9月7日，來自波士頓的300名水手抵達費城海軍碼頭。 自此之後，費城所發生的一切常常被當做其他地方類似情況的一個範例。
費城在戰時所經歷的一切都很典型。當時，每個城市都有大量人口湧入。在費城，僅造船業就新增了幾萬名工人。大片沼澤在數月內被改造成世界上最大的船塢——霍格島造船廠，與熔爐、鋼鐵和機器為伴的工人有35 000名，而附近的紐約造船廠的碼頭上有11 500名工人，其他十幾個造船廠的工人數量低則300，高有5000。一些大型工廠也導致城市人口稠密：幾家軍需品工廠集中在一處，每家都僱傭了幾千人；每小時就生產一輛電車的布里爾公司有4000名工人；米德維爾鋼鐵廠有10 000人；而鮑德溫機車廠有20 000人。
戰前的費城已是一個過度擁擠的城市，大量的工作機會又吸引了更多勞工來到這裡，城市人口增長到了175萬，可謂人滿為患。1918年，一份面向社會工作者的全國性刊物評價了費城貧民窟的生活條件：大部分居民仍是幾十戶人家共用一個廁所， 比紐約下東區的惡劣條件有過之而無不及。黑人所處環境則更加惡劣，況且費城的非洲裔美國人比任何一個北部城市（包括紐約和芝加哥）的都要多。
由於住房供給非常緊張，童子軍 甚至要對該地區實行地毯式搜索，以便為剛到此處從事戰爭相關工作的婦女找到房子。兩三個甚至四個大家庭擠在一套兩室或三室的公寓里，大大小小的孩子睡在一張床上。住在公寓里的工人們不僅要共用房間，還要共用床鋪，常常像換班工作一樣換班睡覺。費城的衛生部門坦言，在1917年與1918年交接之冬，「死亡率……因生活費過高和煤炭匱乏而有所增長。」
費城為窮人提供的社會福利就是費城醫院，曾以「布魯克利」 著稱，算是救濟院兼作收容所。除此無他，甚至連一個孤兒院也沒有。的確有社會賢達與改革派多多少少開展了一些慈善活動，但哪怕是常規服務設施（如學校）也是僧多粥少。費城是富蘭克林（Benjamin Franklin）功成名就之處，也是賓夕法尼亞大學 所在地，但其教育經費在全美20大城市中排名倒數第二。整個費城南部居住著幾十萬義大利人和猶太人，但直到1934年，那裡才有了第一所高中。
所有這些都使得費城成為了流行病滋生的沃土，當然還由於費城政府在應對危機時的無能。新聞記者斯蒂芬斯（Lin Steffens）稱費城是「美國管理最混亂的城市」 ，此言不虛。
1916年，主張改革的當權者任期結束，費城領導集團又重掌政權，他們對權力的濫用即便是紐約的坦慕尼協會 也相形見絀。費城管理者是共和黨的州參議員埃德溫·瓦雷（Edwin Vare）。對自認高他一籌而看輕他的沃頓（Wharton）、比德爾（Biddle）和沃納梅克（Wanamaker）等人 ，他都予以重擊和嘲弄。瓦雷身材矮小粗壯、大腹便便，綽號叫「小傢伙」。他出生於費城南部並在那裡長大，當時尚未有移民湧入那個地方。他的家在一個養豬場內，那塊地方當時是鄉下，被稱為「頸彎」。發跡後他仍舊住在那裡。他的財產來源與其政治活動密不可分。
所有的政府工作人員必須將一部分薪水交給瓦雷集團。為確保無人漏網，政府工作人員領薪既不在工作的地方，也不在市政廳（一座非常華麗的維多利亞式建築，弧形的塔肩，窗外掩映著垂柳），而是在市政廳街對面的共和黨總部。市長本人也要從工資里交出1000美元。
瓦雷也是城裡最大的承包商，他最大的承包項目是清掃街道，簽下了差不多20年的合同。在那個3000美元就夠一個家庭愜意生活一年的時代，瓦雷僅1917年一年在這項生意上的收入就超過了500萬美元。這倒不是說所有的錢都進了瓦雷的口袋，但即使是留下來的部分也要由他經手並徵稅。然而，費城街道的骯髒程度卻是出了名的，尤其是在城南——那裡是最需要打掃的地方。比如水溝，說是水溝，卻塞滿了其他亂七八糟的東西，污水根本無法排放，有時污水就淤積於內。瓦雷的勢力在那裡最為根深蒂固。
極具諷刺意味的是，城市公共設施的極度匱乏反而加固了瓦雷集團的勢力，因為他們能提供這個城市所不能提供的東西：窮人的食物供給、工作機會和援助，甚至能動用警力來提供幫助——警長和許多治安長官都在瓦雷的掌控之中。人們用投票來報答這些恩惠，瓦雷就如同中世紀的鍊金術士一般，點票成金。
瓦雷集團中飽私囊，於是埃德溫·瓦雷和他的兄弟［眾議院議員威廉·瓦雷（William Vare）］搖身一變成了慈善家，他們給位於莫亞門斯大街和莫里斯街交匯處的教堂捐了一大筆錢，教堂便以他們母親的名字重新命名成了阿比蓋爾·瓦雷（Abigail Vare）衛理公會紀念教堂。以普通人命名的教堂為數不多，這是其中之一。
然而，瓦雷集團和聖潔二字毫不沾邊。1917年的大選初選日，瓦雷的幾個手下亂棒攻擊某對立派的兩位領導人，然後又將一名干預此事的警察毆打致死。這一事件在費城引起了軒然大波。1918年，瓦雷的首席助理是托馬斯·B·史密斯（Thomas B. Smith）市長。在其首任任期內，他因三次互不相干的控告被起訴，次次都無罪釋放，其中包括謀殺那個警察的同謀罪。但就是這次大選使得瓦雷完全控制了市議會（市立法機構），並對州立法機構施加了很大影響。
克魯森（Wilmer Krusen）博士是費城公共衛生和慈善部門的領導人，這是個政務官性質的職位，根據市長的喜好而委任，其任期隨市長卸任而自動結束。克魯森的職務實際上就相當於由瓦雷集團指定。他是一個正派人，其子後來成為梅約醫學中心的外科醫生，但他並無公共衛生方面的背景，也缺乏對公共衛生事業的奉獻精神。換言之，他對公共衛生問題一竅不通。況且他生來就是那種認為大部分問題都會自行消失的人，從不貿然行事。
他當然不會向集團施加哪怕一丁點壓力以改善公共衛生狀況。身為婦科醫生，他在大規模的全國反賣淫運動中卻拒絕助軍方一臂之力。即使是賣淫合法化的新奧爾良都迫於壓力關閉了紅燈區斯托里維爾，費城依舊巋然不動。儘管賣淫在費城是非法的，但沒有什麼能阻礙當地肉體產業的發展。因此，據一份軍方報告稱，海軍在軍事基地外「實質上也全盤控制了警方事務」 。
這座城市的政府正在被腐敗拖垮，而且瓦雷（選區負責人和企業家雙重角色）和市長之間還存在權力分化。市府不願有所行動，而且即便它想做也力不從心。
波士頓來的水手抵達海軍碼頭四天後，19名水手被報告出現流感癥狀。
費城海軍轄區的首席衛生官普盧默（R. W. Plummer）少校也是個醫生，他對流行病在聯邦碼頭和德文斯的猖獗及其在馬薩諸塞州平民間的傳播情況很了解。他決心控制疾病的爆發，於是下令立即對這些水手兵捨實行隔離，並對他們接觸過的東西進行徹底消毒。
可是，事實上病毒已經逃逸了，而且並不僅僅是逃進了城市。一天前，334名水手已經離開費城前往普吉特灣， 他們中的許多人在抵達那裡時就已病入膏肓。
普盧默立即召來了劉易斯。
劉易斯也一直在期待著這個電話。
他熱愛實驗室勝過一切，並且深得韋爾奇、西奧博爾德·史密斯和弗萊克斯納的信任。劉易斯作為一名青年科學家曾先後在他們手下工作過，他憑藉自己的出色表現贏得了他們的信任。他成就卓著，前途不可限量。他感受到自己的價值所增添的壓力，但並不為此沾沾自喜，而是感到責任重大，在前途和雄心壯志上都是如此。是請他來創辦並掌管新的菲普斯研究所——菲普斯與合伙人卡耐基一起藉美國鋼鐵業發展成了百萬富翁，也和卡耐基一樣成了著名的慈善家——的一個邀請，讓劉易斯從洛克菲勒研究所來到了費城。新研究所附屬於賓夕法尼亞大學，劉易斯以洛克菲勒研究所為模板來建設菲普斯研究所，不過菲普斯研究所將更專註於研究肺病，尤其是肺結核。
毋需任何人向劉易斯解釋情況的緊迫性，他知道死於7月初的英國水手們的詳細情況，而且很可能嘗試過從他們身上提取細菌進行培養來製備血清。在獲悉海軍碼頭出現流感後不久，劉易斯就趕到了那裡。
劉易斯要負責病原體追蹤和血清及疫苗的開發，這通常是一個循序漸進、縝密緩慢的過程。可是，現在已經沒有時間按照慣常的科學程序來進行工作。
第二天，87名水手患病。到9月15日，劉易斯與助手們在賓大和海軍醫院進行實驗室工作的同時，病毒已經令600名水手和水兵病重入院，而患病人數每過幾分鐘就有增加。海軍醫院床位告罄。海軍開始把病號送往位於第八街和斯普魯斯街的賓夕法尼