洛克菲勒研究所的創始人一直希望建立一個疾病研究的小型附屬醫院。這個醫院不接受付費治療，只接受那些患了正在研究的疾病的人。世界上還沒有哪一個研究所有這樣的設施。韋爾奇、弗萊克斯納、蓋茨以及洛克菲勒都有此願望。但醫院的首任院長科爾（Rufus Cole）將自己的想法強加於他們，卻是他們始料未及的。
科爾高高的個子，留著小鬍鬚，舉止優雅，其祖上在1633年就到了馬薩諸塞州的普利茅斯。他實在不像是一個強硬的人，也看不出是一個能跟弗萊克斯納對抗的人。但是，凡經他仔細思索的事情總能保持正確，他的見地強而有力。而且，他遵從證據而非個人喜好，以冷靜和韌性來推動自己的想法。長期與他合作的同事里弗斯說，科爾是一個「謙虛、有點害羞的人」，「會為了避免衝突而讓步」。但里弗斯又補充說：「他從霍普金斯畢業時就被認為是那批畢業生中最有前途的一個……如果你把他惹毛了，把他逼到牆角或背後扯他後腿什麼的……一般你都會後悔，因為你會發現，這位老兄決不害怕戰鬥。」
科爾興趣廣泛，晚年還寫了兩卷有關克倫威爾（Oliver well）、斯圖加特王室以及英國內戰的研究著作，長達1294頁。但在研究所的午餐桌邊，他全神貫注。海德爾伯格回憶說：「他會坐在那兒仔細聆聽，然後提出一個問題，這個問題對於在此方面知之甚多的人而言，通常顯得非常幼稚，但是總會因此而帶來新的火花而深化原來的問題。科爾博士在這方面真的是非常不簡單。」
科爾的父親和兩個叔叔都是醫生。在霍普金斯，他的導師巴克（Lewellys Barker）挨著病房建立了實驗室以研究疾病，而不只是進行診斷測試。科爾在那兒已經完成了開創性的研究。這些經歷可能影響他現在做「臨床」研究時的處理方式——用病人代替試管或動物樣本。
弗萊克斯納把附屬醫院看作一個實驗科學家實現想法的試驗場，在這裡科學家可以控制試驗療法，醫生治療病人和技術人員對待實驗動物沒什麼差別。
科爾卻持不同觀點。如里弗斯所言，他不允許醫院及其醫生「像女僕一樣服務，他和同事們不打算檢驗野口（Noguchi） 、麥薩爾（Meltzer） 或列文（Levene） 的想法。科爾堅持認為照顧病人就是在研究病人」 。
在致主管的一封信中，科爾解釋了為什麼臨床醫生應該是從事重要研究的成熟科學家：「醫學研究的最大障礙就是實驗室和病房之間研發與應用的障礙。臨床實驗室存在的主要意義只是輔助診斷。因此我迫切希望醫院的實驗室能發展成為真正的研究型實驗室，並希望醫院的醫生能獲准承擔一些實驗工作。」
這不是簡單的勢力大小或官僚主義問題。科爾開創的先河別具意義。他號召（要求）治病的醫生承擔一些跟病人相關的疾病研究。這類工作也曾在別的地方出現過，但不如科爾設想的這般系統。
這樣的研究不僅威脅到研究所單純從事實驗研究的科學家的地位，而且連帶地改變了醫生—病人的關係。這相當於承認一個事實：沒有病人的配合，醫生不知道也無從了解病因。因為任何一個嚴格的研究都需要一個「對照」，這就意味著隨便一個與醫生最佳判斷相左的可能性，都可能影響病人最終接受的治療方案。
無論生性羞怯與否，科爾都不會屈服，於是弗萊克斯納屈服了。結果是洛克菲勒研究所醫院把科學直接應用於醫療，創造出臨床研究模式，一個今天還在被世界最大的醫療研究中心——位於馬里蘭州貝賽斯達市的美國國立衛生研究院——沿用的模式。該模式讓研究者學習，也讓他們準備行動。
洛克菲勒研究所醫院於1910年成立。當時，美國最好的醫學科學及醫學教育已能與世界列強相提並論了，但美國國內的醫學平均水平卻與一流水平相差甚遠，一道不可逾越的鴻溝將最差的和最好的截然分開。
實際上，也有很多非常優秀的將軍、上校和少校，但他們沒有中士、下士或士兵；他們無軍可領，至少沒有一個得力下手。最好的與平均水平之間的鴻溝必須跨越，最差的則必須清除。
已在第一線的醫生們不能做到這一點。他們靠自己來決定是否採用科學方法，很多人是採用了。弗萊克斯納本人在一個很差的醫學院獲得醫學博士學位，但收穫頗豐，這正好印證了韋爾奇的觀察：「結果要好於體制。」
然而，醫學教育體制仍然需要大力改革。改革的呼聲從19世紀20年代就開始了，卻只在少數精英學校中有所實現。
即使是這些精英學校，改革的步伐邁得也不大。哈佛到1901年才緊跟著賓夕法尼亞大學和哥倫比亞大學效仿霍普金斯，要求醫學院學生必須具有大學學歷。但即使最好的醫學院也沒法完全效仿霍普金斯公開招募優秀教員，而不是從當地醫生中選取臨床醫學教授。賓夕法尼亞大學醫學院的校史不得不承認，「教員的『近親繁殖』很難突破」。哈佛的臨床醫學教授實際上是由一群醫生挑選出來的，這群醫生在哈佛並沒有職位，他們聚集在塔汶俱樂部作決定，通常都是論資排輩。直到1912年，哈佛才從該團體外挑選了一位臨床醫學教授。
來自教授內部的壓力也促進著改革。不僅霍普金斯，密歇根、賓夕法尼亞、哈佛和其他一流醫學院的教員們也紛紛投身於改革大潮，另外一大批內外科醫生也作出了響應。最終，美國醫學會於1904年成立了一個醫學教育理事會來組織改革運動。該理事會一開始就調查了美國和加拿大全部的162所醫學院——超過當時全世界醫學院的半數。
三年後，美國醫學會發布了一份秘密報告，「一石激起千層浪」 。該報告的結論是：儘管改革步伐不夠快，但在眾多改革者的不懈努力下，好的醫學院正在逐步提高，只是差的醫學院幾乎沒有任何改變。這些醫學院仍然受教員所制約，大部分與大學或醫院沒有聯繫，也沒有入學標準，學費仍然是教員工資的主要來源。某醫學院在1905年畢業了105個「博士」，可是其中沒有一個人完成過任何實驗室工作；他們沒有解剖過一具屍體，也沒有檢查過一個病人。他們只會在辦公室坐等病人上門來獲取經驗。
該報告產生了一些影響。當年就有57個醫學院 要求申請者必須具備至少一年的學院學習經歷。但仍然有2/3的醫學院要求較低或者根本沒有要求。這份報告並未能將其精髓植入醫學教育中。
美國醫學會不堪面對自己的成員——1900年，在全國110 000名醫生中，只有8000人是學會會員， 而且學會還害怕醫生產生抵觸情緒——於是向卡耐基基金會遞交了一份報告，報告堅稱其仍有信心，同時尋求資助。反過來，卡耐基基金會委任西蒙·弗萊克斯納的弟弟亞伯拉罕來審查醫學教育。亞伯拉罕雖不是醫生，但他本科畢業於霍普金斯，他說在那兒，即使對於本科生來說，「研究也像是我們呼吸的空氣」。他給出了一個毫不留情的評價意見，同時許諾發展模式教育機構。大學畢業後，亞伯拉罕的第一份工作是在路易斯維爾的一所高中任教，在那裡他對全班15個學生實行新的教學方法，結果慘遭失敗。後來他創辦了普林斯頓高等研究院，並親自聘請了愛因斯坦。
亞伯拉罕·弗萊克斯納與韋爾奇及馬爾長談，開始了他的研究。他們的觀點影響了他——至少可以這麼說。據亞伯拉罕自己說：「關於醫學教育研究，我剩下的工作大約就是擴充我初訪巴爾的摩時所學的知識了。」
1910年，也就是洛克菲勒研究所醫院成立的那一年，亞伯拉罕的調研報告《美國和加拿大的醫學教育》（Medical education in the Uates and ada）問世了，該報告不久就以《弗萊克斯納報告》（The Flexner Report）著稱。
根據《弗萊克斯納報告》，很少——非常非常少——的醫學院符合亞伯拉罕的標準或任何合理的標準。他認為很多醫學院該解散，因為它們「沒有任何可取之處……普遍存在腐敗現象……臨床病例匱乏……外科教學沒有病人、器械、模型或挂圖；講述產科學時也無人體模型可看——常常是整棟大樓都見不著一個」。在天普大學、哈利法克斯大學、費城骨科學院，解剖房「無法形容，氣味令人難以忍受，屍體業已腐爛」。在北卡羅來納醫學院，弗萊克斯納引用一個教員的話說：「對那些無知而蠢笨的學生談論實驗室的實際工作是在做無用功，他們中的大部分人都是被廣告吸引來的，學成後不過就希望做個更好的農場主罷了。」
弗萊克斯納最後的結論是：全美150多所醫學院中，120所以上應該關門大吉。
這是個進步時代 ！生活變得有效化、合理化 和專門化。當州立法機關認為連醫生都需要執照是不民主的時候，每一領域的「專業人士」正在凸現，擊潰了傑克遜時期（Jaian peri