殺完宗室，接著就該處理隋煬帝留下的那幫大臣了。殺誰留誰？這時候，南北派系的矛盾就凸顯出來了。
在政變之前，司馬德戡編造謊言說，陛下想要把北方驍果都毒死，和南方人留在南邊。從這兒其實已經可以看出當時南方派系和北方派系之間的矛盾了。
事實上，自從隋煬帝上台後，一直致力於提高南方的政治地位，特別是到他統治後期，更是重視南方人。「五貴」之中，虞世基和裴蘊都是南方人。第三次下江都之後，他的這個傾向性就更加明顯了。
這個做法從全國一盤棋的角度來看不能說不對，但是，這就威脅到了一直把持政治舞台的關隴貴族的利益，也引起了關隴貴族集團的極大不滿，事實上，這次江都宮變，正是關隴貴族集團對隋煬帝拋棄關中，滯留南方政策的一個大反抗。現在，他們反抗成功了，自然，北方勢力就要抬頭，而南方人士也就要倒霉了。
就拿「五貴」來說，當時宇文述已死，只剩下四貴。這四位大臣都是隋煬帝信任寵幸的人，對隋煬帝的暴政，也都要負連帶責任，但是，叛軍對他們的處理卻並不相同。對屬於南方派系的裴蘊和虞世基怎麼處理？殺無赦！而對出自北方的裴矩和蘇威，就強調情有可原了。
裴矩是個聰明人，看到天下大亂，他早就給自己留了後路，對士卒一向客氣，還建言獻策，讓驍果在江東娶妻生子，所以，驍果對他印象非常好。政變之時，裴矩也被抓起來了，可是，士兵一看見他就說：「非裴黃門之罪。」現在我們這個處境不是裴黃門的罪過，又把他給放了。宇文化及出來安撫士兵，裴矩立刻拜於馬首，主動投降，宇文化及也就任命他為右僕射，比原來的官職還高。
蘇威就更好辦了，他當時已經年過八十，因為跟隋煬帝幾次意見相左，很受冷落，早就不再參與朝政，所以，也沒有民憤。政變之後，蘇威更是積極主動地去參見宇文化及，宇文化及也很受用，特地把官員集中到一起接見蘇威，給他很高的禮遇。宇文化及這樣做，北方系統，特別是關中籍的官員和士兵當然滿意，也都迅速地投靠了宇文化及。
北方派系的官員背叛了隋煬帝，而南方派系的官員卻做出了相反的抉擇。總的來說，他們對隋煬帝遠比北方人忠誠。
先看文臣。隋煬帝死後，宇文化及擁立秦王楊浩當傀儡皇帝，自稱大丞相，總攬朝政。文武百官都到朝堂去朝賀，只有給事郎許善心不去。他的侄子一看，趕緊快馬加鞭地去找他，說：「天子已崩，宇文將軍攝政，闔朝文武咸集。天道人事自有代終，何預於叔，而低回若此？」隋煬帝已經死了，宇文將軍現在統攝朝政，這屬於天道循環。一個朝代滅亡，另一個朝代取代，這也是咱們司空見慣的事了。叔叔，你何苦還這麼執迷不悟，非要替隋煬帝守節呢？
面對侄子只講利害，不講倫常的勸說，許善心勃然大怒，堅決不走。
要知道，許善心在南方威望很高。他從小號稱神童，當年隋文帝平江南，還說了一句：「我平陳國，唯獲此人」，可見隋煬帝對他的評價有多高。
既然許善心名氣很大，宇文化及當然也希望他能跟自己合作。可是他現在不來朝賀，怎麼辦呢？宇文化及乾脆派人把他強拉到朝堂上，然後又放開他，希望恩威並施，讓他知道厲害，認清形勢。
沒想到這一招對許善心不靈。宇文化及放了他之後，他一句感謝的話都沒有說，拂袖而去。這樣傲慢的態度當然讓宇文化及忍無可忍，立馬又把他抓回來，砍頭了事。許善心九歲的時候父親去世，寡母範氏辛辛苦苦把他撫養成人，這一年，范老太太已經九十二歲高齡了，按說，老年喪子是人生最大的苦痛之一，可是，范老太太聽說之後，居然一聲都不哭，說：「能死國難，吾有子矣！」我的兒子能夠盡忠報國，能夠死於國難，是一個好兒子！隨後也跟著絕食而死。
許善心母子原本是陳朝人，而陳朝恰是被隋煬帝帶兵所滅，現在這一對母子居然為隋煬帝殉節，也算是對隋煬帝這些年厚愛江南的充分認可了。
再看武將。這些政變的驍果，最初的目的就是回家鄉，現在既然政變成功，接下來就要開拔回鄉。宇文化及也學習隋煬帝，建立了一支跟皇帝一樣的護衛儀仗。隋煬帝不是訓練了幾百個驍勇的官奴組成給使營嗎？此時，宇文化及直接把他們接管過來，讓他們接著給自己當親兵，還給他們指派了一個領導，折衝郎將沈光。
沈光號稱「肉飛仙」，當年在隋煬帝二征高句麗的時候脫穎而出，從此就成了隋煬帝的貼身宿衛。現在，宇文化及讓他統領給使營，沈光心裡難過，可是又沒有辦法。正在這時候，另外兩個南方籍的將領，一個是大隋烈士麥鐵杖的兒子麥孟才，還有一個叫錢傑，找到了沈光，對他說：「吾儕受先帝厚恩，今俯首事仇，受其驅帥，何面目視息世間哉！吾必欲殺之，死無所恨！」我們都受了先帝極大的恩惠，現在低頭為仇人做事，受他驅使指揮，還有什麼臉見人！我們一定要殺了他，為先帝報仇，就算死了也沒有什麼遺憾的！
沈光一聽，潸然淚下，慨然回應：「是所望於將軍也！」我也想報仇，現在就等將軍牽這個頭了！
三個人意見一致，預謀在凌晨發動政變，突襲宇文化及，給隋煬帝報仇。可惜事前走漏了風聲，被宇文化及知道了。宇文化及一聽麥孟才和沈光合謀算計他，大驚失色道：「此麥鐵杖子也，及沈光者，並勇決不可當，須避其鋒。」這麥孟才是麥鐵杖的兒子，肯定不得了。他和沈光都勇不可當，我還是躲起來，避避風頭吧。於是，宇文化及趕緊從大帳里溜了出來，同時派司馬德戡率領大軍包圍了軍營，逮捕麥孟才。
沈光一聽軍營里傳出喧嘩聲，馬上知道事情敗露了。怎麼辦呢？他連甲胄都沒有穿，直撲宇文化及的大營，想要以一己之力殺死宇文化及。可是，進來一看，宇文化及早就不見了。這時候，司馬德戡已經領兵包圍了大營。沈光大吼一聲，殺出重圍，他手下的幾百給使也都紛紛拿起武器，奮勇殺敵。後來，到底寡不敵眾，被司馬德戡一一剿滅。儘管事功不成，這幾百個人無一投降，也算是以鮮血報答了隋煬帝的知遇之恩，厚待之情。
這還不算。中國人講究生榮死哀，視死如生。事實上，隋煬帝的喪事也是由南方人操辦的。隋煬帝死後，不是被蕭皇后草草埋葬了嗎？宇文化及走後，留守江都的右御衛將軍——江南人陳棱又把遺體重新裝殮，按照天子禮數，安葬在吳公台，此後直到唐朝貞觀年間，才又改葬到位於今天江蘇揚州曹庄的雷塘（關於雷塘和吳公台的位置關係，學術界有不同看法，此處不作詳細辨析）。安葬吳公台的路上，陳棱「衰杖送喪，慟感行路」。陳棱為隋煬帝披麻戴孝，哀傷之情讓行路之人都為之感動。
其實，從這些江南人的表現可以看出來，面對作為亡國之民的江南百姓，隋煬帝沒有粗暴對待，相反，他尊重他們的文化成果，提高他們的政治地位，江南人民還是頗為感念的。只是，隋煬帝這個步子走急了，過於忽略當時還很強勢的關隴貴族集團的利益，因此終被關隴貴族集團拋棄。
就這樣，因為天下的反叛，更因為江都宮變，一代梟雄隋煬帝走完了自己的悲劇人生。那麼，在他之後，已經四分五裂的天下，又會向何處去？