美國醫學教育亟待一場革命。當霍普金斯醫學院於1893年成立時，大部分美國醫學院依然沒有與教學醫院或大學建立任何聯繫，大部分教授的工資依然來源於學生的學費，而學生們依然是直至畢業都沒接觸過任何病人。因此，韋爾奇毫不誇張地說，除了霍普金斯醫學院外，沒有一個美國的「醫學院將是否具備進入名校前所必備的知識和方法作為錄取準則。……有些醫學院則根本不要求提供接受過預備教育的證明」 。
相反，霍普金斯醫學院是通過自身而不是學生的學費來支付教員薪水的，它不僅要求學生有大學學位，還要求他們會流利的法文和德文，並且具有文理科知識背景。的確，這些要求如此嚴格，以至於韋爾奇和奧斯勒擔心，霍普金斯會令學生們望而卻步。
但學生們還是來了，而且成群結隊。通過激勵與自我選擇，學生們聚集到這個學校。在這裡，學生們不是簡單地聽課和記筆記。他們巡視病房，檢查患者，作出診斷，聽病肺擴張時發出的捻發音，共同感受腫瘤的異源性及其堅如磐石般的異常質感。他們進行屍體解剖，做實驗；他們也進行探索，用解剖刀探察器官，用電流研究神經和肌肉，用顯微鏡觀察肉眼觀測不到的世界等。
並非只有霍普金斯一家在尋求變革，因為變革的需求已經被宣傳了數十年。不少其他醫學院的領導者——特別是密歇根的沃恩，賓夕法尼亞大學的小威廉·佩珀（William Pepper Jr.），哈佛大學的庫恩斯曼（1892年前任韋爾奇的助手），以及其他如西北大學、紐約內外科醫學院以及杜蘭大學的管理者，也都如韋爾奇和霍普金斯醫學院一樣，因同等迫切的需求而對這場變革予以同樣的重視。美國醫學會從一開始就不遺餘力地推動著這場醫學革命，而醫生們也在尋求更好的培訓機會，這由數千名醫生赴歐洲學習可見一斑。
但大部分醫學院變化不大，即使在哈佛、賓夕法尼亞大學或其他地方也是如此。改變通常只出現在激烈的內訌之後，其間還有頑固派教員發起無休止的後台鬥爭。小威廉·佩珀使賓夕法尼亞大學獲得良好的發展，甚至連霍普金斯也來挖它的教員，但在經過16年的奮鬥之後，他提及的不是成就而是「長期而痛苦的論戰」 。
即使一些地方有所改變，霍普金斯和其他各處的鴻溝仍然存在。在哈佛接受過訓練的庫辛來到巴爾的摩做霍爾斯特德的助手。波士頓都沒能為他適應兩者差異提供任何準備，他發現霍普金斯是「陌生的……有關病理學和細菌學的話題我知之甚少，這使得我在最初幾個月里花了大量時間，晚上獨自待在房間，一面拿著德文課本，一面對著標本，專心研究外科病理學」 。
霍普金斯對醫學界影響巨大。它成立半個世紀後，在1926年版《美國科學家》（）列出的1000位科學明星中，有243位擁有霍普金斯的學位，位列其次的哈佛是190位。甚至哈佛校長查爾斯·艾略特也承認，哈佛的研究生院「一開始發展不力」，「霍普金斯樹立榜樣後才開始發展壯大……事實上全國其他大學的真實情況也都和哈佛差不多」。
霍普金斯已在醫學界打下了深深的烙印。韋爾奇在1900年的記錄表明，由哈佛管理的波士頓市立醫院項目「除了霍普金斯的人，不希望其他人參與」 。到1913年，歐洲一位著名人士公開承認，在他所從事的研究領域裡，美國的研究可與任何一個歐洲國家相媲美，榮譽應「給一個人——霍普金斯大學的馬爾」 。美國最先獲得諾貝爾生理學醫學獎的四人中，霍普金斯培養了三位，第四位則在歐洲取得他的最高學位。
在病人護理方面，霍普金斯的影響力也不相上下。就像所有的醫學院一樣，霍普金斯的大部分畢業生都當上了執業醫生。在霍普金斯成立後的35年間，其畢業生中10%以上成了正教授，還有很多年輕的畢業生也正朝此方向努力。他們中的許多人將其他大學的醫學院進行了整體轉型——如哈佛的庫恩斯曼和庫辛、哥倫比亞大學的麥克卡倫（William MacCallum）、華盛頓大學的奧佩（Eugene Opie）、耶魯大學的溫特尼茨（Milton Wiz），以及羅切斯特大學的諾貝爾獎獲得者惠普爾（Gee Whipple）等。
凱利是一個向街頭妓女佈道的正統派基督徒，他的一個學生如是說：「他對我們表現出的唯一興趣是他們的靈魂是否已得到拯救。」 但就是這個怪人，變革了婦科學並開創了放射療法。就個人而言，霍爾斯特德在病人關懷方面的影響無人可比，是他將橡膠手套引入了手術室，也是他堅持在每一步手術前就做好各種準備工作。他是如此小心翼翼，以至於威廉·梅約（William Mayo）曾打趣說，霍爾斯特德的病人在他結束手術前就痊癒了。梅約兄弟倆還說，他們在霍爾斯特德那裡獲益匪淺。其實整個美國的外科學也從他那兒受惠良多：有72個外科醫生曾在霍爾斯特德手下擔任過住院醫生或助理住院醫生，其中53人成了教授。
與其同時，亨利·詹姆斯（Henry James） 也把霍普金斯描述成這樣一個地方：儘管「充滿了痛苦」，仔細想想，卻又「富有詩意……與應用科學的無比美妙……細細回想一下，一長串陳列著的陰森森的人體標本也奏出了精巧的白色交響樂……而對於我來說，醫生們優雅地主持著這整場無聲的音樂會」 。
這場無聲音樂會的幕後人，就是韋爾奇這位「樂團指揮」。到20世紀的第一個10年時，韋爾奇已經成為整個美國醫療機構的黏合劑。他自己也成為醫學科學的情報交流中心，他確實已成為美國醫學泰斗。《實驗醫學雜誌》（）是第一本也是最重要的美國醫學研究期刊，作為其創刊編輯，韋爾奇閱讀了大量的來稿，這使他對全國每一個有望發展的新點子和青年研究者都瞭然於胸。
他成為了一個國家的象徵，這在專業領域中是史無前例的，在科學界乃至更大的領域中這也是第一例。他兼任19個不同的主流科學組織的會長或主席，包括美國醫學會、美國科學促進會和美國科學院等。斯坦福大學校長威爾伯（Ray Wilbur）在1911年寫信給韋爾奇時，既不諂媚也不過分誇大地說：「如果不求助於您就能找到填補我校醫學院空缺職位最佳人選的信息，那麼將開美國醫學教育的先河。」 一個同事說，韋爾奇具有「差不多一揮手就改變他人命運的能力」 。
較之另兩個方面，韋爾奇知人善任的能力——或者將之用於解決一些麻煩事，如廢除了反對活體解剖的法律（該立法禁止將動物作為實驗樣本從而削弱了醫學研究）——則顯得微不足道。
在這兩個方面中，其一涉及整個醫學教育改革的完成。霍普金斯的例子已經促使不少一流的醫學院加快改革的步伐，但仍有很多醫學院不為所動，它們不久後得到了慘痛的教訓。
其二是啟動和引導上千萬美元的資金用於實驗室研究。
在歐洲，政府、大學和富有的捐贈者資助醫學研究。而在美國，政府、機構、慈善家甚至尚未開始類似的扶持。霍普金斯醫學院成立時，美國的神學院已經享用1800萬美元的捐款了，而醫學院總共只籌集到50萬的資助。 這種財政資助及教育系統上的差異，很好地解釋了歐洲獨佔醫學發展鰲頭的原因。
這些發展真是意義非凡！對醫學而言，19世紀末20世紀初可以說是其發展的黃金時期——包括自此之後的分分秒秒。病菌學說已然為這次進步開啟了大門，研究者最後也開始利用這道門。
巴斯德說過：「機遇總是偏愛有準備的頭腦。」1880年，他試著證明已分離出了導致雞霍亂的病菌。他把這種病菌接種到健康的雞身上，發現那些雞死了。然後，機會來了。他把一種致死的細菌培養物擱置了幾天，然後再接種到更多的雞身上，發現雞仍然存活。更值得注意的是，上述的雞再接觸另一些致死細菌培養物時仍能存活。為了令琴納信服，巴斯德儘力去減弱，或者用他的話說，去「削弱」這些培養物的毒性，然後利用它們使禽類產生免疫性，從而抵抗致命的細菌。他成功了。
巴斯德開始把這些技術應用到其他傳染病上。對炭疽病而言，他並非第一個使用減毒細菌培養物的人，但他的工作是最權威的，而且人盡皆知。在一次有新聞記者和政府官員觀摩的展會上，巴斯德給牛接種，然後讓它們接觸炭疽細菌。接種的牛存活了，而作為對照的未接種的牛死了。三年後，法國的3300萬隻羊和438 000頭牛接種了炭疽疫苗。他以逐漸加量的方式給一個被瘋狗咬傷的小男孩注射帶有病原微生物的注射液，挽救了他的生命。翌年（1886年），在一項國際基金的資助下，巴斯德研究所正式成立。幾乎同時，德國政府也資助科赫和其他一些傑出的研究者建立了研究所，其後俄國、日本和英國也相繼建立了研究所。
當時，公共衛生檢測包括霍亂和傷寒。在德國，菲佛（Richard