1928年後，清華由羅家倫就校長職，高談「紀律化」，象徵著一個「新時代」的開始。新時代有新氣象，但仍然不免「舊時代」的爭權奪利。清華校長一職，就有三十人爭奪。甚至於還有比「舊時代」更「青出於藍」的表演。陳寅恪於庚午年（1930年）所作《閱報戲作二絕》，可表達對此「新形象」的觀感：弦箭文章苦未休，權門奔走喘吳牛；自由共道文人筆，最是文人不自由。
石頭記中劉姥姥，水滸傳里王婆婆；他日為君作佳傳，未知真與誰同科？陳寅恪很有幽默感。在陳哲三的《陳寅恪先生軼事及其著作》有這樣的回憶:有天我們在座，先生說：「我有個聯送給你們：南海聖人再傳弟子，大清皇帝同學少年。」當然是說我們是梁啟超、王國維的學生，是康有為的再傳弟子，是溥儀的少年同學。大家哄堂大笑。更妙的是北伐成功。全國統一後，羅家倫接任清華，特意去看望陳寅恪，當時陳哲三等同學也在場。羅家倫送給陳寅恪一本書，是他編的《科學與玄學》，記述張君勱、丁文江辯論的一段文壇舊事。陳寅恪翻了翻便說：「志希，我送你一聯何如？」羅家倫說：「甚好，我即刻去買上好的宣紙來。」陳寅恪說：「不用了，你聽著：不通家法科學玄學，語無倫次中文西文。」羅家倫一擺手，大笑不止。陳寅恪又說：「我再送你一個匾額：儒將風流。你在北伐軍中官拜少將，不是儒將嗎？你討了個漂亮的太太，正是風流。」上下聯中將「家」、「倫」二字嵌入，精妙之極。陳寅恪才思敏捷，詼諧風趣，大率如此。其實他的一時戲作是有深意的。陳寅恪對於當時科學與玄學之爭，中西文化論戰，皆不以為然。他一生秉承的思想，是調和中西，中體西用。吳宓曾對此作過如是的評語，陳寅恪自己也如此承認。這幅即興所作的對聯，就是這種思想的表露。
國學研究院結束後，陳寅恪轉任為清華大學中文、歷史兩系的合聘教授，並為兩系的研究所開專題課。在中文系開授「佛經文學」、「世說新語」、「唐詩校釋」等課程；在歷史系開授「魏晉南北朝專題研究」、「隋唐五代史專題研究」等課程。他的教學和研究經常是相互配合的。從他開的課，可知他的研究方向已經從佛教史研究，擴大到整個中國中古的文史研究。同時，陳寅恪在課餘，博覽群籍，研究內容主要集中在唐代文史與佛經領域，講授的內容也主要是與此有關的專題。就講授的課程而論，陳寅恪革新了當時以及後來高級研究院校的研究領域和開設課程。可以看出他比漢、唐、宋以及明清有成就的著名學者們，向前進了一大步，為中國的學術文化研究開闢了新紀元。在這一期間，陳寅恪還使用敦煌所出的文書，著文多篇。在《陳垣敦煌劫餘錄序》中，陳寅恪說：「一時代之學術，必有其新材料與新問題。取用此材料，以研求問題，則為此時代學術之新潮流。治學之士，得預於此潮流者，謂之預流（借用佛教初果之名）。其未得預者，謂之未入流。此古今學術史之通義，非彼閉門造車之徒，所能同喻者也。敦煌學者，今日世界學術之新潮流也。」陳寅恪通解中外古今的學術文化，因而能有這樣如立於喜馬拉雅高峰俯瞰人類文化進展的長河的精深宏大議論。敦煌學已是今日世界的顯學，陳寅恪是中國敦煌學開創者之一，還是提出「敦煌學」這一名稱的第一人。這一名稱的提出是有重要意義的，他明確了敦煌資料的研究是我們這一時代新的學術潮流，不只是整理考證一些資料而已。近幾十年來，特別是從敦煌吐魯番學會成立以來，我國敦煌學研究有了很大進展，陳寅恪所期望我們「勉作敦煌學之預流」，已逐漸成為現實，這是我們可以告慰於含恨逝去的一代儒宗陳寅恪先生的。
民國二十一年（1932），清華中文系代理系主任劉文典請陳寅恪命招生試題：作文題《夢遊清華園記》，外加對對子：一年級為「孫行者」、「少小離家老大回」，二三年級的學生有「莫等閑白了少年頭」等，以此招致紛紛非議。陳寅恪既在《清華暑假周刊》第六期發表答記者問，又撰寫《與劉叔雅論國文試題書》，詳釋其義。同年，在歷史系開晉至唐文化史課，講晉到唐這一歷史時期的精神生活和物質環境的關係。講精神生活包括思想、哲學、宗教、藝術、文學等；物質環境包括政治、經濟、社會組織等。在講論中，陳寅恪並不輕易講「因果關係」，而是著重條件。並且稱以往研究文化史有二失：舊派失之滯。舊派所作「中國文化史」，其材料采自二十二史儒林文苑等傳及諸志，以及《文獻通考》、《玉海》等類書。類書乃供科舉對策搜集材料之用，作史沒有必要全行采入。這類文化史不過抄抄而已。其缺點是只是死材料而沒有解釋。讀後不能使人了解人民精神生活和社會制度的關係。新派失之誣。新派是留學生，所謂「以科學方法整理國故」者。新派書有解釋，看上去似乎很有條理，然而甚是危險。他們以外國的社會科學理論解釋中國的材料。此種理論，不過是假設的理論。而其所以成立的原因，是由研究西洋歷史、政治、社會的材料，歸納而得的結論。因為人類活動本有其共同之處。所以「以科學方法整理國故」，是很有可能性的。不過也有時不適用，因為中國的材料有時在其範圍之外。所以講「大概似乎對」，講到精細處則不夠準確。而講歷史重在準確，不嫌瑣細。本課程的學習方法，就是要看原書，要從原書的具體史實，經過認真細緻，自由思想，批評態度。從這些記錄，可見陳寅恪的治學態度和教學方法。
陳寅恪從37歲（1926）初任教清華，到48歲（1937年七七事變），大約十二年的時間，都住在清華園。這一段時間是他的一生中讀書最勤、研究最力、收穫最多的日子。主要是因為生活較為安定，圖書資料較易獲得，研究條件較佳的原因。自1930年起，陳寅恪雖然兼任「中央研究院」理事、歷史語言研究所研究員，並且兼第一組主任、故宮博物院理事、清代檔案委員會委員，但是不負實際事務的責任，然而在他研究工作中卻得到了更多的方便。陳寅恪此時治學之勤，可以從他的長女流求的追憶中，略知一二：
從我記事起，我家就住在清華園南院，後移居新西院（按1935年後），距西校門不遠。這時家中生活緊湊而有規律。父親每天出門總是夾著個布包袱，包著書本。晚上照例伏案工作。父親從不滿足自己掌握的治學工具，每逢星期六上午，不分寒暑都進城到東交民巷找一位鋼和泰的外籍教師，學習梵文。
此外，他又經常乘車從清華園到大高殿軍機處看檔案。許多機密文件都用滿文書寫，陳寅恪一邊檢閱，一邊漢譯，遇到疑難的單字和詞句，就隨手記錄，以便查字典或請人代為解答。
在清華的十二年中，陳寅恪大約發表了五十餘篇學術論文和序跋，後來在戰時發表的書與文，其研究工作實際多是在此時就已經完成了的。隨著研究成果的滋長，他的學術聲名也日隆。日本以及歐洲的漢學家都公認他為博學而有見識的史學家。民國二十二年（1933），陳寅恪44歲。這一年，有覆錢稻孫書，是為答覆日本學者白鳥庫吉詢問有關中亞史的問題。陳哲三在《陳寅恪軼事》文中敘述了藍孟博的話：「民國二十二年，我在日本，有天在東洋文庫吃飯，飯後大家閑談，白鳥說：『藍君你認不認識陳教授？』我答：『是不是援庵？』他說：『不是，是陳寅恪先生。』我說；『那是恩師。』白鳥一聽，馬上隔桌趨前伸過手來。白鳥在日本史學界，被捧得如太陽，如何對陳寅恪如此尊敬呢？他說了，他研究中亞問題，遇到困難，寫信請教奧國學者，覆信說向柏林大學某教授請教，而柏林大學的覆信說應請教陳教授，當時錢稻孫度春假來日本，正在隔房，他說可以代為請教陳教授，錢的春假未完，陳教授的覆信已到，而問題也解決了。他說如無陳教授的幫助，可能至死不解。」可惜不知當日錢將此信原封交給白鳥庫吉，還是使白鳥錄副而自將原信留起，此信已經不知流落何方。如能獲得原手跡，將可作為陳寅恪的一段重要文獻。但從這個小故事，可以看出陳寅恪的國際聲譽。
在清華，陳寅恪更是名教授。除了本校歷史和中文系的學生聽講外，還有校外旁聽生，「慕名而來，滿載而歸」。當時在燕京讀書的周一良回憶道：「我從燕京到清華旁聽（實際是偷聽，因為不需辦任何手續）陳先生的課，感到與以往所聽的中外歷史課大不相同，猶如目前猛放異彩，佩服不已。那時一起去聽課的，有在當時的中央研究院歷史研究所工作的余遜、俞大綱（都已經逝世）。我們這幾個青年都很喜歡京劇，下課以後，常常討論說：真過癮！好像又聽了一場楊小樓的拿手戲！」羅香林也回憶道：「陳師對學生的愛護，真是無微不至，不但在學術上的個別引導，使學生個個都走向專門研究，能漸漸有新的發現的境地，就是對學生的日常生活，乃至於畢業後的就業情形，也非常關心。」
從學生們的回憶，可以知道陳寅恪既是認真而受歡迎的教師，也是書齋中的學者。他不喜歡管實際事物，也很少拋頭露面談政治。但這並