各地實驗室研究全都轉向了流感。巴斯德的學生魯（曾在白喉抗毒素研究方面與德國同行競爭過）領導著巴斯德研究所的工作。英國阿姆洛斯·賴特的實驗室里幾乎每個人都在研究流感，包括弗萊明 （Alexander Fleming），不久之後他發現了青黴素並將其首次應用於研究菲佛所稱的流感桿菌上。在德國、義大利，甚至在因革命而分裂的俄國，孤注一擲的研究者們都在尋找答案。
但是，這些實驗室在1918年秋天之前只能發揮很小的作用。研究方向被扭轉，集中於戰爭、毒氣或毒氣防禦措施、預防傷口感染、預防使戰鬥力下降的疾病（如「戰壕熱」，一種與斑疹傷寒有關的傳染病，其本身並不嚴重，但是比其他疾病更能削弱戰鬥力）。實驗動物變得愈發短缺，軍方要利用它們進行毒氣試驗或類似的目的。戰爭像一個無底洞，不斷將技術人員和年輕研究人員捲入其中。
歐洲和美國的實驗室都受到影響，但歐洲遭受的損失要大得多。他們的工作不僅受人員短缺所限，而且從取暖用的煤到買培養皿的資金，樣樣都很匱乏。美國人至少還有這些資源。況且，即便美國的研究人員數量上仍落後於歐洲，但質量上已絕不再比歐洲的差了。洛克菲勒研究所也許已經成為世界上最好的研究所，在那裡工作的為數不多的幾位科學家中，當時已有一位獲得了諾貝爾獎，還有兩位後來也獲此殊榮。在最相關的領域（肺炎研究）中，洛克菲勒研究所毫無疑問已遙遙領先於全世界，而且在美國做著這些世界級工作的也並不只有洛克菲勒的科學家。
對韋爾奇、密歇根大學的沃恩、哈佛的查爾斯·艾略特、賓大的威廉·佩珀以及其他幾位努力推動變革的同行來說，他們取得了成功。他們改變了美國醫學，即使那場改革僅僅開始，才剛剛上升到歐洲的水平，新近的轉變已賦予其蓬勃的生命力。而且，可以這樣說，這個國家還未像歐洲那樣民疲財盡，它並未流露出一絲倦態。
當流感的魔爪伸向全國並開始蹂躪生命之時，幾乎每個恪守職責的醫學科學家——以及一些自認為愛好科學的普通醫生——都在尋找治療方法。他們決意證明科學是可以創造奇蹟的。
說實話，他們中的大部分人水平有限，毫無成功解決這一問題的希望。不過，他們至少努力了。他們進行了無畏的嘗試，這需要的不僅僅是科學研究的能力，還要有身體力行的勇氣。他們在死者和垂死者中穿行，將棉簽伸入已病入膏肓的病人口內和鼻腔中；他們浸淫在解剖間的血液中，對屍體進行深入的研究，努力從棉簽擦拭物、血液和組織中培養這個殺死人數多得史無前例的病原體。
這些研究者中有一些——可能就那麼幾十個人——是足夠聰明、足夠有創造力、足夠有學識、足夠熟練，也掌握了足夠資源的，他們所做的事情並非徒勞，他們來對抗這種疾病至少有成功的希望。
在波士頓，羅西瑙和基根繼續在實驗室研究這種疾病。陸軍肺炎委員會的大多數人受命去了阿肯色州的派克軍營（當時韋爾奇正抵達德文斯軍營），在那裡開始研究「一種新型支氣管肺炎」 。韋爾奇帶去德文斯的洛克菲勒小組已返回紐約繼續研究，瑪莎·沃爾斯坦（Martha Wollstein，一位受人尊敬的細菌學家，同洛克菲勒研究所合作過）加入了小組。自1905年起，她就開始研究流感桿菌了。芝加哥的傳染病紀念研究所的赫克通投入了這項工作。梅約醫學中心的羅斯諾（E. C. Rosenow）也在做相同的事。唯一的非軍方政府研究機構，即公共衛生部的衛生學實驗室及其主任麥科伊（Gee McCoy）也參與進來了。
在美國所有進行這項研究的人中，最重要的也許就是洛克菲勒的埃弗里、紐約市公共衛生部的帕克和安娜·威廉斯以及費城的劉易斯等人了。
他們各自都有一種解決問題的獨特風格，一種搞科研的獨特方式。對帕克和威廉斯而言，這項工作就像處理重大危機中的事務一樣近乎例行公事。儘管他們對流感研究如何沿正確道路前行會有所幫助，但就個人意義上看，他們的努力不會對自己的生活產生任何影響。對埃弗里而言，這項工作為他確定了一個將為之奮鬥幾十年的研究方向。這幾十年間，先行到來的將是巨大的挫折，但隨之而來的會是重大的發現 ——事實上，正是這項發現開啟了一扇通往一個領域的大門，直到現在人們也才剛剛開始探索這個領域。對劉易斯而言——雖然他當時可能還不知道——他在流感上的工作是他生命的一個轉折點，這將導致一個巨大的悲劇，對科學、對他的家庭以及他自己而言都是如此。
對紐約市公共衛生部實驗處而言，現在還不是正面對抗這個嚴重威脅的時候。威廉斯就在帕克領導的局裡工作。他們面臨一個特殊的問題：紐約市的政治。
1918年1月1日，坦慕尼協會收回了對這個城市的控制權。首先是官員的委任。創建公共衛生部的元老比格斯一年前已離職擔任州衛生委員。比格斯並未受到影響，因為他拉攏了坦慕尼協會的一名高層領導，這名領導在坦慕尼協會前的掌權時期庇護著整個衛生部。然而，比格斯的繼任者並無這種特權。海蘭（John Hylan）市長在坦慕尼協會控制城市兩周後撤換了他，但衛生部的大部分職位不在其任命權範圍內。於是，為了製造空缺，坦慕尼協會開始詆毀這個世界上最好的市立衛生部。不久，海蘭就下令解僱部門領導，並且開除顧問委員會內最受人尊敬的醫生。
甚至坦慕尼協會新委任的衛生部長也對此表示抵制而辭職不幹了，衛生部陷入無政府狀態。一次，市長正站在市政廳外的人行道上，他的一個親信給他引薦了科普蘭，此人說科普蘭是忠於坦慕尼協會的人，並建議市長任命他為新的衛生部部長。然而，科普蘭是一個順勢療法醫學院的院長，甚至還不是醫學博士。
儘管如此，市長還是同意任命他。這三個人隨即登上台階進了市長辦公室，科普蘭隨即宣誓就職了。
世界上最好的市立公共衛生部現在歸一個沒有任何現代醫學科學信念的人指揮，而且他對公共衛生沒有任何抱負而對政治卻野心勃勃。當然，如果坦慕尼協會想要忠誠的人來填補空缺，這個人倒可以滿足他們。（科普蘭曾簡單地向坦慕尼協會解釋他的忠誠：「人是社會動物，不能沒有協作而工作。組織是必不可少的，我的組織就是坦慕尼協會。」 幾年之後，坦慕尼協會將他送進了美國參議院，以此來回報他的忠誠。）所以，科普蘭貫徹著該領導集團的意圖，繼續瓦解這個部門。最好的一個部門主管先是被威脅以刑事指控，奸計不逞後又指責他「瀆職、無能而不稱職」，將之逼去搞行政事務。
帕克自1893年開始管理衛生部的實驗部門，從未涉足政事，他自己也未受到任何波及，在這場混亂中，他繼續做著卓越的研究。在埃弗里和科爾等洛克菲勒研究所人員研發出抗Ⅰ型和Ⅱ型肺炎球菌的血清後不久，帕克開發了一套將肺炎球菌「分型」的方法。這套方法非常簡單，任何像樣的實驗室在30分鐘內就能完成， 隨後可以立即使用正確的血清予以治療。
但是，現在他不得不去捍衛衛生部。他幫著籌划了保衛之戰，這場保衛戰蔓延到了全國。來自紐約市、紐約州以及巴爾的摩、波士頓、華盛頓的批評如傾盆大雨一般砸向坦慕尼協會。韋爾奇以及幾乎所有醫學界的重要人物都抨擊坦慕尼協會。美國公共衛生部部長布盧則公開要求市長辭職。
坦慕尼協會有所收斂，科普蘭開展公關活動以彌補自己及其「組織」的壞影響，並打著愛國精神的旗號壓制批評。夏天結束前，公眾的怒氣平息了，但是原本是世界最好的公共衛生部也元氣大傷。國際知名的公共衛生教育局的局長辭職了。在職20年的衛生部副部長辭職了，市長用自己的私人醫生頂了空缺。
9月15日，紐約市出現第一例流感致死病例。在此之前，這種疾病從海軍和陸軍基地傳播到馬薩諸塞州的平民中已有很長一段時間了。
在過去10年的兩次脊髓灰質炎流行中，公共衛生官員就差沒封鎖整個城市了。但現在科普蘭什麼都不做。三天後，當醫院中開始充斥流感病人時，他才將流感和肺炎定為要上報的疾病，同時聲明：「大多數報告患上了流感的病人得的應該是其他支氣管疾病，不是流感……」
又過了些日子，甚至連科普蘭都不能再迴避事實了。疾病已經無處不在。最後，他只得對患者實行強制隔離，並發出通知：「衛生部門已時刻準備著將那些可能對人群造成威脅的病人強行送入醫院。」 他還向所有擔憂的人保證：「疾病仍在衛生部的控制之中，而且正在逐漸減弱。」
帕克則深諳此事。1890年，他在維也納求學時就眼見流感奪走了他一位教授的生命。他寫道：「我們哀悼他，也哀悼著自己。」 如今，他和實驗室的其他人幾個月來一直關注著疾病的進展。他清楚地知道「埃克塞特城市」號已變成一座漂浮的停屍房