小亞細亞日趨惡化的局勢並不是阿萊克修斯·科穆寧唯一必須處理的問題。就在第一次十字軍東征前夕，君士坦丁堡內部炸開了鍋。與突厥人的對抗毫無斬獲，這導致人們開始嚴重質疑皇帝的判斷力和行事能力。隨著更嚴重的威脅來臨（諾曼人再次攻入巴爾幹半島內陸，塞族人則在西北邊境頻頻騷擾），阿萊克修斯的統治逐漸癱瘓。1095年，在他遣送使節向教皇求救之時，危機已經變得一觸即發。皇帝面臨的是一場幾乎得到拜占庭所有精英支持的叛亂，高級官員、譯員、貴族，乃至阿萊克修斯的一些至親都起來反抗他，其中還包括許多曾幫他獲得權力的人。一條導致阿萊克修斯向西方尋求幫助的衰亡曲線就這樣要命地延續著。
一旦小亞細亞的局勢開始惡化，君士坦丁堡內部給皇帝施加的壓力也就隨之增大。在突厥人於1090年至1091年間取得第一波進展後，阿萊克修斯就已經在都城內受到各方的猛烈抨擊。在安條克牧首奧克斯特的約翰看來，皇帝已經不值得信賴了。牧首的指責基於無可辯駁的事實：11世紀90年代無休止的戰爭沒取得任何成效，而軍事上的挫敗更是帶來了深重的苦難。 阿萊克修斯在統治之初就建立起了一個金色統治圈，被排除在外的人們早已有諸多不滿。一位拜占庭人稱，他總是急切地想要提升本家族的地位，還賜予他們大量財富：「對他的親戚和為他服務的人們，（阿萊克修斯）分配的公共財富車載斗量。他們得到豐厚的年俸，擁有驚人的財富，他們的隨從、儀仗根本不是普通人能享有的，而是為帝王準備的；他們的宅邸豪闊如一座城池，在奢華程度上完全不遜色於皇宮殿宇。」而對其他的貴族，他卻沒有表現出這樣的慷慨。
皇帝對其家族成員的青睞表現在很多方面。阿萊克修斯的二姐夫尼基弗魯斯·梅里森諾斯（Nikephoros Melissennos）享有重要城市塞薩洛尼基（Thessaloniki）的稅收作為俸金，而皇帝的弟弟阿德里安則在1084年開始擁有卡桑德拉半島的財政收入。 在這段時期里，皇族家庭的成員們建造或供養了大量修道院，比如皇太后安娜·達拉塞娜建造了救世主全見教堂（Saviour Paes Church）和修道院，阿萊克修斯之子艾薩克·科穆寧建造了聖母修道院（Kosmoteira monastery of the mother of God）。這些都表明，雖然當時經濟狀況非常緊張，但與皇帝親近的人們手中卻都掌握著相當龐大的可支配財富。
拜占庭帝國中許多最為重要而敏感的位置都交給了皇帝的近親們。迪拉基翁是帝國西部領土上最為重要的城鎮之一，而這個總督區先後交給了皇帝的兩位姻親，先是他的連襟喬治·帕萊奧羅格斯（Gee Palaiologos），然後是他的大舅子約翰·都卡斯，最後又交到了他最年長的外甥手中。 皇帝的兩個弟弟阿德里安·科穆寧和尼基弗魯斯·科穆寧（Nikephoros Komnenos）分別被任命為陸軍統帥和海軍統帥。他們的哥哥艾薩克則成為拜占庭的主要政策推行者，並負有壓制君士坦丁堡內異見分子的特別使命。皇帝母系的一個表兄弟，君士坦丁·達拉森諾斯，則在11世紀80年代被委以從突厥人手中收復錫諾普城的重任，之後又擔任對抗察卡和負責小亞細亞沿海地區軍事行動的海軍總指揮。 其他親友也同樣在阿萊克修斯當政時期的拜占庭帝國中擁有極高的封號和地位。
皇帝對家族的倚重影響了後世對他的評價。後來的人們認為，這種權力的集中在拜占庭帝國內培育出了一種新的統治體系，由皇帝的核心親友組成的小規模利益集團代替了有廣泛基礎的公共治理系統。 不過，雖然這些跡象讓我們很容易就認為阿萊克修斯只把自己的統治權威託付於血親和姻親們，但事實上他所得到的支持來自比通常設想的廣泛得多的群體。
例如，在阿萊克修斯統治的前15年中，也有眾多他的表兄弟、侄子、侄女和姻親們並沒有獲得重用，也沒有享有很高的地位或級別。 而很多新政權的獲益者與皇帝並沒有什麼親戚關係。比如格里高利·帕蔻里昂諾斯（Gregory Pakourianos）出身於喬治亞一個顯貴家庭，1081年時被任命為帝國軍隊統帥。 11世紀80年代中期在軍中備受重用的君士坦丁·奧博斯（stantine Opos）也同樣與科穆寧家族沒什麼血緣關係。 最為顯著的例子當屬利奧·科法拉斯（Leo Kephalas）。1083年，重鎮拉里薩（Larissa） 遭諾曼人圍城，戰況慘烈，據說城中居民不得不相食為生。而當時拉里薩的總督就是利奧·科法拉斯。 此後，在突厥人肆虐時期，他又被任命為小亞細亞西部城鎮阿拜多斯（Abydos） 的指揮官。他的能力和忠誠使得他的地位在科穆寧統治時期迅速上升。11世紀80年代，他先後獲得一系列村莊和其他領土作為封地，還獲得了多項免稅權，並最終獲准可由子孫後代繼承他所積累的身家。
為皇帝服務而飛黃騰達的「半蠻族」（Mixobarbaroi） ，如莫納斯特拉斯（Monastras） 和奎扎斯（Quzas），也都得到了阿萊克修斯的信賴。一些西方人也是如此。就比如皇帝的死敵羅貝爾·吉斯卡爾的外甥君士坦丁·於貝托波洛（stantine Humbertopoulos） ，還有彼得·阿里法斯（Peter Aliphas）。在諾曼人於1081年至1083年對帝國領土發動的進攻中，彼得雖然起了很大作用，甚至在作戰中差點兒殺了阿萊克修斯，但最後卻成為備受皇帝信賴的左右手。 此外，皇帝還親自安排為他的突厥盟友受洗，並讓他們進入元老院任職。
因此，在科穆寧統治時期受益的不僅是皇族成員。總有人源源不斷地前來君士坦丁堡，以各種方式向阿萊克修斯尋求赦免、免稅權、封賞或青睞——比如曼努埃爾·斯特拉波羅馬諾斯（Maraboromanos）就寫了好多篇天花亂墜的頌文獻上，目的是拿回之前家族被罰沒的土地。 但是，並不是所有這些請求都會得到禮貌的對待，有時候，虔誠的皇帝甚至對來到君士坦丁堡請願的僧侶們也會失去耐心。「我真想撕爛他們的鼻孔，」他在給牧首尼古拉三世的信中寫道，「然後把他們都趕回家，這樣其他的僧侶就該知道帝國是怎麼看待他們那些事情的了。」
阿萊克修斯統治拜占庭的關鍵手段，並不是把權力集中在科穆寧家族及其支持者手中，而是皇帝個人從統治之初便開始對國家機器進行牢固的掌控。阿萊克修斯堅持親自製定政策、任免人事、決定賞罰。他的這種對軍事、民事甚至神權事務的密切掌控，與其眾多前任的統治風格形成了鮮明對比，而正是這種掌控使得他能夠按照自己的意願來塑造拜占庭帝國。
無論是家族成員或其他人，皇帝只提升那些讓自己覺得舒服的人，而其他的拜占庭貴族則發現自己被排除在有影響力的權勢圈之外。被排斥而引發的問題比單純的失去地位更加尖銳。帝國社會的基礎是向在君士坦丁堡和各行省中享有地位的人分配年俸，大量的資金從中央分發到管理民事和軍事的一眾官員手中。所以一旦這個體系有所改變，對既得利益者造成的影響不只是失去地位，還有更加實際的經濟損失。事實上，阿萊克修斯的前任尼基弗魯斯三世·伯塔奈亞迪斯（Nikephoros III Botaes）就曾為了節省開支而首開削減俸金的先例。但阿萊克修斯的力度更大，為了減少支出，提振危機重重的經濟，他減少或乾脆就延遲支付俸金，這樣的舉措註定是不受歡迎的。對於被控謀反的高級官員，他們的財產被沒收，這也引起了很大的反彈。皇帝還用純度降低的貨幣支付政府費用，卻只收取高純度貨幣作為賦稅，這些政策進一步惡化了局勢。
阿萊克修斯之所以採取以上種種措施，實在是因為對抗各路惡鄰所需的軍費開支太過龐大。自1081年後的十幾年間，軍隊幾乎無休止地處於戰鬥狀態，薪金、軍備和給養的花費實在不菲。戰爭的成本也是高昂的，由於人力都被調走，從事農業生產的人減少，造成農業產出下降，帝國稅收減少，農產品價格上升。然而，付給佩切涅格人和蘇丹的貢賦還需要募資，皇帝採取的其他改善自身處境的舉措同樣要花錢。另外，與德意志亨利四世為對抗諾曼人而搞的結盟代價更是巨大：拜占庭方面答應支付高達36萬金幣的巨資，而且還註明不能用新鑄（純度被大量稀釋的）貨幣支付，而只能用純度極高的舊幣來支付。
為了增加國庫收入，阿萊克修斯無所不用其極。1082年，他發誓絕不會再拿教堂的財物，因為他之前曾用這種方式來籌集軍費，用以對抗攻克了迪拉基翁的諾曼人。可是三年後，他又故技重施。阿萊克修斯因為毀約遭到了嚴厲的批評，以演說家迦克墩主教為首的一批人大肆貶低他的人品，就連安娜·科穆寧娜也對自己的父親流露出微詞，說他「不能精