在征服琉球之後，幕府突然下令諸大名不得再建造或保有載重量超過500石以上的船隻，開始實行海禁。不過由於幕府與荷蘭正式建交，並允許後者在九州的平戶開設商館，因此日本在與中國恢複貿易的交涉失敗後也並沒有完全鎖國，家康本人甚至還鼓勵各大名與荷蘭、英國進行貿易。由於豐臣秀吉的禁教令因無法將對外貿易與宗教剝離而遭到失敗，這也使家康在接管日本政權後便一直在尋求對貿易和宗教進行切割分離的手段，而與荷蘭的正式建交終於使家康找到了辦法。
在信長和秀吉政權時期，日本與西班牙和葡萄牙進行的貿易中摻雜著大量歐洲傳教士。而在與荷蘭進行貿易時，後者卻並沒有將宗教過多融入貿易之中，這就使家康決心在1612年和1613年連續兩次發布禁教令，開始對基督徒進行大規模鎮壓甚至屠殺。到以實行鐵腕統治聞名的德川家光時期，幕府壟斷了全部的日荷貿易利潤，並在因過高稅收和屠殺教徒雙重原因導致的島原之亂後開始實行徹底的鎖國政策，禁止日本人走出西至對馬、南至琉球、北至蝦夷的地區，除荷蘭以外禁止歐洲一切國家與日本進行貿易，而居住在日本的荷蘭人也被全部遷居到了長崎，其餘國籍的歐洲人則更是被統一驅逐出境。除此以外，僅有朝鮮和中國商人仍在與日本進行著非正式的貿易。
作為江戶幕府初期最大規模的暴亂，島原之亂原本並非因宗教原因而起，而是因為幕府強加給島原藩的重稅。1634年至1637年間，由於九州的島原地區連續多年發生天災，幕府卻並沒有減少對島原藩所要求的稅收，島原藩主松倉重政只得採取嚴刑峻法，逼迫農民繳納他們無法負擔的賦稅，再加上此前松倉因禁教令而對基督教徒進行了殘忍屠殺，最終導致島原地區的農民發生起義暴動。起義的領導人則是原先小西行長的家臣益田好次之子益田時貞，後改名為天草四郎。
在篤信基督教的小西行長影響下，天草四郎也同樣信奉基督，並在起義軍中宣揚基督教中人人平等的思想。到1637年10月20日時，起義軍已經包圍了島原城。7天之後，天草群島也爆發了起義，甚至還在11月14日擊敗了唐津藩的鎮壓軍隊。德川家光震怒之下命令自己的部下板倉重昌前往九州，將附近各藩軍隊集結起來鎮壓起義軍。到1637年12月，幕府已在島原附近集中了將近12萬人的部隊，而島原和天草兩地起義軍雖然已經會合到了一起，但人數也僅有3萬人左右，而且其中很大一部分人根本沒有戰鬥力。天草四郎只得率領起義軍退守到島原藩南部的廢棄城堡原城，並在原城豎起了十字架振奮士氣。次年新年當天，幕府軍對原城發動攻擊，但卻並沒有在戰鬥中取得優勢，死傷人數多達3900人，甚至連板倉重昌本人都在攻城時戰死了。接替其出任指揮官的松平信綱一直將圍城態勢維持到了2月下旬，才終於在起義軍耗盡補給後於28日攻陷城池，並在城內進行了大規模屠殺。
日本的鎖國態勢自此以後平穩地持續了200餘年時間。在1850年之前，西方列強在歐陸和美洲的爭奪使他們無暇過多顧及亞洲方向。荷蘭人為保證自己獨佔日本的利益，也一直在對其餘國家進入日本加以阻撓。直到19世紀初的拿破崙戰爭時期，荷蘭成為了拿破崙事實上的屬國，才給了英國攻擊荷蘭船隻並切斷其歐亞貿易航線的理由。1814年拿破崙第一次退位後，英國船隻在17世紀後的初步探索後重新回到了太平洋海面上。不過在那之前，俄國人便已經從北方將自己的觸角伸向了東亞。從18世紀30年代起，俄國探險家和商船便開始在日本海域出現，有時甚至還會在幕府管轄較為鬆懈的地區靠岸進行補給或從事地下貿易。
日本方面對此自然不會完全沒有警覺。18世紀80年代，幕府便曾專門商討外國船隻在日本出現時自己該採取何種對策，但並沒有得出具體結論。1808年，幾艘俄國船隻大搖大擺地公然進入江戶灣，要求日本開放同俄國的貿易往來，並為此襲擊了江戶附近的一些村落，試圖逼迫幕府滿足自己的要求。幾乎與此同時，一艘在太平洋地區尋找法國船隻的英國戰艦進入了長崎港，要求日本人為其提供補給。雖然幕府一度對這兩個同時發生的事件焦頭爛額，但不久之後俄國人和英國人便離開了日本。到拿破崙戰爭結束後，荷蘭重新成為獨立國家，恢複了自己在日本的獨佔地位，而英國船隻在日本出現的次數也並不多。
然而這一情況並沒有持續太長時間。19世紀20年代，隨著西方捕鯨業的迅速發展，越來越多的捕鯨船開始出現在西太平洋方向，而日本東北方的海域對他們而言是一塊利潤非常豐厚的捕獵場。這些捕鯨船一旦失事或需要補給便會前往日本，要求幕府為其提供幫助。1824年，水戶藩和薩摩藩便與西方船員發生了兩次衝突，一位薩摩武士甚至拔刀砍傷了對方。由於擔心西方勢力越來越多地進入日本，幕府從18世紀末開始逐漸形成了一種抵制思想，並在1800年正式向各藩下令應擊退或扣押一切試圖在長崎以外地區靠岸的外來船隻。不過後來為避免與西方船隻發生武裝衝突，法令又被改為可以向這些船隻提供給養，但不能允許其進行貿易，並應在最短時間內將其送出國境。在1824年的兩次衝突發生之後，幕府重新轉為強硬，並在次年專門頒布法令要求大名在看到外國船隻到來時必須立刻趕走對方。
1842年，幕府方面得知清帝國在鴉片戰爭中遭到失敗，而荷蘭方面也向幕府發出了警報，聲稱一支英國艦隊正在駛向日本，很可能會向幕府提出進行自由貿易的要求。雖然最終並沒有英國艦隊抵達日本，但幕府方面卻還是對這些情況感到膽戰心驚。對於此時的日本而言，亞洲大陸的中國擁有著高不可攀的實力，如果歐洲人能夠輕易擊敗中國，日本便也無法在戰爭中倖免。水戶藩主德川齊昭在1839年還曾發表過如下看法：
「由於清國擁有十分強大的力量，因此夷人不會對其輕舉妄動……俄國很可能會首先征服日本，然後再征服清國……」
雖然德川齊昭的判斷並不正確，但卻明白地表達出了對歐洲列強征服日本的擔心。在中國失敗後，日本更是岌岌可危。巨大壓力之下，幕府被迫再次改變政策，同意向外國船隻提供補給。此後十年間，雖然一些歐美船隻陸續來到日本，並提出了通商要求，但在幕府新政策的緩衝下並沒有造成衝突。
1846年，幕府又一次面臨危機，法國艦隊突然出現在了琉球，要求與日本進行貿易。而在此之前三年，美國軍艦「哥倫布」號便曾來到江戶，提出通商要求。對幕府而言，琉球和江戶是完全不能相提並論的兩個問題，前者本身只是薩摩藩的屬國，地處偏遠，即使允許法國通商也不會對日本本土造成太大影響，但江戶卻是幕府的核心，一旦答應了美國人的要求，其後果便很可能無法收拾。因此幕府雖然拒絕了美國人，但卻將琉球問題交給了薩摩藩主島津齊興來協調解決，力求在不改變鎖國政策的基礎上與法國達成協議。如果無法達成這一點，那麼便同意開放琉球。幸運的是，法國人並沒有堅持自己的要求，很快便起錨而去，此後七年間西方列強也沒有再來到日本。
事實上，對於英國和法國等歐洲國家而言，雖然以武力強迫日本開國並非難事，但由於日本與歐洲過於遙遠，其出產的物資、商品大多又能夠在中國等地取得，並不值得勞師動眾地出兵壓迫幕府，也沒有必要花費資金在日本維持另一支艦隊來保衛自己的利益。因此只有距離更近的美國和俄國才真正希望打開日本市場。對美國而言，日本是其跨越太平洋進入亞洲大陸的理想跳板，而對俄國而言日本則是擋在其通往太平洋道路上的絆腳石。
此時幕府雖然本心仍希望恢複原先的完全鎖國政策，但卻已經有心無力。「哥倫布」號來到江戶時，其搭載的火炮超過了江戶沿海炮台所有火炮數量的總和，威力上更是佔據著壓倒性優勢，幕府只得好生招待美國船員，直到將其送出日本之前都在小心避免惹出事端。在此之後，幕府雖然已經認清憑現有軍事力量根本無法恢複擊退政策，並開始著手加強各地海防，但由於其軍事科技、戰術以及戰略觀念早已落後於西方，因此其戰備工作也只是白白耗費國力和時間。
在17世紀至19世紀的歐洲戰場，火繩槍逐漸演化成了燧發槍，後來又誕生了線膛槍和後裝步槍，隨著火器威力的逐漸增大，貴族身上穿著的甲胄已經無法再為自己提供保護，反而成為了束縛手腳的負擔。因此除少量胸甲騎兵以外，裝甲已經被完全從軍隊中淘汰了。依靠方陣的衝擊戰術作用也在愈發減小，各國軍隊在戰場上的隊形變得越來越薄，以使其更易發揚火力。刺刀則取代了長矛成為步兵最主要的白刃戰武器。19世紀初的拿破崙戰爭中，法國軍隊又能夠將靈活機動的縱隊和散兵戰術與橫隊配合在一起，同時炮兵無論在野戰還是圍攻戰中都早已成為了決定性力量。到19世紀中葉，隨著線膛槍和後膛槍的普遍採用，步兵甚至已經沒有必要再採取齊射戰術來