說到慈禧太后的一生，就不能不說她與兩位兒皇帝的關係。
用民間的話來說，兩宮皇太后（包括慈安慈禧）不但克夫，而且絕不益子孫，更離奇的是似乎出自她們撮合首肯並且關係來往特別親密的夫妻也都沒有好結果——咸豐帝與麗貴妃所生的女兒榮安固倫公主出嫁僅一年工夫，就象弟弟同治帝一樣無子而死，額駙符珍成了鰥夫。恭親王奕的大女兒被兩宮太后收為養女封榮壽固倫公主，於同治五年下嫁道光帝第六女之子志端，結婚僅五年志端就死了，十八歲的榮壽公主從此守了一輩子寡，乾脆長年在皇宮中陪伴太后；還有一位四格格，是慶王奕劻的女兒，她也是由太后指婚的，也是新婚不久就當了寡婦；常年陪侍在太后身邊的寡婦還有一位，是內務府大臣慶善之女，慈禧太后將她指婚給自己的弟弟桂祥做兒媳婦，這位更慘，婚禮還未舉行未婚夫就死了，連丈夫長啥樣都沒弄明白就做起了寡婦。除此之外還有同治帝的敦宜皇貴妃（即慧妃）富察氏、瑜妃赫舍里氏、珣妃阿魯特氏、瑨嬪西林覺羅氏；光緒帝的皇后葉赫那拉氏、瑾妃他他拉氏這兩個守活寡就更不用說了。慈禧太后（光緒七年前還有慈安太后）的閑暇時光，就和這麼一群被她們「製造」出來的寡婦們一起消耗。
不過，同樣是長期生活在宮院中的寡婦，同治帝留下的嬪妃們卻似乎過得並不好，也很少有機會陪伴在慈禧太后身邊。儘管她們是慈禧太后親生兒子的女人，慈禧太后似乎卻寧可接近她深惡痛絕的光緒皇帝的后妃——哪怕是珍妃的親姐姐瑾妃。
同治帝與阿魯特氏夫婦死後，在他個人所屬的那個家庭里，就只剩下了四個妾室，雖然這四個年輕女人的封號一直在逐步提高，但她們的處境卻很凄涼。據慈禧太后的宮廷女官德齡回憶說：「她們象囚犯似的永遠被禁閉在一座很冷僻的宮院之內，終年不準走到外面來。……當同治帝歸天的時候，她們都還是紅顏少女，太后卻將她們囚禁了，不肯放她們出去，卻又不願見她們，以免觸起她思念同治的愁緒。她把她們活埋一般地鎖閉在深宮裡……」
德齡的這段記述並不完全準確。因為慈禧在日常生活中還是會讓同治帝的嬪妃們在旁邊陪伴的，她還非常偏愛同治帝的慧妃富察氏，同治帝生前富察氏未曾生育便當上了皇貴妃，新寡之後她成為敦宜皇貴妃，在慈禧六十大壽之時，慈禧太后甚至將富察氏封為「敦宜榮慶皇貴妃」，使富察氏成為清朝唯一一個享有四字尊封的皇貴妃。但是同治的另外幾位嬪妃就不好說了，慈禧太后西逃時帶上了光緒夫婦、帶上了光緒的瑾妃他他拉氏，偏偏沒有帶上同治帝的寡婦珣妃瑜妃瑨妃。在那樣面對生死存亡的時候，幾個年青的寡婦心裡最大的怨恨，恐怕還是怨恨自己的死鬼丈夫，為什麼死得那麼早吧？
說起來，同治帝確實是死得太早了，他是清王朝最短命的皇帝，不但沒有兒女，而且只在人世間活了二十個年頭。同治十三年十二月初五酉時（公元1875年1月12日17~19時），同治帝愛新覺羅載淳死於養心殿東暖閣。同治帝死後不到一百天，即光緒元年二月二十日寅時（公元1875年3月27日3-5點）他的皇后阿魯特氏也離開了人世，享年二十二歲。
這對皇族夫婦的死，成為清宮的一大謎案。而各種各樣的稗史野記，都不約而同地將矛頭指向了同一個人：慈禧太后。認為是她間接或直接地將親生兒子小夫妻推上了絕路的。
在多數時候，慈禧太后被描繪成一個沒有母子親情的女人，當然這也成立，因為皇宮中根本就不允許父母子女間產生什麼真感情，那是「違制」的。除此之外，慈禧本人在宮廷生活中還日漸養成了極強的報復心——「如果有什麼事情惱了她，便不可開交了！不管是怎樣一件無關緊要的小事，她都不肯甘休，必然要大發雷霆，鬧得上下不安，而且這樣一來，她一定會把這個人或這件東西恨到了底，雖隔三年兩載，還是耿耿於懷記著……即使把這一生的時間全用來贖罪，一刻不離地在她的足下長跪，她也斷斷不肯寬放的！」在絕大多數時候，慈禧還是個不苟言笑，喜怒不形於色，也不肯輕易相信別人的感情的人。據野史記載，大約就是光緒六年至八年慈禧太后那場大病的時候，年僅十歲的光緒帝曾經學著書上說的樣子要為養母割股療疾，被太監攔住，慈安太后聽說後表現得非常感動，慈禧聽了之後卻沒有在人前有任何特別明顯的動情跡象。而據慈禧太后的貼身宮女回憶說，慈禧太后對於漢高祖劉邦在戰敗時「推子女下車」的事迹大加讚賞，認為這才是干大事的舉止。由此來看，她似乎還在有意地將自己往無情的權力機器方向塑造。
不過同治帝畢竟不同於光緒帝，做為親生的兒子，慈禧太后對他的母子情意雖然表現得不多，但還是不吝於流露的。侍叢女官就曾經記載過同治帝死後，慈禧太后對他幼年的玩具不忍釋手的場面。大學士翁同龠在日記中也寫到過，同治帝重病期間，慈禧太后面對群臣時「繼以涕淚，群臣皆莫能仰視」，及等到同治帝彌留之時，慈禧太后更是「哭不能詞」。
然而無論是怎樣的母子之情，都不能彌補同治帝活著時與生身母親之間的隔閡冷漠。造成母子疏離的原因很簡單，他們並不僅僅是一對母子，他們是皇太后與皇帝。而且是大權在握的皇太后、急於掌權的皇帝。
按照順治帝、康熙帝的先例，無論是太后理政還是輔政大臣攝政王理政，小皇帝到十四歲時就應該大婚親政了。然而在同治八年（公元1869）年，同治帝已滿十三周歲進入十四歲，他的婚事、他的政事，卻仍然沒有一點動靜。
同治帝沒能早日成婚的原因，當然是因為他的生母慈禧太后不同意。慈禧太后不願早點讓兒子成婚的原因，當然是因為她不願意交出手中的權力。不過從另一方面來講，同治帝自己的表現也非常令人遺憾，使得慈禧太后有岔子可尋。
據同治帝師傅翁同龠的日記記載，同治帝厭學，甚至公開對帝師抱怨，說自己每天要早起向兩宮太后問安，又要陪著精力旺盛的太后們臨朝聽政，又要到弘徽殿去讀書……少年皇帝對母親們的安排怨聲載道，宣稱自己「當差勞苦」。做為一個十來歲的孩童，載淳的抱怨還是值得同情的，因為他承擔的壓力確實太大，慈安太后對他倒還時有溺愛放縱，慈禧太后卻是個信奉「不打不成材」的，對他要求極其嚴格，沒有給兒子安排絲毫玩樂的時間。載淳六歲入學，學業極其艱深，文武軍政俱全，一年間只有三十餘日全假、四十餘日半假，除夕之日也只能提早放學而已。從入學之日起，載淳做得好是應該的，也就得不到褒獎，稍有略有犯錯，慈禧太后的訓斥卻從不曾含糊。時間長了，同治帝想不厭學恐怕也難。不過即使如此，同治帝的學業還是有可觀之處的，偶爾也會給帝師們帶來意外驚喜——但可惜的是，慈禧並不曾將兒子與同齡人相比，她是將他當成一個皇帝來要求。同治帝的厭學也就越來越厲害，最終發展到逃學、與陪讀的宗室子弟溜到宮外浪蕩。
慈禧有意無意地貶低同治帝的學習成績，除了她確實可能有些「拔苗助長」的傾向之外，更引人猜測的原因恐怕就是她希望借貶低兒子的學業，向朝臣暗示小皇帝還未有獨理朝政的能力，以此延長自己掌權的時間。然而恐怕她自己也不曾想到，兒子最後竟會發展到去宮外浪蕩的地步。
如果用現代人的眼光來看，同治帝是一個命運極其不幸，卻也極其任性倔犟逆反、甚至有些自甘墮落的少年。雖然他是個皇帝，自幼被世人捧在最高處，他卻總喜歡做些在普通人眼裡都很不上檯面的事情。
和生身母親一樣，同治帝也愛看戲，而且他還愛自己唱戲。但是他卻從不願在戲中扮演主角，反倒是樂於演些下里巴人。據記載，他曾經給兩宮太后和其它的太妃們演過戲，這倒還可以用孝道來解釋。但有一次，他偏要在一出《黃鶴樓》中演配角趙雲，讓太監演主角劉備，而且堅持要「遵守劇情」在台上向太監行大禮參拜。——關於這一點，即使是野史的記載者都忍不住嘆息：道光帝也演戲，可都是演的孝子，而且在出演的戲中絕對不讓別人演帝王角色，同治帝卻樂於給人打下手，真是戲運如命運。
對於小皇帝如此不自重，帝師和王公大臣們焦慮萬分。終於忍不住給了同治帝一點教訓。當然他們不敢教訓皇帝，而是教訓跟他搭檔的人。那個人就是恭親王奕的兒子、同治帝的陪讀載澄。當載澄某次「投入」地在戲中扮演高於同治帝所飾的角色之後，恭親王終於大發作，把兒子關起了禁閉。
然而小皇帝並沒有吸取教訓。此後他的戲雖然唱得少了，卻發展了另一項可怕的愛好：當起了武戲教頭，逼著太監們練習翻筋斗。小皇帝的訓練命令對於年長些的太監來說等於酷刑，有很多太監就在這樣的訓練中丟了性命。
稍大些以後，載澄對小皇帝的「陪讀」內容又增加了一項：帶小皇帝出宮冶遊。也因為如此，野史中就留下了很多同治帝在宮外的事情，最有名的莫過於兒時的同治帝在宮外吃小食，讓攤主拿著