足利義尚自立
文明十七年（1485）四月，因為與將軍會面的順序，幕府的奉公眾 與奉行人 產生了分歧。（《後法興院記》）奉公眾就是將軍的親衛隊，是武官；而奉行人則全權負責文書行政，是文官。奉行人本來身份低微，但隨著幕府機構的擴大，其重要性日益增加，於是也謀求提升自己的地位。兩者的爭執擴大，除了一人，奉行人全體罷工了。
五月十七日，在東山山莊隱居的足利義政對此深感憂慮，於是命令奉行人的首領布施英基隱居，布施英基表示拒絕。（《十輪院內府記》）布施英基、飯尾元連準備襲擊奉公眾，將宅邸改築為要塞，修築箭樓。（《親長卿記》）將軍足利義尚將其視為對自己的反抗，遂命令奉公眾制伏布施英基。（《十輪院內府記》）二十三日，奉公眾數百騎穿戴甲胄，擁向布施宅邸，但因細川政元調停，沒能打得起來，細川政元讓家臣放跑了布施英基。（《親長卿記》《實隆公記》《十輪院內府記》）
當月二十五日，因為奉公眾攻擊布施英基宅邸，飯尾元連等四十餘奉行人憤而出家，躲藏起來，幕府政務陷入停滯。（《親長卿記》《實隆公記》《十輪院內府記》）也因為這件事情的緣故，六月十五日足利義政也出家了。（《大乘院寺社雜事記》）
八月十五日，三十三名奉行人響應足利義政的召回，還俗、復職。（《親元日記》）看起來事情算告一段落了，但因為足利義政允許事件當事人布施英基復職，引發奉公眾反抗。十二月二十六日，布施英基與其子善十郎赴東山山莊與足利義政會面，隨後前往足利義尚的小川御所，在那裡被奉公眾暗殺，其理由是「東山殿（足利義政）或許會饒恕他的罪過，但室町殿（足利義尚）還沒有饒恕他」。（《大乘院寺社雜事記》《親長卿記》《實隆公記》《蔭涼軒日錄》）奉公眾在殿中實施暴行，是受到足利義尚認可的吧。
這一事件直接體現了大亂後室町幕府的權力構造，此事歷來被研究者重視。尋尊敏銳地評價道：「東山殿（足利義政）是奉行一方，室町殿（足利義尚）是近臣一方。」這一事件是足利義政、足利義尚父子對立，與奉行人、奉公眾對立相結合的結果。
應仁之亂以前，維持著室町幕府的是兼任多國守護的在京大名們。（參見拙著《日本中世戰爭史》）鎮壓大和永享之亂與畠山義就討伐戰中，討伐軍的主力是大名的軍隊，因而說是大名聯軍並不過分。（參見第一章、第二章）
然而，應仁之亂結束後，大名們一個個回到領國。從斯波義敏、義寬父子對越前的統治被朝倉孝景取代的例子可以看出，守護將領國統治交給守護代，自己留在京都，已經是有百害而無一利了。前面談到赤松政則，他到了讓重臣浦上則宗留在京都，自己回到領國的地步，發生了堪稱「逆轉」的現象。如此一來，文明十五年還在京都的大名僅剩下細川一族和一色義直了（畠山政長正與畠山義就交戰中）。在大名們不在京都的狀況下，幕府內奉公眾和奉行人的存在感就相對提高了。
於是，奉公眾與奉行人會爭奪主導權就是理所當然的了。但在平時，作為行政官員的奉行人明顯更有利。稍微有些被壓制的奉公眾會接近被足利義政壓制的足利義尚，可以說是必然的。足利義尚想要親自決斷，但奉行人並不立即寫成文書，而是「暗中請示東山御所（足利義政）的意見」，想取得足利義政的許可。（《松尾神社記錄》）足利義尚因此十分不快。而且，足利義尚與文化人足利義政不同，是個愛好射犬、獵鷹，喜好武力之人，因此和奉公眾更容易親近。足利義尚與奉公眾積壓的不滿，導致了布施英基暗殺事件。
事件之後，足利義政更加失去對政務的興趣，他向周圍人透露：「既然沒有人聽我的命令，我以後再不過問政事。」長享元年（1487）七月，相國寺萬松軒的住持宗山等貴向足利義政上訴，希望認可其對若狹國向笠庄（今福井縣三方上中郡若狹町向笠）的直轄管理（驅逐反抗的現任代官），足利義政卻閉門不見，表示：「我現在已經不再過問訴訟之事。」（《蔭涼軒日錄》）這樣，原本被足利義政和足利義尚一分為二的將軍權力集中到足利義尚一人身上。
但足利義政並非一直貫徹他的初衷，此後也反覆無常地過問過政治。比較典型的一件事是，足利義尚已許可奉公眾佐竹光明擔任相國寺領地美濃國西山口鄉的代官，卻因相國寺反對，足利義政宣布足利義尚的任命無效。（《蔭涼軒日錄》）足利義政要求足利義尚撤回他的裁決，卻被足利義尚拒絕，於是足利義政獨自裁定將西山口鄉歸還相國寺。實施這樣的「調停」，足利義政會從寺院收到謝禮，因而可見他並不是完全放棄了自己的權力。
足利義尚就任將軍後，足利義政依舊參與政務，原本的理由是輔佐年幼的足利義尚。但足利義尚成年後，足利義政雖幾度宣告引退，卻依舊干預其執政。對於渴望以唯一絕對將軍的身份實施單獨統治的足利義尚而言，父親足利義政的存在如今已完全是個障礙了。
足利義尚親征近江
長享元年（1487）九月，為了討伐近江守護六角高賴，將軍足利義尚親自率軍出兵。京都的群眾聚集前來觀看，看到青年將軍英姿颯爽的樣子之後，紛紛雙手合十而拜。「這是真的征夷大將軍啊。」歡聲雷動。（《鹿苑日錄》）連對足利義尚的資質沒有信心的尋尊，在知道近江的興福寺領屬莊園被歸還後也十分感激，特地上京送足利義尚出征。「一天中獨一無二的光景，莫過於此。」尋尊在日記中這樣寫道。
正如一條兼良在《樵談治要》中所說：「在守護等不遵命令之時，征夷大將軍應該興起義兵，速戰速決。」世間對將軍的認識，不是足利義政那種閉門不出的文化人，而是臨陣指揮的武家首領。事實上，如果足利義政作為東軍主帥出戰，應仁之亂或許能早早結束。足利義尚把父親視作反面教材，希望成為一個理想的將軍。
討伐的公開理由是：「六角高賴趁應仁之亂佔領近江的寺社本所領和奉公眾的領地，幕府數度下達歸還命令，卻拒不聽從。」（《親長卿記》《長興宿禰記》）換言之，本次出兵是足利義政以來的寺社本所領返還政策的延續，因此尋尊也很高興。但是，足利義尚的真實目的並不在此。本次出兵的契機是，七月，領地在近江的四十六名奉公眾向足利義尚狀告六角高賴的暴行，稱六角高賴掠奪他們的領地，有人甚至因此餓死。（《蔭涼軒日錄》）也就是說，寺社本所領返還不過是旗號而已，現實的重點是恢複奉公眾的領地。
足利義尚命令返回各自領國的大名們上京，參加六角高賴討伐戰。即便如此，諸位大名多數僅派遣子嗣或家臣代其參戰，自己並不出動。（《常德院殿樣江州御動坐當時在陣眾著到》《親長卿記》《蔭涼軒日錄》）將領國內的寺社本所領、奉公眾領地編入守護麾下的，不止六角高賴一人，其他大名也是一樣。（《長興宿禰記》）明天就輪到自己了，有這種擔心的諸位大名對六角討伐戰猶豫不決是自然而然的事。細川政元也只是作為管領不得不追隨足利義尚出戰而已。百瀨今朝雄評價說，討伐軍的主力是奉公眾，是奉公眾把足利義尚從京都抬到了近江。
興緻高昂的大名為數不多，斯波義寬是其中之一。斯波義寬率五千兵力參戰，被足利義尚任命為討伐軍主將。如前所述，投靠東軍的朝倉孝景以尊奉斯波義寬為主君的名義獲得了大義名分，得以驅逐西軍甲斐氏，成功控制越前。但隨著越前局勢逐漸安定，朝倉孝景開始反抗斯波義寬。應仁之亂結束後，朝倉孝景與斯波義寬為越前的控制權大打出手。朝倉孝景死後，戰鬥仍在持續，直到斯波義寬終於放棄爭奪越前，於文明十五年（1483）去了自己領國之一的尾張國。斯波義寬試圖通過六角討伐戰積攢戰功，讓足利義尚准許自己恢複對越前的統治。
六角高賴一戰戰敗，很快就躲藏起來，此後僅有少數六角家臣進行零星抵抗。然而足利義尚並不打算回京，而是繼續待在軍中。足利義尚出兵時，向寺社本所承諾把被六角氏奪走的領地歸還他們，此時卻把寺社本所領的田租徵收為軍費使用。（《後法興院記》《長興宿禰記》）這樣一來，寺社與公家沒得到一點好處。
奉公眾應該也不願長期出兵，因此，把六角討伐戰單純解釋為足利義尚應那些在近江有領地的奉公眾的願望發兵是解釋不通的。足利義尚應該有明確的目的。
這裡需要注意的是，不僅是在京的奉公眾，連身在京都以外的奉公眾也出兵了。因為應仁之亂的緣故，為了維持領地而離開京都的奉公眾不斷出現，作為近臣侍奉將軍的奉公眾人數減少。足利義尚利用親征近江的機會，試圖讓應仁之亂中離散的奉公眾重新集合到自己的麾下。這一軍事動員不單要恢複奉公眾的人數，也要提高奉公眾的素質，通過在戰場上共同作戰，強化將軍與奉公眾的主從關係。
這還不只是對奉公眾的政策，足利義尚還把奉行人也帶來了。足利義尚滯留的