在哈佛攻讀三年後，陳寅恪離美赴德，到柏林大學繼續攻讀梵文和多種東方文字。第一次世界大戰結束後，德國雖然是戰敗國，但是柏林大學卻像一顆璀璨的明珠，吸引著世界各國的留學生。特別是它的東方語言文字學研究處於當時世界領先水平。1921年9月，陳寅恪進入柏林大學東方語言研究所，受業於路德施（lueders）教授。路德施教授是著名的印度學家，畢業於哥廷根大學。其師基爾霍恩以研究梵文語法和碑銘著稱。路德施1903年起就職於羅斯托克大學，1908年轉赴基爾大學任教，1909年後則到柏林大學任印度學教授，同時自1920年起還擔任了普魯士科學研究院的常務主任。其主攻方向為巴利文和梵文佛教文獻，尤其致力於吐魯番佛教義書的考釋與整理，成果頗受國際東方學界的重視。後來季羨林先生1935年到德國留學，其指導教授瓦爾德施米特（waldschmidt）就是路德施教授的高徒。在柏林，陳寅恪還時常聽柏林民俗博物館館長繆勒（mueller）講授佛經文獻閱讀課程。繆勒與著名的中亞考古學家勒柯克齊名，是德國第一流的東方學家。他不僅精通多種東方古文字，而且是一位造詣精深的佛學專家。本世紀初，德國探險隊在我國新疆的吐魯番及庫車地區調查發掘，獲得古文書文物甚多。繆勒和路德施一樣，是最早對這批材料進行研究的學者。在研究所，陳寅恪還聽過海尼斯（haenisch）、佛蘭科（franke）兩位所長的課。這兩位教授都是梵文和比較語言學的大師，海尼斯對蒙古史、元史的研究，佛蘭科對中國古代文化史的研究，都做出了傑出的貢獻。
這幾位教授身上所體現出的德國學術特有的理性思維習慣及其解決問題的方式對陳寅恪產生了潛移默化的影響，在他後來的教學與科研實踐中，我們仍然可以窺見德國學者的影子。
其一，德國學者特有的對「精確性」的追求，在陳寅恪後期的教學科研生涯中有充分的展現。1936年2月在「魏晉南北朝史」課上，他回答學生有關李商隱詩寫作時期考證諸問題時，曾自述所用的考證方法是：先確定「時」與「地」，然後核以人事。合則是，否則非。「時」與「地」之交叉點，猶如解析幾何中的坐標。後來他晚年在廣州對助手黃萱說，人家研究理科的，是分秒不差；而他的文史研究，是年、月、日不差。也就是說，他寫的某人某事，在歷史上是發生在何處、何年、何日，是不會相去太遠的。這些話都可以說是他在學術上追求「精確性」的自白。而這種對「精確性」數十年不懈的追求，自然很容易使人想起陳寅恪的留德背景，以及這種背景與德國學術「精確性」之間的某種關聯。
其二，德國學者固有的對「徹底性」的偏愛，在陳寅恪後期的論著中也時時有所顯露。以他對唐代詩人元稹的《連昌宮詞》考證為例，從1933年發表《讀連昌宮詞質疑》到五六十年代數次修訂《元白詩箋證稿》中的有關章節，方法未改，結論未變，而論據則不斷增加，論證過程也更為細密；甚至為了進一步確證該詩非元稹親赴連昌宮寫實之作，而徵引了植物學與氣象學的論據。詩文考證亦採用如此窮極底里的方式，這在近現代的中國古典文學考據論著中是頗為少見的。而追根尋源，似仍不能不聯想及德國學術方法中「徹底性」一面的影響。
當時德國的歷史語文考證學派和史學界的主流學派——蘭克學派，對陳寅恪的影響也很深。眾所周知，西方近代史學幾乎無不受德國的歷史語言考證學派的影響，這一學派對於語文水平有極高的要求，維也納大學史學研究法教授鮑瓦（w.bauer）在二十年代於《歷史研究入門》一書曾對此下了兩個標準：「第一，最上乘，應當多識外國文，……除古代語言（拉丁文、希臘文）外，學歷史的人，至少能隨時互譯現代幾種通行世界的語言（如英文、法文、義大利文）和用這些語言寫成的歷史著作。第二，其次須通達研究範圍內有關係的各種語言，能運用這些語言作史料研究的補助，以便解決與自己研究有關的問題。」倪不爾（niebuhr）和洪保得（humbodlt）是德國歷史語文考證學派的兩位大師級人物。倪不爾的貢獻，主要在於推進信史的建立。他主張把神話和不實的記載，排除於史著之外，使隱晦的真相重新建立起來。倪氏能使用二十幾種語言，所撰《羅馬史》等著作，頗具考證批評的風格。洪保得對於德國歷史語文考證學派基礎的奠定有著不可磨滅的貢獻。他提出了史學致知的兩大步驟：首先，確定歷史事實，發現事實之因果關係，且將這一關係從整個歷史背景中去了解，然後進而追求史實背後的思想和意義。繼洪保得和倪不爾之後的蘭克則是這一學派的集大成者。蘭克（ranke）早年從事語言研究，後來志趣轉向史學，創立了蘭克學派，成為西歐「科學的史學」的開拓者。蘭克標榜客觀主義，竭力主張寫歷史要客觀公正，還歷史以本來面目，力求不夾帶個人任何政治偏見和宗教偏見。蘭克治史，極重視史料。在蘭克史學的治史方法中，尋求史料與考訂史料是其全部史學的基石。在這位19世紀德國史學巨匠看來，撰史必須掌握第一手資料，才能寫出可信的歷史。因而，他篤信原始史料，主張用檔案文獻（主要是官方的檔案文獻）、活動者的記錄、來往信件等來編寫歷史，尤其重視目擊者的記錄，並視這是「最高見證」。他不僅崇尚史料，而且十分強調對它們進行考證與辨析，並確立了「內部考證」與「外部考證」相結合的方法。而蘭克學派方法論的核心在於通過個體直覺地理解整體精神，以揭示歷史的本質，這也是蘭克歷史主義方法的重要特徵。陳寅恪受蘭克影響，十分重視史料，重視考證、糾謬、校勘、補遺、互證，而且一絲不苟。正如楊步偉、趙元任先生所回憶的那樣：「寅恪總說你不把基本的材料弄清楚了，就急著要論微言大義，所得的結論還是不可靠的。」而「在史中求史識，在歷史中尋求歷史的教訓」也正是陳寅恪治史的目的，以通識的眼光洞見過去，把對歷史真相的認識提高到理性的階段，使陳寅恪的國史研究達到了相當高的水平。
此次在德留學，本由江西省教育司公費資助，但因國內時局動蕩，官費常常停寄。再加上陳寅恪的弟弟陳登恪自1919年北京大學文科畢業後，也到法國巴黎留學，家中無力在經濟上支持他們。所以陳寅恪在德國的留學生活是十分艱苦的。陳寅恪的幼女陳美延曾追記道：「父親在德留學期間，官費停寄，經濟來源斷絕，父親仍堅持學習。每天一早買少量最便宜麵包，即去圖書館度過一天，常常整日沒正式進餐。」由於德國人不喜歡食豬內臟，所以豬內臟特別便宜。據楊步偉、趙元任回憶，陳寅恪是苦學生，上飯館吃飯，為了省錢，每次總是要最便宜的炒腰花。還有一次，他和俞大維請趙元任夫婦看歌劇，把他們夫婦兩人送到劇院門口就要走，陳寅恪解釋說：「我們兩個人只有這點錢，不夠再買自己的票了，若要自己也去看，就要好幾天吃乾麵包。」
即使在這樣艱苦的環境中，陳寅恪也絲毫沒有改變愛書藏書的性格。1923年初，他從一家中國報紙上讀到商務印書館重印日本刻《大藏經》的消息，馬上給國內的妹妹寫信，在信中道出了購書的良苦用心和久在國外不歸的原因。信中說：「我前見中國報紙告白：商務印書館重印日本刻《大藏經》出售，其預約卷約四、五百元。他日恐不易得，即有，恐價亦更貴。不知何處能代我籌借一筆款，為購此書。因我現必需之書甚多，總價約萬金。最要者即西藏文正續藏經兩部，及日本印中文正續《大藏經（——原文無『經』字）》，其他零星字典及西洋類書百種而已。若得不之，則不能求學。我之久在外國，一半因外國圖書館藏有此項書籍。一歸中國，非但不能再研究，並將初著手之學亦棄之矣。我現欲籌得一宗巨款購書，購就即歸國。此款此時何能得，只可空想，豈不可憐。……西藏文藏經，多龍樹馬鳴著作而中國未譯者。即已譯者，亦可對勘異同。我今學藏文甚有興趣，因藏文與中文系同一系文字，如梵文之與希臘、拉丁及英、俄、德、法之同屬一系。以此之故，音韻訓詁上，大有發明。因藏文數千年已用梵音字母拼寫，其變遷源流，較中文為明顯。如以西洋語言科學之法，為中藏文比較之學，則成效當較乾嘉諸老，更上一層。然此非我所注意也。我所注意者有二：一歷史，唐史、西夏、西藏即吐蕃藏文之關係不待言；一佛教，大乘經典，印度極少，新疆出書者亦零碎。及小乘律之類，與佛教史有關者甚多，中國所譯，又頗難解。我偶取《金剛經》對勘一過，其註解自晉唐起至俞曲園止，其間數十百家，誤解不知其數。我以為除印度、西域、外國人外，中國人則晉朝唐朝和尚能通梵文，當能得正確之解，其餘多是望文生義，不足道也。隋智者大師天台宗之祖師，其解『悉檀』二字，錯得可笑。好在台宗乃儒家五經正義二疏之體，說佛經與禪宗之自成一派，與印度無關者相同，亦不要緊也。禪宗自謂由迦葉傳心，系據《護法因緣傳》。現此