長沙臨時大學於一學年後，又改名「國立西南聯合大學」，簡稱「聯大」。聯大文法學院初遷蒙自，再遷昆明。陳寅恪1938年春天到蒙自，在蒙自授課僅數月，因學校又歸併為昆明西南聯合大學，陳寅恪不得不在是年秋天隨校轉往昆明。在作別蒙自後他作詩到：「我昔來時落水荒，我今去時秋草長。」
在逃難離京到蒙自授課這段輾轉的經歷中，身體的勞累和困頓還在其次，最令陳寅恪心痛神傷的莫過於在路上幾次遭遇的丟書事件，這對他的身心打擊尤其巨大。陳寅恪喜歡在幾種基本的書籍上，將自己平日閱覽時的意見，或者發現其中的新問題，寫在每頁的書頭，這樣陳寅恪的很多書可以說凝聚著他學問研究的諸多心血。接連的丟書事件對他日後的學術研究工作造成了難以彌補的損失。抗戰剛開始的時候，他曾經將書籍包好託人寄往長沙。由於交通不便和當時戰事不斷，在陳寅恪抵達長沙的時候，這批書籍還沒有到達。但是，清華臨時大學的校址又要遷往雲南，他迫不得已顧不上長期奔波的勞累，將未能一同前往的家人安頓在香港後，獨自一個人南下到蒙自。這樣後來到達長沙的書籍只能慢慢的存放在親戚的家中，戰火逼近長沙的時候，親戚忙著逃難，在一場大火中，親戚家的房子和他的很多書籍付之一炬。
禍不單行，陳寅恪由香港獨自一人南下蒙自的過程中，經過越南海防時遭竊，隨身攜帶的兩木箱中極其珍貴的書籍落入賊手，這兩箱書之所以珍貴，並不是珍籍秘本，而是他曾用蠅頭小楷在書眉詳細記錄有相關的資料以及自己一些新得的本子。據說有很多是有關蒙古史、佛教史和古代東方之書籍。這些眉注本，可說是他研究工作的「半成品」；這些書的損失，造成不可估量的損失。其中對《世說新語》，在書頭上寫的札記和所記別書與它有關的事項最多。他本來想將它寫成為《世說新語箋注》，但這曾經批註的《世說新語》原書多冊，不幸在途中就這樣的失去了，這曾經使陳寅恪發生很大的傷感。這些書籍的價值如此重要，他的損失必然帶來了諸多遺憾，日後很多本來可以完成的書目，沒有實現，於己於人，推而廣之於學術的傳承，這種不可料的損失令人不禁為之扼腕。據說《世說新語箋證》、《高僧傳箋證》等未能成書與這件遺失書籍的事件有直接的關係。1943年底初抵成都的時候，陳寅恪還曾經提到過關於《元史》一書的事情。在二三十年代，他剛從國外回國的時候，專心致志於元史，用力最勤。他讀過好幾遍《元史》，每有一點心得，就批於書眉，蠅頭細楷，密密麻麻，丹鉛殆遍。可惜在盧溝橋事變後，他攜帶南遷，花費了巨大心血批閱過好幾遍的這部書，託運至重慶附近的時候，竟然毀於兵荒馬亂、炮火空炸中。陳寅恪每言及此事，總有無盡的遺憾。
逃難以來手稿、書籍遺散得太多，加上旅途的勞累，陳寅恪初到蒙自即染上瘧疾，精神幾近崩潰。當時動蕩混亂的時局，獨自一人謀生在戰火連綿的他鄉，心底不免生出無限的感慨和凄涼，嘗有「南渡自應思往事，北歸端恐待來生」之句。流求記道：
年後父親必須趕往學校上課；母親則因勞頓心臟病發，體力不能支持，決定先由父親一人取道安南去雲南蒙自。當時蒙自惡性瘧疾猖狂，父親亦未倖免。母親聞知非常焦急。
是年七夕，陳寅恪在蒙自一人度過，有詩曰：「銀漢橫窗照客愁，涼宵無睡思悠悠。人間從古傷離別，真信人間不自由。」客居他鄉，與妻兒分居兩地，逢佳節而難團聚，思親念家之情溢於詩間，讀來感人至深。
時值國破家亡，百姓流離失所，前路輾轉艱辛，腳下的路也不知尚有多少風雨。年近五十的陳寅恪，處於一種無奈、落寞、憂心的境地，只有拿起手中的筆托詩言情：
家亡國破此身留，客館春寒卻似秋。
雨里苦愁花事盡，窗前猶噪雀聲啾。
群心已慣經離亂，孤注方看博死休。
袖手沉吟待天意，可堪空白五分頭。
受命於危難之際，為生計更為理想，陳寅恪不遠千里，攜帶家人，歷盡艱險，遠赴西南聯大任教。這裡有必要對特殊條件下產生的特殊產物——國立西南聯合大學，做一個簡單的介紹。
抗戰爆發，戰火不斷，北大、清華、南開三校辭別京城，長途跋涉，暫時建校址于衡山湘水之間，組成長沙臨時大學，當時文學院設于衡山聖經書院。到1938年春間，文學院又遷至雲南蒙自，蒙自為舊日法國租界，頗有些異域情調，城外又有一南湖。因此，聯大學生戲稱「昆明如北京，蒙自如海淀」。是年暑假過後，臨時大學改成西南聯合大學，文學院又搬遷至昆明西門外的昆華農業學校。三校原為久負盛名的大學，合組後的西南聯大，更成為西南大後方的最高學府，其規模居於全國之首，師資陣容冠於當時。彈丸之地，卻是群英薈萃。三校的暫時組合，實現精誠團結，共濟時難，弘揚了科學與民主的優良傳統，融入了北大的民主自由的風氣，結合了清華的嚴謹和求實，吸納了南開的活潑與創新，譜寫出了中國教育史中一段華美動聽的插曲，令人久久回味。
在共同的災難面前，萬千師生繼續辦學、教學、求學，同時將文化的種子散播到窮鄉僻壤，產生出更多的力量，產生出新的文化。西南聯大始於1938年，終於1946年。昆明位於雲貴高原，四季如春。所謂：「四時不謝之花，八節長春之草。」當時中原學者雲集，雖在戰時，設備簡陋，但士氣甚高。短短八年的時間卻培養出了無數出類拔萃的人才，它的名聲響徹海內外，影響持久深遠，堪稱「人才搖籃、民主堡壘」。從這裡走出的學子們踏進了各個領域，做出了巨大的貢獻，為中國的教育史和新民主主義革命史留下了光輝而又燦爛的一頁。聯合大學不僅與抗戰相始終，更與五四精神一脈而相承。民主與科學的精神，愈挫而彌堅。兼容並包的學氣，被不斷發揚廣大。西南聯大於斯時斯地成就如此輝煌，幾可以稱之為中國近代教育史上的「奇蹟」。它是近代民主與科學精神的縮影與結晶。發榮於風雨如晦、顛沛流離之際，更可見其精神的珍貴。正如著名學者陳岱孫所指出的，身處逆境而正義必勝的信念、對國家民族的前途所具有的高度責任感，曾啟發和支撐了抗日戰爭期間西南聯大師生對敬業、求知的追求。這種精神在任何時代都是可貴的，是特別值得紀念的。在民族危難之際，西南聯大的應運產生和發展維繫並保存住了當時脈息微弱的華夏文明，更好更有力地將這份寶貴的精神財富交由到一批批優秀的堪當重任的學子中，並在未來的數十年中被不斷地發揚光大。
儘管戰火不斷，導致陳寅恪十年的清華園黃金期戛然而止，但在西南聯大這樣充滿民主自由和嚴謹創新的氛圍中，在海納百川，並蓄磅礴的新的環境，雖然陳寅恪身肩國讎家恨，但是在為學術而生存的理想的追逐中，他頂住了重重險阻，認真地履行著一份普通但神聖的教書育人的責任，他的人生軌跡，於時局的黑暗中划出了一片屬於自己又福澤他人的絢麗的領地。陳寅恪講學，似系考據學派，中外古今，旁徵博引，論據卓越，聽眾如坐春風之中，敬佩其學問之淵博、熟諳各種語文之能力，與鑽研不惜之精神，皆非常人所能望其項背也。其作品散見於《清華學報》，及其他著名刊物雜誌中。當時歷史系教授姚從吾先生有言曰：「陳寅恪先生為教授，則我們只能當一名小助教而已。」
陳寅恪在昆明的住處是青雲街靛花巷的青園學舍樓上。當時西南聯合大學的教室在文林街的昆華北院和北門外臨時修建的簡易校舍，距離陳寅恪先生住處很遠。寅恪上課經常抱著用黑布包袱包著的一大包書，沉重而緩慢地走在昆華路上，之所以每次上課要帶這麼多的書是因為他在上課時要引證很多史料。進入教室後，即打開所攜帶的包袱拿出書來，他把需要的主要史料一條條一字不略地寫在黑板上，供學生抄錄，總是寫滿整個黑板，然後坐下來，開始講解，聲音不高，又往往閉目授課。如果不集中精神注意他所講的內容，自然感覺不出其中的精彩來。但是，若能夠注意講解，領悟內容，就可以知道，閉目授課是正在凝神運思的方式或模範，對下面聽講的學生也有激發思想的作用。他經常告誡學生，有一份史料就講一分話，沒有史料就不能講，不能空說。給學生指導論文的時候，他總是預先警告，文字務必精簡，若太冗長，必有浮濫，他表示不願意批閱類似的論文。為人師表，他身體力行，以身作則，在講課的時候，總是憑藉史料說話，在提出了充分的史料之後，他才會講課，這形成了他多年的教書習慣。這些原則和授課方法對他的諸多弟子產生了深遠的影響。
依照向來成例，在聯大陳寅恪每學年都開兩個課程，一是文學課程，一是史學課程，每個課程每次各兩個小時。但課程名目內容，則逐年更易，就史學課程來說，是「魏晉南北朝史」與「隋唐史」交替。陳寅恪到昆明的第一年，開的是「魏晉南北朝史」，在大西門外昆華農校大樓西北角樓上與公路隔牆相對的一間教室