1918年流感突然來襲，許多受害者仍記得他們得知自己患病那一剎那間的事。全世界都充斥著某人從馬上跌落、某人癱倒在人行道上的新聞。
死亡也來得很快。著名流行病學家、耶魯大學教授溫斯洛（Charles-Edward Winslow）寫道：「我們已發現，一些病例中，原本很健康的病人在12小時內死了。」 《美國醫學會雜誌》報道：「一個健康人下午4:00時首次顯露出癥狀，於次日上午10:00死亡。」 在《西班牙女郎 之災：1918—1919年流感大流行》（）中，作者科利爾（Richard Collier）這樣記述：在里約熱內盧，醫科學生達庫尼亞（Ciro Viera Da ha）正在等公車，有個人用聽上去很正常的聲音向他問訊，但突然就倒地身亡了。在南非的開普敦，就在查爾斯·劉易斯（Charles Lewis）登上公車時，售票員突然癱倒，死了。 接著，在他回家的5公里途中，車上有6人死亡，其中包括司機。
劉易斯只好下車，步行回家。
肺臟首先引起了病理學家的注意。醫生和病理學家曾多次見過那些肺炎死者的肺部。許多死於流感肺炎的人看起來確實酷似得的是普通肺炎。患者死前拖得越久，類似於普通肺炎、細菌性肺炎的屍檢結果的比例就越高。
那些很快就死掉的人——在癥狀初現一天甚至更短的時間內就死亡——極有可能就是死於壓倒性的大量的細菌入侵。細菌破壞了大量的肺部細胞，阻斷了氧氣交換。僅僅這一點就非同尋常且令人困惑。但在流感癥狀初現後的二三天或四天後才死亡的人，無論男女，其肺部與普通肺炎毫無相似之處。它們更加非同尋常，也更令人困惑。
4月，一位芝加哥病理學家給一個研究所所長送去了一些肺部的組織樣本，請他「將之視作新疾病檢查」 。身處法國的一些英國病理學家在那年春天已就奇怪的屍檢現象發表觀點。卡普斯在6月時向韋爾奇、科爾和調查團的其他成員反映過他發現的肺部異常。韋爾奇自己在德文斯軍營的解剖室里所見的那些肺，也使他擔憂這是一種全新的疾病。
呼吸道的唯一功用在於：將空氣中的氧氣傳遞給紅細胞。我們可以將這整個系統畫成一棵倒置的橡樹。氣管從外界輸送空氣至肺，它就相當於樹榦。然後，這個樹榦分成兩大支，都稱為「主支氣管」，它將氧氣輸送入左、右肺。每根主支氣管進入肺部後又反覆分支，越分越細，直至變為「細支氣管」。（支氣管有軟骨，軟骨賦予肺部一種支撐結構；細支氣管則沒有軟骨。）
每個肺又分成幾個肺葉——右肺分為三葉，左肺分為二葉。這5個肺葉又進一步分成19個更小的肺段。在這些肺段內，叢生的小囊像葉子一樣，從小支氣管和細支氣管底端萌發出來，這些小囊被稱作肺泡。它們極像微小而多孔的氣球，平均每個人有3億個肺泡。肺泡的作用就像葉子在光合作用中的作用一樣。肺泡是氧氣真正擴散入血液的場所。
右心室將幾乎不含氧的血液泵入肺臟，在那裡血液流入毛細血管（最細小的血管，細到血細胞只能一個一個列隊行進）。毛細血管環繞著肺泡，氧分子穿過肺泡組織的膜，當有紅細胞循環流經時氧分子就附到它們的血紅蛋白上。攜氧後，血液流回左心房，在那裡血液通過動脈被泵向全身。（全身的血氧供應每分每秒都通過肺在進行。）
在動脈中，紅細胞攜帶著氧氣，是鮮紅色的；在靜脈（比如那些手腕上能看見的血管）中，同樣的紅細胞由於幾乎不攜氧而呈暗紅色。當肺不能再為血液供氧時，部分身體（在有些病例中甚至是整個身體）就會變藍，導致紫紺。無論多麼短暫的缺氧都會造成體內器官的損傷並最終壞死。
健康的肺部組織很輕，柔軟多孔而富有彈性，比水輕很多，還是個很好的隔音器。醫生敲擊一個健康者的胸腔時基本聽不到什麼聲音。當正常肺組織受到擠壓時，它會「劈啪作響」：空氣從肺泡中溢出時，會發出劈啪的雜訊，很像頭髮相互摩擦發出的聲音。
充血的肺發出的聲音則與健康的肺不同：實心的組織會將呼吸音傳至胸壁，所以能聽到「啰音」 ——劈劈啪啪或呼哧呼哧的聲音（儘管也可能是濁音或者鼓音）。如果淤血足夠稠密，範圍又足夠大，肺就會「實變」。
在支氣管肺炎中，細菌（許多種細菌都可以）侵襲肺泡。免疫細胞，還有抗體、體液和其他的蛋白質及酶都隨細菌到了那裡。這些東西充斥於被感染的肺泡，使肺泡無法轉運氧進入血液。「實變」使支氣管周圍出現斑塊，而感染通常都是相當局部化的。
在大葉性肺炎中，整個肺葉都發生實變，成為一個像肝臟一樣的團塊——因此用「肝樣變」這個詞來形容它。一個肝樣變的肺葉可變成不同的顏色，主要取決於所處病變的階段。例如，灰色的肝樣變表示有各種各樣的白細胞湧入肺中抵抗感染。一個患病的肺還含有細胞分解後的碎屑以及各種蛋白質，如纖維蛋白和膠原蛋白，這兩者在身體修補損傷時發揮部分作用。（這些修補也會帶來它們自己的問題。當過多的纖維蛋白乾擾到肺的正常功能時，就會發生「纖維化」。）
約有2/3的細菌性肺炎，甚至更高比例的大葉性肺炎都是由一類細菌引起的，即肺炎球菌的各種亞型。（肺炎球菌也是腦膜炎的第二大病原菌。）致死性肺炎球菌可在數小時內擴散至整個肺葉。即使在今天，在20%—30%的大葉性肺炎病例中，細菌也是通過血液擴散而感染身體的其他部位，許多患者還是會死亡。大葉性肺炎中也會出現一定程度的紫紺，但大部分肺看起來還算正常。
1918年，通過屍體解剖，病理學家肯定已清楚了解了由普通大葉性肺炎和支氣管肺炎造成的常見損傷。但是，那些在大流感中迅速死亡者的肺，那些甚至令韋爾奇都迷惑不已的肺，與此不同。一名病理學家說：「體徵令人費解。很少發現典型的實變。」 還有的說：「以器官損傷為區分依據的舊分類已不適用了。」 還有一位說：「肺泡壁受到原發性毒性損傷，又有血液和體液滲出。在這些病例中很少能找到細菌作用的證據。」
在《美國醫學會雜誌》發表的一篇討論中，幾位病理學家達成共識：「病理學情況是驚人的，不像在這個國家通常見到的任何類型的肺炎……肺部損傷複雜而多樣，在近20年來進行過的數千例屍檢中，任何一例都與其有較大差異，這是令人震驚的。」
一般而言，當肺從屍體中取出時，會像放了氣的氣球一樣塌癟。但現在不是，現在它們是充脹的，裡面充滿的卻並非空氣。在細菌性肺炎中，感染通常會蔓延至肺泡中，進入這個最小的囊里。1918年，肺泡有時也會被侵染，而肺泡間隙被大量物質充盈。佔據肺臟大部分區域的肺泡間隙充滿了被分解的細胞碎片和免疫系統的各種組分——從酶到白細胞。它還充滿了血液。
還有一個觀察者則推斷，「急性死亡」——他在肺部見過跡象——「是一種在其他類型的肺部感染中沒有發生過的損傷。在流感中的損傷是特異性損傷。」
患者的肺之所以會被撕裂，事實上是免疫系統攻擊病毒所造成的間接傷害。因為呼吸道必須允許外界空氣進入身體最深處，所以得有極完善的防禦措施。肺成了入侵者和免疫系統的戰場。這個戰場已是一片狼藉。
遠在肺之前，免疫系統就開始了它的防衛工作。第一道防線就是唾液，裡面的酶能殺死一些病菌。（包括艾滋病病毒，它在大部分體液里都能生存，但在唾液里不行，那裡的酶可以殺死它。）然後，它又啟用物理屏障，如用鼻毛濾除大顆粒，並利用喉嚨的急轉彎使吸入的空氣碰撞到呼吸通道的邊壁。
黏液遍佈於這些通道中，困住一些有機體和刺激物。在黏液層下面覆蓋著一層「上皮細胞」，它們的表面伸展著類似細小毛髮的「纖毛」，它們像小船槳一樣以每分鐘1000—1500次的速度不斷地掃動。這個掃動的動作把外來生物體從它們能容身和發起感染的地方趕出去，一直趕到喉部。如果什麼東西能在上呼吸道找到立足處，身體首先會努力用更多的液體將它衝出——最典型的就是流鼻涕，然後用咳嗽和打噴嚏將它排出。
這些防禦就像下意識抬臂去擋住攻擊一樣自然而然，對肺不會造成任何傷害。即使身體反應過度，通常也不會產生嚴重傷害，儘管不斷增多的黏液會阻塞氣管並令呼吸更加困難（在過敏反應中，免疫系統反應過度也會出現同樣癥狀）。
還有更多攻擊性的防禦。巨噬細胞和「自然殺傷」細胞——搜尋並破壞所有外來入侵者的兩種白細胞，它們和只會攻擊一種特定威脅的免疫系統的其他成分不同——會在整個呼吸道和肺部巡邏。呼吸道中的細胞分泌的酶能夠攻擊細菌和一些病毒（包括流感病毒），或可阻止它們附著到黏液下的組織上，這些分泌物還引導更多的白細胞和抗菌酶投入反擊。如果入侵者是病毒，白細胞還會分泌干擾素，它可以