沒人能絕對肯定1918—1919年的流感大流行是從堪薩斯州哈斯克爾縣起源的。還有一些關於這種病毒起源的其他理論（詳見《後記》的討論）。諾貝爾獎得主伯內特（Frank Macfarlane Bur）經歷過這場大流感，其科研生涯的大部分時間也都用於研究流感，他總結道，證據「強有力地表明」1918年大流感始發於美國，它的傳播「與戰爭（尤其是大批美國軍隊進入法國）密切相關」 。許多科學家贊同他的看法。證據的確強有力地表明福斯頓軍營遭遇了美國第一次流感大爆發。如果事實果真如此，從受病毒感染的哈斯克爾到福斯頓的人員流動也強有力地表明哈斯克爾就是病毒的起源地。
無論起源何方，要明白接下來發生了什麼，必須先了解病毒以及變異群的概念。
病毒本身就是一個存在於生命邊緣的謎。它們不是簡單的小細菌。細菌有且僅有一個細胞，卻相當有生命力，每個個體都能新陳代謝，可以獲取食物、產生代謝物並通過分裂進行繁殖。
病毒不需要食物或耗氧來獲取能量，任何稱得上新陳代謝的行為都與之無關。它們不產生任何代謝物，沒有性別之分，無論是巧合或是刻意為之，它們從不製造副產物，甚至不會獨立繁殖。它們算不上是完整的生命體，卻比一堆沒有活性的化學物質高等得多。
有好幾種關於病毒起源的理論並存，相互之間並不矛盾。現有證據支持所有理論，不同病毒的發生史不同。
有種少數派觀點認為，由於最原始的分子具備複製自身的能力，所以病毒是獨立起源的。倘若如此，更高等的生命形式就有可能由它進化而來。
更多的病毒學家則持相反觀點，他們認為：病毒最初是從較複雜的活細胞演化——或者更確切地說是退化——成為更簡單的有機體的。這個理論的確適用於某些生物體，如「立克次氏體」病原體家族。立克次氏體過去曾被認為是病毒，但現在認為是介於細菌和病毒之間的某種生命體，研究者們相信它們一度擁有一些獨立生存必需的活性，但後來失去了。麻風桿菌似乎也是從複雜體（有多種功能）向簡單體（功能變少）轉變的。第三種理論認為病毒曾是細胞的一部分，是一種細胞器官，但後來突然脫離出來並開始獨立進化。
無論是怎樣起源的，病毒都只具備一種功能：複製自身。但同其他生命形式不同（如果病毒也能稱為一種生命形式的話），這個過程並非由病毒自己來完成。它侵入具有能量的細胞，然後就像操縱木偶一樣，控制並利用細胞機器複製並組裝出上千個、有時甚至是幾十萬個新病毒，最終摧毀細胞。完成這一切的力量源自病毒基因。
在大多數生命形式中，基因都連綿排列在一段有一定長度的細鏈上，比如DNA（脫氧核糖核酸）分子上，但包括流感病毒、艾滋病病毒以及引起SARS（嚴重急性呼吸道綜合征）的冠狀病毒在內的許多病毒，則將基因編碼在RNA（核糖核酸）上。RNA是一種結構更簡單但不夠穩定的分子。
基因類似於軟體。就像計算機代碼中的一段二進位序列指導計算機如何運作——是運行一個文字處理程序、電腦遊戲還是網際網路搜索——一樣，基因則給細胞命令，告訴它該做些什麼。
計算機代碼是一種二進位的語言：只含有兩種字元。而基因代碼語言則使用了四種字母，分別代表腺嘌呤、鳥嘌呤、胞嘧啶以及胸腺嘧啶（在某些情況下由尿嘧啶代替胸腺嘧啶）。
DNA和RNA就是一串串上述化學物質的排列組合。它們是非常長的字母序列，有時這些字母根本構不成有意義的單詞或句子。事實上，人類97%的DNA並不包含基因，於是被稱為「無義」或「垃圾」DNA。
但當這些字母組成了有意義的單詞或句子時，這些序列就被定義為基因。
當細胞中某基因被激活時，它就會命令細胞產生一些特殊的蛋白質。這些蛋白質可以作為構成組織的基本單元，就像建房所用的磚塊一樣（總體來說，人吃進的蛋白質的歸宿就是形成人體組織）。然而，蛋白質在體內更重要的作用是攜帶信息，以啟動和中止不同的化學反應進程。例如，腎上腺素既是一種激素也是一種蛋白質，它能幫助調節新陳代謝，特別是影響血糖濃度。
當病毒成功侵入細胞時，它把自己的基因插入細胞的染色體組中。病毒基因從細胞自身基因手中奪取了控制權，使細胞內部系統開始為病毒而不是為細胞本身生產所需要的物質。
這樣，細胞產生了幾十萬份病毒蛋白質，它們與病毒基因組拷貝結合起來，形成了新的病毒。然後，這些新生病毒就會脫離宿主細胞。在新生病毒顆粒從細胞表面破壁而出去感染其他細胞時，宿主細胞幾乎難逃死劫。
不過，即便病毒所能做的僅此一項，它們也很不簡單。它們高度進化，感染區域集中，比任何真正的生物體都更有效率，幾乎就是完美的傳染性生物體。而流感病毒正是這些完美生物體中出類拔萃者之一。
第一位現代建築大師沙利文（Louis Sullivan）曾說過，形式隨功能而生。
要認識病毒，或者說了解生物學，必須像沙利文那樣，不是用以文字為基礎的語言來思考（因為這種語言只能給事物命名），而是用一種三維的、以形狀和形式為基礎的語言去思考。
在生物學中，特別是在細胞和分子水平上，幾乎所有的活性都依賴於形式和物理結構——所謂的「立體化學」。
在這種語言的字母表裡，可以找到稜錐、圓錐、楔形、蘑菇形、方塊、蛇形、傘狀、球狀和帶狀等「字母」，它們扭曲纏繞成各種可能的「埃舍爾式」摺疊。每種能想像得出的形狀都包含在內。每種形式都被準確定義、被精細描述到細節，並且每種形式都被賦予了一種含義。
基本上人體內的一切——不管它所處位置，或是在其表面攜有一種形式、一個記號、一塊可用來區分其特有實體的片段，或是以整體的形式來表現其特點。［後一種情況中，它給出的是純粹的信息資料，這正好完美地闡述了麥克盧恩（Marshall McLuhan） 的觀點：「媒介即信息。」］
閱讀這種信息就像讀盲文一樣，是一種內在本質的行為，一種憑接觸和感受完成的行為。人體中所有物質都是通過這種方式交流的——以接觸來發送和接收信息。
這種交流的方式和圓枘與圓鑿匹配的方式差不多。當它們能夠匹配且大小合適時，圓枘就會牢固地楔合在圓鑿中。雖然人體內各種物質的形狀遠比圓枘複雜，但原理是一樣的。
在人體中，細胞、蛋白質、病毒，還有其他的一切彼此間都會經常撞上，進而發生物理上的接觸。如果一個突起和另外一個根本不匹配，兩者則各行其道，不發生任何作用。
但如果兩者互補，接下來的行為就變得愈發相互關聯了。如果它們恰好適配，就會「結合」在一起。有時兩者的結合像尺寸不符的圓枘和圓鑿一樣不牢固，它們就有可能再分離；有時它們能相配，就像一枚萬能鑰匙插入一把簡易門鎖；有時它們則匹配得天衣無縫，就像一把多齒的鑰匙開一把安全性很高的鎖。
隨後，結果開始呈現，物質發生了改變，人體產生了反應。結合的結果就如性、愛、恨、暴力等行為一樣引人注目，或者說更具破壞性。
一共存在三種不同類型的流感病毒：A型、B型和C型。C型很少在人類中引發疾病。B型可以使人類發病但並非傳染性的。只有A型流感病毒會導致流行性疾病或世界流行性疾病。所謂流行性指的是在某地或全國範圍內爆發，而世界流行性則是指在世界範圍內爆發。
流感病毒並非從人類發源，它們的天然宿主是鳥類。鳥類身上的流感病毒變異體比人類身上的要多得多。引起的疾病在鳥與人類身上卻有相當大的差別。在鳥類中，病毒感染的是胃腸道。鳥糞中含有大量的病毒，而且傳染性病毒能夠污染冷水湖和其他水源。
人類過多接觸鳥類病毒也會直接被傳染，但鳥類病毒不會在人與人之間傳染，除非它自身先發生變化並適應了人體環境。
這種事情發生的概率很低，但的確存在。病毒也可能以哺乳動物（尤其是豬）為中介間接傳染給人類。一旦一種流感病毒的新變異體適應了人體環境，則很可能會迅速傳遍整個世界，一場世界性的大流感就會爆發。
大流感的進攻方式通常是一浪接一浪的。累積「發病率」（一波又一波襲擊中病倒的人數之和）常常超過50%。有位病毒學家認為流感病毒的傳染性太強，於是他將其稱為傳染性疾病中的「一種特例」，「其傳播速度如此之快，以至於耗盡了易感宿主細胞的供給」。
流感病毒和其他一些病毒（而不是細菌）一起引發了包括咽喉疼等約90%的呼吸道傳染病 。
冠狀病毒（引起普通感冒及SARS的病原體）、副流感病毒，還有許多其他病毒都會引起類似流感