由於在行動前缺乏廣泛的支持，明智光秀雖然成功殺死了信長和信忠，並強迫朝廷冊封自己為征夷大將軍，其後又佔領了山城國和近江國的幾乎全部土地，但卻難以取得更進一步的進展。與自己有著姻親關係的細川氏拒絕合作後，駐紮在近畿以內的中川清秀、高山右近等原本隸屬其指揮的部隊也沒有加入明智光秀，隨著時間的推進，其地位也愈發危險。他本人也已經認清如果自己不能迅速獲得原織田眾將的支持，當柴田勝家或羽柴秀吉等人以討伐叛徒的名義對自己發動進攻時，以明智軍現有兵力很難在交戰中獲得勝利。因此在受封征夷大將軍之後，光秀便向全天下發出檄文，要求各地大名與其合作，但這一行動卻根本沒有得到任何回應，最終他只能在留下明智秀滿駐守安土城抵禦柴田勝家後自行率軍平定近畿。
與此同時，遠在備中高松城與毛利軍對壘的羽柴秀吉截獲了明智光秀的使者。收到信長遭到刺殺的消息之後，秀吉立刻在毛利軍尚不知此事時與其議和，並立刻開始準備返回近畿。在按照議和條件要求高松城主清水宗治切腹後自殺後，秀吉於6月6日率軍回到了姬路城，隨即在將自己的財產分發給手下軍隊後開始迅速返回近畿，並在途中取得了附近地區的織田眾將支持，到11日秀吉抵達尼崎城時，其軍隊人數已經達到了4萬人。
6月13日，明智光秀在大山崎被羽柴秀吉擊得慘敗。明智光秀在試圖逃回坂本城途中被獵殺落難武士以向其對手邀功請賞的百姓殺死。從6月2日凌晨的本能寺之變到6月14日被百姓殺死，光秀以征夷大將軍之職自稱天下人的時間僅延續了12天便宣告結束了。
在山崎會戰中擊敗明智光秀後，羽柴秀吉在短時間內便掃清了明智光秀的全部殘餘力量，成功將近畿地區握在了自己手中，接下來其將要面對的則是一系列政治問題。由於信長和嫡子信忠均已喪命，織田家的命運便被握在了羽柴秀吉、柴田勝家等幾位方面軍司令手中。在這些重臣之中，剛剛擊敗明智光秀的羽柴秀吉無疑是聲望最為顯赫的一位。當柴田勝家、羽柴秀吉、丹羽長秀、池田恆興在清州會面討論織田家應由何人繼承時，柴田勝家在會議上擁戴信長的三子織田信孝，秀吉則以信長早已決定將家督傳給織田信忠為由決定擁立信忠之子，此時年僅三歲的織田秀信。丹羽長秀和池田恆興二人早在山崎會戰時便已接受羽柴秀吉指揮，此時自然也站在了秀吉一邊，使得秀吉最終成功壓倒了勝家，以織田秀信監護人的名義成為了織田氏的實際控制者。
不過在此之後，柴田勝家又與織田信孝以及東海地區的軍團司令瀧川一益結為同盟對抗秀吉，信長的妹妹阿市甚至還在信孝的主持下嫁給了柴田勝家。這樣一來，織田家內部之間的衝突已經無法避免了。1582年12月至1953年7月間，羽柴秀吉進行了兩次卓越的戰役，分別擊敗了織田信孝、柴田勝家和瀧川一益。在這些戰役中，與織田信長一樣，羽柴秀吉也是憑藉著對京都的內線優勢，才能以總數並不佔優的兵力擊敗了東南的瀧川一益、東北的柴田勝家以及東面的織田信孝三人。
柴田勝家戰敗自殺後，秀吉又逼迫織田信孝切腹自裁，瀧川一益則在7月初選擇向秀吉投降。至此，秀吉已經平定了織田氏原有的全部領土，而其周圍的上杉氏、德川氏、長宗我部氏以及毛利氏在此期間卻並沒有對其進行任何干擾。回到京都後，秀吉下令在石山本願寺的原址上建築起一座比安土城更加宏偉壯麗的大坂城。
不過秀吉卻並沒有享受太長的和平，到了1584年，原本支持秀吉的織田信雄又連結德川家康向秀吉宣戰。如果家康在一年以前與瀧川一益同時從東海起兵，很可能便會迫使秀吉無法在東海僅留下一支監視部隊後將主力全部投入到與柴田勝家的決戰中。到了1584年，德川家康和織田信雄便只能單獨面對佔有絕對優勢的羽柴大軍了。
與人數眾多的秀吉相比，德川家康手中此時僅有35000人的可動員兵力，即使加上織田信孝，總兵力也僅有60000人左右。而秀吉的兵力在與所有家臣會合後兵力達到了125000人，是前者的兩倍。但德川家康卻能在小牧山與秀吉對壘達八個月之久，甚至還在4月9日至10日的長久手會戰中取得了一場並無決定性意義的小勝。直到11月，秀吉才終於設法與織田信雄單獨媾和，使德川家康陷入了孤立。一個月後，德川家康將三子德川秀康送給秀吉成為其養子，與羽柴軍媾和，為歷時超過八個月的1584年戰役畫上了句號。
在整場戰役中，雖然秀吉最終還是達成了平定東疆的目的，但卻使德川家康在國內贏得了極大的聲望，一躍成為了除秀吉以外最具影響力的大名。為使家康臣服於自己，秀吉在兩年後主動提出讓自己的妹妹與家康聯姻，其後為促成家康上京覲見宣告臣服，秀吉甚至還暫時將自己的母親交給家康作為人質，保證自己在家康上京時不會暗害後者，才終於使家康來到大坂宣告臣服。
在利用兩年時間徹底解決了東疆危機之後，秀吉終於得以將目光轉向西方，並在1585年和1587年分別擊敗了四國的長宗我部元親和九州的島津義久。
早在1582年擊敗明智光秀之後，秀吉便不斷向朝廷示好，取得了後者的支持。與德川家康講和之後，秀吉曾一度希望天皇加封自己為征夷大將軍，以便自己開設幕府。雖然皇室曾在平安時代末期以源氏從未獲封過此職為借口拒絕過木曾義仲，但現在這一職務卻又因必須與鎌倉幕府具有繼承關係而變成非源氏不可了。由於出身低賤，秀吉甚至無法像德川家康等人一樣偽造家譜聲稱自己是源氏出身，最後只得拜公卿近衛前久為養父，成為了藤原氏的一員，並終於在擊敗長宗我部之後被朝廷任命為代替天皇治理天下的關白，年底又得到了公卿的最高官位太政大臣，並受天皇賜姓豐臣，成為了除源氏、平氏、藤原氏、橘氏以外的第五個皇族姓氏。在那之後，豐臣秀吉向全國所有大名宣布《總無事令》，要求各大名之間未經關白許可不能以武力解決爭端。在經歷了長達百年的戰亂之後，武士的天下終於由一位農民之子統一了。
1590年，豐臣秀吉調動20萬大軍，在一場巨大的圍攻戰中消滅了試圖割據關東的後北條氏。小田原戰役結束後，關東地區的原後北條氏領地被封給了德川家康，使後者的領地增加到了250萬石，成為了除豐臣家以外日本最有實力的大名。德川原有的東海領地則納入了豐臣家的直轄領。通過這一措施，秀吉終於使自己一直忌憚的家康遠離了近畿地區，在軍事上無法再對豐臣政權的核心地帶構成直接威脅。伊達政宗則因為在小田原戰役中遲到而被迫將會津交給了蒲生氏鄉，後者在次年徹底壓平了日本東北地區的一揆勢力。
到1591年時，日本已經完全處於豐臣秀吉一人的統治之下，西起九州、北至蝦夷的全國土地都已經恢複和平。但他很快就發現自己還有很多問題必須解決。早在大約五十年前，來自西班牙和葡萄牙的傳教士便從九州進入了日本。到1587年秀吉遠征九州時，雖然基督教勢力在秀吉的戰略核心近畿並沒有發展起來，但在九州卻已經形成了一股巨大的力量，信徒已經達到了20萬人之巨，而且手中還掌握著一座開放港長崎。九州征伐結束後不久，秀吉便將長崎劃入了自己的控制範圍，並宣布驅逐來自伊比利亞半島的傳教士。不過與此同時，為了賺取大量稅收，他也允許歐洲商人繼續與日本進行貿易，並鼓勵日本商人前往菲律賓等地經商。
為將全國的稅收以及兵役制度精確化，秀吉從1582年起便開始在自己的領地內進行檢地，即丈量農田面積，估算糧食產量。在征服整個日本後，又將這一政策推廣到了其餘大名的領地。在穩定了農業經濟基礎的同時，秀吉對於京都、堺町以及九州博多等地區的商業也採取了刺激和支持手段，將這些地區緊緊握在了自己手中，使其成為他的另一大經濟來源。此外，全日本的主要金礦也被秀吉掌握了。
在這些巨資來源的支持下，秀吉重新修繕了天皇的宮殿以及公卿的宅邸、寺院以及神社，並經常向天皇進獻金銀珠寶，使朝廷對於自己的支持與日俱增，穩定了自己權力的基礎。確立自己在皇室中影響力和地位的同時，豐臣政權也在致力於控制社會底層的農民力量。1588年，秀吉頒布了刀狩令，宣布嚴格禁止農民保有刀劍、長弓、長矛或者鐵炮等任何類型的武器。通過收繳農民武器的行動，秀吉事實上強化了信長所推行的兵農分離制度，並藉此徹底毀滅了一向宗起義的軍事基礎。
到1592年時，豐臣秀吉已經建立了一個和平而秩序井然的日本，但國內大名們卻並沒有安定下來。在豐臣秀吉之前，織田信長為了避免大名依然佔有自己的領土，不惜花費大量時間和鮮血來執行消滅政策，試圖將日本所有土地全部劃入織田氏名下，以避免日本統一後再生戰亂。而秀吉卻與之完全相反，這位關白對於願意臣服於他的大名，都一律加以寬赦，使他們保留至少一部分的原有領