寺社本所領 返還政策的重開
眾所周知，應仁之亂使將軍的權威一落千丈。尋尊在日記中說：「雖說應仁之亂結束了，但值得慶幸的事情一件也沒有。如今，還聽從將軍命令的地方，日本是再也沒有了。」
縱然如此，足利義政並不像坊間所說，是個無能失策的人，相反，他在為幕府的重建而努力。其核心就是寺社本所領返還政策。這是指，守護等武家勢力要將從「寺社本所」，也就是寺社、公家等莊園領主手中奪來的領地歸還回去。足利義政在應仁之亂前就熱心推動寺社本所領的返還，但因應仁之亂爆發，被迫中斷。大亂結束後，他又重新推行這一政策。
由於寺社本所領返還政策侵害了守護的既得利益，要實行起來並不容易。於是，首先是和舊西軍的諸位大名交涉。作為饒恕西軍大名反幕府之罪的條件，他們必須將領國內的寺社本所領歸還回去。文明十年（1478），美濃的土岐成賴、齋藤妙椿接受這一要求，於是得到赦免，他們遂向京都派去了謝恩使者。然而，能登的畠山義統由於在沒有答應歸還之前就派出了使者，所以足利義政接見了土岐與齋藤的使者，卻拒絕與義統的使者會面。（《親元日記》《晴富宿禰記》）
為何足利義政如此執著於寺社本所領返還政策呢？在這個時代，把土地歸還給本來的所有人，被視作「德政」，也就是善政。足利義政希望通過實現理想政治，來提高將軍權威，這樣的推論一定程度上是站得住的。
但另一面，因為各國的御料所（幕府直轄領地）被守護或守護代以下奪去，足利義政決定徵收山城國內寺社本所領田租的五分之一來填補。（《大乘院寺社雜事記》）這遭到了寺社與公家的強烈反對，遂撤銷。但自文明十四年建造東山山莊（後來的慈照寺，即銀閣寺）開始，足利義政又命令向山城國寺社本所領莊園徵收工程費和人力。足利義政一方面增大寺社與公家的負擔，一方面同時推行寺社本所領返還政策，看上去是矛盾的。
我們認為，足利義政推行寺社本所領返還政策的動機不是基於某種理念，而是出於現實考慮。縱使幕府下達了歸還寺社本所領的命令，守護勢力也不會輕易聽從，寺社與公家若想實現對領地的控制，必須依靠幕府的支援。
舉一個例子。應仁之亂前的越前長祿之戰中，守護代甲斐氏勢力衰退，於是興福寺試圖推進河口庄與坪江庄的直轄管理。但最終，將軍親信大館教氏、熊谷持直、籾井信久等就任代官。依靠自己的能力無法驅逐守護勢力的興福寺，於是尋求將軍的支持。
從這裡我們知道，寺社本所的領地歸還運動，最終大部分造成了將軍勢力對寺社本所領的侵入。足利義政的寺社本所領返還政策絕不是什麼慈善事業，而是他抑制守護勢力、擴大自身利權以強化將軍權力的一舉兩得之策。
正因如此，守護對寺社本所領歸還政策的反抗非常強烈。次年，即文明十一年，播磨、備前和美作三國守護赤松政則，因遲滯歸還領國內的寺社本所，被勒令停止出仕。朝廷的下層官僚小槻晴富很訝異：「不響應歸還命令的大名不止一個，為什麼將軍只對赤松一人發怒呢？」赤松政則是為數不多的把大亂中衰敗的諸位大名甩在身後，擴張了自己勢力的大名，因此足利義政才覺得有警告的必要吧。
足利義政隱居
文明十一年（1479）十一月二十二日，十六歲的足利義尚舉行「判始」。（《長興宿禰記》）所謂判始，就是在文書上畫上自己花押的儀式。在中世，擁有自己的花押，是一個人成為具有法律上責任能力的成年人的證據。足利義尚已經元服，被任命為征夷大將軍，但因為沒有自己的花押，所以無法參與政治。通過判始，他才能夠以將軍的名義發布文書。
然而，此後足利義尚也沒有發布文書的機會，這是因為他的父親足利義政依舊把持政治。文明十二年五月，對此不滿的足利義尚突然剪斷髮髻，奔出將軍御所，試圖出家。此前足利義尚就曾拔刀四處追著砍人，有種種怪異舉止（《大乘院寺社雜事記》），想必是相當抑鬱了。足利義政慌了，於是安慰義尚，和他約定近日之內就把政務移交給他。
重新振作後，足利義尚向一條兼良諮詢如何做政務準備，於是一條兼良寫下政治意見書《樵談治要》，七月獻給足利義尚。這裡面儘是「尊敬佛法」「任用清廉之人」「審判要公平」這類冠冕堂皇的話，缺乏實踐的、具體的建議。足利義尚覺得不滿意，後來交給了自己的弟弟三寶院義覺。順便說一句，一條兼良之子尋尊，對足利義尚是否具備為政者的資質抱有懷疑，諷刺這本勸誡義尚做理想君主的《樵談治要》是「對牛彈琴」。
文明十三年正月，足利義政表示要「隱居」，人們到御所來拜年，他也避而不見。表面上看好像是踐行了將政務移交足利義尚的諾言，但實際上足利義政突然表示引退，讓周圍人十分困惑。或許是因為與不響應寺社本所領返還命令的大名們的摩擦，與妻子日野富子的不和，與兒子足利義尚的不和（父子為德大寺公有的女兒相爭）等原因。（《大乘院寺社雜事記》《長興宿禰記》《宣胤卿記》）
與其說是政務移交，這樣的政務丟棄不如說是種諷刺，足利義尚不悅，再度剪斷髮髻，拒絕與前來拜年的人會面。統治天下的足利將軍家父子竟然同時避居不見，這種事聞所未聞，尋尊很驚訝地寫道：「豈有此理。」（《大乘院寺社雜事記》）因此，輔佐足利義政的日野富子代行政務。可是，亂設關卡、經營高利貸、中飽私囊的日野富子的名聲以前就不好，這樣的政治體制無法長久持續下去。
當年十月，足利義政在京都北郊長谷（京都市左京區岩倉長谷町）聖護院隱居。對不聽號令的諸位大名，以及自己那屢教不改的兒子義尚，他已經厭倦了。次年，即文明十四年五月，足利義尚搬到足利義政留下的小川御所。七月，足利義政正式宣布移交政權，足利義尚的執政開始。然而，正如下一節及以後所述，足利義政仍然保持著幕府最高統治者的地位，對足利義尚權力的制約還在持續。