1937年，陳寅恪的小女兒剛出生一個多月，蘆溝橋事變引爆了抗日戰爭。
七七事變後，日本一手表示「不擴大」方針，一手向華北派兵。至20日為止，日本中國駐屯軍所屬部隊已分別集結於密雲、高麗營、天津和北平附近地區。日軍的步步緊逼和積極準備擴大戰事，昭顯出他們意欲侵吞中國的野心。7月下旬，日軍三路圍攻北平。在日軍向平、津地區集結期間，中國政府軍事當局派兵向保定、石家莊地區集結。7月28日，日軍在司令官香月清司指揮下向北平地區第29軍發動總攻，開始對華北發動全面進攻。日寇的連續入侵，使天津、北平相繼淪陷。
時局混亂、人心惶惶，陳寅恪一家也經歷著巨大的變革。陳寅恪的父親散原老人和陳寅恪一家住在北平城內，終日聽著隆隆的炮聲。散原老人素來關心國家民族興亡，這時，他已經85歲高齡。當日軍進入北平後，面對山河破碎，情緒很消沉，卧病在床。無論家人怎樣勸慰，就是不肯進食。終日憂憤不食，導致病情加重，但是在國難當頭的日子，他拒不服藥。散原老人在臨終時還問：「外傳我軍在馬廠得勝，不知確否？」9月15日，散原老人與世長辭，享年85歲。陳寅恪從老人拒食抗日中受到的教育是深刻的，日本投降時，他寫詩抒發內心的喜悅與感慨：「國讎已雪南遷恥，家祭難忘北定時。」對這段國恥家恨，他刻骨難忘。
在那場曠日持久的戰爭中，萬千人民流離失所，萬千人民的理想與夢想被擊打得粉碎，萬千種歡樂與悲傷交替，凄風苦雨中經歷著錯綜複雜的世態冷暖。北平淪陷前，清華已準備南遷。淪陷後，國民政府命令清華、北大和南開，到湖南長沙合組一所臨時大學。長沙臨時大學定於當年10月25日開學，11月1日上課。於是，在料理完父親喪事，滿「七七」後，陳寅恪不得不結束平靜的清華園生活，於當年11月3日清早，與夫人唐篔一同攜三個女兒及女僕王媽等倉皇逃離北京，踏上了輾轉南渡的艱難歷程。
陳家第一站是由北京乘火車到天津，那時平津親日政權阻撓文化界人士離開，檢查行李非常嚴格，車站都是關口，如果被日軍認為是涉嫌抗日的分子，立即會被扣留。那天陳寅恪一家比較幸運，檢查後通過穿黃軍服的日軍和黑制服的警察之間，得以順利上車離京。車行很快，到達天津後，他們一家住在六國飯店。天津到了，但是要等過了萬國橋才算是出了鬼門關。在出天津東站時，一家人緊緊靠攏，用力擠著前進，總算平安地出來了。直到住進租界，不見日本鬼子和太陽旗，他們一家才稍微感到安全一些。陳寅恪從當時在天津主持清華大學臨時辦事處工作的葉企孫處領到部分薪水作為路費，決定乘商船濟南輪南下，從紫竹林搭大汽車到大沽口外上船，船上同行的還有袁復禮先生、毛准先生等。輪船到達青島的時候已是半夜12點，又準備立即搭夜車離開青島。在青島登岸的時候，逃難的人群扶老攜幼熙熙攘攘，好不容易擠上膠濟鐵路開往濟南的火車，那個時候，為躲避轟炸，火車多在夜間運行。火車到達濟南的時候，車站上逃難的民眾更多，氣氛緊張。因為那個時候濟南哄傳日寇即來，風聲甚緊，商店緊閉，由於大量的人爭著逃難，造成極大的混亂，「火車停開，已無所謂班次，見車就上」。火車站人山人海，擠著要上一列車，陳家人在巧遇的已上車的劉清揚先生眷屬的幫助下得以從火車窗口爬進，車內擁擠不堪，身體轉動都不容易。車行二十四個小時後才到徐州，當夜十點鐘又轉隴海路火車赴鄭州，再從鄭州轉車到長沙，全程費時約十七天，真可謂是歷盡了艱辛，嘗盡了苦痛。
到達長沙後，先投宿到親戚家。不久由於時局變化，戰火逼近長沙，清華大學臨時校址又決定在翌年2月學期結束後，遷往大後方的雲南。於是陳寅恪只好攜帶全家再登程南下。陳流求記道：
我家只好繼續登程，離長沙時已經霜凍。經衡陽搭長途汽車，星夜投宿零陵縣，隨後到達廣西桂林市。桂林是母親祖籍所在，外祖父母早已過世，我們和叔外祖父母敘談僅幾天，又急著趕路，在細雨濛濛中登上了長途汽車，經樂平到達梧州。晚間登上內河江輪沿西江而下，經虎門直達香港。
陳家離開長沙時已經霜凍，輾轉到達桂林，幸運的是這座城市還算安靜，廣西是唐篔的祖籍，所以這裡也有一些親戚。因為急著趕路，陳寅恪和唐篔僅與叔外祖親戚敘談了幾天，沒有久留。細雨濛濛的一天登上長途汽車，經平樂到達廣西梧州市。當時廣西大學就設在這裡，李運華校長原來是清華教授，招呼陳寅恪一家吃了頓晚飯。飯後，踏著沿江燈火，陳家又登上了內河輪船，沿江夜航而下，經虎門抵達香港時，已經是1937年末。初到香港，暫時住在羅便臣道104號地下室。人地生疏，聽不懂廣東話，使用港幣，生活費用昂貴，生活極其艱難。
春節過後，陳寅恪必須趕赴西南聯合大學上課，但是唐篔原患心臟病，旅途勞頓，體力不能支持，美延這個時候也得病，不能再走。陳寅恪決定隻身取道安南、海防，到雲南蒙自西南聯合大學文學院授課。