井樓的使用
與兩軍最初的設想相反，戰事陷入長期化的背景是戰法的變化。首先是防禦設施的進步，其中的代表就是井樓。所謂井樓，就是為在戰場上偵察敵情，用木材堆成井字形而建造的瞭望台。但井樓不只是瞭望台，後面將提到，井樓上也備有武器，可以擊退接近的敵軍，也就是所謂的箭樓。本章第一節開頭講過的畠山政長的箭樓就是這樣一個東西。
井樓與箭樓的使用並非從應仁之亂開始。應永六年（1399）的應永之亂中，固守和泉國堺（現大阪府堺市）的大內義弘，為防備幕府軍攻擊，構築「井樓四十八、箭樓一千七百」。（《應永記》）幕府進攻乏術，足足花了三周來攻克堺。
然而應仁之亂中修建的井樓規模更大。據禪僧太極的日記記載，應仁二年（1468）四月十四日，西軍山名宗全修築的井樓高達七丈（約二十二米）多。（《碧山日錄》）但是經覺則記錄說，這個井樓的高度是一丈二尺（約三點六米）。（《經覺私要鈔》）現在的兩層樓住宅，從地面到屋頂橫樑的高度超過六米。一丈二尺有些低，但七丈又太高了，經覺的記錄應該更接近真實情況。四月二十五日，大內政弘在相國寺鹿苑院東南修築「大西（井）樓」。（《碧山日錄》）五月二十七日，東軍也修建了大井樓。據說登上井樓便可以眺望「各軍營」。（《碧山日錄》）
根據經覺的記載，山名宗全在井樓上準備了石頭和火箭。更有趣的是，經覺還記述說該設施是為「進攻細川城」而建造的。（《經覺私要鈔》）也就是說，經覺認為這並不是防禦設施，而是攻城設施。
細想的話，井樓是在攻擊敵城時也能派上用場的建築物。為從與城牆同高或比其更高的位置發動進攻而修造的攻城塔，無論古今東西，都被廣泛使用。在前面提到的應永之亂中，幕府軍在強攻失敗後，就修造了「井樓、箭樓」來攻擊堺城。（《應永記》）此外結城之戰（第二章開始處有介紹）中，攻擊結城城的幕府軍也修造了「十餘丈井樓」。（《鎌倉持氏記》）「十餘丈」應該是帶有文學性的誇張，但攻城之際使用井樓卻是事實。應仁之亂的巷戰之中攻方也使用井樓，這一點歷來並未引起關注，卻是非常有意思的。
應仁之亂中還使用了攻城兵器。應仁二年正月，東軍從大和國召集工匠，製作「發石木」。（《碧山日錄》）這就是投石機。
禪僧太極在聽說此事後說：「李密（隋末戰爭中的起兵者之一）曾製作攻城武器『機發石』。」介紹了中國的類似事例。太極甚至拿出自己的學識，繼續追溯更早時代的例子：「曹操也曾制發石車破袁紹，因其威力，被稱作霹靂車。」（《碧山日錄》）這說的是《三國志》裡面的插曲，說曹操軍使用發石車（霹靂車）擊毀了袁紹軍的望樓。太極似乎想說，投石機是中國自古以來就有的兵器，沒什麼特別需要驚奇的。但反過來想，這卻是被當時的日本認為稀罕的「新兵器」。應仁之亂促進了戰術層面的革新，這是毫無疑問的。
御構的出現
前一節已有提到，在有關應仁之亂的日記資料中出現了「城」這一辭彙，譬如「細川城」「宗全之城」（《碧山日錄》）等。這個「城」是什麼呢？既然事實上已有攻城兵器的使用，這個「城」就不僅僅是一種文學性的修辭。
對於西軍的布陣，尋尊記錄道：「掘開大路、小路，以為城郭。」（《大乘院日記目錄》）也就是挖開道路築成的壕溝。東軍也在以將軍御所為中心的諸陣營外圍挖掘了壕溝，築成要塞。當時的史料稱之為「御構」「東構」「東城」等。這種「御構」將公家、武士的宅邸乃至數百平民的居住區包圍了起來。
隨著戰事的發展，京都各處築起「構」，即要塞。東西兩軍幫助公家築造了壕溝。公家們出於自衛的目的，有的也自發地在宅邸周圍挖掘了壕溝。為對付土一揆的來襲與盜賊，防備惡化的京都治安，在大亂以前，公家們已經在宅邸四圍挖掘了壕溝，大亂爆發以後可以說實施的是擴建工程。高橋康夫從各種史料中發現了京都「構」的存在，據他的研究，主戰場上京（京都二條通以北）就有武衛構（斯波義廉宅邸周圍）、實相院構、白雲構、田中構、柳原構、贊州構（細川成之宅邸周圍）、御所東構、山名構、伏見殿構、北小路構、御靈構等。
筆者在前著《日本中世戰爭史》中也提到，本來巷戰大多數是短時間決勝的。鎌倉時代在鎌倉都市區的戰鬥一天到兩天就結束了。新田義貞滅亡鎌倉幕府時，攻入鎌倉之前奮力苦戰，但攻入街區之後僅一日就將鎌倉幕府軍擊破。南北朝內亂中時不時出現的京都爭奪戰中，最長的也無非半個月左右就能決出勝負。
但到了應仁之亂中，兩軍修築壕溝與井樓等防禦陣地，京都的巷戰成了真正意義上的「攻城戰」。兩軍不得不放棄了突擊敵陣（敵城），一舉攻克敵人據點的念頭。陣地越成為要塞，雙方就越傾向於使用弓箭或投石機等進行遠距離作戰。
眾所周知，在第一次世界大戰中，儘管兩大陣營的首腦和國民都相信戰爭能很快結束，但因為戰壕的使用，戰爭陷入長期化。應仁之亂也因為防禦方處於優勢地位，戰況日趨膠著。
足輕的誕生
在這樣的狀況下，為打破僵局，新的戰鬥力量登上了舞台，這就是足輕。足輕指不著甲胄的輕裝步兵。應仁二年（1468）三月中旬，東軍動員足輕火燒下京（京都二條通以南）。這次作戰的目的是對西軍駐屯地及物資存放地予以打擊，阻斷其兵力和軍糧補給。（《後法興院記》《後知足院記》）指揮此次作戰的足輕大將，就是在《日本中世戰爭史》中也介紹過的那位著名的骨皮道賢。（《碧山日錄》）
骨皮道賢在應仁之亂前被室町幕府侍所（維持京都治安的警察組織）僱用，稱為「目付」。之所以他會被幕府任用，是因為他非常了解盜賊的動向。（《碧山日錄》）可能是因為他自己本來就是盜賊出身吧。總之，這是與江戶時代「目明」 （岡引）類似的群體。
應仁之亂前後的侍所所司（長官）是京極持清，這其實算是個名譽職位，所以由京極持清的重臣多賀高忠擔任所司代，全權負責實際工作。根據二木謙一的研究，多賀高忠未從主君京極持清那裡獲得一兵一卒，為維持治安，他僱用了牢人、惡黨等。其中一人便是骨皮道賢，道賢協助東軍，應該也是因為與多賀高忠的關係。道賢以伏見稻荷神社為據點，集結了三百名足輕，斷了西軍的糧道。（《碧山日錄》）
西軍對此感到擔憂，於是在三月二十一日，派遣大軍包圍了稻荷山。（《碧山日錄》《後法興院記》《後知足院記》）西軍本來的目的是處置協助骨皮道賢的稻荷社神官，結果很偶然地，道賢也在場。道賢正欲逃走，被畠山義就家臣所擒、斬殺。神官們的住宅也被放火，稻荷神社因此燒毀。偏袒西軍的經覺評論道賢的結局為自作自受，尋尊卻批判了畠山義就火燒稻荷社的行為。（《經覺私要鈔》《大乘院日記目錄》）
道賢死後，東軍繼續使用足輕。六月八日夜，東軍足輕火燒宗全宅邸的高樓，據說因此受到了細川勝元的獎賞。當然，西軍也僱用了足輕。西軍足輕大將中有位知名人物叫御廚子某，他本是東福寺門前町的居民，好勇鬥狠，不繼承家業，而是追隨畠山義就。他糾集足輕，神出鬼沒，通過游擊戰讓東軍吃了苦頭。（《碧山日錄》）
筆者在前著中介紹過，近年的研究將足輕的活躍看成一種大都市問題。也就是說，在慢性饑荒的過程中，大量人口從周邊村落流入都市，形成了都市下層居民，人口逐步增加的都市下層居民就是足輕的最大來源。此外不容忽視的是，足利義教時期以後，因為將軍肆意裁決，許多大名家反覆起起落落。隨著大名家的沒落，失去職務的牢人等武士階層也參加進來，下層居民和饑民們作為土一揆被組織起來，形成了強大的戰鬥力量。
另一方面，一些人則作為討伐土一揆的力量被多賀高忠與浦上則宗（赤松政則的重臣）僱用。隨著應仁之亂爆發，他們也成為足輕，被組織起來。土一揆與足輕，名稱雖不同，但參加者的行動（掠奪、放火）卻是一樣的，兩者是相近的群體。
足輕最被期待的功能是切斷敵軍補給、破壞補給設施。足輕發揮其機動性，掠奪、放火，疲敝敵軍。但是，被掠奪和縱火的不僅是敵軍，居住在京都的公家、寺院、神社和平民也遭受了巨大的損害。足輕的大量動員進一步導致了京都的荒廢。
補給線爭奪
截至應仁二年（1468）前半年，戰鬥在京都的街區進行，進入後半年，主戰場轉移到東山、山科、鳥羽等京都周邊地區。這是為了確保本方補給線的同時，切斷敵軍補給線。
當時的京都是一個特別的大都市，為了養活龐大的人口，必須依靠從外部輸送的物資。嘉吉元年（1441）發生嘉吉土一揆時，土一揆軍封鎖了京都的七個出入口（七口），陷入「京都之饑荒令人不能容忍」 （《公名公記》