兩軍的構成
那麼，我們來看一看兩軍的陣容。細川一方的布陣在將軍御所周邊鋪開，而山名一方則以鉗住堀川之勢，在一條大宮一帶布陣。細川勝元一方在東，山名宗全一方在西，前者叫作東軍，後者叫作西軍。此後，我們就使用這兩個稱呼。順便說一句，現在京都市上京區一條通以北的地區叫作西陣，就是因西軍的陣營所在而來。
參加東軍的大名有細川勝元（攝津、丹波、贊岐、土佐守護）、細川成之（三河、阿波）、細川成春（淡路）、細川勝久（備中）、細川常有和細川持久（和泉兩守護）、畠山政長（河內、紀伊、越中）、京極持清（北近江、飛驒、出雲、隱岐）、武田信賢（若狹、安藝分郡）、赤松政則（加賀北半國）、山名是豐（備後）、斯波義敏。
東軍主力是細川同門、畠山政長和京極持清。武田信賢的領地包括安藝國佐東郡、安南郡、山縣郡，與安藝守護山名宗全是競爭關係。赤松政則也是因為試圖從山名手中奪回原有的領地播磨、備前和美作，而加入東軍。至於斯波義敏，則如前所述，他與山名宗全的女婿斯波義廉是對手。也就是說，細川勝元集結同門及盟友政長、持清，以及反山名派所成立的軍隊就是東軍（山名是豐則是因為與父親宗全不睦，於應仁元年六月從西軍叛入東軍）。
另一方面，參加西軍的大名有山名宗全（但馬、播磨、安藝守護）、山名教之（伯耆、備前）、山名政清（美作、石見）、山名豐氏（因幡）、斯波義廉（越前、尾張、遠江）、畠山義就（山城）、畠山義統（能登）、一色義直（伊勢、丹後）、土岐成賴（美濃）、六角行高（近江）、富堅政親（加賀）。後面還會提到，後來大內政弘（周防、長門、豐前、筑前）也加入了西軍。
西軍的主力是山名一族與斯波義廉和畠山義就。據軍記物語《應仁記》記載，山名宗全被岳山之戰中義就的奮戰所感動，於是決心與義就合作，但如前所述，這並不是史實。文正政變後，山名宗全將反細川的畠山義就拉攏入自己的陣營，但二者的關係並不密切，後來的西軍因此亂了步調。順便一提，畠山義統的弟弟畠山政國是畠山義就的猶子。
一色義直與足利義政和伊勢貞親關係親密，與山名的關係卻很淡薄。文正元年（1466）年末，畠山義就上京之際，一色義直還尚未清晰地表明態度。（《大乘院寺社雜事記》）他之所以最終加入西軍，是為了把原屬於他的三河和若狹從細川與武田兩氏手中奪回來（此外，武田信賢的兄長信榮曾殺害一色義直之父義貫，義直的憤恨也是一個原因）。
土岐成賴和六角行高（後來的高賴，此後統稱六角高賴）並沒有特別的理由要協助山名宗全。兩人的勢力範圍和細川勝元的盟友京極持清的領國北近江接壤，因此他們才為了對抗京極而加入西軍的吧。加賀守護富堅政親，在赤松政則成為加賀北半國守護以後就與赤松政則對立，既然政則投身東軍，富堅政親也就加入了西軍。
此外據《應仁記》記載，兩軍兵力分別是東軍十六萬騎，西軍十一萬騎。歷來認為這個數字有所誇大，但就畠山義就集結的大和、河內與熊野之兵就有七千騎來看，或許這個數字與真實情況意外地接近。大和的義就一黨的核心力量是越智家榮的兵力，有騎兵一百五十、步兵兩千。協助義就的熊野勢力有一千四五百人（《經覺私要鈔》），加上野伏之類的雜兵，義就軍達到七千人也是可能的。其他將領也有大致程度的兵力的話，西軍總體上便可達數萬人。
然而，這個數字不過是總共能夠動員的兵力，並不是全軍一齊在京都會合，也不能忽略部隊兵員的補充和交替。據永島福太郎推算，開戰之時兩軍加起來也不到五萬。西軍的兵力就是一二萬。六月起，山名一方八國的兵力出發開向京都（《大乘院寺社雜事記》），就此來看，西軍的軍事動員比較遲，被迫在京都陷入苦戰。
足利義視的失勢
東軍在獲得幕府軍的名分之後，於應仁元年（1467）六月六日商討作戰計畫，決定以足利義視為主帥，在八日對西軍發動總攻。但是因為西軍將領中，有像山名宗全的兒子山名是豐那樣請求投降的，於是總攻被中止了。這應該是足利義政的意向。足利義政向西軍諸將送去御內書，勸他們投降。當日，西軍山名教之與東軍赤松政則在一條大宮激戰，東軍獲勝。主帥足利義視親自檢驗了屍首。（《大乘院寺社雜事記》）足利義政試圖抑制戰事擴大，足利義視卻幹勁十足地想積攢戰功。面對大亂，這對兄弟的表現截然相反。
九日，土岐成賴、六角高賴、富堅政親三人通過東軍的細川成之透露了降服之意。足利義政懷疑他們是否真心投降，於是回覆他們說，在對山名宗全與畠山義就發起進攻前，不與他們見面。（《大乘院寺社雜事記》）事實上，富堅政親是被東軍策反，但土岐和六角確實是詐降。
斯波義廉也想投降東軍，但足利義政要求他「除非交出朝倉孝景的腦袋，否則不允准」。（《大乘院寺社雜事記》）朝倉孝景是斯波義廉的重臣，也是義廉軍中的大將。此外，在山名同族的增援部隊還未到達京都時，朝倉軍其實是西軍的主力。所以這是義廉無論如何也不能接受的條件。
足利義政仍然給斯波義廉保留著管領的位置，我們看不出他對義廉有什麼厭惡。給斯波義廉開出如此苛刻的投降條件，並非足利義政的本意，應該是受足利義視和細川勝元等人的意見影響的結果。對細川勝元來說，其他的武將暫且不論，若不能給予山名宗全和斯波義廉打擊，那麼開戰就沒有意義了。足利義視也一樣，在建立突出的軍功之前他是不願意收手停戰的。這樣一來，停戰的道路就被封死了。
足利義視掌握著將軍御所，將與山名一方有親緣關係或者關係緊密的女官和近臣全都驅逐出去。十一日，暗通西軍的飯尾為數父子被處死。（《大乘院寺社雜事記》）
足利義視在三年前才還俗，並沒有固有的權力根基。因此，他利用大亂這一「有事」之機，專權跋扈，為自己出任下任將軍打實基礎。但是足利義視的行動招致了想讓自己的兒子義尚擔任下任將軍的日野富子的反對。結果，被孤立的足利義視退出將軍御所，回到了自己的宅邸（今出川殿）。（《應仁記》）
大內政弘入京
無論兵力還是大義名分，東軍都勝出西軍一籌。但由於畠山義就和朝倉孝景等西軍諸將奮起反抗，對付起來頗為棘手，東軍也未能獲得決定性的勝利。東軍慢吞吞地攻擊之時，西軍的兵力卻得到了增強。
應仁元年（1467）六月二十八日，安藝、石見、備前、但馬、備後、播磨六國大軍經丹波進入京都。屬於東軍的西岡（京都西郊）武士試圖阻止西軍入京，因寡不敵眾，慘遭突破。據說西軍的援軍有八萬人。聽到這個消息，經覺抱有疑問：「八萬人太多了。」（《經覺私要鈔》）也有消息說援軍的一半都在丹波待命，但即便如此，上京之數也達四萬。過萬的大軍已經到達，這一點可以看作事實。
但是對於西軍而言，最為重要的事當然是大內政弘的入京。二月的時候就有傳言說大內政弘東進，細川勝元對此並未足夠關注。（《毛利家文書》）細川勝元之所以要違背足利義政力主議和的意願也要固執地討伐西軍，是因為他想在大內政弘上京之前取得較大戰果，為東軍贏得決定性的勝利。在勝元眼中，西軍諸將的請降，無非是在為大內政弘上京爭取時間罷了。
據說大內政弘於五月十日從根據地周防山口（現在的山口市）出發。此乃細川勝元等起兵之前之事，因為不太可能是大內政弘事先察覺了細川勝元等的計畫，應該是為了維持強化正月的政變後所建立的新體制，應山名宗全的催促上京的吧。
大內政弘出發後，京都的戰事開始了，因而大內政弘將軍隊分為海陸兩隊，花了兩個月時間，緩慢進軍。他是在觀望京都的局勢吧。七月十九日，大內軍先頭部隊到達播磨室津（現在兵庫縣龍野市）。軍船據說有五百艘。（《經覺私要鈔》）二十日，大內政弘本人抵達兵庫。（《大乘院日記目錄》）政弘率周防、長門、豐前、筑前、筑後、安藝、石見、伊予八國武士隨行。（《經覺私要鈔》）據傳總人數達數萬人。（《大乘院日記目錄》）
東軍想要在大內軍到達之前攻下斯波義廉宅邸，於是連日發動猛烈攻勢（《應仁記》），然而卻未能攻克。（《後法興院記》）八月三日，大內政弘從兵庫出發（《大乘院日記目錄》），計畫從陸路上京。細川勝元試圖阻止大內軍上京，因攝津池田市被策反，未能成功。（《後法興院記》）
大內政弘於當月二十三日率三萬大軍上京，在京都南部的玄關位置東寺 布陣。（《宗賢卿記》《經覺私要鈔》）永島福太郎推測，三萬人中包括苦力等非戰鬥人員，戰鬥人員為一萬餘人。二十日，東軍知曉大內軍靠近之後，解除了對斯波義廉宅邸的包圍，二十三日將後花園上皇和后土御門天皇轉移到將軍御所。（《宗