疫病流行
文明三年（1471）七月，京都天花泛濫。據十四日經覺從一條兼良那裡聽到的消息，烏丸季光、武者小路種光、日野勝光等人的兒子都因天花死去。天花蔓延到地方，令世人大為恐懼。經覺聽說有種巫術，在紙簽上寫「麻子瘡之種我作」，貼在背上就不會得天花，於是很快製作了紙簽分發給周圍的人。（《經覺私要鈔》）
當月二十一日，后土御門天皇得了天花，於是舉行了治病祈禱。（《親長卿記》《宗賢卿記》《內宮引付》）八月，足利義尚也病倒了。這時，足利義政、日野富子夫妻吵架，足利義政搬到小川的細川勝元宅邸，日野富子則搬到北小路殿居住，聽聞兒子重病，他們又慌慌張張地跑回室町殿（將軍御所）。但是，兩人都感染了流行病，腹瀉起來。（《經覺私要鈔》《宗賢卿記》）
同時，奈良也發生了疫病，據說死亡六百人。尋尊得了天花，政覺腹瀉。（《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）為了制伏疫病，經覺高掛藥師佛像，舉行法會。（《經覺私要鈔》）但疫病勢頭愈演愈烈，閏八月山田宗朝死於痢疾，古市胤榮在軍中病倒返回了古市。經覺的親信，與古市胤榮待在一起的畑經胤也得了痢疾，一同返回了古市。
這一年的天花、痢疾肆虐，應該是旱災與戰亂雙重原因所致吧。因為饑荒與軍役導致糧食不足，人們體力衰減。大量的餓死者與戰死者使得都市衛生惡化，導致了疫病。
本來，當權者應當竭盡全力消滅疫病。但由於正處於應仁之亂當中，朝廷和幕府的對策僅限於除病祈禱，毫無實效性。雖說已痊癒，但文明三年這場直接給足利義政帶來了影響的疫病，讓足利義政與兩軍首腦強烈意識到了儘早結束戰爭的必要性。
摸索和談
次年，即文明四年（1472）正月，山名宗全與細川勝元開始和談交涉。二月十五日，足利義政命令東軍赤松政則「和議已成，應從構內退出」。所謂構，就是以將軍御所為中心的東軍陣地。從中退出，就是解散赤松陣營，解除臨戰態勢的意思。
赤松政則回覆「遵命」，於是率軍走出陣營，謁見了將軍足利義政。赤松政則僅留下最少的兵力，其餘兵力在糺河原駐紮。糺河原以東為洛外，即京都之外，象徵著赤松軍退出洛中，進入休戰狀態。但是，這個消息僅僅是經古市傳到經覺耳中的傳言而已，真實性仍值得懷疑。雖說如此，有一個認識被很多人接受了，那就是為實現和議，有必要說服赤松政則，這非常有意思。後面還會詳述。
此後，經覺又聽到了別的消息。受和議成立的影響，西軍畠山義就與大內政弘發誓「絕不背棄對方」，結成一揆之盟。一揆的締結意味著二者不認可山名與細川之間的和議，選擇繼續戰鬥，京都為之騷然。但後來知道僅僅是誤傳，京中的騷亂也就沉靜下來。不止如此，後又證實連和議成立一事也只是誤傳。二十六日，山名宗全去世的消息傳到經覺耳中，經覺大吃一驚，但這也只是個謠言。（《經覺私要鈔》）
這個謠言也傳到尋尊那裡，尋尊在正月二十五日的日記中寫道，山名宗全於二十一日亡故，山名一族與大內政弘向足利義政投降。尋尊不知道這是個假消息，還非常高興地說：「這下子大亂終於要結束了，要進入和平了吧。」（《大乘院寺社雜事記》）
雖說以上的傳言都是假消息，但兩軍期盼結束戰爭的氣氛濃烈。儘管最終失敗，但一度有議和的嘗試，恐怕是事實。並且，議和是以西幕府向東幕府投降的形式來進行的。坐擁將軍足利義政與後御門天皇，收服了朝倉孝景的東軍，無論是正統性還是軍事力量都勝過西軍，這是毫無疑問的。山名宗全去世的謠言也應該反映出宗全喪失作戰願望，期盼議和的心態吧。
產生議和氣氛的最大因素是士氣低下。這年正月，西軍「構」內，一色義直的家臣與畠山義就的家臣擊球遊樂。所謂擊球，就是手執木杆，揮杆將木球打入對方陣內，是一種正月遊藝。然而，雙方因勝負爭執起來，據說共有八十人死傷。遊藝是為了排解長期從軍的壓力，卻起了反作用，這也反映出厭戰情緒的蔓延。統率他們的大名們紛紛考慮出路，自然理所當然。
本來山名宗全與細川勝元就並無不共戴天之仇。細川勝元之所以與山名宗全決裂，是因為山名宗全協助畠山義就，攻擊了細川勝元的盟友畠山政長，反過來說，若擱置畠山問題，雙方的和解就是有可能的。
此前的研究強調山名宗全與畠山義就的關係，這一理解很大程度上受到了軍記物語《應仁記》敘述的影響。事實上山名宗全不過是為了自己的政治策略才把畠山義就拉過來，在西軍明顯處於劣勢的情況下，就再沒有和畠山義就共命運的道理了。山名宗全已六十九歲，步入老年，他對自己死後山名一族的走向很關注，對他而言，是到了拋棄畠山義就，與細川勝元和解的時候了。
另一方面，以細川勝元為頂點的細川一門在應仁之亂後幾乎維持了自己的領國，他們所失去的較少。若以山名宗全投降足利義政的方式結束戰爭，對細川勝元也是有面子的事情，可謂正中他的下懷。
無法終結的大亂
文明四年（1472）二月十六日，山名宗全向西軍各將領派遣使者，提議與東軍議和。據尋尊從自京都回來的柚留木重藝那裡聽來的消息，諸將表示贊成，特別是畠山義就和大內政弘，二人表態歡迎。（《大乘院寺社雜事記》）
然而這是誤傳，或者是渴望早日結束戰爭的尋尊的誤解。尋尊雖然不像經覺那樣，但也傾向於相信順耳的謠言，做出對自己有益的解釋。
原因是，只看前後經過的話，就會發現畠山義就與大內政弘正是熱心的繼續作戰派。他們二人原本就沒有答應和議的動機。在東軍佔優勢的狀況之下議和，畠山氏的家督地位就會落入政長手中，這是畠山義就無法容忍的。打算與政長對戰到底的義就心中沒有結束戰爭這一個選項。
大內政弘呢，答應議和對他來說沒有直接損害。而大內政弘之所以反對議和，正如末柄豐所指出，是為了阻止細川勝元的霸權。和與細川勝元長期合作的山名宗全不同，細川勝元與大內政弘在瀨戶內海制海權方面是競爭關係。答應議和將導致細川勝元掌握幕府政治，長遠來看對大內政弘是不利的。
大內氏原本並不深切關注幕府中央政治，是個全力經營領國的地方獨立型大名。但大內政弘因參加應仁之亂上京後，就一直待在京都，他的中央政治志向傳遞給了其子大內義興，而後大內義興擁立足利義尹（足利義視嫡子）為將軍，對幕府政治施加影響力，此事的原委超出了本書的範圍，在此割愛了。
根據尋尊的日記，在文明二年六月的時候西軍諸將已對持續作戰十分消極，積極作戰的僅有畠山和大內兩人而已。因畠山、大內兩軍放火，京都、東山、西山的神社和寺院悉數化為灰燼，尋尊對此感嘆道：「如此暴行，聞所未聞，真是佛法、神道之敵人。」再沒有比二人更糟糕的人了，上天總會懲罰他們的，尋尊這樣痛罵了他們一頓。（《大乘院寺社雜事記》）
東軍的赤松政則反對議和。（《親長卿記》《大乘院寺社雜事記》）赤松政則一直在為將赤松氏舊領播磨、備前、美作三國從山名氏手上奪回來而努力。然而若山名、細川兩氏主導的議和實現，播磨、備前、美作就會成為山名氏領國了吧。這樣的話，自己為何參加東軍，殊死作戰，意義就不明了了。赤松政則會反對，理所當然。
文明四年四月，山名家臣太田垣向在京都作為西軍活動的畑經胤送去了書信。據這封書信稱，山名宗全精神錯亂，家臣擔心他是不是被狐狸附身了。（《經覺私要鈔》）此外尋尊記錄說，傳言五月山名宗全試圖切腹自盡，幸而家臣奮力阻止才保住性命。（《大乘院寺社雜事記》）
此事真偽不明，但山名宗全精神失常的謠言四起這件事本身也充分反映出他作為領導的統率能力在弱化的狀況。特別是家臣太田垣四處散布主君的病情，十分異常。應該是山名家臣團意圖通過讓宗全引退，來實現與細川氏的媾和吧。也就是所謂的「主君放逐」。
同時，細川家中也出了事。（《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）細川勝元、勝之父子剪短了髮髻，家臣十餘人也效法之。這是表示隱居的意願吧。細川勝元曾從細川野州家 請來勝之為嗣子，這一回勝之失去了繼承人的地位。事實上就是廢除繼承人。這樣，細川勝元的正室，也就是山名宗全養女所生的聰明丸（後來的細川政元）被選定為細川氏家督。根據櫻井英治的推測，這件事是送給山名宗全的和解信號。宗全的外孫若擔當細川氏的家督，山名氏將與細川氏結成穩固的紐帶。宗全也在八月將家督之位讓給其孫山名政豐，這樣兩軍主帥都一齊引退了。
二人承擔開戰的責任，一同隱居。這樣一來，山名與細川之間的芥蒂消除了。但是，隨著兩軍首腦退出舞台，約束諸將的角色也就失去了。山名宗全與細川勝元真正