隋煬帝一下令，立馬，全國再一次動員起來。士兵和民夫又紛紛從全國各地齊集涿郡，向遼東進發。
那麼，這一次東征，跟前兩次相比，有什麼區別呢？最明顯的區別就是士氣差了。
第一次東征的時候，士兵編隊出發，一天一隊，跟參加嘉年華似的，就差唱著歌去了。
第二次東征雖然已經知道了厲害，沒那麼興高采烈，但是大軍開拔，也還算順利。
到第三次，局面就完全不一樣了。士兵的家鄉都已經亂了套，誰還有心思到遼東打仗？整天想著怎麼開小差，往回溜。按照《資治通鑒》的說法，就是「士卒在道，亡者相繼」，一路上逃跑的士兵絡繹不絕。
隋煬帝可不能容忍這種局面，一定要警示一下逃亡者。三月二十五日，隋煬帝一行到了臨渝宮（今河北撫寧）。在這兒，隋煬帝親自穿上戎裝，搞了一個祭祀黃帝的大典。當年黃帝大戰蚩尤，開創基業，現在，隋煬帝想通過祭祀這位遠古的勝利者來顯示自己的必勝決心。祭祀黃帝跟警示士兵有什麼關係呢？隋煬帝專門造了一面大鼓，把抓回來的逃亡者斬首，用人血塗到鼓面上，然後敲響大鼓，號令三軍。
這場面夠血腥、夠恐怖吧？然而照樣沒用。士兵該逃還是逃，而且越逃越多。今天這個編隊沒人了，明天那個編隊沒人了，越往前走士兵越少。隋煬帝一路走還得一路抓逃兵，行軍速度越來越慢。前兩次討伐高句麗都是四月份就推進到遼河，但是這一次，直到七月中旬，隋煬帝才到了遼河旁邊的懷遠鎮（今遼寧遼中區）。
要知道，高句麗位於東北亞地區，戰爭受到天氣的嚴重製約。一般來說，一定要在春天霜凍期結束到夏天雨季到來之間進行，否則運兵運糧都會受困。遼東地區幾月結束霜凍？四月。幾月開始集中下雨？八月。這樣一來，一年之中，其實只有四月到八月這四個多月的時間可以打仗。可是現在，隋煬帝七月中旬剛到前線，這仗不就沒法打了嗎？
然而凡事都有意外。本來，三次出征中，就數這次情況最差，但若論結果，卻偏偏就是這次打得順利。前兩次征討高句麗的時候，隋朝大軍一向是水陸並進，這次也是如此。水軍統帥來護兒先從海路登陸遼東半島，一舉佔領畢奢城（今遼寧大連北邊）。高句麗派軍迎戰，被來護兒打得大敗。接下來，來護兒就要按照原定計畫，向高句麗的首都平壤推進了。正在這時候，形勢發生了戲劇性的變化。
高句麗的國王高元居然決定不打了，遣使請降，而且，還把大業九年（613）因為楊玄感叛亂投降高句麗的隋朝將領斛斯政五花大綁地押到了遼東城下，算是投名狀。
高句麗守城何等頑強，怎麼忽然軟下來了？很簡單，它也打不起了。戰爭是最消耗實力的事情，隋朝如此強大，兩次仗打下來，尚且民不聊生，舉國造反；高句麗一個小國，經歷了兩輪打擊，可想而知，受到的損失有多大。再堅持下去，它也要亡國了。所以，儘管這次隋朝的聲勢不如前兩次，那也是瘦死的駱駝比馬大，而高句麗就好比一匹瘦馬，已經奄奄一息，再跟隋朝這隻病駱駝賽跑下去，必死無疑。在這種情況下，國王高元審時度勢，乾脆投降了。
高句麗幾乎是不戰而降，隋煬帝又是什麼反應呢？按道理講，不戰而勝正是隋煬帝最初的追求，他應該高興才是。但是，付出如此沉重的代價，勞民傷財地打了三次，最後居然沒能亡其國、擒其主，而是就在邊境講和，這其實又讓隋煬帝很不甘心。
到底接不接受呢？思來想去，隋煬帝還是接受了。畢竟，眼看著國內動蕩、士兵逃亡，時間又一天天耗下去，隋煬帝對打贏這場戰爭也沒什麼把握。既然高元請降，正好就坡下驢，接受投降，也算有一個交代了。就這樣，隋煬帝下令各路大軍停止進攻，接受投降，班師回朝！
隋煬帝要班師，對於整個隋朝軍隊來講其實是一件好事。但是，水軍總指揮來護兒可接受不了。來護兒是個將軍，習慣用比較單純的軍事眼光來看問題。他這邊剛打了勝仗，正士氣旺盛，眼看就要直搗平壤，這時候撤軍，不是半途而廢嗎？
有道是將在外，君令有所不受，來護兒集合三軍，搞起了動員。他說：「大軍三出，未能平賊，此還不可復來。勞而無功，吾竊恥之。今高（句）麗實困，以此眾擊之，不日可克。吾欲進兵徑圍平壤，聚高元，獻捷而歸，不亦善乎！」我們已經是第三次出兵了，從現在的情況來看，基本上也不可能再有第四次。既然是最後一戰，就一定要打個明明白白，分出勝負來。現在高句麗已經是困頓不堪，只要我們堅持一下，就一定能夠直搗平壤。到那時候，我們押著高元回去獻捷，該多麼榮耀！現在的機會千載難逢，不管皇帝怎麼樣，我是下定決心要接著打。我寧可得罪皇帝，也絕不撤軍！希望大家跟著我，再拼一把！
皇帝要和，來護兒要打，那麼，這仗到底是打還是不打呢？就在這關鍵時刻，來護兒的副手崔君肅站出來，對下面的將領說話了。他說：「若從元帥，違拒詔書，必當聞奏，皆獲罪也。」這不是軍事問題，而是政治問題。皇帝已經下令撤軍了，你們要是跟著元帥，那就是反抗皇帝，我一定會向皇帝報告這件事，那時候，你們全都吃不了兜著走。
這個場面太熟悉了，這多像一征高句麗的時候，將軍于仲文面臨的局面！當時，高句麗的宰相乙支文德到隋軍大營來詐降，于仲文希望活捉，但是，監軍發話說：皇帝有令，凡是投降的人，都來去自由，你們若是活捉他，我一定稟報皇帝。結果于仲文萬般無奈，只好放走乙支文德，坐失良機。
現在，又輪到來護兒來面對這個局面了。崔君肅拿皇帝這頂大帽子一壓，誰還敢再跟著來護兒？下面的將領紛紛勸來護兒撤軍。眾心不附，來護兒也不敢再堅持，只能是長嘆一聲，撤軍了。就這樣，大業十年（614）的八月四日，隋煬帝從懷遠鎮班師回朝，第三次東征就此告終。
按說，這是在高句麗投降基礎上的凱旋，算是得勝還朝，應該非常風光吧？才不是。當時已經天下大亂，因此，這支大軍雖然沒有被高句麗人追殺，卻被自己人打劫了。
隋煬帝從遼東回師，要經過河北地區，而河北地區當時已經成了起義軍的天下。就在隋煬帝御駕途經邯鄲的時候，早有一支起義軍盯上了皇帝的資裝。這支八千人的部隊就埋伏在路邊，等隋煬帝的護衛隊過去之後，一擁而上，把後勤部隊沖得七零八落，奪了隋煬帝的四十二匹御馬，揚長而去。連御馬都讓人給劫走了，隋煬帝當然是心驚肉跳，國內都亂成這個樣子了，還算什麼得勝還朝！
更讓他鬱悶的事情還在後頭。隋煬帝回到大興城時，已經是冬天了。眼看就要過年，按照慣例，元旦的時候要進行大朝會，四夷的君主都得來朝覲皇帝，表示臣服。現在，高句麗既然已經投降，隋煬帝就要征高元入朝。
那麼，對待隋煬帝的徵召，高元什麼反應呢？高元根本沒反應。入朝多不安全，反正你已經撤軍了，難道還能再打回來不成！所以，他連理都沒理。
這可讓隋煬帝太沒面子了，當年之所以要打高句麗，直接原因就是高句麗不肯朝覲。現在，勞民傷財地打了三次，國內也因此亂成一團，結果居然跟沒打一樣，高元照樣不朝覲，這不是最大的羞辱嗎？
本來，這次大朝會就是要藉助高句麗向四夷示威，讓他們看看，順我者昌，逆我者亡，重申一下以隋朝為主導的國際秩序。現在，都城已經披上了節日盛裝，魚龍百戲也已經上演，四夷君主都來了，可是，高句麗的國王卻不見蹤影，這不是在打隋煬帝的臉嗎？付出了那麼大的代價，結果卻只收穫了羞辱。這真叫不敗而敗，而且是慘敗。
面對此情此景，隋煬帝真是難掩心頭悲憤。大朝會之後，他回到長樂宮，喝了個酩酊大醉，趁著酒意，寫下了一首五言詩。這首詩大部分已經失傳，只保留下了最後一句：「徒有歸飛心，無復因風力。」我空有一顆想要雄飛的心，但是，卻再也沒有藉助長風，凌空翱翔的力氣。詩成之後，隋煬帝讓身邊的美人反覆吟唱，自己忍不住涕下沾襟，旁邊的侍從也都跟著唏噓不已。這個雄心勃勃、一心想要超越漢武帝的皇帝終於認輸了。
萬般無奈之下，隋煬帝把一腔悲憤都發泄在了叛臣斛斯政的頭上。隋煬帝下令，把斛斯政押到金光門外，綁在柱子上，讓文武百官都來射箭，把斛斯政射得跟刺蝟一般，然後再千刀萬剮，剮完之後，再分給百官品嘗。按說，吃人肉夠噁心吧，可是，有些官員為了表現自己對叛臣的痛恨，居然吃了一塊又一塊，一直吃到飽為止。可就算千刀萬剮，就算把肉吃光，就算挫骨揚灰，對於局勢，又能有怎樣的影響呢？