較語言學方面受過的訓練是一流的。他曾經學過梵文、藏文及蒙古文，尤其精於藏文。他不但能夠同時使用中國和西方歷史學家的方法和文獻，並且善於在自己的研究領域中利用。由於歷史研究的領域非常廣泛，要結出最好的碩果，必須具備深厚的知識和批判的態度。在現代中國，歷史研究真正的進展，是透過運用批判性的方法達致的，唯應用範圍一般仍十分狹窄。近來，研究領域已有所擴展，但方法一般仍欠嚴密。歐洲正統比較語言學的影響，只是在最近的歷史著述中才開始感覺得到。陳寅恪能夠掌握其他人忽略的某些事實的真正意義，利用一些看來是微不足道的事實論證意義極為重大的事件。以前的中國歷史學家，要麼就是對細微的事實感興趣，故他們的成績不免支離破碎；要麼就是對通史有興趣，因此過於理論化和太具想像力。
陳寅恪對魏晉南北朝的民族問題，唐代的關隴集團與山東集團、庶族地主與士族地主的關係問題，隋唐制度之淵源等問題的研究，無不持之有故，言之成理，嚴謹精邃，自成一家。因此，從治學方法論的層面來說，陳寅恪的史學方法是對歷史唯物主義方法論的重要補充。陳寅恪雖然未能運用歷史唯物主義的立場、觀點和方法進行研究，但他並不缺少歷史主義的史識和樸素的辯證觀點。他治史視野開闊，從大處著眼，小處著手，鉤稽史料，抉幽闡微，因小見大，長於在別人不注意處發現問題，找出內在聯繫，揭示出帶有規律性的重大歷史現象，言人之所未言。
陳寅恪治史以中古史為先，他曾經不止一次說過：「上古去今太遠，無文字記載，有之亦僅三言兩語，語焉不詳，無從印證。加之地下考古發掘不多，遽難據以定案。畫人畫鬼，見仁見智，曰朱曰墨，言人人殊，證據不足，孰能定之？中古以降則反是，文獻足征，地面地下實物見證時有發見，足資考訂，易於著筆，不難有所發明前進。至於近現代史，文獻檔冊，汗牛充棟，雖皓首窮經，迄無終了之一日，加以地下地面歷史遺物，日有新發現，史料過於繁多，幾無所措手足。」由是可以看出，陳寅恪治史以中古史為易於見功力之微旨，非以上古與近現代史為不可專攻也。
1941年12月14日，校讀《新唐書》第二卷，書後附自記。次年正月，陳寅恪仍然校讀《新唐書》。這年冬天，在坊肆中購得商務國學基本叢書本宋李心傳《建炎以來系年要錄》十二冊，排印字既小，且多雙行注，字尤小，陳寅恪現在的眼疾已經厲害，做這些研究非常吃力。第十二冊末的跋中提到，他是在無意中於書肆廉價賣到了這本書。不過幾天世界大戰起，在萬國兵戈饑寒疾病之中，研讀此書也有利於消磨時光，於是匆匆讀了一遍。以前家藏的殿本及學校所藏的本子都要遠勝於這個本子。以前陳寅恪讀這本書的時候是在太平之世，而現在讀的本子時值亂世，反而給人