細川、山名單獨媾和
朝倉孝景由西軍叛入東軍，雖然在文明三年（1471）七月二十一日的首戰中敗退，但很快重整旗鼓。朝倉孝景試圖和被足利義政任命為越前守護的西軍斯波義廉對抗，但因未能實現擔任守護一職的願望，他的計畫被打亂了。無可奈何之下，朝倉孝景自稱越前國司，但既無法洗刷背叛主君斯波義廉的不忠污名，又無法得到越前武士的支持。於是朝倉孝景放棄越過主家的「下克上」，轉而支持東軍的斯波松王丸（斯波義敏之子，後來的義寬）為主君。這樣，朝倉孝景獲得了大義名分，八月二十四日與西軍的甲斐一方作戰，取得大勝。（《朝倉家記》）
次年，即文明四年八月，朝倉孝景進攻越前中心地區、甲斐一方據點府中，終於平定越前。甲斐敏光逃亡加賀。（《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）尋尊記錄說：「大內以下西國的軍糧，都從越前通過。」西軍主要的糧道是從山名、大內領國遍布的山陰地區經日本海入越前，通過琵琶湖水運進入京都的運輸路線。這條糧道被切斷，西軍的後勤維持越發困難。
此外，東軍赤松政則佔據了大山崎的天王山。也就是後來羽柴秀吉與明智光秀進行山崎之戰的那座天王山。於是，西軍連瀨戶內海的補給路線也失去了。
再者，東軍京極政經（京極持清之子）的重臣多賀高忠控制了從東部地區運糧的要地近江。（《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）雖然西軍土岐成賴的重臣齋藤妙椿努力奪回了近江，但西軍的劣勢已不可挽回。
文明五年三月十八日，七十歲的山名宗全逝去。同年五月十一日，正值四十四歲盛年的細川勝元也撒手人寰，死因不明，或許是心力交瘁所致。尋尊斷言，細川勝元之死是因為「神罰」。（《大乘院寺社雜事記》）然而，尋尊基本上是支持東軍，希望以東幕府吞併西幕府的形式結束戰爭的。或許是他重視東軍擁將軍與天皇的大義的緣故吧。
當年八月二十八日，細川政元出仕幕府，正式被承認為細川氏家督。（《親長卿記》《親元日記》）細川政元年幼，由細川典廄家 的細川政國監護。
當年十二月十九日，足利義政把將軍之位讓給其子足利義尚。（《公卿補任》《親元日記》）但足利義尚年僅九歲，幕府的領袖仍由足利義政擔當。因為大亂之前足利義政曾有以足利義視為過渡，再讓足利義尚擔任將軍的打算，現在足利義尚出任將軍，等於是將足利義視排除出去。足利義政不久就能讓西幕府屈服的自信可見一斑。
次年，即文明六年二月，議和再度開啟。東軍赤松政則不同意，西軍畠山義就反對。畠山義就為提高西軍士氣，在與足利義視協商之後召集諸將，但來者只有大內政弘一名，其餘大名盡數缺席。大內政弘也很快離開，讓畠山義就狼狽不已。（《大乘院寺社雜事記》）
當年四月三日，山名政豐與細川政元實現和談，達成和議。（《東寺執行日記》《東院年中行事記》）京都的商人訪問東軍陣營，向他們表示祝賀。但是，西軍大內政弘、畠山義就、土岐成賴、一色義直不同意和議，並不解散戰陣。東軍的畠山政長、赤松政則也沒有解除臨戰態勢。最終，和議成了山名與細川的單獨媾和，西軍與東軍的和議未能實現。當月十五日，山名政豐之子俊豐謁見將軍足利義尚，將軍正式認可了他對東幕府的歸降。
由於山名一族向東幕府投降，西軍主力轉移到畠山義就和大內政弘身上。四月二十三日，山名政豐軍與不久前還是盟友的畠山義就軍在京都室町對戰。（《東寺執行日記》）次月，一色義直之子義春向東幕府歸降並得到承認，幕府認可了他對本國丹後的領屬。但是，東軍的武田國信（武田信賢之弟）、細川政國拒不將丹後交還給他。（《大乘院寺社雜事記》《親長卿記》）足利義政的權威下降十分明顯。
且說尋尊認為大亂的最大原因是畠山氏的內部糾紛。（《大乘院寺社雜事記》）通過以上的過程，可以說他的分析正中其要。應仁之亂是從山名宗全籠絡畠山義就開始的。山名宗全與細川勝元這兩軍主帥相繼故去後，山名與細川兩氏間的和議旋即成立，但大亂依舊不止，終歸還是因為意圖打倒畠山政長的畠山義就拉攏反細川的大內政弘，實施徹底抗戰之故。
山名宗全起兵意在打破足利義政親政。但是，山名家族投降後，西軍的反細川色彩越發強烈。於是，應仁之亂迎來了新的局面。
停戰工作的開展
這時，西軍有一號人物的發言權躥升，這就是持是院的齋藤妙椿。妙椿是僧侶，但因其兄美濃守護代齋藤利永去世，他便作為其子利藤（妙椿的侄子）的監護人進入政壇，成為美濃守護土岐成賴的重臣。應仁之亂開始後，妙椿侵入近江、伊勢、尾張等地，聲名大噪。
即便在山名一族退出西軍之後，畠山義就與大內政弘仍決定繼續作戰，也是因為得到了妙椿的支持。尋尊感嘆說：「東西兩軍誰能取勝，由妙椿的動向決定。這是一大怪事。」（《大乘院寺社雜事記》）
尋尊稱為「一大怪事」，是因為大亂的走向由守護的家臣這樣的人物左右，他對這一「下克上」的狀況頗為反感。由於尋尊有如此發言，戰後的歷史學家便把他看作懷念舊體制、逃避現實的沒落一族。
即便如此，尋尊雖以為無趣，卻一直關注著朝倉孝景與齋藤妙椿的動向，與他們保持著聯絡。此外，尋尊在文明四年（1472）正月的日記中記述兩軍構成時，不像應仁元年（1467）六月的日記只列舉了諸位大名的名字，這一回他加上了東軍的朝倉孝景、多賀高忠，西軍的齋藤妙椿和甲斐黨的名字。守護代這一階層一躍成為應仁之亂的關鍵人物，尋尊充分把握住了這一變化，將這樣的尋尊評價為逃避現實是不確切的。
文明六年閏五月，進攻越前的甲斐軍被朝倉軍擊退。甲斐敏光上京，與主君斯波義廉會面。甲斐敏光希望斯波義廉到越前去。這是以斯波義廉為旗號，動員斯波氏領國的尾張與遠江武士進攻越前的大作戰計畫。但因西軍諸位大名反對，計畫中止。六月，按新的方案，齋藤妙椿率領數千騎攻入越前，促使朝倉與甲斐議和。（《大乘院寺社雜事記》）
因為齋藤妙椿的活躍，西軍的東部戰線得以穩定下來。雖然如此，那般活躍的妙椿仍沒有上京的餘力。西軍諸將僅僅能在京都各處零零星星地放火，戰線完全無法推進。尋尊批判說：「將軍（足利義政）飲酒，諸大名狩獵，好像戰爭結束一般逍遙自在。」對東幕府來說，是到了提出停戰的時候了。
肩負停戰任務的是新將軍足利義尚的舅父日野勝光。尋尊稱日野勝光為「新將軍代理」，但政治實權依舊握在足利義政手中。日野勝光實際上不是足利義尚，而是足利義政的代理。足利義政最親信的伊勢貞親在文明三年四月下台，文明五年正月故去。此外如前所述，細川勝元也已不在人世。足利義政所能仰賴的，除了日野勝光再無別人。日野勝光與大內政弘和畠山義就接觸，但對足利義視的處置問題未能形成決議，交涉毫無進展。西軍諸將既已擁立足利義視，是無法將其拋棄而投降的。
文明七年二月，西軍甲斐敏光降服，足利義政任命他為遠江守護代。（《大乘院寺社雜事記》）甲斐的主君斯波義廉也於當年十一月前往尾張。（《和漢合符》）斯波義廉此後的動向不明。這樣，越前完全落入東軍手中，西軍越發不利。眼看西軍的投降近在咫尺，日野勝光卻在文明八年六月死去，停戰工作觸了礁。
文明八年九月，足利義政向大內政弘送去書信，請求他協助停戰，得到了他的同意。（內閣文庫收藏《古文書》《黑岡帶刀所藏文書》）大內政弘滯留京都近十年，果然對領國的狀況十分擔憂。十二月，也許是基於大內政弘的進言，足利義視向足利義政請求赦免：「我參加西軍並非謀反，而是因伊勢貞親害我，要取我性命，遂採取了自衛行動。」足利義政接受了他的請求，就自己聽信伊勢貞親讒言，對足利義視表示道歉。伊勢貞親已死，通過讓他做替罪羊，兄弟倆終於找到了和解的機會。
此後，擔當和談重任的是日野勝光的妹妹、足利義政的正妻日野富子。日野富子出面交涉，或許是因為與足利義視有親屬關係。文明九年閏正月，足利義視托日野富子代為向足利義政調停，作為回報，他答應贈送三千匹（三十貫文錢）。但足利義視並無支付的財力，大內政弘代足利義視向日野富子贈送三千匹。大內政弘自己也仰仗日野富子中介，並支付了五千匹為報酬。（《親元日記》）
這樣看起來，日野富子果不其然是中飽私囊的「惡女」，但那個時代，以「禮金」為名向幕府和朝廷要人行賄是非常普遍的，日野富子並不是例外。根據櫻井英治的分析，日野富子的牟利活動曾經維持著日漸惡化的幕府財政的運營。這也是事實。
提到日野富子的牟利，尋尊所記錄的她向諸將貸出軍費，販賣軍糧的事情非常有名。（《大乘院寺社雜事記》）永原慶二根