經覺的死與尋尊
經覺沒能看到應仁之亂的最後結束。
經覺波瀾萬丈的一生，結束於文明五年（1473）八月二十七日，享年七十九歲。如前所述，這一年山名宗全、細川勝元兩位相繼離世，經覺如何看待他們的死，不得而知。因為經覺的日記只到文明四年九月而已。
與頻繁感嘆亂世，悲嘆「天魔所為」「寺社滅亡的根源」的尋尊不同，經覺沒有記錄過對應仁之亂這一戰爭整體的感想。經覺對政治與社會局勢並不關心，他所關心的只是與自己有來往的人的動向。
文明四年八月，朝倉孝景擊破甲斐一方控制了越前，經覺聞訊欣喜不已：「朝倉是我長年的知己，他能獲勝，可喜可賀。」就好像那是自己的事情一般。（《經覺私要鈔》）如前所述，經覺偏向西軍，朝倉孝景雖然從西軍叛投東軍，但此事與經覺無關。這與尋尊相反，尋尊擔心河口庄的田租會不會因此收不上來了，焦慮不已。
經覺晚年不斷在日記中寫自己身體不佳，不過並沒有幾個月長時間卧床不起。文明五年七月，他與尋尊等人一同去觀賞盂蘭盆定例的古市念佛風流。八月十一日，又與一條兼良、尋尊等一同觀賞猿樂。（《大乘院寺社雜事記》）
但八月二十一日經覺突然病倒了。尋尊從由古市急忙趕來的楠葉元次那裡聽到了這個消息，於是安排了醫生，自己也前去探病。但那時經覺已經無法說話了。
為了祈願經覺的身體康復，尋尊命令興福寺的僧侶們誦讀大般若經、念佛，但毫無成效，經覺與世長辭。去世前，尋尊將經覺的病體轉移到己心寺。葬禮在己心寺舉行。一手操辦這些事務的毫無疑問是尋尊。西南院光淳（參見一百一十八頁）就任興福寺別當。光淳的第一件工作，是依恩赦免釋放預定要被處決的盜賊。
經覺去世十一天後的九月九日，尋尊把經覺留下的日記等各種記錄要來。這個時代的公家或僧侶的日記，並不是為備忘而作的私人物品。他們的日記也是一種手冊，為自己的繼任者能夠順利開展各種儀式、活動及領地管理提供參考。所以本來經覺就必須要把自己的日記給後任大乘院門主尋尊看，但由於二人關係微妙，經覺沒有這樣做。尋尊沒有經歷過技術的傳授，而是不得不自學作為門主所需要的知識。
經覺去世時，尋尊年已四十四歲。由於調查過諸多記錄，其博學程度在大乘院歷代門主之中算得上數一數二，對他而言，事到如今大概也無需再學習經覺的日記了吧。即便如此，他還是立即入手了經覺的記錄，其好學之心，令人感佩。
但不走運的是，經覺日記文安二年（1445）以前的部分缺失。文安二年筒井軍進攻經覺所在的鬼薗山城之際，日記幾乎全被焚毀。尋尊也於康正二年（1456）開始寫日記，因此對尋尊來說，較早的記錄更為重要。經覺的早期日記遺失，尋尊定是十分泄氣的吧。
經覺給尋尊留下的不僅有日記，還有一件麻煩事，那就是借款。根據楠葉元次給尋尊的報告，經覺負債達五十貫文錢左右。債權人要求尋尊還款，甚至有人逼迫說，若還不上來的話就沒收大乘院領有的土地。
尋尊對此嚴詞拒絕，他表示經覺的債務是他的個人借款，與大乘院無關。他的證據是，他自己從來沒有當過借款的擔保人，一個字也不曾寫。但債權人不肯罷休，反問：「你不是經覺的弟子嗎？」對此，尋尊反駁道：「我不是經覺的弟子。我大乘院門主的地位、大乘院的領地，都不是經覺給我的，是幕府給我的。從九歲起到現在，這三十六年間，我一直是大乘院的門主。」
其實他的這一主張中混入了謊言。的確，尋尊就任大乘院門主，是因為經覺惹足利義教不快導致下台，並不是經覺讓位給他的。但嘉吉元年（1441）足利義教被暗殺後，經覺重任大乘院門主，並讓尋尊做了自己的弟子。文安二年經覺在與筒井氏的作戰中戰敗離開奈良，尋尊這才回歸大乘院門主之位。雖說也不是普通的師徒關係，但尋尊是經覺弟子這一點，不容否認。
然而尋尊在文明二年的時候就已經預見到這種問題了。尋尊考慮到自己有可能走在經覺的前面，遂留下作為門主的心得交給政覺。裡面說，不可以為經覺的借款做擔保人；不可以同那些聲稱給經覺借款、從經覺那裡獲得土地等，試圖掠奪大乘院土地的人共事。諸如此類。
尋尊為防備經覺死後追債者蜂擁而至，早就積攢了證明自己不是經覺弟子的文書，做好了理論準備。因此，當真被逼問「代替經覺還錢」之時，他也能不為所動，宣稱自己「不是經覺的弟子」，義正詞嚴地反駁回去。追債者無從了解經覺與尋尊之間的複雜關係，於是便被尋尊欺騙了。如此周密的安排，可以說非尋尊不能。
尋尊甚至還著手收回經覺管理的領地。對尋尊來說，這些不是經覺的私有土地，而是大乘院門跡為了照料經覺的老年生活而借給他的「隱居用地」，因此經覺並沒有處分這些土地的權利。經覺無權拿這些土地去做借款的擔保，也無權將其轉移給他人。即便經覺簽了這樣的契約，也是無效的。如今經覺已死，所有的土地都必須歸還大乘院門跡。有關「隱居用地」的糾紛，他早在文明二年的時候就已經想到了，於是尋尊命令古市胤榮，迅速收回散在各地的經覺領地。
對大乘院門主尋尊來說，維持大乘院門跡這一經營主體才是最重要的課題。早早預見將來可能發生的問題，事先備好應對之策，尋尊的手腕堪稱老道。輕視他是個大亂的旁觀者，那簡直就是看錯了尋尊這個人了。
畠山義就的獨立王國
文明八年（1476）四月五日，五十八歲的筒井順永病逝，其子順尊繼承其位。（《大乘院寺社雜事記》）筒井順永作為大和東軍主力，在南山城、河內與西軍對戰，同時維持著奈良的治安。文明四年，土一揆襲擊奈良時，順永將其鎮壓。因順永之死，興福寺僧中有人動搖了，表示此後或許應該支持西軍了，尋尊卻激動地拒絕說：「真是大天魔啊。」可以說尋尊是肯定了順永的功績，而更重要的是，尋尊其人的風格是不為眼前表象所迷惑，能做出慎重的判斷。畠山政長擔心大和的東軍一方勢力弱化，遂派遣重臣游佐長直到河內，守衛若江城。
文明九年九月二十二日，離開京都的畠山義就軍在河內牧（今大阪府枚方市）宿營。畠山義就甚至進軍野崎（今大阪府大東市），窺伺若江城。越智家榮、古市胤榮、古市胤澄加入義就一方，筒井順尊加入畠山政長一方，大和諸勢力也在河內國集結。（《大乘院寺社雜事記》）
二十七日，若江城守將游佐長直迎擊，將畠山義就軍擊退。（《大乘院寺社雜事記》）但這是畠山義就的策略。畠山義就佯裝敗退，轉入攝津國欠郡（今大阪市內），奇襲天王寺城。（《長興宿禰記》）守衛天王寺城的和田助直等奮力迎戰，總算將畠山義就軍擊退。（《和田文書》）當天，畠山政長方的客坊城（今東大阪市客坊町）陷落了。（《大乘院寺社雜事記》）
畠山義就退出京都時，幕府默然相送，因而畠山義就大鬧河內的狀況，幕府應該早已料到。但畠山義就的勢頭遠超預想。畠山政長狼狽地向足利義政哭訴，足利義政遂向朝廷請求下發處罰畠山義就的綸旨。九月二十九日，綸旨向東大寺、興福寺、金峰山、多武峰、高野山、根來寺、粉河寺眾徒及伊勢國司北畠政鄉（北畠滿雅之孫）發布 。（《實隆公記》《兼顯卿記》《長興宿禰記》）這時大內政弘等西軍諸將尚在京都，故東軍無法行動。因此，足利義政試圖利用朝廷影響之下的寺社勢力和公家大名的軍事力量。
但足利義政的應對為時已晚。十月三日，畠山義就進入八尾城（今大阪府八尾市），切斷若江城與譽田城（今大阪府羽曳野市譽田）的聯絡。（《大乘院寺社雜事記》）接著，當月七日，畠山義就進攻政長一方和田美作守等守衛的譽田城，斬殺大將美作守以下三十七人。（《長興宿禰記》《大乘院寺社雜事記》）畠山義就將他們的首級送到京都的畠山政長處，這是刺激他「不要躲在京都，速來與我一戰」。這時，由於若江城的游佐長直並不發兵救援譽田城，政長一方士氣顯著低落。筒井順尊進攻古市氏鎮守的教興寺城（今八尾市教興寺），也遭擊退。
十月八日，畠山義就一方的大和國民吐田氏攻克岳山城。這就是當年畠山義就堅守近兩年半的那座岳山城。九日，往生院城（今東大阪市六方寺町）、若江城也被攻陷。游佐長直從天王寺乘船逃脫，僅以身免，醜態盡顯。（《大乘院寺社雜事記》）畠山義就已基本上平定河內一國。
畠山義就瞬間攻下河內，足利義政應該完全沒有預想到。文明二年八月，畠山義就曾命家臣譽田、甲斐庄、游佐等進攻河內，越智家榮等也出兵助力，卻未能達到驅逐政長一方的目的。這是因為畠山政長一方在河內的地位十分穩固。畠山義就退兵河內，畠山政長不去追擊，也是因為對河內的防禦有絕對的自信吧。
然而這一次，