自平治之亂後，源氏一族幾乎全部喪失了立足之地。但是，仍有唯一的例外，那就是在平治之亂時擁有300騎兵力卻並沒有加入任何一方的源賴政。1178年，賴政被清盛推上正三位，成為源氏的第一位公卿。當時賴政已經75歲，誰也不會想到他還有舉兵反對平氏的念頭。然而，賴政暗中卻接近後白河法皇的三皇子以仁王，鼓吹後者利用皇室權威，反對大權獨攬的平氏。同時，賴政也召喚關東的源氏一族倖存者再次舉兵。到1180年4月9日，以仁王終於下定決心，下旨推翻清盛一族，旨令則由源義朝最小的弟弟源義盛傳達到全國。
源賴政在舉兵之後的行動卻極為混亂。最初他把以仁王安置在延曆寺方面，但寺院卻倒向了平氏，源賴政只好慌忙地去尋找更安全的地方。二人在此期間甚至根本沒有計畫離開京都，反而指望東國武士能夠像平治之亂和保元之亂時那樣，在戰鬥開始之前就能趕到京都——而這在源氏已經崩潰的情況下是根本不可能的。
雖然平清盛根本沒有想到源賴政的行動，因而在很長一段時間之內都沒能察覺舉兵的主謀。但即使是平氏得知詳情之後，源賴政也沒有立刻將以仁王立刻帶離近畿，反而將其轉移到了到京都東北的園城寺避難，他本人則放火燒了自己的宅邸，和一族郎黨逃出京都。相反，平氏雖然在政治上受到了奇襲，卻能夠迅速取得延曆寺、園城寺等的支持，在短短數日內便確保了京都附近的安全。到賴政終於在5月25日帶領大約1000人與以仁王會合時，京都附近已經普遍轉為擁護平氏了，而後者更是已經集中了將近一萬人的部隊。甚至於到了此時，源賴政也還是沒有直接向關東撤退，反而南下宇治川，試圖佔據奈良繼續等待關東援兵。
也許當時源賴政認為自己擁有近乎全部關東武士的支持，其數萬人的實力足以在近畿進行一場巨大的會戰。但事實上，在這些部隊能夠真正踏上戰場之前，他們是根本不存在的。源賴政在京都附近的可動員兵力最多也只有1000至1500人，而對手卻還可以再迅速集結兩萬以上的兵力。源賴政既沒能在集結重兵之前確保平氏對此並不知情，又沒有在事情敗露後迅速趕往東國，等於親手將頭顱送到了平清盛的刀下。
而接下來的這個事實又證明著源賴政和以仁王是何等的無能。源氏軍在離開園城寺到達京都以南的宇治川後，以仁王這位皇室貴族卻因體力不支而需要休養。這位親王雖然年僅三十歲，卻在過度緊張之下精神不振，從園城寺向宇治川撤退的途中數次因為在馬背上睡著而被摔到地上。由於以仁王身為起兵的號召者和源氏手中最有力的政治工具，源賴政也只好在軍隊渡過宇治橋後進入附近的廟宇平等院暫時休整。
對於平氏而言，如果讓源賴政和以仁王逃到奈良甚至更遠的紀伊國也將是十分麻煩的，皇室的影響力將如同燈火一般將所有反對平氏的武士聚集在自己身邊。在以仁王南下後不久，平清盛便將已經已經集中在京都的大約一萬人交給平知盛，由日本武士戰爭史一之谷會戰與壇之浦海戰後者率領著對以仁王進行追擊。到源賴政軍隊停滯在宇治橋附近時，平氏軍隊也緊隨著趕到了這裡，並立刻決定直接過橋進攻平等院。
在渡橋前，進攻一方的軍隊通常會派遣小規模偵察部隊進行試探性進攻，在確定橋樑本身狀況良好，並建立一個足夠主力部隊展開的陣地後才會將全部兵力送到對岸。不過這位平知盛卻也並非良將，在根本沒有對宇治橋進行任何偵察的情況下，他只看到宇治橋外觀仍然完好便命令部隊前進。而事實上，源賴政早已拆除了一部分橋板，平氏軍卻直到登上宇治橋後才看到已被拆除的橋板。到了此時，在隊列後方的人員擠壓下，前面的人根本無法停下腳步，紛紛被擠落水中，擁擠在橋樑附近的部隊也立刻失去了秩序。
說也奇怪，對於這樣一座重要的橋樑，源賴政卻並沒有留下一支後衛來加以據守。直到平氏軍開始過橋後，才有數十人的源氏軍隊從平等院趕到河邊，而他們的任務似乎也只是遲滯對方前進，使源賴政能夠整頓部隊繼續撤退。不過當這幾十人開始弓箭射擊之後，平氏軍卻幾乎陷入了絕望。在一片混亂之中，數量龐大的平氏被擠壓在橋頭動彈不得，幾十名源氏武士卻得以在岸邊自如地進行騎射，在短時間射殺了不少平氏部隊。
如果任由這種情況繼續發展下去，如果源賴政能夠從平等院趕到河邊，平氏便永遠無法過河了。不過就在此時，一位名叫足利忠綱的17歲年輕武士憑藉個人的主動精神，開始率領著300名原先位於隊列後方的人馬涉渡宇治川。忠綱首先指揮人馬前往河流的上游，遠離源氏部隊的弓箭射程，其後便開始沿著河水流向斜向渡河。這種做法無論從哪方面來說都是正確的。特別是斜向渡河這一點，不僅能夠避免部隊因河水衝擊而發生混亂，同時也可以讓戰馬不至於因水流變化而驚惶不定。而源賴政對此卻沒有做出任何反應，沒有派遣哪怕一人一卒前往河岸干擾對方過河，從而使對方從容渡過了宇治川。
忠綱指揮300人馬的成功渡河決定了戰鬥勝負。在看到自己的側翼遭到迂迴後，賴政認清自己已經沒有撤退的機會了，因此將所有位於河岸的部隊全部撤回到平等院，以求保護以仁王。既然橋頭已經沒有敵軍干擾，平氏軍主力也輕鬆修復了橋樑，並緊隨源氏攻入平等院，很快即憑藉重量壓倒了源氏軍。賴政身負重傷，在以仁王逃脫後自裁，首級被平氏軍割下扔入宇治川。以仁王雖然騎馬逃走，僅剩的30名左右騎馬武士不久便被平氏追上，很快便全軍覆沒，以仁王本人也被殺害。
事雖至此，以仁王的詔書卻終於促使全國反對平氏的武士聚集在一起，在源氏倖存者帶領下公開宣布討伐平氏。在源賴政之後，源賴朝和源氏的木曾義仲相繼舉兵。若從這個意義上來說，這場宇治川會戰便如同一顆星火一樣，而日本很快便將被這顆星火點燃的烈焰席捲。
雖然源賴政和以仁王已經被鎮壓，可事到如今，也很難確保其他源氏成員還能像平治之亂後那樣平靜了，若果真不能如此，源義朝之子源賴朝便將成為一切反對的核心。這使平清盛終於決心殺死源義朝的三兒子源賴朝。賴朝自14歲被流放到伊豆以來，終日在狹窄的房間里讀書，無所作過地度過了二十年時光。在此期間，賴朝與伊豆的伊東祐親的女兒生下了孩子，但其兒子被祐親殺死，最後與該女子分開。之後賴朝又與北條時政的女兒北條政子關係親密，與伊東家不同，北條家選擇親近源賴朝，成為後者手中最重要的力量。在賴朝接到了以仁王的詔書後，他立刻認清了自己所處的局勢，若不主動行動起來自己將會面臨極大危險，於是立即著手舉兵的準備。
源賴朝在4月27日接獲招書，6月19日獲悉宇治川會戰的結果。他立刻便認清了源氏在這一戰的失敗將為自己招致殺身之禍。5天後賴朝便開始召集地方武士，在不為平氏所知的情況下集中當地武士。而這一切行動又均依賴於北條時政，而非源賴朝自己的羽翼。
不過直到8月2日，賴朝才決定其舉兵的首要目標應為距離北條宅邸不遠的平氏伊豆目代（國守代理人）山木兼隆宅邸。如果不首先將其消滅，源氏在伊豆的行動很快便會為京都所知。《孫子兵法》有云：「善戰者勝於易勝者」，這句話正是驗證了這場戰鬥。源賴朝把其重要的第一場戰鬥目標選擇為山木兼隆是非常明智的。山木兼隆不僅是較弱的對手，同時從地理上說，山木館距離北條宅邸距離較近這一點也非常合適。
賴朝明白自己必須在舉兵之初便獲得一場勝利，然後才能憑藉擊敗山木的聲望，進一步招募各地武士。而逐漸變得不得人心的平氏一旦聲望發生動搖，其實力也無法控制全國武士暴亂。在與北條氏商議後，源賴朝定於8月16日夜間行動。不過，惡劣的天氣卻使兵力集結變得十分緩慢，行動只得推遲了一天。
17日夜，賴朝終於開始了行動。賴朝將本營安置在北條宅邸中，從那裡指揮戰鬥。突襲成功後部隊將以放火燒毀山木宅邸的方式通知賴朝。在賴朝坐鎮後方的同時，北條時政負責前線指揮，後者還提議先把兼隆的監護人堤信遠殺死。在堤信遠被殺後，源氏的軍隊很快便衝到了山木宅邸。此時山木手下的大部分人都去參加三島大社祭禮，駐守宅邸的僅有幾十人。不過這些人卻還是進行了卓越的抵抗，沒有讓源氏軍輕易進入館內。
一位統帥所擁有的能力大體可分為兩方面：一是善於審時度勢，制定戰略計畫；二是能夠親自在戰術上將計畫付諸實施。在第一個方面，源賴朝有著十分優越的能力，但在第二個方面，他卻與一位庸才無異。一生幾乎從未在前線參戰的源賴朝更像一位出色的政治家和戰略家，善於利用局勢增加自己的實力，而並非一位能夠在戰場上被部下視若神祗的指揮官。與弟弟源義經相比，賴朝在戰場上的才能十分平庸，因而他更願意將前線指揮權交給手下將領，自己則在遠離戰場的地方坐觀戰況，而且他這種傾向在第一戰中便表現了出來。