明應政變
長享三年（1489）七月，以回京及歸還寺社本所領為條件，六條高賴得到了足利義政的赦免。如此一來，近江豐浦庄（今滋賀縣近江八幡市安土町上豐浦、安土町下豐浦等）歸還興福寺一事也得以敲定，尋尊十分欣喜。然而，頻頻發生各地實際管理莊園的六角高賴家臣抵抗歸還命令的事，傳言說被幕府和家臣兩面相逼的六角高賴隱居了。不僅是寺社本所領，奉公眾的領地也被六角家臣蹂躪。但是，豐浦庄向大乘院上交了一定程度的田租，尋尊安下心來。
足利義材很早就開始計畫親征近江，但真正實現是在就任將軍大約一年以後的延德三年（1491）八月。有個觀點認為第二次六角討伐戰是由細川政元主導的，但這時細川政元正忙於平定其領國丹波國內爆發的國一揆，應該並不期盼出兵近江。因此，正如近年來的研究所指出的，本次出兵近江是足利義材個人強烈意願的反映。足利義材命令奉公眾出征，給予他們獎賞，以此來鞏固自身的權力基礎，這一見解應該更為妥當。
諸位大名的參加率還說得過去，討伐軍的規模並不遜色於第一次。尋尊覺得足利義材親征會讓大乘院對豐浦庄的控制更加牢固，於是這次也上京送他出征，並歡喜地說：「勝過常德院殿（足利義尚）的出征百倍。」特別引人注目的是，山名、大內、土岐、一色等舊西軍諸將比前一次更為積極。他們對足利義視之子足利義材抱有好感。
因安富元家、浦上則宗、織田敏定（斯波義寬重臣，尾張守護代）等的奮戰，討伐軍連戰連勝，於次年，即明應元年（1492）末勝利回京。雖然沒能斬獲六角高賴首級，尋尊也懷疑地說「沒有實現作戰目的就撤回來了嗎」，但因為連戰連勝，足利義材心情很好，回京之後立馬宣告「過了年就出兵河內」 。
驍勇無雙的畠山義就於延德二年十二月病逝（享年五十四歲），嫡子畠山基家（後來的義豐）繼任之後，足利義材嗅到了出兵河內的機會。（《大乘院寺社雜事記》《後法興院記》）但為了鞏固奉公眾的支持，他還是優先出兵近江。近江的問題告一段落之後，終於到了解決河內問題的時候了。
明應二年正月，足利義材決定次月，即二月十五日發兵，命令從近江回到京都的諸將做好準備。此外，足利義材還向山城國各莊園徵發民夫。（《蔭涼軒日錄》《廿一口方評定引付》）南山城的大乘院領地菅井庄（今京都府相樂郡精華町菅井）也遵照命令派出了民夫。
足利義材按照預定計畫於二月十五日從京都出發，經源氏氏神石清水八幡宮進入河內，二十四日在正覺寺（今大阪市平野區加美正覺寺的旭神社內）紮營。（《大乘院寺社雜事記》《蔭涼軒日錄》）與畠山基家的據點高屋城（位於今大阪府羽曳野市內）距離約十公里。兵力佔優的幕府軍處於優勢地位，逐漸縮小包圍圈，迫近高屋城。
然而，這時發生了驚天動地的大事件。四月二十四日晚，留守京都的細川政元與日野富子、伊勢貞宗合謀起兵，擁立清晃為將軍（足利義遐，後來改名義高、義澄）。這就是明應政變。
細川政元是從何時開始計畫政變的呢？延德三年二月，沒有子嗣的細川政元收九條政基之子聰明丸（後來的細川澄之）做養子。聰明丸的母親與清晃的母親是姐妹，可以說，他這時仍未放棄擁立清晃為將軍的野心。
細川政元開始具體策劃陰謀，應該是在足利義材出兵近江的時候吧。尋尊知道，細川政元私下與畠山基家及越智家榮有聯繫。他以為這是細川政元為了向足利義材請求赦免畠山基家而做的準備，但其實這時候謀劃應該已經開始了。如前所述，近江親征以前，足利義材出兵河內的意願就已經泄露，細川政元預計不久畠山基家就會成為討伐對象。無疑，他反覆推敲了作戰計畫，打算趁足利義材進軍河內之機佔領京都，與畠山基家形成前後夾擊之勢。若非如此，處在絕對不利狀況之下的畠山基家既不逃亡也不願投降，就無法解釋了。
足利義材出發前，細川政元舉辦宴會招待足利義材，隱藏自己的野心。尋尊在三月二十一日就聽說了新將軍擁立的傳言，從這一點來看，完全沒有意識到陰謀的足利義材是何等愚蠢。
聽聞反足利義材派佔領京都，各大名與奉公眾接連拋棄義材，回到京都。（《蔭涼軒日錄》《親長卿記》《後法興院記》《言國卿記》）最後留在足利義材身邊的幕臣，據說僅四十人而已。
將軍指揮下的大軍會如此煙消雲散，有人指出其原因之一是出兵河內本來就師出無名。出兵近江尚有恢複寺社本所領這一大義名分在，出兵河內則沒有。確實，畠山義就堪稱應仁之亂的元兇，大亂結束後也輕視幕府權威，但畠山義就早已不在人世，後繼者畠山基家完全沒有反抗幕府的行動，讓他和平歸降也並非不可能。雖說畠山基家討伐軍大軍雲集，但尋尊觀察到，各位大名戰意低下，可謂正中其要。
對足利義材所依靠的奉公眾來說，出兵河內不過是徒增困擾而已。出兵河內是在足利義材接受畠山政長的請求後開始的。（《親長卿記》《蔭涼軒日錄》）目的是為持續四十年的畠山氏分裂打上休止符，鞏固對將軍恭順的畠山政長的地盤，同時強化足利義材的權力。但是，這些事情與奉公眾毫無關係。近江集中了奉公眾的領地，但河內不同，出兵河內並不會給奉公眾帶來利益。足利義材在應仁之亂中屬於西幕府，亂後長時間亡命美濃，他與那些一直以來侍奉足利義政、義尚的奉公眾原本就關係薄弱。奉公眾對足利義材重用葉室光忠等親信的政策也表示不滿。而足利義材與奉公眾的薄弱關係因突如其來的政變暴露出來，造成奉公眾大量叛逃。
此外，山田康弘指出，明應政變不是細川政元的單人政變，而是在日野富子、伊勢貞宗的協同下實施的，這一點十分重要。足利義政逝去後，日野富子成為事實上的足利將軍家「家長」。承久之亂時，「尼將軍」北條政子的演說將鎌倉幕府的御家人團結起來，這一次足利義政的正妻、義尚的生母日野富子積極支持清晃，應當對幕臣的選擇造成了極大的影響。此外，伊勢貞宗這位支持足利義政和義尚的上級幕臣的策動，也起到了同樣的效果。
政變發生後，河內的戰況當即逆轉。足利義材與畠山政長、尚慶（後來的尚順）父子被困於正覺寺。閏四月二十五日，正覺寺陷落，畠山政長自盡，尚慶逃亡紀伊，足利義材被捕獲，押送京都，幽禁在上原元秀的宅邸。
但六月末，足利義材從上原宅邸逃出，逃亡越中，宣告自己才是正統的將軍。一部分奉公眾和奉行人離開京都去了足利義材處，也有不少大名支持義材，於是形成了足利義高（後來的義澄，以下統稱義澄）與足利義材（後來的義尹、義稙，以下統稱義稙）「兩將軍」並立的局面。這樣的對峙在義澄、義稙世代沒能決出勝負，他們各自的繼任者繼續競爭將軍之位，持續鬥爭，「兩將軍」並立成為常態。當然，如果一方被朝廷任命為征夷大將軍，那麼另一方就無法成為正式的將軍，但這樣的形式已然沒有意義了。朝廷只不過是機械地任命京都的控制者為將軍而已，將軍畢竟不過是「當時控制京都的人物」而已。「偽將軍」若奪回京都，一夜之間就可以搖身一變成為「真將軍」。
以往的研究認為，應仁之亂後的室町幕府有名無實，對它的研究價值並不重視。但是，以二十世紀七十年代今谷明的一系列研究為契機，對戰國時代幕府的研究得以推進，並證實應仁之亂後的幕府也具有一定研究價值。戰國時代的畿內政治史被理解為「兩個幕府」的對抗史，而自「兩個幕府」的對抗起於明應政變的觀點被提出以來，一種新的觀點應運而生，也就是應仁之亂並不是戰國時代的起點，明應政變才是。
的確，臣下廢立將軍的明應政變是「下克上」的極致，前無古人。細川政元可以說是織田信長的大前輩，要對他的先驅性予以高度評價的聲音愈發響亮，這一點不難理解。
然而，已有將軍存在的情況下另立別的將軍，這種構想可不是細川政元的獨創。百瀨今朝雄一語道破，這一構想的發明者正是應仁之亂的西軍。假設西軍戰勝了東軍，足利義政會被從將軍之位上拉下來，足利義視將擔任新將軍吧。細川政元只不過是模仿了西軍的戰略而已。
如前所述，此後的畿內政治史，以「足利義澄—足利義晴（義澄之子）—足利義輝（義晴之子）—足利義昭（義輝之弟）」與「足利義稙—足利義維（義稙養子）—足利義榮（義維之子）」這「兩將軍」的對抗為中心展開。一般這種情況被描述為「義澄系」與「義稙系」的並立，若改變角度，也可以說是「義政系」與「義視系」的並立。
應仁之亂所派生出的政治對立到了大亂結束後仍未消除，此後仍將繼續束縛著幕府要人們。
古市澄胤進攻南山城
伊勢氏在成功實施明應政變後，加強了對山城國的控制。身兼政所執事與山城守護兩職的伊勢貞陸，以「山城國由將軍直