家臣們的反叛
文明二年（1470）七月十九日，大內政弘軍進攻京都近郊的勸修寺，東軍逸見彈正自盡。（《經覺私要鈔》）大內勢力甚至進攻醍醐和山科。（《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）七月末，從屬細川勝元的「山城國十六人眾」大部分投降大內政弘，剩下的狛氏和木津氏下落不明。（《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）
從木津（今京都府木津川市木津）徒步到興福寺只需要一個半小時。與奈良近在咫尺的南山城地區落入大內氏的控制之下，令興福寺和大和武士大驚。為避免大內軍進攻大和，興福寺學侶命令筒井、箸尾等細川一方的大和武士退出奈良，將奈良的防禦交給豐田、豐岡、古市等。（《大乘院寺社雜事記》）但筒井依舊賴在奈良不走。
大內政弘的活躍對於西軍一方的古市胤榮來說是個擴大勢力範圍的好機會，但胤榮卻沒時間因為大內軍的進軍而欣喜，就在他的腳下發生了大規模的騷動。
文明二年六月，古市的家臣們扣押了古市運往伊勢的貨物。禁止從自己的領地輸送物資，是一種經濟封鎖，當時被叫作「荷留」。戰國時代，今川氏真為制裁武田信玄，曾禁止從駿河向甲斐輸鹽，這是很有名的事例。
本次扣押是奉了興福寺的命令。因為伊勢北畠氏的家臣侵害了興福寺的利益，興福寺遂封鎖前往伊勢的道路，向北畠氏施加壓力。（《大乘院寺社雜事記》）古市胤榮接受了興福寺的命令，讓家臣與民眾實行。得到掠奪許可，家臣十分歡喜，將送往伊勢的貨物順手沒收了。
但是古市的家臣卻失手將胤榮送去伊勢的貨物也沒收了。古市胤榮大怒，將首謀二人斬首，導致同族和家臣共三十人逃亡。
逃亡的三十人與其說是恐懼古市胤榮的處罰，不如說是對他實施斬首這一苛酷刑罰表示抗議，遂集團逃亡，也就是罷工。
三十位同族和家臣逃亡，不可避免地導致了古市勢力的弱化。他們以為這樣古市胤榮應該會軟化態度，但胤榮反而更加強硬。尋尊調停說「不如饒了他們吧」，胤榮不聽，與他們斷絕了關係。
七月，三十人中的二十一人在高野山 出家隱居。這個時代的寺院有避難所的功能，不允許世俗權力介入。因此，對逃到高野山的人，古市胤榮不能再出手。換言之，這二十一人不是乞求古市胤榮的原諒，而是宣告與胤榮斷絕交往。這樣一來，事態更趨於長期化了。
經覺與古市胤榮交涉，成功讓被胤榮拘禁的與事件有關的平民六人得以釋放。但對同族和家臣的赦免胤榮頑固地拒不點頭，只得作罷。
有的研究者認為，胤榮總是拒絕尋尊與經覺的調停，反映出他強力的家臣團控制，但問題並非如此。與其說他態度毅然決然，倒不如說他不過是脾氣暴躁罷了。
騷動以次年，即文明三年四月，胤榮接受同族和家臣們的謝罪，將其赦免的形式結束。隨著時間的流逝，古市胤榮的怒氣終於有所緩解了吧。
縱然如此，最終實現了和解，但三十位家臣大舉拋棄主君一事絕不會輕易了結。雖然直接導火索是扣押事件，但應該說在這之前，家臣們對胤榮就懷有不滿。
筆者臆測，或許是因為古市胤榮的文化志向遭到了反對吧。前一章提到的「林間」及本章第一節提到的念佛風流等，古市胤榮對文化事業傾心儘力，即便在應仁之亂中也絲毫未改。負擔當然就壓到了家臣們的身上。
前面已提到，文明元年七月，古市舉行了大規模「林間」，這年卻沒有舉行，因為根本不是時候啊。但反過來想，若沒有發生家臣集團逃亡事件的話，可能這年也會舉辦與頭年相同，甚至更大規模的「林間」。而且，這年盂蘭盆風流如往年一樣舉行，但僅在古市城，風流未到經覺處，規模也比往年小了。
足利義政是個有名的愛好文化的專制君主，古市胤榮也是同類型的人。無視現實的戰亂終日享樂，以至於失去了家臣們的支持，胤榮會遭此境遇可謂理所當然了。
依靠經覺
說起來，對古市胤榮在應仁之亂中的所為還是要打上問號。因為他與斯波義廉、朝倉孝景以及越智家榮結盟，此前的研究將其視為西軍一方；但另一方面研究指出，古市胤榮極少作為西軍展開軍事行動。
就此，學者評價說：「他並不較深地介入京都的戰亂，而是趁著筒井氏實力削弱的機會擴張在奈良的勢力。」這是基於利用內亂實現暴發的「下克上」史觀，進而是左翼史觀的產物。然而，切實地來觀察古市胤榮的行動的話，他的活動是否基於如此高度的戰略，不禁值得懷疑。
古市反筒井的色彩很強烈，但這是前一代古市胤仙時候的事情。應仁之亂爆發之前，古市胤榮與筒井順永關係良好。文正元年（1466）七月，筒井順永前來慰問病中的胤榮，同年八至九月，胤榮接受順永的邀請派出援軍。應仁之亂不久前的應仁元年（1467）四月，胤榮與順永曾一同鬥雞。（《經覺私要鈔》）另一方面，古市胤榮還與越智家榮關係親密，可以說古市的立場是中立的。
應仁之亂爆發後，西軍再三催促古市胤榮上京，胤榮不為所動。可能原因之一是尋尊讓他打消參加西軍的念頭（《大乘院寺社雜事記》），此外他擔心與東軍筒井氏關係惡化，遂無法下定參加西軍的決心。到了應仁元年九月，古市軍終於上京，但古市胤榮自己仍留在奈良。（《經覺私要鈔》）此後，並無任何證據表明胤榮在大和積極展開了任何軍事行動，並不是因為他有什麼深謀遠慮，而只是單純地不想加入戰爭而已吧。
倒不如說，與越智和筒井都關係良好的古市胤榮，何以勉勉強強參加西軍，其原因有考察的必要。就此，酒井紀美提出經覺的影響很大。這一觀點非常有趣。
京都的朝倉孝景或畠山義就向古市胤榮派去使者，胤榮立即逐一向經覺報告，向他分享戰況信息。胤榮時年二十九歲，並不是好心告知經覺戰況信息，而是想求得老練的經覺的意見吧。
前文已述，經覺是反筒井的，且與朝倉孝景關係頗深。經覺自然會建議胤榮加入西軍，特別是加入斯波義廉軍。事實上，上京的古市軍就是與朝倉軍會合的（四十日後返回奈良）。
優柔寡斷的古市胤榮在史無前例的大亂面前進退維谷，無法決斷自己的出路。將重大決策交給別人的古市胤榮，也許原本就不是一個適合在亂世生存的人物。
依靠山田宗朝
胤榮所依靠的不只經覺一個人。這時的古市胤榮，時不時地與一位叫山田宗朝的人物共同行動。
目前尚無研究考察過山田宗朝的背景，但他應該是大乘院坊人，國民山田氏出身。山田氏是乾協黨的一員，在御祭中擔當流鏑馬的執行人之一。宗朝自己也在長祿元年（1457）擔當過流鏑馬執行人。（《經覺私要鈔》）他的據點應該是在大乘院下屬上山田莊、下山田莊（今奈良縣天理市山田町）吧。換言之，山田宗朝是一名獨立的大和武士，與越智氏與古市氏相同。
另一方面，古市胤榮十九歲結婚時，山田宗朝出面迎接古市胤榮之妻（窪城順專之女）。（《經覺私要鈔》）因此山田宗朝雖不是胤榮的家臣，但應該從屬於古市胤榮，就好像織田信長與德川家康那樣的關係。
文正二年（1467）二月，越智家榮協助山名宗全、畠山義就出兵上京之際，萬歲滿阿入道、山田宗朝等也同路，他們的兵力總共有三百騎。古市胤榮應萬歲氏的邀請派遣騎兵二十騎。與積極加入畠山義就、越智家榮的山田宗朝相比，胤榮的躊躇可見一斑。當年四月，山田宗朝將親越智的狹川氏介紹給胤榮（《經覺私要鈔》），可見他試圖將胤榮拉入越智派一邊。
古市胤榮最終從屬西軍，不僅是因為經覺，山田宗朝的活動也起了很大的作用吧。事實上，山田宗朝在大亂中積極發起軍事行動。宗朝趁大亂之機，控制了東山內（今大和高原）一帶。
文明二年（1470）九月，為反擊侵入南山城地區的大內政弘，東軍的伊賀守護仁木氏等出兵山城。為與其對抗，西軍一方的國民狹川氏在木津布陣。
十月，古市胤榮為控制山城國下狛（今京都府相樂郡精華町下狛），派遣同族長田家則率軍發起行動。（《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）
對古市胤榮來說，發動這次積極的軍事行動非常罕見，實際上與山田宗朝的出兵有協同關係。這時，山田宗朝率兵七十向木津進發，途中兩軍仍共同行動（從木津沿京街道北上渡過木津川就可抵達狛）。或許胤榮是被熱心的西軍山田宗朝硬拉著出兵的吧。
筒井順永雖試圖阻止古市與山田的軍事行動，但在某人的斡旋之下，還是允許他們通過了。（《經覺私要鈔》）筒井與古市的聯繫直到大亂爆發後仍在維持。但是，本次作戰失敗了，西軍以戰敗告終。狹川氏從木津陣撤退，山田宗朝也遭到重創。古市軍應該也撤退了。尋尊對狹川氏徒勞無益地助長軍事緊張的行為予以