性格差異
本書在前面已適時介紹過，經覺與尋尊的性格正好相反。一言以蔽之，經覺主動，尋尊被動。
尋尊的日記《大乘院寺社雜事記》在戰前印成鉛字出版，與之相比，經覺的日記《經覺私要鈔》最近才刊行。受此影響，研究者們在考察「上流階級如何看待應仁之亂」時，主要使用的是《大乘院寺社雜事記》。
歷史學家看待尋尊的視線是冷淡的。尋尊稱應仁之亂是天魔造業，將武士不敬公家、寺社，侵略莊園的行為視為神靈的懲罰。對於應仁之亂的原因，他未能給出有說服力的見解。因此，研究者們給他下了「總之僅僅是作為舊統治階級一員對世道感到苦悶而已」的結論。
尋尊旁觀者的態度也遭到了批判。應仁之亂中，奈良未遭戰火荼毒，因此尋尊好像總把戰爭看成是與己無關的事。他雖挂念生活在京都的本家一條家的人，但對民眾的痛苦並不關心。他的反戰意識不過泛泛，換言之，「用詞雖非常激烈，但言之無物，很沒邏輯」。
之所以史學家對尋尊的評價低，原因之一是，戰後歷史學是以左翼史觀為基調的。筆者在前著《日本中世戰爭史》中也提到，所謂左翼史觀，就是把下層被統治階級對上層統治階級發起鬥爭、打倒統治階級視為進步的歷史觀。以這一理論來評價應仁之亂的話，尋尊就屬於應被打倒的統治階級一邊了。悲嘆「下克上」的尋尊，就是無法接受武士和民眾成長的現實，無力地只會發些愚蠢牢騷的莊園領主的象徵。
但通過讀《經覺私要鈔》我們知道，不是所有的莊園領主都只知道發牢騷，也有的人像經覺一樣主動出擊，憑自己的力量克服戰亂的影響。因此，單單站在尋尊的角度，強調沒落貴族與僧侶的保守性，這一研究傾向是有問題的。
甚至可以說，有了經覺這樣一個比較對象，也可以對尋尊的所為進行再次評價。正如第二章所述，在大和的筒井一方和越智一方對立時，經覺堅決站在後者一邊。這與同紛爭保持距離的尋尊形成鮮明對比。然而，雖然經覺全身投入，紛爭卻不僅未能中止，反而進一步惡化。在除此之外的很多問題上，經覺的介入都不一定就會帶來好的結果。
事實上，大乘院尋尊對自己的前任經覺的做法是持批判態度的。尋尊認為，經覺擔任門主期間，不顧將來後果，擅自做出短視的決定，以至於丟失了大乘院下屬的大半部分莊園，田租也基本上收不上來了。（《大乘院寺社雜事記》）在尋尊的認識里，他是在給經覺善後。
經覺的判斷具有不拘先例、不遵成法的靈活性。但另一方面，他缺乏長遠打算，只能應付一時。經覺在越智和朝倉身上費盡心力就是個典型。經覺個人雖無妨，但對興福寺或大乘院來說，受武士擺布，一定會有所不滿的。
在這一點上，尋尊一直沉著冷靜。他不會對眼前發生的事情下輕率的判斷，而是考察記錄，調查了過去的相似事例之後再下決斷。這一態度可以說是非常消極的，但大乘院雖然屢遭挫折仍能從大亂中生存下來，靠的正是門主尋尊的慎重。
關於政覺
經覺與尋尊在圍繞尋尊繼任者教育的問題上產生了分歧。尋尊的繼任者就是將擔任下任門主，已進入大乘院門跡的政覺。
政覺是二條持通之子，生於享德二年（1453）。寬正三年（1462）四月末，將軍足利義政詢問滯留京都的經覺，可否讓二條家的子嗣做尋尊的弟子。經覺無異議，但仍有一個問題。二條家雖然是攝關家，但與經覺的本家九條家、尋尊的本家一條家不同，其子嗣不曾有過入大乘院的先例。中世的人們不喜歡沒有先例的事情。
於是，在經覺提議下，二條家的子嗣做了將軍足利義政的猶子。本來也可以做太閣（前關白）一條兼良的猶子，但為避免一條家和九條家因大乘院的控制權產生矛盾，就採取了成為將軍猶子這一中立方案。經覺向奈良的尋尊派去使者，一面告訴他繼任者確定的事，一面催促他上京，向將軍致謝。（《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）
五月五日，尋尊上京，六日前往將軍御所與足利義政會面，贈送了禮品。經覺也一同前去。足利義政命二人「好好照看他，各階段的法會要好好指導他」。（《經覺私要鈔》）而後，尋尊與經覺拜訪二條家，與二條持通父子見面。（《大乘院寺社雜事記》）
十二月八日，二條家公子從京都出發去奈良興福寺，進入大乘院，當時十歲。公子在第二年出家，法名政覺。
因為以上的過程，經覺認為自己是政覺的監護人。因而，圍繞對政覺的指導，經覺與尋尊產生了分歧。應仁元年（1467）五月二十三日，經覺給尋尊送去書信，質疑政覺的學問（法相宗經典等的學習）沒有進步，並提議從下個月起，讓寬尊和賢英兩位僧侶交替指導政覺，各自教滿十五天。二十四日，尋尊回信說：「照您的意思辦。我也是這麼考慮的。」（《經覺私要鈔》）
然而尋尊五月二十三的日記中並沒有記錄收到經覺的書信一事。尋尊在二十四和二十五日的日記中記錄說，命政覺下個月起開始讀《成唯識論同學抄》，並讓賢英指導他。（《大乘院寺社雜事記》）被經覺挑毛病，慌裡慌張地開始為政覺的教育費心這一「不合適的真相」沒有被記錄下來。
經覺在應仁三年四月二十六日又教訓政覺「不好好精進學問，豈有此理」。（《經覺私要鈔》）政覺怎麼說也是尋尊的弟子，經覺的介入對尋尊來說是越權行為。尋尊在日記里時常寫道「自己不是經覺的弟子」，「經覺不過是隱居之身罷了」，他對在各方面插手大乘院內部事務的經覺的不滿可見一斑。
說尋尊不考慮政覺的將來純屬無稽之談。相反，他竭盡全力保證政覺適任門主。雖說是貴種僧，若不能在重要法會上熟練地承擔豎義者之職，就沒有擔任別當的資格。尋尊於十六歲通過方廣會豎義考試，十八歲通過法華會豎義考試，十九歲通過慈恩會豎義考試。政覺的經歷則是十四歲通過方廣會豎義考試，十七歲通過法華會豎義考試，二十歲通過慈恩會豎義考試，幾乎與尋尊步調一致，可見尋尊是以自己為先例來安排政覺的學習的。
第一章提到，這個時期的豎義與其說是考試，不如說是儀式，正因為如此，尋尊才對政覺的排場費心不已。準備漂亮的服裝、轎子自不必說，還安排了大量的隨從，組織了華麗的隊列。此外還舉行了「大饗」這樣的宴會儀式。
舉辦這一系列儀式的巨大費用，基本通過從大乘院所屬各莊園徵收的「段錢」解決。所謂段錢，就是以「土地一反 徵收錢幾文」的方式，向百姓們徵收的臨時稅。
寬正三年，迎接政覺入大乘院之際，尋尊徵收了入院段錢，然而到了指定的日期，未交的莊園為數不少，尋尊於是命令眾徒和國民對其實施武力討伐。眾徒、國民對出兵態度消極，但由於筒井、十市等派出屬下去威嚇，大多數莊園都交了稅金。應仁二年政覺受戒、接受方廣會豎義考試時，縱然處於應仁之亂之中，還是徵收了段錢。這時眾徒、國民也亮出了武力。後世的史學家讀到這樣的史實，難免對尋尊評價不高，這是可以理解的。
文明三年（1471），政覺接受慈恩會豎義考試時也徵收了段錢。然而學侶、六方眾表示反對。慈恩會是在法相宗祖師慈恩大師 的忌日十一月十三日舉行的法會，是興福寺「十二大會」之一。和興福寺第一的法會維摩會及僅次於維摩會的法華會相比，規格較低。因而，他們批判道，沒有必要誇張到徵收段錢的地步。
對此，尋尊反駁說，良家、普通僧侶的慈恩會豎義，與有朝一日將成為門主的政覺的慈恩會豎義的重要性完全不同。且孝圓、經覺、尋尊歷代門主在擔任慈恩會豎義時都徵收了段錢，那麼這次也應該徵收。雖然尋尊未說出「和你們這些身份低微之輩能一樣嗎」這種話，但氣勢洶洶，學侶和六方眾或是被氣勢壓倒，只能作罷。
不過，這時候徵收段錢十分困難，不得不藉助眾徒、國民的力量。尋尊在日記中寫下了向他們贈送謝禮的屈辱。
尋尊費盡心力徵收段錢完全是為政覺考慮。這是為了通過盛大的法會提高政覺的權威。從現代人的角度來看，這無非是些讓民眾陷入困苦的「無意義的公共事業」，但身份秩序的穩定維持能夠帶來社會的安定與和平，尋尊的這一想法也並不是不能理解。
應仁之亂之中，大和未淪為戰場，這與興福寺權威尚在並非沒有關係。筒井等眾徒與國民雖有小規模衝突，但絕不會把他國的武裝力量引入大和國來。其中一個原因就是為了確保興福寺的法會及春日祭這樣的儀式順利舉辦。誇張點說，興福寺的存在保障了大和國的和平。