故事承接前作。
暗影大帝藉助小櫻的異化之軀，獲得了難以想像的力量，妄圖獻祭霓虹大陸，成為「超越神」的存在。
最終被雄兵連打敗！
小櫻犧牲自己，保全了整個世界。
在電影最後的彩蛋環節中，一團碎肉被檢測出生命反應，逐漸凝聚成心臟的模樣。專家破解了「異化細胞」的奧秘，原來這是一種外星文明製造的「資源收集器」。
這一段彩蛋，也被觀眾視為「小櫻復活」的預告。
畢竟黑豬叔叔說過，只要「凋零之花」手辦賣得好，小櫻絕對會復活！
孟叔叔從不騙人。
他答應的事，無論如何都會做到。凋零之花手辦賣得挺不錯，小櫻在《雄兵連Ⅱ》中復活，這是毫無懸念的事。
在本作中，破解完小櫻體內的異化細胞後，專家們利用「培養皿」，打算人工繁殖出一隻小櫻。
計畫進行得很順利！
吞噬各種金屬、礦石與放射性物質後，那團「心臟狀碎肉」很快就繁殖為肉團，小櫻復活有望！
可這時候，來自黔州天眼的一則消息，驚動了整個世界。
一艘神秘星艦，正以極快的速度逼近太陽系！
研究異化細胞的專家，被緊急抽調至別的項目。小櫻的研究所變得冷冷清清，繁殖項目擱淺……
這時候，肉團破開了！
一隻白嫩的小手伸出，身無片縷的銀髮小櫻爬出肉團，隔著一層玻璃打量著實驗室。
她輕輕一點，玻璃炸裂。
小櫻離開了！
沒人知道她去了何處，現在是什麼狀態。陷入「外星入侵」危機的地球高層，沒有多餘的精力去管這件事。
雄兵連再度集結。
為了應對「極有可能」發生的外星入侵事件，地球高層不僅召回了原有的戰士，還從霓虹徵召了「假面騎士」。
他們分別是1號、2號、V3、強人與亞馬遜。不要問X怎麼沒來，神敬介這傢伙檔期排不開呀！
除了假面騎士外，本次新增的戰士，還有獲得「法界秘寶」，可以用魔法凈化人心的魔力少女五人組。
一共增加了10名戰士！
加上之前的四靈戰士、鎧甲勇士、小魔仙與超級戰隊。觀眾調侃的「雄兵連升級為雄兵營」，終於變成了現實。
下一作，估計是雄兵團了！
外星戰艦逼近地球，所有人都很緊張。社會秩序一度崩壞，各個國家都發生了「打砸搶燒」的騷亂，儼然一副「末日降臨」的景象。
漫無目的走在街上的小櫻，成為了地痞流氓覬覦的目標。
「你認識我嗎？」
「認識！當然認識！小妹妹你來我家，我給你看個大寶貝……」
像一張白紙的小櫻，中了地痞流氓的圈套。但流氓們絕對想不到，這個少女的一巴掌，竟然能把人活活扇死。
「鬼啊！」
「救命，警察叔叔救我……」
輕鬆屠戮了三名人渣後，小櫻走出房間，抬頭看了眼天空。恰好帝皇俠帶領五行鎧甲們，騎著光影駒匆匆飛過。
「那個人……」
「不！小櫻！」
看到帝皇俠，小櫻腦中浮現出曾經大戰的場景。她痛苦地捂著頭，不知所措。
外星戰艦來了！
進入地月軌道後，人類聯合體對這艘戰艦，發出了最後通牒。
「請立刻停下！」
「如果你們繼續前進，那將會引起兩個文明間不死不休的戰爭。」
然而，對方始終沒有回應。
人類政府，已經將其定性為「侵略」行為。令雄兵連即刻出擊，決不能讓外星戰艦靠近地球，威脅人類自身的安全。
所有人都覺得，這將是一場史詩大戰。雄兵連或許會贏，或許會輸，人類的命運不知走向何方……
萬萬沒想到！
這艘戰艦，竟然是假的！
準確來說，這艘戰艦隻是一個「海市蜃樓」般的投影，並不是實體。人類所想像的入侵，並沒有發生。
正當眾人鬆了口氣，打算各回各家時，接近大氣層的戰艦突然閃爍起來，變成了一張薄薄的「膜」將地球包裹起來。
那張膜，好似一塊屏幕。
上面是另一個世界！
那個世界與地球幾乎相同，唯一不同的是，那個世界還處於不知年代的遠古時期。
臨多與古朗基一族混戰，一方嗜殺如命，一方守護安寧。通過這層膜，兩個世界互相眺望，古朗基一族率先越界，進入了現代地球作亂。
隨後，臨多戰士前來援助。
他叫里克，一名對妹妹愛得深沉的死妹控。同時，他也是一名具有仁慈之心的戰士。打敗敵人後只會將其封印，而不是徹底滅殺。
這個觀念，引起了矛盾衝突……
古朗基作亂，殘害了無辜百姓，雄兵連戰士們只想殺了他們，而不是仁慈的封印。
里克的做法，不得人心。
可他的實力很強，擊敗敵人就像吃飯喝水般輕鬆。為了解決古朗基一族帶來的威脅，雄兵連還需藉助他的力量。
這可不是長久之計！
人類高層召開會議，定下了「非我族類其心必異」的基調，對臨多戰士里克充滿戒心。認為人類與臨多一族遲早有一戰。
里克這麼強，而臨多一族還不知道有多少個裡克！若是雙方爆發衝突，人類該怎麼保全自己？
必須想個辦法才行！
人類對里克與臨多的忌憚，逐漸轉化為對武力的渴求。他們想到了小櫻，那個爆種起來，可以吞噬一整塊大陸強化自己的變態少女！
有她在的話，應該能贏吧？
小櫻被忽悠著，迷迷糊糊地加入雄兵連，成為了一名保護地球的戰士。而這時候，精明能幹的古朗基一族，同樣盯上了她……
古朗基想利用小櫻，挑撥臨多與人類的合作關係。
人類想利用小櫻，制衡不受控制的臨多與里克。而失去記憶的小櫻只想知道，誰才是她的朋友？
結局自然是凄慘的！
古朗基一族挑撥成功，里克揍了一頓小櫻生氣離開後，古朗基之王達古巴無人可擋。
小櫻雖然強，但她失去記憶，連戰鬥本能都沒有，很快就被抓走了。
為了救回小櫻，雄兵連全員開啟葫蘆娃救爺爺模式，一個接一個入坑。
幸好，小櫻記憶恢複了。
恢複記憶的小櫻，為了拯救大家，強行異化達古巴。結果可想而知，剛恢複的小櫻沒有這個消化能力，當場去世。
多虧里克救場及時，雄兵連與臨多援軍匯合，趁著達古巴被小櫻纏住，合力將其封進符文石棺，徹底解決了危機。
當里克將石棺帶回臨多的瞬間，天空就像鏡子般破碎，那層膜消失了，兩個世界至此脫鉤……
可憐的小櫻！
剛復活沒多久，又被隊友送去祭天，成為了全片唯一的犧牲者。
孟浪很想知道。
得知小櫻復活，高高興興買票觀影的異化粉，看完後會不會感到心塞？