醫學詞典將肺炎定義為「肺實質的炎症」。這一定義沒有提到感染的問題，但實際上感染幾乎是所有肺炎的病因：某種微生物侵染肺部，隨後機體抗感染機制啟動，結果由細胞、酶、細胞殘骸、體液以及相當於瘢痕組織的物質組成的炎症混合物逐漸增厚並導致實變；於是，原本柔軟、多孔且富彈性的肺變得堅硬、緊密、失去彈性。如果肺部大面積實質化，不能把足夠的氧氣輸送入血流，抑或病原體進入血流中感染全身，病人就會死亡。
直到1936年，肺炎一直佔據美國頭號殺手的位置。它和流感緊密相連，就連現代國際衛生組織統計時（包括由美國疾病控制中心彙編的數據）也習慣性地將兩者並為同一種死亡原因。即使在21世紀初的今天，在我們已經擁有了抗生素、抗病毒藥物、輸氧以及重症監護病房的情況下，流感和肺炎仍列美國第五或第六大死因——每年都在這兩個位置上變動，這取決於當年流感多發季節流行情況的嚴重程度。在所有傳染病導致的死亡中，它們也是數一數二的主要原因。
流感要麼通過大量病毒侵染肺部直接引起肺炎，要麼間接引發肺炎——這比較常見，通過破壞機體某些部分的防禦機制，使得細菌等所謂的繼發性感染原在已毫無招架之力的肺上滋生。亦有證據表明， 流感病毒不僅能掃除機體的防禦機制，而且特別能增強某些細菌對肺組織的黏附能力，從而令肺部更容易受到細菌侵染。
儘管有很多種細菌、病毒及真菌可以侵染肺部，但肺炎最常見的病因還是肺炎球菌，它既可以是原發性的也可以是繼發性的感染原。（約有95%的大葉性肺炎都是由它引發的，包括一整片或多片肺葉受侵染，但它引起支氣管肺炎的概率卻低得多。）1881年，斯滕伯格在軍隊駐地一個臨時實驗室里工作，他從自己的唾液里首次分離出了這種細菌，並接種到兔子身上，發現它是致命的。他並沒有將這種疾病視為肺炎。後來巴斯德也發現了同一種生物並先於斯滕伯格公之於眾，因而按照科學慣例，人們認為是巴斯德首先作出了發現。不過，巴斯德也沒有把它引發的疾病歸為肺炎。三年後，第三名研究人員證明了這種細菌會在肺中頻繁地克隆繁殖並導致肺炎，肺炎球菌因此得名。
在顯微鏡下，肺炎球菌看起來是一種典型的鏈球菌——一種中等大小的橢圓或圓形的細菌，通常好幾個連在一起，就像一條鏈子。不過，一般每個肺炎球菌只和另一個連在一起，像並排的兩顆珍珠，所以有時也被稱為肺炎雙球菌。如果暴露於陽光下，肺炎球菌90分鐘之內就會死掉；但如果在陰暗的房間內，它可以在潮濕的痰液中存活10天左右。人們偶爾也能在灰塵顆粒上發現它的蹤跡。它若以致命形式出現，感染力很強——事實上它自己就能導致流行病的發生。
早在1892年，科學家們就嘗試用免疫血清治療肺炎。他們並未成功。在接下來的10年間，研究人員在對抗其他疾病上取得了巨大進展，但對肺炎還是無計可施。他們並非未曾努力。一旦研究者們在白喉、黑死病、傷寒、腦膜炎、破傷風、蛇咬傷或者其他致命疾病研究上有些許進展，他們就會馬上將這種方法運用於肺炎治療中，但還是毫無成功的跡象。
研究者們在科學的最前沿奮鬥，逐步提高了研究能力，製備出一種免疫血清，該血清能使動物免患肺炎，但對人不起作用。他們努力想搞清楚這種血清的作用機制，以使那些最終可能得出治療方法的假說得以完善。因發明了一種傷寒疫苗而被授予爵位的阿姆洛斯·賴特爵士（Sir Almroth Wright）推測，免疫系統以一種他稱之為「調理素」的物質包裹外來生物體，使白細胞能更容易地吞噬外來物。他的直覺是對的，但他從這個直覺中推出的結論卻是錯的。
沒有一個地方的肺炎流行情況會比南非金礦、鑽石礦工人中更為嚴重，那裡幾乎常年被肺炎流行所籠罩，肺炎階段性的爆發常令40%的病患死亡。1914年，南非的礦場主們請求賴特發明一種預防肺炎的疫苗。賴特宣稱他成功了。可事實上他非但失敗了，而且其疫苗還會致人死亡。這件事連同其他一些過失讓賴特的競爭對手們給他起了一個嘲諷的綽號——「幾乎正確爵士」（Sir Almht）。
不過，那時已有兩名德國科學家發現了一條治療和預防肺炎的線索。1910年，他們把肺炎球菌分為「典型性」和「非典型性」兩種，他們和其他人沿著這條線索開始工作。
然而，肺炎研究卻因第一次世界大戰開始而滯留不前。奧斯勒仍在推薦切開術——放血：「我們現在比過去幾年用得更多了，但大都用在疾病晚期而不是早期。如若強壯健康的人得了極嚴重的肺炎並伴有高燒，我相信病剛發作時就給他放血會是很好的手段。」
奧斯勒並未說放血治癒了肺炎，只是認為這樣做能夠減輕某些癥狀。他錯了。在他1916年版的教科書里也寫道：「肺炎是一種自限性疾病，不能靠我們現有的任何手段去干涉或中止。」
美國人將要挑戰這個結論。
當科爾到洛克菲勒研究所就任醫院院長時，他決定將自己及所組建團隊的大部分精力投入到肺炎研究中。作這個決定的原因顯而易見，因為肺炎是最厲害的殺手。
要治癒或者預防肺炎，就像對付當時其他所有的傳染病一樣，需要利用機體自身的防衛機制：免疫系統。
在科學家們可以戰勝的疾病中，抗原（入侵生物體表面的分子，它能刺激免疫系統應答，也是免疫應答的靶標）是不會變化的。比如白喉，危險的不是細菌本身而是它所產生的毒素。
毒素是沒有生命的，不會進化，有固定的形態，因此抗毒素的生產就成了一種程序化工作。給馬注射劑量逐漸遞增的致命細菌，細菌就會製造毒素。接下來，馬的免疫系統產生抗體，抗體結合併中和了毒素。然後給馬放血，去除血液中的固形物，只留下血清，最後純化成常見的、用來救命的抗毒素。
製造破傷風抗毒素、弗萊克斯納的腦膜炎免疫血清及其他幾種免疫血清或抗毒素的過程也是一樣的。科學家們給馬接種以預防一種疾病，然後萃取馬的抗體注射給人。這種對外源免疫系統防禦物的借用稱為「被動免疫」。
當用疫苗直接刺激人的免疫系統時，人體會產生自己的對抗細菌或病毒的防禦物，這個過程稱為「主動免疫」。
但在迄今所有已成功治療的疾病中，免疫系統的目標（即抗原）是保持不變的。靶子是靜止的，沒有移動，所以能很好地擊中。
肺炎則不同，發現「典型性」和「非典型性」肺炎球菌的區別就是開啟了一扇門，研究人員現在已經找到了許多種類型的細菌，不同類型有不同的抗原。同種類型的細菌有時候是劇毒的，有時候則不是。但是為什麼有些會致命、有些則是溫和的或者並不致病，那時還沒有人設計實驗來解答這個問題。由於已有數據隱晦不清，這個問題只能交給未來去回答。人們所關注的更為迫在眉睫：尋找一種可以治病的免疫血清，或一種可以預防疾病的疫苗，或者兩者。
到1912年，科爾已經在洛克菲勒研究所研製出了一種針對某種類型的肺炎球菌的免疫血清，雖然稱不上療效顯著，但已經起了一定作用。科爾偶然讀到埃弗里的一篇主題全然不同的文章——肺結核患者的繼發感染。要說這篇文章是經典之作確有些勉為其難，但它給科爾留下了深刻的印象：論據充分、闡述詳盡、推理嚴密，分析也很透徹，指明了對結論隱含意義的理解和可能的研究新方向。這篇文章也證明了埃弗里豐富的化學知識，以及在病人身上完成對疾病進行全面科學研究的能力。科爾給埃弗里捎了封短箋，提供給他一個研究所里的職位。埃弗里沒有回覆。於是科爾又寫了第二封信給他，仍然沒有收到答覆。最後，科爾親自登門造訪，並提高了該職位的薪水。科爾後來才知道，原來埃弗里很少查看信件——這正是埃弗里的作風：只關注於自己的實驗。最後，埃弗里接受了科爾的邀請，在第一次世界大戰開始不久、美國參戰之前，埃弗里開始了他對肺炎的研究。
科爾對肺炎研究充滿熱情，而埃弗里對肺炎的研究堪稱執著。
埃弗里是個瘦小單薄的人，實際體重不會超過50公斤。他有著碩大的腦袋和炯炯有神的眼睛，看起來像人們所嘲笑的那樣「書生氣十足」（egghead） ——如果當時已經有了這個詞的話，或者是孩童時在學校總受欺負的那種人。即便他確實被欺負過，也一定沒有留下什麼心靈創傷，他看起來很友善、很樂觀，甚至可以說非常爽直。
埃弗里生於蒙特利爾，在紐約長大，是紐約某教堂里一個浸洗會牧師之子。他在很多方面都有天賦。在科爾蓋特大學的一次演講比賽中，埃弗里與同班同學哈里·埃默森·福斯迪克（Harry Emerson Fosdick）並列獲得了一等獎，後者是20世紀初最傑出的牧師之一（他的兄弟雷蒙德最後做到了洛克菲勒基金會的主席，