第一次十字軍東征塑造了歐洲。它確立了歐洲騎士階層與基督教信仰牢牢結合在一起的身份認同；它影響了他們的行為模式，虔誠與為主服務逐漸成為被高度推崇的個人品質，在詩篇、頌文、歌曲和藝術作品中廣為傳頌；它形成了為上帝而戰的虔誠騎士這樣一種理想觀念；它將教皇確立為在精神領域和政治領域都具有重要性的領袖；它賦予了西方一眾公國共同的立國基準，創造了一個評價框架，使保衛教會不僅是一種意願，更成為一種責任。從第一次十字軍東征中生髮出的塑造歐洲的種種觀念和結構，一直延續到宗教改革前夕。
具有諷刺意味的是，第一次十字軍東征自身卻是分裂與無序的產物。因為11世紀下半葉，歐洲動蕩不安，危機頻發。當時，整塊歐洲大陸都處於徵服與叛亂的時代。英格蘭此前好不容易才抵制住了來自斯堪的納維亞的長期攻勢，這時正被諾曼人佔領。阿普利亞、卡拉布里亞和西西里也因來自諾曼底的移民湧入而發生著變化。首先來的是僱傭兵，然後是各種被南方提供的豐厚物質回報吸引來的碰運氣的人們。西班牙正處於轉折時刻。在統治這個半島長達三個多世紀後，這裡的穆斯林佔領者從一個又一個城鎮被驅趕走。德意志也騷動不安著，起而反抗皇室的大規模叛亂隔三岔五就爆發。與此同時，拜占庭帝國承受著日益累積起來的沉重壓力，其北方、東方和西方邊界都受到威脅，日益張牙舞爪的鄰人們不斷突破邊界，長驅直入。
11世紀還是教廷與歐洲的大權貴們激烈衝突的世紀，時不時就有君王遭受絕罰，有時雙方會和解，但到頭來只是為下一次絕罰令做鋪墊。這一時期幾乎所有的重要人物——德意志的亨利四世、法蘭西的菲利普一世、英格蘭的哈羅德國王、拜占庭皇帝阿萊克修斯一世·科穆寧以及諾曼公爵羅貝爾·吉斯卡爾（Ruiscard）都至少遭教廷絕罰過一次，而這是教廷為強調自身對世俗世界擁有的權威所做的一部分努力。
教會內部的分歧巨大，以致到了11世紀末竟然出現了教皇並立的態勢，每位教皇都聲稱自己才是聖彼得之位的合法繼承人，而且都得到了自封為正統的一派教士的支持。還有拜占庭的教會，它所遵循的行為標準和正統教義都與西方大相徑庭，此時正與西方教會處於大分裂的狀態。但在當時，一場最為持久、也是對歐洲和諧統一造成最大威脅的爭端，已經對教會整體的活力造成了巨大的影響：教皇格列高利七世與當時歐洲最有權勢的德意志亨利四世之間的關係嚴重惡化。亨利的先人已經確立了對義大利北部的統治，並在10世紀60年代成功地成為羅馬的皇帝。所以，他們也一直密切關注著身在此處的教廷，保留著教皇選舉的投票權。1073年4月，格列高利七世剛被任命為教皇時，他與亨利四世的關係發展趨勢還不錯，格列高利七世被他說成是「一位宗教虔誠的人，精通（聖俗）兩界知識，對公平與公正最為積極的熱愛者，不畏艱難困苦……令人尊敬，謙和親切，頭腦清醒，樸素貞潔，熱情好客」。 教皇對皇帝在自己當選後發出的信息也很上心。他向自己的支持者這樣寫道：「亨利發來的信息充滿著愉悅與順服，就我們記得的來看，不論是他還是他的前任們都不曾向羅馬教皇這樣表過態。」
可是，沒過多久，兩人的關係就開始惡化。在成為教皇之前，格列高利七世就是個堅定的教會改革行動派，希望更有效地將權力集中到羅馬教皇手中。改革中最令眾人關注的是由誰來任命教會中的高階職位。此前這些職位一般都會被售賣出去，其形式充其量相當於一種有組織的腐敗行為。有些高階職位能帶來豐厚的俸金，還有影響力和權威，這就讓它們成為一種非常讓人嚮往的獎賞——成為有權勢的統治者分發給擁躉的極有價值的賞賜。
而格列高利七世禁止售賣宗教聖職，並強調只有他才擁有任命這些職務的權力。他的這種改革嘗試使其站到了與亨利對抗的一面，因為亨利非常不願意教皇干涉德意志教會的事務。到1076年時，雙方的關係已經瀕臨破裂，教皇於是頒布絕罰令，將亨利驅逐出教，他說：「我代表全能的主，聖父、聖子和聖靈，經由您的力量和權威，我拒絕（承認）亨利國王（為我教中人），因為他在對待您的教會、管理全部德意志人及義大利王國時所表現的驕縱自滿簡直聞所未聞，我解除所有基督徒遵守對他許下的或將要許下諾言的義務，並禁止任何人尊奉他為國王。」
毫不令人驚訝的是，此舉加劇了當時緊張的局面。亨利的支持者們稱教皇是一名罪犯，忠於德意志王室的主教們又轉而對教皇施以絕罰 令。 雖然兩人曾於11世紀70年代末短暫和解，但教皇經人遊說後，又開始支持在德意志對抗並試圖廢黜皇帝的強大反對派，於是兩人的關係再次破裂，此後再也沒能修復。格列高利七世公開對其中一位皇位競爭者表示讚賞，稱他謙和順服，熱愛真理，與亨利的驕傲自大、桀驁欺瞞形成鮮明對比，這之後，亨利四世皇帝採取了激烈的回應措施。
1080年6月，德意志和義大利北部的主教們接到傳召，到布里克森（Brixen） 參加一次大公會議。會上有人提議，應以武力將格列高利七世驅逐出羅馬，並選出一位「正統的」教皇取而代之。於是，拉文那（Ravenna）大主教威伯特（Wibert）被任命為待任教皇，他的加冕儀式定於次年春天在羅馬舉行。 亨利四世先是被德意志境內發生的叛亂拖延了些時間，等事情解決之後，他終於進軍義大利，逼近羅馬並最終於1084年攻下了這座城市。威伯特即刻在聖彼得大教堂加冕為教皇克萊芒三世（Clement III）。一個星期後，亨利四世自己又被加冕為羅馬皇帝。「我得到了教皇克萊芒（三世）的正式任命，」他寫道，「並在神聖的復活節那天得到所有羅馬人的同意，在所有羅馬人民的喜悅歡呼聲中加冕為帝。」
克萊芒三世被立為敵教皇（rival pope） ，他聲稱自己是聖彼得之位的真正繼承人，還得到一群高級教士的支持，這產生了要將羅馬教會分裂為二的威脅。儘管格列高利七世本人在拉特蘭宮避難，後來又逃出羅馬去了薩勒諾，並最終於1085年在那裡以流亡之身過世，但教廷仍然籠罩在不確定與混亂疑惑的氛圍中。過了近一年，格列高利七世的繼承人才被選出來，而且即使到此時他已經被提名成為維克多三世（Victor III），還是多多少少依靠武力才成功上位。可他在任還不到18個月就去世了，新的選舉又得舉行，這催生了新的爭鬥與騷亂。1088年3月，奧斯蒂亞紅衣主教奧多（Odo）被提名為教皇，取封號為烏爾班二世。然而，他在亨利四世治下的德意志和北義大利並沒有得到承認。教會仍然處於混亂無序之中。
在接下來的數年裡，西方教會的分裂態勢並沒有彌合的跡象。1095年克萊蒙大公會議召開之前的十年間，處於強勢地位的不是烏爾班二世，而是克萊芒三世。畢竟烏爾班二世在繼位後的最初幾年裡連羅馬的城牆都進不去，甚至連他的選舉儀式都是在遠離「永恆之城」的泰拉奇納（Terraa）舉行的。因為羅馬還牢牢地由忠於亨利四世的軍隊控制著。儘管烏爾班二世在1089年得以短暫地進入羅馬城，舉行了一場慶祝遊行、一次加冕彌撒，還發布了一份教皇通諭，但他很快又撤走了，沒敢冒險在城中停留更長時間。 1091年和1092年聖誕節，他再次返回羅馬，卻被迫在城外紮營，無法履行教皇最基本的職責，包括在聖彼得大教堂主持彌撒。
在烏爾班二世剛當選的時候，如果誰說他能打動並激勵歐洲的基督教騎士們奮然拿起武器，遠征耶路撒冷，肯定會被當成笑話。儘管教皇密切關注著西班牙的局勢發展，也注意到基督教勢力屢有斬獲，而伊斯蘭勢力不斷遭受損失，但他除了送去熱情洋溢的表示支持和鼓勵的信件外，其他什麼也做不了。 考慮到烏爾班二世在歐洲本土所處的窘境，儘管他對東方虔信者們命運的關注或許發自內心，但在當時的環境下卻顯得無足重輕，也不會有什麼影響力，畢竟他自己都還在苦苦掙扎著，希望在羅馬多召集些支持者，歐洲其他地方的支持就更成問題了。
與此相反，克萊芒三世卻始終不懈地在強化自己作為天主教會真正領袖的地位。11世紀80年代末，他曾發出一批信件給坎特伯雷大主教蘭弗蘭克（Lanfranc），邀請蘭弗蘭克前來羅馬，送來給教皇的獻金 ，並提出願意幫忙調解英格蘭的爭端。他還敦促英格蘭國王和主教們向羅馬教會提供幫助。 此外，克萊芒三世還與塞爾維亞人聯繫，認可了他們的聖職任命，還送了一件特別的聖職法衣 給安提巴里（Antivari） 大主教。 他還與基輔（中世紀基輔羅斯公國的首都）的教會領袖接觸，發出表示善意的信息。 他的言行舉止恰如教皇所應該做的：不請自來地經常聯繫基督教世界中的重要人物，並給予建議和支持。在當時看來，能發表1095年前後那樣的演說，並贏得或可將教會重新融為一體的