江戶幕府滅亡後，日本在經歷了700年的二元政治後重新建立了以天皇為核心的國家政府，而皇宮本身也因京都在禁門之變時大部遭到焚毀而遷至江戶，並改名為東京。不過此時各藩國仍然雄霸一方，新政府本身也只是由薩摩、長州、土佐、肥前以及其餘幾個倒幕主力藩國組成的烏合之眾，很多政府要員仍然有著十分濃重的藩國思想，在處理國家事務時依舊以藩國利益為優先考慮因素。木戶孝允和大久保利通已經認清，如果想要樹立新政府和天皇的權威，僅憑藩國的效忠是完全不夠的。為此，新政治體系下藩國也被取消，而改編為縣。出於說服藩主大名等考慮，最初絕大部分縣均由原藩主直接領導。自此，明治維新的大幕全面拉開了，日本無論是政治、軍事還是經濟、工業均開始全面西化，到1889年《大日本帝國憲法》頒布時，日本正式從一個二元政治的封建國家成為了君主立憲制的近代國家。
為消除封建制度的基礎，新政府在1876年8月頒布《廢刀令》，禁止武士在公開場合下佩戴武士刀，而且剝奪了武士的世襲俸祿，武士這一階級也隨之消失。雖然政府同時也為這些人發放了一筆補償金，但數百年來以經商為恥的武士們很快便走向了破產，而且也並不願意與農民或工人為伍以體力勞動獲得收入。在此之前的1872年12月，明治政府便下令解散藩兵，改為實行徵兵制組建國家軍隊，為其配發統一的制服、武器，進行統一訓練，完成了軍隊的國家化。在此過程中，日本全國的軍隊總人數大為下降，如薩摩藩原有16000名藩兵，而編入新政府軍的僅有4000餘人，其餘全部遭到裁撤。這就使更多的人口被解放出來，可以從事生產，不再專事消耗。而由於全國軍隊現已全部置於統一指揮之下，其可應付的戰爭規模反而更大了。
在「四民（士、農、工、商）平等」新政策的影響下，由於武士喪失了賴以謀生的世襲軍人地位，日本各地很快便爆發了士族叛亂。1876年12月，熊本縣（熊本藩）、福岡縣（福岡藩）、山口縣（長州藩）均爆發了武力暴亂，新政府不得不以武力進行鎮壓。到次年2月，此前下野返回鹿兒島的西鄉隆盛也被推舉為薩摩士族領袖，率領薩摩地區的12000名武士起兵，此後九州各地的暴亂武士紛紛加入西鄉麾下，薩軍部隊最多時曾達到了3萬餘人。不過對西鄉十分不利的是，薩軍本身並無一個明確的作戰目標，雖然部隊以「上京質問天皇」作為戰鬥動力，但事實上這是一個根本無法完成的目標。不過既然以此作為行動名義，西鄉也只能在留下了3000人圍攻熊本城後向下關海峽進軍，試圖從此進入本州島。
對於剛剛完成改組的新政府軍而言，這場被稱為西南戰爭的暴亂成為了其面臨的首次考驗。叛亂爆發後，政府派出了有栖川宮熾仁親王、山縣有朋、黑田清隆率領的兩個旅團平叛，其後兵力又增加到了8個旅團，並為其配屬了6個炮兵大隊、1個工兵大隊，總人數接近6萬人，同時海軍也派出了多達19艘戰艦前往九州。2月25日，政府軍與北上中的薩摩軍發生交戰，並將對方擊退。在此後的3月間，雙方多次交戰，薩摩軍一再遭到失敗。3月中旬，政府軍又派出一支部隊在熊本以南的地區進行了登陸，對薩摩軍的後方以及熊本城包圍圈形成了嚴重威脅。一個月後，西鄉只得放棄熊本城，並開始向薩摩撤退。政府軍此後逐步推進，不過直到9月24日才攻破鹿兒島，將薩摩軍徹底擊潰，西鄉本人則在中彈後自殺身亡。
自平安時代末期武士階級崛起到西南戰爭中最後一支以武士組成的軍隊敗於明治政府軍，屬於日本武士的時代在19世紀末宣告結束。從最初的朝廷走狗到封建統治，最後又親手推翻了武家政權，武士塑造了日本的全部中世和近世歷史。
日本的地理被隔絕在了亞洲大陸以外，但與歐洲的英國相反，其所面對的大陸並非像歐洲一樣四分五裂、互相征伐，而是在近代之前始終在整個世界首屈一指的中國。這使武士們在長達700年的統治中均被封堵在日本列島之上，不僅不能像英國一樣制約、攝取大陸的利益，反而大陸的任何對外政策變化，都能夠影響日本安危。
約翰·富勒曾評價近代日本為「工業生產過剩，但糧食卻不夠用」。而對於近代之前的日本，糧食不夠用是必然之事，就連工業生產也根本不存在，全國唯一有剩餘的資源便只有人力。在此之下，對於有限土地、權力的爭奪便使日本經常性地陷入動輒數十年，甚至綿延百年的戰亂。在鎌倉後期和整個室町時期的戰亂之後，同樣的原因使豐臣秀吉即使坐擁凌駕全國的軍隊，卻還是無法讓不安的大名們偃旗息鼓，最終只能對大陸發動戰爭，而一旦失敗之後，其政權便迅速倒塌了。直到江戶時代，德川幕府才終於通過不斷削弱大名，用最強硬的手段將全國戰亂壓平了。
在明治維新的大幕拉開之後，日本脫去了古老的外衣，乘上了蒸汽的戰艦。日元取代大米，藩國成為財團，議會推翻幕府。但過去數百年的陰影卻仍然籠罩在整個日本列島之上：政閥與財閥仍像幕府、大名一般壟斷著帝國的國策，工業原料和農業的不足再次使日本陷入不安之中。而這一次，東亞已經不再擁有能夠阻擋日本人登上大陸的強權了，這引導著日本走上了窮兵黷武的近代軍國道路，並終於一敗塗地，將整個日本帶回了平安時代之前的原點。
第二次世界大戰後，經過重建的日本終於在徹底開放的全球貿易中尋找到了無需武力仍可獲得利潤的途徑。但美國卻並沒有在太平洋摧毀日本的國體，甚至政閥、財閥這些現代「大名」們還仍然擁有著巨大的權力。他們似乎只將海外貿易當作賺取利潤的手段，戰敗國的地位也使他們只能如此，而不能像美國、中國一樣利用貿易在全球奪取權力。可它半是自願、半是被迫的半鎖國政策，也終於逐漸窒息了國家的發展。當20世紀90年代到來時，日本的經濟發展陷入停頓。就如同無法分得足夠耕地的武士一樣，財閥、政閥們不斷地推翻著一屆又一屆的內閣和首相，卻仍然無法改變經濟的停滯。在內部的如此重壓之下，日本又將會走向何方？