在關原會戰結束後，除豐臣家的問題以外，德川家康同時也在面臨著另外一個急需處理的問題，即中日外交的恢複。自秀吉入侵朝鮮以來，中日即處於斷交狀態，而剛剛從戰國時期以及關原會戰走出來的日本急需與外國進行貿易，以重新恢複經濟實力。此外，由於德川家此時已經控制了大部分商業口岸，德川氏也將獲得大筆現金，增強自己的經濟實力，拉大自身與諸大名之間的差距。
碰巧在此之際，一批琉球失事船隻的倖存者於1602年漂流到了日本，家康在通過島津氏將這些人送回琉球的同時，希望以此為契機，通過琉球這一中間角色與明朝重新修好，緩和雙方在朝鮮爆發戰爭所造成的敵對關係，並恢複貿易通商。但由於豐臣秀吉和島津氏在侵朝戰爭期間多次向琉球國提出不合理的要求和恫嚇，因此琉球國王尚寧回絕了日本方面的要求，引起家康的極大不滿。在此之後，德川家康便下定決心，轉而選擇以武力征服琉球，允許一直以來都希望佔領琉球的島津氏對其進行遠征，之後再操縱琉球傀儡朝廷調停中日關係。
此外，另一個原因也在家康決定征服琉球的過程中起到了決定性作用。其中第一個原因來自遙遠的歐洲。1571年，西班牙佔領了菲律賓群島，隨後便以此為基地開始在西太平洋地區擴張勢力。自此之後，不少西班牙傳教士進入日本，並開始與日本通商，西方文化和基督教的影響力也與日俱增。為限制基督教的發展，豐臣秀吉曾在1587年頒布了《驅逐傳教士令》，但卻依舊允許通商，導致基督教屢禁不絕。德川幕府早期，基督教的傳播在日本雖然遠未成熟，但其教義思想卻影響到了幕府統治的根基。家康認為如果能夠將琉球諸島控制在自己手中，必將大大削弱菲律賓西班牙殖民地對日本本土的影響。
在日本史料中，「琉球」這一名稱首次出現還要追溯到遙遠的平安時代。當時在1156年保元之亂中與平氏以及自己兄長源義朝作戰失敗的源為朝被流放到了伊豆大島，後因再次起兵對抗朝廷而被剿滅，他本人在自殺時首創了切腹這一形式。但按照琉球王國的官史《中山世鑒》記載，源為朝在失敗後逃亡到了琉球，而在1187年登基的琉球初代國王舜天正是為朝的兒子。雖然這段史料真偽已經難以考證，但這卻成了後來數百年間薩摩島津氏聲稱琉球從屬於自己的根據之一。
1186年，鎌倉幕府的創始人源賴朝將九州島南端的日向、薩摩等地加封給了自己的兒子忠久。由於忠久並非源賴朝的正室北條政子所生，政子對他抱有很大的敵意。可賴朝卻十分疼愛這個孩子，因此將其加封到了遠離鎌倉、京都兩地的九州，免受北條氏排擠。忠久後來以島津作為姓氏，成為了島津氏的創始人，其子孫後代一直將島津氏對薩摩的統治延續到了19世紀明治維新之後。1206年，島津忠久又被加封為十二島地頭，所謂「十二島」便是包括奄美群島在內的琉球群島，而這也是島津氏聲稱對琉球擁有主權的開端。不過，雖然琉球國王舜天可能是源為朝之子，也就是島津忠久的表叔，但這並不能代表琉球王國願意承認自己是日本的一部分。源賴朝任命島津忠久為十二島地頭的書面任命書後來又在一場大火中被燒毀，致使島津家久與琉球王國交涉時空口無憑。雖然一份寫成於1441年的史料中也記載著島津氏擁有著九州島薩摩、日向、大隅三國以及琉球守護的職位，但直到1609年島津家久對琉球王國發動侵略成功後，後者才被迫在投降文書上承認「琉球島自古以來世代從屬薩摩」。
琉球王國本身的歷史也並不平靜。早在1264年，琉球王國便派兵攻佔了沖繩島附近的慶良間島，而與此同時王國的本土沖繩島內部也存在著三位自稱國王的軍閥，分別稱為北山、南山和中山，互相之間時常爆發混戰。這三個國王均向中國明朝納貢，承認自己是明朝屬國，明朝開國皇帝朱元璋還專門派遣造船工匠前往琉球，大大提高了後者的造船水平。1429年，中山的尚巴志王完成了三山統一的大業，將整個沖繩島置於統一政權之下，正式創立了琉球王國。沖繩島的統一也大大增強了琉球對外擴張的能力。1500年，琉球王國出兵對西南方的宮古島發動進攻，並迫使其成為琉球屬國。1509年，琉球派遣46艘戰船和3000人馬進攻八重山群島，並相繼佔領了西表島、石垣島和與那國島。在此期間，由於琉球王國實力不斷增強，位於沖繩島以西的久米島在1507年也主動臣服於琉球國王。
在此期間，島津氏雖然一直聲稱擁有琉球王國的主權，但卻一直沒有對琉球進行任何政治或者軍事干涉。直到琉球王國開始將擴張矛頭從西南轉向東北的奄美群島時，才與島津氏發生衝突——因為奄美群島正是薩摩的一部分，屬於島津氏實際控制範圍之內。1440年，琉球王國攻克了奄美群島中面積最大的大島（即奄美大島）。但這一成功並沒能使琉球人控制住整個奄美群島，奄美群島的原住民在之後很多年裡都在抵抗著琉球的統治，而薩摩島津氏更沒有承認琉球王國對奄美群島的佔領。按照《朝鮮王朝實錄》記載，一批朝鮮人曾在1453年因船隻失事而流落到無人居住的加亞島，由於該島位於奄美群島和薩摩之間，因此他根本無法辨析這個島到底是屬於琉球王國還是薩摩島津氏，只得認為該島是雙方共有領土。後來這批朝鮮人被琉球人帶到了沖繩本土，並參觀了琉球的都城首里，以及琉球軍隊所使用的火器，令他們印象深刻。此外，他們在這裡還聽說琉球與島津雙方依舊在為奄美群島中的喜界島歸屬問題爭執不休，而此時距離琉球攻克大島已經過去了十餘年。
在將倖存者們送回朝鮮數年之後，喜界島爭端依然愈演愈烈。1466年，琉球國王尚德親率2000人馬和50艘戰艦征討喜界島，才終於壓平了當地守軍的反抗。尚德王雖是一位勇武之人，指揮琉球軍隊征服了喜界島、久米島等地，但本人性格暴躁倔強，在國內不得人心。此外，雖然喜界島是自琉球勢力攻入奄美群島以來歷代琉球國王均希望攻克之處，但該島本身既沒有豐富的自然資源，也沒有良港可用，勞師遠征此地對琉球本身並無實際價值。在遠征喜界島三年後，尚德王便撒手人寰，其死因眾說紛紜，但絕大部分人相信他是被自己的重臣謀害。其後琉球國內發生內亂，尚德國王的兩個兒子佐敷王子和浦添王子均在內亂中遭到殺害，並導致琉球第一尚氏王朝滅亡。其後重臣們擁立原來深得尚德之父尚泰王信任的大臣金丸為尚圓王，建立了第二尚氏王朝。
在征服喜界島後，琉球王國在奄美群島地區改為採取守勢，並開始為擊退薩摩島津氏的反撲進行準備。1493年，島津氏曾派出小規模艦隊對大島進行了一次小規模的反擊戰，但很快即被琉球部隊擊退。在16世紀戰國時代進入白熱化之後，島津氏只得將精力集中在九州島的陸上戰爭方向，無暇與琉球爭奪南方諸島。不過奄美群島並未因此變得徹底平靜下來，以大島居民為首的起義力量不滿琉球統治，時常發生暴亂。到1537年時，第二尚氏王朝的第四位國王尚清王不得不組織大軍遠征大島平亂。在1571年，第五代國王尚元王也組織了一次類似的遠征。自此之後，琉球王國再未對奄美群島採取任何攻擊性行動。
在此時的日本方面，島津家對琉球的宗主關係雖然在日本國內名正言順，但其他封地位於九州的大名也曾希望將琉球納入麾下。不過真正將其付諸實施的卻並不是龍造寺氏、秋月氏或者後來的細川氏、加藤氏這些在戰國時期赫赫有名的實力派人物，而是在豐臣政權手下封地僅有一萬石、受德川家康加封后也僅有3萬餘石的龜井茲矩（相比之下，島津家在戰國時代結束後封地超過50萬石）和關原大戰中的敗者宇喜多秀家。
龜井茲矩在1582年曾隨羽柴秀吉（即後來的豐臣秀吉）西征本州島西部的毛利氏領地，在山崎會戰結束後，秀吉慷慨地對給予自己幫助的將領進行加封。龜井茲矩最初希望秀吉能夠將原毛利領地的出雲國加封給自己，但秀吉卻在率軍從中國地區折返時便與毛利輝元達成協議，將出雲國保留給了毛利家。龜井茲矩隨即又表示希望能夠獲封琉球國，秀吉本人也認為這一提議十分有趣。如果龜井茲矩能夠真正地控制住琉球國，秀吉就可以利用他從南面威脅當時還沒有臣服於自己的島津氏。秀吉當即送給龜井一面指揮扇（戰國時日本將領往往用一面扇子指揮軍隊），並在上面書寫了「羽柴筑前守秀吉，六月八日，龜井琉球守殿」字樣，象徵未來必將琉球封給龜井。
在1578年島津家臣服於秀吉後，島津義久通過深受秀吉信任的石田三成向其表示對於將島津家世代擁有宗主權的琉球封給他人的不滿，而秀吉後來也在1591年正式確認了島津氏對於琉球的宗主權。龜井茲矩非但沒有退縮，反而在1591年率領手下部隊乘船出海，準備以武力奪占琉球，將生米煮成熟飯，但卻遭到了島津艦隊的攔截沒能成行。與此同時，無論是豐臣秀吉還是與島津義久交好的石田三成都在忙於入侵朝鮮的準備工