御靈之戰
文正元年（1466）十二月二十六日，畠山義就率軍上京，在京都北部的千本釋迦堂（大報恩寺）布陣。義就的背後，是山名宗全與斯波義廉。畠山政長為與義就對抗，在宅邸四圍構築箭樓，與赤松政則、六角政高一同據守。此外細川勝元和京極持清也支援政長。（《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）
將軍足利義政對畠山義就擅自上京十分憤怒，遂支持畠山政長。文正二年正月初一，管領畠山政長前往將軍御所（花之御所），向足利義政進獻了垸飯。所謂進獻垸飯，就是家臣為主君進獻膳食，招待主君的儀式。每年初一，室町幕府首席家臣，即管領會為將軍安排垸飯。政長負責垸飯事宜，意味著足利義政對畠山政長的信任。但是，因為要對畠山義就一方的活動保持警戒，畠山政長與細川勝元軍沿路設置了警衛。（《後法興院記》）
然而正月初二，足利義政中止了前去畠山政長宅邸的「御成」，在將軍御所與畠山義就會面。（《齋藤親基日記》）所謂御成，是對貴人外出的尊稱，在室町時代主要指將軍的外出。
每年正月初二，將軍駕臨管領宅邸接受宴會招待，這是幕府的固定活動，被稱作「御成始」。對畠山政長而言，迎接將軍駕臨是昭示自己與將軍親密關係的絕佳機會，如此突然中止，對政長實在是很大的打擊。尋尊對此大吃一驚，覺得足利義政「扶持雙方」（向政長和義就雙方都示好），實在是無節操。（《大乘院寺社雜事記》）
正月五日這一天，是每年將軍拜訪畠山宅邸的日子。然而足利義政卻沒有去畠山政長那裡，而是去了畠山義就處。因為畠山宅邸處於政長的控制之下，義就借用山名宗全的宅邸迎接了足利義政。（《後法興院記》《齋藤親基日記》）足利義視與各大名也隨行而往，沒有一同前去的只有畠山政長、細川勝元和京極持清而已。（《大乘院寺社雜事記》）
六日，足利義政罷免畠山政長的管領職位，命令他將宅邸讓給義就。（《大乘院寺社雜事記》《齋藤親基日記》）並且，成身院光宣在知曉政長的不利形勢之後，率部從奈良上京。（《經覺私要鈔》）但到了八日，斯波義廉被任命為管領，十一日新管領斯波義廉走馬上任。（《後法興院記》《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）
起初支持畠山政長的足利義政突然轉向畠山義就一邊，想必是發現了義就上京之後山名一方的軍事力量佔優吧。於是十五日，畠山政長、細川勝元、京極持清、赤松政則等擁向將軍御所，逼迫足利義政下達討伐畠山義就的命令（這種各大名脅迫將軍的行為被稱作「御所卷」）。然而，這一企圖被山名宗全的養女、勝元的夫人泄露給了山名一方，山名宗全、斯波義廉和畠山義就以警衛為名佔領將軍御所。（《經覺私要鈔》）山名宗全等以武力將政局的主導權掌握在自己手裡，等於發動了軍事政變。於是細川勝元謀劃擁立足利義視，其意圖也被山名宗全掌握，十六日，山名宗全將足利義視等足利同族轉移到將軍御所。（《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）
山名一方判斷，失勢的畠山政長必將逃出京都。正如第二章所介紹的，失去將軍信任的大名一般慣例是回到領國禁閉。但是政長卻於十七日夜縱火燒毀自家宅邸，北上經糺河原（賀茂川與高野川匯合處的平原，又稱「鴨河原」），於十八日拂曉在御所東北的上御靈社（現在的御靈神社）布陣。從糺河原向東，假裝出京，實則西進布陣，呈窺伺將軍御所之勢。京極持清在將軍御所南、細川勝元在將軍御所西布陣，把山名宗全等據守的將軍御所包圍起來。（《後法興院記》《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）
足利義政擔心捲入戰事，命令山名和細川不得軍事介入兩畠山氏的爭鬥，試圖讓事情以義就和政長一對一結束。（《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）足利義政打算靜觀其變，支持勝方的態度與牆頭草無異，在目前為止的畠山氏內訌中，足利義政基本只支持處於優勢的一方。這麼說或許有些諷刺，但足利義政一以貫之的原則就是，根據形勢的變化不停轉換自己的方針。依靠某種靈活性，足利義政勉強避免畠山氏內訌失控，這一次，他大概仍然想繼續保持局外中立，以此防止戰亂擴大吧。
十八日傍晚，畠山義就的軍隊朝著畠山政長布陣的上御靈社涌過來。（《後法興院記》）細川勝元聽從足利義政的命令，未發兵援助政長。然而，山名宗全和斯波義廉卻發兵相助義就，好似對勝元的迂腐報以嘲笑一般。（《大乘院寺社雜事記》）畠山政長戰敗，依光宣計，藏入勝元宅邸。（《大乘院日記目錄》）山名一方未能掌握政長的行蹤。（《經覺私要鈔》）
山名宗全順利奪取了政權。二十三日，他通過幕府奉行人飯尾為數，命令大乘院（尋尊）、一乘院（教玄）搜捕畠山政長及其家臣。（《大乘院寺社雜事記》）然而，山名宗全發兵援助義就給日後的政權留下了禍根，並讓細川勝元痛恨不已。因為山名軍參戰，細川勝元就成了拋棄盟友政長的人，風評大減。（《大乘院寺社雜事記》）這不僅是傷了細川勝元自尊心的問題，也是關乎勝元作為派閥領袖立場的問題，細川勝元必須以某種方式洗刷污名。
從目前的戰績來看，恐怕畠山義就僅憑自己的力量也足以擊敗畠山政長。事實上，在朝倉孝景等援軍到達之前，義就已經擊破政長軍，朝倉孝景不過是追擊了逃走的政長而已。（《經覺私要鈔》）如果是一對一，哪怕政長敗了，細川勝元可能也能接受這個結果。山名宗全為了確保義就的勝利而出兵相助，他付出的代價是高昂的。山名一派正在歡慶自己的春天到來之時，細川勝元已經著手準備反擊了。
細川勝元的反攻
御靈之戰後，細川一方與山名一方的小規模戰鬥雖仍在持續，但也算漸漸恢複了平靜。三月五日，由於京都發生戰亂（御靈之戰），文正這個年號顯得不吉利，於是改元應仁。四月十日，後花園天皇、足利義政和足利義視等被請到日野勝光（日野富子的兄長）的宅邸，舉行了和歌會。（《後法興院記》《經覺私要鈔》）當月二十三日，足利義政前往管領斯波義廉宅邸，日野富子和足利義視隨行。（《後法興院記》）朝廷、幕府的儀禮及活動並無滯延，皆順利進行，人們根本無從預料大亂將至。
然而到了五月份，形勢開始起變化。細川一方在全國各地發起軍事行動。赤松政則侵入山名宗全的領國播磨（嘉吉之變以前是赤松的領國），斯波義敏侵入斯波義廉的領國越前。（《大乘院寺社雜事記》）據說山名氏領國伊賀也發生了戰鬥。（《經覺私要鈔》）此外據軍記物語《應仁記》記載，細川一方的土岐政康（土岐持賴之子）攻入山名一方一色義直的領國伊勢，細川一方的若狹守護武田信賢將國內的山名一方勢力（鄰國丹後的守護是一色義直）逐出。尋尊感嘆道：「東西南北，沒有一個平靜之處。」但是，這些作戰的性質顯然是佯攻，細川一方真正的目標是控制京都。
五月十六日，細川勝元家臣池田充正率領甲（正規軍）十二騎、野伏（農民兵）一千從攝津上京。（《後法興院記》）另一方面，二十日，山名宗全、畠山義就、一色義直等聚集在管領斯波義廉的宅邸，商討應對之策。（《後法興院記》《後知足院記》）
尋尊與經覺此刻也開始感到憂懼，擔心山名與細川的對立會發展為京都的戰亂。尋尊引用一本不足為信的預言書《聖德太子未來記》，表示對佛法、王法行將滅亡感到十分害怕。對此鈴木良一說：「看起來他的害怕還並不那麼真切。」對其加以批判。也就是說尋尊是不通世俗的，對現實沒有興趣。
但是實際上，比起經覺，尋尊更早地對京都的戰亂做出了預測。五月十八日，尋尊對經覺說：「傳言說細川勝元將再度發兵，強行讓足利義政下達義就討伐令。」經覺卻認為細川勝元等人並沒有這麼大的膽量，對傳言不屑一顧。（《經覺私要鈔》）經覺觀察，如今在山名一派的勢頭之下，縱使是細川勝元也占不了優勢。不用說，尋尊與經覺誰的預測更準確，顯而易見。
應仁元年（1467）五月二十五日晚上，京中的武士們開始慌慌張張起來（《後法興院記》）。二十六日上午，武田信賢和細川成之襲擊了將軍御所對面的一色義直宅邸並放火，一色義直逃到山名宗全府邸去。（《宗賢卿記》《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）據說制定奇襲一色宅邸計畫的就是細川勝元與成身院光宣。（《大乘院日記目錄》）很顯然，這是為了佔領將軍御所而布下的一步棋。以這次戰鬥為契機，細川一方與山名一方爆發全面衝突。為請求援軍，光宣派遣傳令兵到大和的箸尾和筒井那裡，經覺也就是在這時候知道了開戰的消息。
二十六日整天，京都各處都有戰鬥，多處放火，吶喊聲不絕，雙方死傷都不可計數，然而勝負未分，戰鬥延續到次日。（《後法興院記》《後知足院記》）因雙方火攻，京都北部（船岡山以南、二條以北）多處