陷入困境的幕府山城國統治
應仁之亂結束後，控制南山城的西軍撤退，畠山政長就任山城守護。如前所述，因權力衰退，幕府無法指望從全國獲得收入，幕府於是試圖通過強化對附近的山城國的掠奪來達到財政重建的目的。
但是，本應該擔負起幕府統治山城重任的畠山政長，在畠山義就的猛烈攻勢下疲於防守。文明十四年（1482）末到文明十五年正月，宇治以南的南山城三郡（相樂、綴喜、久世）都成了畠山義就的勢力範圍，幕府的影響力完全無法波及。
畠山政長的守護統治已然功能不全，幕府只得尋求別的統治山城的辦法。文明十三年，足利義政試探赤松政則就任山城守護一事。因為當時赤松政則是侍所所司，而侍所所司兼任山城守護是古來慣例。但赤松政則的回覆是：「雖光榮之至，但我身上擔子很重，還請原諒。」（《親元日記》）
不過，這是意料之中的。赤松政則雖然是肩負守衛京都治安之責的侍所所司，卻將事務全部交給重臣浦上則宗，自己去了本營播磨。赤松政則正忙著與鄰接的山名政清作戰，無暇顧及山城的事務。
文明十四年十二月，足利義尚與日野富子打算放棄處於劣勢的畠山政長，轉而支持畠山義就。足利義政將此方案撤回，父子矛盾再次激化。尋尊感到擔憂：「京都怕是要再度爆發大亂了。」難以否認的是，幕府首腦的意見不合，加劇了山城的混亂。
文明十五年正月，足利義政意欲任命若狹守護武田國信為山城守護。國信卻拒絕說：「我不出任。」接著又命令在京的浦上則宗，浦上則宗也推辭說：「兵力不足，無法驅逐義就一方的勢力。」（《大乘院寺社雜事記》）
既然山城守護一職無人接手，就只有維持已弱化的畠山政長這一條路了。當年八月十五日，足利義政許可畠山政長徵收宇治川以南寺社本所領田租一半為軍費。二十三日，經足利義政申請，后土御門天皇下發處罰畠山義就的綸旨，義就被指為「朝敵」。（《後法興院記》）
然而，狀況毫無好轉。文明十六年九月，足利義政解除了畠山政長的山城守護一職，將山城國改為御料國（幕府直轄），任命幕府財政負責人、政所執事伊勢貞宗（伊勢貞親嫡子）為代官。足利義政指示貞宗，要全力保護寺社本所領。（《大乘院寺社雜事記》）
可是，在兩畠山軍隊對峙的戰亂狀態之下，幾乎沒有自己的軍事力量的伊勢貞宗無法管理山城。最終，只要停戰不能實現，山城國的收益就無法獲取。
山城國一揆暴動
文明十七年（1485）七月，奉畠山義就之命駐守南山城的齋藤彥次郎突然反叛，投入政長一方。（《大乘院寺社雜事記》《後法興院記》）突然反叛原因不明，但據川岡勉所指，原因可能是畠山義就與齋藤彥次郎在南山城管理一事上存在分歧。
最初，畠山義就是侵入山城國的侵略者，但佔領南山城後，為了取得當地勢力的支持，開始重視起佔領行政來。畠山義就強調對寺社本所領的保護，任命奉行三人。但這樣的政策，對於依靠對當地莊園的掠奪來獲取軍費的齋藤彥次郎而言是無法容忍的。幕府向歸降的彥次郎承諾，將畠山義就控制的南山城寺社本所領交給他。
畠山政長沒有錯過機會，轉為攻勢。沒落的政長一方的筒井順尊等大和牢人也出兵南山城，十月十四日在光明山（位於今京都府木津川市山城町綺田）一帶布陣。齋藤彥次郎也從宇治南下呼應，開始進攻義就一方的城池。
畠山義就一方的古市氏也舉全軍出戰。尋尊聽說不僅家主古市澄胤，連隱居的古市胤榮也出戰了，擔心奈良防衛薄弱，試圖勸阻，但古市氏斷然拒絕，依舊出兵。
畠山政長一方，齋藤、筒井、十市等兵力一千五百，畠山義就的重臣譽田正康所率河內軍七百，古市郡三百，義就一方處於劣勢。於是，譽田和古市向越智求援，越智家榮之子家令出戰。（《大乘院寺社雜事記》）
兩軍在山城國久世、綴喜兩郡邊境對峙。因為雙方都集結了全部兵力，都不輕舉妄動，對峙長久持續，彷彿京都的應仁之亂一樣。古市澄胤要負責春日社的神事工作，打算回大和，但被擔心戰力受損的譽田阻止。尋尊聽聞此事，憤怒地說：「總有一天神明要懲罰他。」
雙方未能找到決勝戰機，無所作為，堅守不出。兩軍四處設立關卡，實施盤查，京都與奈良的交通被阻斷，兩軍對莊園的侵略也在激化（徵收民夫、物資）。尋尊記錄謠言說「細川政元被任命為山城守護」，這也反映了尋尊的期待吧。讓坐擁最大軍事力量、對山城有極大影響力的細川政元收拾局面，是最現實的選擇。
但打破局面的不是細川政元而是南山城的國人（地方武士）。十二月，他們結成「國一揆」同盟，要求兩畠山軍撤退。國一揆施加壓力，若哪一方不接受要求，就對其發起攻擊，兩軍無可奈何，只得撤兵。（《後法興院記》）這就是著名的「山城國一揆」。若打個比方，大概相當於瑞士的「武裝中立」吧。
兩軍的長期對峙，不僅給在南山城有莊園的興福寺、石清水八幡宮等莊園領主帶來困擾，也給山城國的國人帶來極大麻煩。因為兩畠山的進駐，他們無論答不答應都被捲入戰爭中，並無積極作戰之意。兩軍的主力是河內、大和、伊賀等他國的武士，自己的領地遭到他國武士的肆意踐踏，山城的國人甚感苦惱。像狛氏、水主氏等這樣連自己的居城也被奪去的山城國人也並不罕見。
國一揆打出的主要政策是：第一，禁止兩畠山軍再次侵略山城；第二，歸還寺社本所領；第三，禁止設立新關卡。尋尊的繼任者政覺聽到第二條，欣喜萬分。（《政覺大僧正記》）尋尊基本也表示歡迎，但對南山城國人結成「一揆」，驅逐兩畠山這種「下克上」的行為抱著複雜的心情。對尊重秩序的尋尊而言，這並不是能夠放手支持的結果。
事實上，國一揆之所以宣布歸還寺社本所領，並不是為了寺社本所而考慮。這些山城國人所謂的寺社本所領歸還，具體來說就是不得任命大和眾徒、國民等「他國人」為莊園代官的意思。（《狛野庄加地子方納賬》）
兩畠山軍進入南山城時，他們憑武力就任各莊園的代官，「合法地」徵收田租。國一揆的方針是驅逐這些「侵略者」，恢複寺社本所的「直務（直轄）」，但在這個時代，直轄管理是極為困難的。雖一度實施直轄管理，但最終大部分還是任命山城的國人為代官。現在山城國一揆的成員狛氏，希望出任次年，即文明十八年興福寺下屬狛野庄的代官，這與執著於直轄的尋尊的觀點產生了衝突。因此，山城國一揆的寺社本所領歸還政策，與足利義政的寺社本所領返還政策一樣，真實目的都是擴大自己的利益而已。
文明十八年二月，山城國人在宇治平等院集會，制定「國中掟法」。（《大乘院寺社雜事記》）此後，南山城國人開展自治。自治的機構被叫作「總國」 。對此，足利義政任命伊勢貞陸（伊勢貞宗嫡子）為山城守護，終歸還是要表明幕府直轄山城國的意思。（《大乘院寺社雜事記》）
但是，他對「總國」沒有採取強硬的武力鎮壓之策，而是事實上默認了國人的自治。到目前為止，南山城在畠山義就的軍事佔領之下脫離了幕府的統治，因此足利義政判斷現在義就撤兵是狀況的「改善」吧。南山城「總國」成員進藤氏是伊勢氏的家臣，幕府通過進藤氏對「總國」做工作是可能的。
此外，以畠山義就撤出南山城為契機，當年三月，足利義政、義尚二人決定赦免畠山義就。（《大乘院寺社雜事記》《後法興院記》《長興宿禰記》）應仁之亂爆發後約二十年，畠山義就終於被赦免了。應仁之亂的戰後工作自此結束。一般往往認為亂後的幕府走向衰退，但不可忽視的是，至少在畿內（山城、大和、河內、和泉、攝津）地區，一定程度的政治安定還是實現了。
細川政元的想法
關於山城國一揆，戰後長時間被視為「居民的自治共和國建設運動」，其反權力鬥爭性質得到了高度評價。但到了二十世紀八十年代，有學者提出細川政元黑幕說，即細川政元暗中指使山城國人，將畠山勢力從南山城排除出去，試圖將其置於自己的控制之下。
這一說法的主要根據是，據《狛野庄加地子方納賬》，主導國一揆的「國中三十六人眾」大部分效力於細川政元。細川政元是個陰謀家，日後與日野富子攜手，膽大包天地發動明應政變（第四節詳述），因此認為細川政元與山城國一揆有關也並非沒有可能。
然而，找不到細川政元介入山城國一揆的痕迹。或許可以反駁說，正因為他是個巧妙的陰謀家，才沒在史料上留下痕迹，但到底還是太不自然。若細川政元覬覦山城領土，那就應該圖謀出任山城守護，暗中操縱山城國一揆這種方法也太過繞彎子了。
細川氏與山城國人的關係，本來就不是細川政元這一代建立起來的。康正三年（1457）九月，