威爾遜總統要求「將殘酷無情的精神……滲透到國民生活的每個角落之中」。為了貫徹這一指示，克里爾想要營造一批「熱情的民眾」，一批受「不朽之決心」驅動的民眾。他這麼幹了。這是一場真正的全面戰爭，戰火甚至燒到了醫學行業。
克里爾的精神影響了《軍醫》（）——一本軍隊為他們的醫生出版的期刊。該刊寫道：「這個國家中的每一項活動都直接指向同一個目標，那就是贏得這場戰爭；現今的任何其他事都不重要；若不能贏得戰爭，任何事情都將不再重要。所有不直接指向這個目標，或者不能通過最有效的方式來實現這個目標的組織都得不到資助……因此，醫學要為戰爭而救死扶傷，藝術要為戰爭而文過飾非，娛樂表演等活動要為戰爭重振士氣。」
這本醫學期刊——原本是為以拯救生命為宗旨的醫生創辦的期刊——還宣稱：「對人類生命的關心成為十分次要的……醫學官員更注重大局而非細節，即使是極為重要的個人人身安全，在公眾利益的措施面前也要退居其次。」 這本期刊在表達其「公眾利益」的觀點時，引用了老兵麥克雷（Donald McRae）少校的話：「當［受審的］戰俘人數足夠多時，若（在戰壕中）又發現受傷的敵軍士兵，就一刀刺死他們。」
戈加斯對該刊編輯的觀點持不同看法。洛克菲勒資助的一位研究人員發現壞疽抗毒素有效後，準備發表自己的結果——儘管這樣做可能令德軍受益。戈加斯和戰爭部長牛頓·貝克都認為他應該這樣做，於是他這樣做了。韋爾奇對弗萊克斯納說：「我很高興，戰爭部長和軍醫署長都果斷地表明了立場。」
但是，戈加斯沒時間理會《軍醫》雜誌的那些編輯，他有更重要的事情去做。他正專註於自己的手頭工作，以一種傳教士般的使命感全力以赴，因為他心頭始終壓著一個夢魘。
美軍人數在短短數月內從戰前的幾萬猛增到幾百萬。一批龐大的兵站在短短數周內匆匆湊集起來，每個都要容納5萬人左右。在營地完工之前，數十萬士兵就居住在這些兵站中。他們擁宿在臨時搭建的木板房裡，而木板房的數量還遠遠不夠。幾萬名年輕士兵只好擠在帳篷里熬過第一個冬天。在建築完工前，沒人考慮必須建造醫院。
在這種環境下，大批的人聚集在一起，人與人之間摩肩接踵，原本相隔幾百公里之遙的農村人和城裡人開始接觸，而他們每個人對疾病具有完全不同的免疫力和易感性。美國史無前例地——甚至在世界歷史上也無此先河——以這樣一種方式聚集起這麼多的人。即便是在歐洲前線，即便那裡彙集了來自中國、印度和非洲的勞工，各種具不同易感性的人相聚集，也不曾有美軍訓練營內這般的混雜人口的爆炸性增長。
戈加斯的夢魘就是會橫掃軍營的流行病。因為部隊調動的方式是從一個營地到另一個營地，如果傳染病在一個軍營內爆發，要隔離這個軍營不讓疾病向別的軍營擴散會非常困難。數千人甚至上萬人會因此喪命。這種流行病還可能擴散到民間。戈加斯在他的能力範圍之內，竭盡全力阻止這個夢魘成為現實。
至1917年，醫學科學早已擺脫了面對疾病束手無策的窘境。實際上，它就矗立於冥河之岸。如果說它能夠涉過死亡之河而於黃泉路口拉回幾條人命，那實驗室就被賦予了更大的希望。
沒錯，當時科學上僅發現了埃爾利希設想的一系列「神奇子彈」 中的一種。為了治療梅毒，埃爾利希和一名同事試驗了900種不同的化合物，在重新測試第606種化合物時，他們終於成功了。那是一種砷化物，這回它發揮了效果——能治療梅毒而對病人無害。這種物質被命名為「薩爾佛散」（Salversan），俗名就是「606」。
科學在調控免疫系統和公共衛生方面已經獲得了相當可觀的成就。利用疫苗可預防包括炭疽熱和豬瘟在內的許多種能夠毀滅畜群的疾病。在抗擊天花旗開得勝之後，研究人員又開展進一步的工作，研發一種能預防其他疾病的疫苗以及治療疾病的抗毒素和血清。科學已經戰勝了白喉。人們採取公共衛生措施防範傷寒、霍亂、黃熱病和黑死病，針對它們的疫苗也已經問世。蛇毒抗毒素正在投入生產。一種痢疾抗血清已被發現。還有種破傷風抗毒素帶來了神奇的效果：在它未廣泛使用的1903年，美國每1000名患者中有102名難逃死劫，10年後，抗毒素的普及把每千人的死亡率降到了零。 腦膜炎得以控制——如果還不算被攻克的話——是弗萊克斯納的抗血清的功勞。1917年，人們研製出一種壞疽抗毒素，雖然它還不如其他抗毒素那麼有效，但隨著時間的推移，科學家們可以像改進其他抗毒素一樣改進它。通過調控免疫系統來戰勝傳染病的設想，前景似乎也一片光明。
在管理層面上，戈加斯也在採取行動。他監督新分配進軍營的軍醫到洛克菲勒研究所接受世界頂級科學家的培訓，他著手儲備大量的疫苗、抗毒素和免疫血清。他沒有依靠藥品製造商提供的這些藥物，它們不太可靠，常常沒有療效。1917年，紐約州衛生委員比格斯檢測了市場上幾種治療疾病的藥品，結果發現質量非常糟糕，一氣之下，他封禁了所有紐約州藥品製造商的貨物。 因此，戈加斯將藥品生產交給了他信得過的人。軍醫學校能提供足以供500萬人所需的傷寒疫苗， 洛克菲勒研究所則生產預防肺炎、痢疾、腦膜炎的免疫血清，後來成為國家衛生研究院的華盛頓衛生學實驗室則負責準備天花疫苗以及白喉和破傷風抗毒素。
戈加斯還將幾輛有軌電車改造成當時最現代化的實驗室——配備這些車的資金不是由政府，而是由洛克菲勒研究所和美國紅十字會提供，並將這些移動實驗室派駐到全國各個戰略要點上。正如弗萊克斯納對戈加斯的助手弗雷德里克·羅素（Frederick Russell）上校說的那樣，它們整裝待發，「將前往任何一個有肺炎或其他流行病爆發的軍營中去」 。
甚至在建造軍營之前，戈加斯也為「預防傳染病」 創建了一個特殊的部門，並配置了最合適的人員。剛從英、法軍營巡視歸來的韋爾奇對可能存在的薄弱環節比較了解，因此由他來負責這個部門。其餘5名成員分別是：弗萊克斯納、沃恩、羅素、比格斯和羅德島州的蔡平。每個人在國際上都頗有聲望。他們為軍隊制訂了最大程度降低流行病發生率的周密計畫。
與此同時，1917年大批軍隊湧入軍營時，洛克菲勒研究所的科爾、埃弗里（Oswald Avery）及其他一些轉而專攻肺炎的科學家發布了一則特殊的警告：「雖然肺炎主要呈地方性發生，但也許出現過我們不得而知的或小或大的流行。它曾是威脅到巴拿馬運河開鑿工程的最嚴重的疾病。」 它甚至比黃熱病還嚴重，對此戈加斯十分清楚，「肺炎在大量易感人群聚集地區的盛行，將令事態變得極為嚴重。肺炎［似乎］特別容易感染新兵。［1916年］在墨西哥邊境的少數部隊中爆發了流行性肺炎。這件事為我們敲響了警鐘——若在冬季把大批易感人群集中到一起，我們的軍隊中很有可能會悲劇重演。」
然而，戈加斯所在軍隊的上級長官對此警告充耳不聞。結果不久後，軍隊就嘗到了流行病侵襲的苦頭。不過這對病毒和藥物而言還只是一次小試牛刀。
1917年和1918年的交接之冬是洛基山脈東部有史以來最冷的一個冬天。兵營里塞滿了人，還有幾十萬人住在帳篷里，營地醫院和其他醫療設施尚在搭建。在一份軍方報告中，部隊勉強承認了未能提供冬衣乃至供暖的失誤。然而，最大的危險乃是過度擁擠。
弗萊克斯納警告說：「當時的狀況就像人們把各種病症帶到了一起，每個人都得了以前沒得過的病。這種狀況由於管理混亂和缺乏足夠的實驗設備等失誤而愈演愈烈。」 沃恩的抗議起不到任何作用，後來他稱這些軍隊的做法「簡直瘋了……因此而白白犧牲的生命難以估算……其實在軍隊集結之前就已有人向有關部門指出接下來的動員階段會存在的危險，但答覆卻是：『動員的目的是讓國民儘快成為訓練有素的士兵，而不是給他們實地教授預防醫學。』」
在那個難熬的寒冬里，麻疹侵襲了軍營並很快流行起來。麻疹通常只發生在兒童身上，癥狀也僅是發熱、出皮疹、咳嗽、流鼻涕以及身體不適。但就像其他兒童病一樣——尤其是病毒性疾病——當麻疹攻擊成年人時，力度非常之猛。（21世紀初，全球每年仍有100萬人死於麻疹。）
這場爆發的流行病用各種方式折磨著患者：高燒、對光極其敏感、劇烈地咳嗽。併發症則包括重度腹瀉、腦膜炎、腦炎（大腦的炎症）、嚴重的耳部感染以及痙攣。
由於已感染士兵在軍營之間來回走動，病毒被帶到了各處，像保齡球擊倒木瓶一樣橫掃所有營地。沃恩報告說：「1917年秋，沒有一列開到韋勒營［喬治亞州梅肯附近］的軍用火車不攜帶1—6個麻疹患者。這些人……在露營中和火車上把病毒傳