越前的長祿之戰
在古市迎福寺隱居的經覺從大乘院尋尊那裡獲得了很多莊園，依靠莊園的收入，過著富足的生活。其中一處重要莊園是越前國河口庄的細呂宜鄉下方。河口庄（今福井縣蘆原市、坂井市）是九頭龍川下游的大乘院領屬莊園，其中的一部分給了經覺。
經覺將細呂宜鄉下方的經營交給了越前守護代甲斐常治，這就是「守護請」 。但甲斐常治自己也並不會到細呂宜鄉去住，而是將當地的管理交給了代官甲斐八郎五郎。經覺時不時派遣親信楠葉元次去越前，與甲斐交涉。元次的奔走讓田租收取得比較順利，一直能送到經覺那裡。
但到了長祿二年（1458）七月，情況大變。越前守護斯波義敏與甲斐常治之間爆發戰鬥。起初甲斐一方處於優勢，但八月七日義敏一方的堀江利真從京都趕到越前，義敏一方重振氣勢，十一日甲斐一方的敦賀代官大谷將監切腹。
九月十四日，楠葉元次從越前回到奈良。因為甲斐一方戰敗，甲斐八郎五郎逃往加賀國，田租沒能收上來。當月十六日，尋尊前來拜訪經覺，河口庄諸鄉的公文和政所（當地的管理人員）因為甲斐一方的敗北全都沒了蹤影，於是他來尋求善後之策。具體來說，就是河內庄的名主和百姓請求「在斯波義敏一方打進來之前，希望興福寺大乘院能派遣代官過來」，尋尊就此前來商討回覆之法。經覺回答說：「應立刻派遣代官。」
河口庄的諸鄉此前委任給甲斐一方代為管理，這之後就改為興福寺大乘院直接管理，這就叫「直務（直轄）」。尋尊立即去做幕府的工作，獲得了幕府對興福寺直轄的許可。（《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）
然而，當興福寺派遣的使者手持幕府的命令書去越前時，實際控制越前北部的堀江利真拒絕了他。「若無斯波義敏大人的命令，河口庄的直轄代官不可入內。」這是尋尊和經覺所意想不到的。
斯波義敏一方之所以不遵幕府命令，是因為在此番戰事中，將軍足利義政支持甲斐一方。越前守護代甲斐常治是越前守護斯波義敏的家臣，家臣與主君兵戎相見，無論理由如何，都是謀反。但即便如此，足利義政也支持甲斐。
這是因為甲斐氏所處的位置特殊。甲斐氏雖是斯波氏的家臣，卻時常不經斯波氏，而直接從將軍那裡接受命令。因此，甲斐氏得到的是近乎將軍直臣的待遇。室町幕府創立之初，斯波氏在足利一門中，門第和實力僅次於將軍家，因而歷代將軍都重用甲斐氏，以此監視、牽制斯波氏。
足利義政當然也不例外。足利義政的目標是復活將軍權力，遂不遺餘力地削減大守護的實力。對畠山氏，他煽動家督之爭；對山名氏，他復活其宿敵赤松氏；對斯波氏，他則支援甲斐氏。
尋尊和經覺無可奈何，只能在河口庄的十鄉之中，對五鄉採用直轄的方式，餘下的五鄉以守護請的方式，總算達成了妥協。（《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）此後，斯波義敏與甲斐常治的爭端日趨激烈，田租的收繳也越發困難。這對於大乘院而言無疑不是好事，但對擅長外交的經覺而言，卻成了回歸政治舞台的良機。
河鍋之戰
長祿四年（寬正元年，1460）九月十六日，幕府政所執事 、足利義政的親信伊勢貞親召來了畠山義就的家臣游佐彈正和譽田祥榮，命令義就隱居，義就的猶子畠山政國繼承家督之位。（《長祿四年記》）這應該是足利義政煞費苦心想出來的保全義就和政長雙方面子的折中方案。
然而當月二十日，畠山義就在前往河內之際放火燒了京都家臣們的宅邸，以此向足利義政鮮明地表明了自己的不滿。就像是交換一樣，筒井軍上京。（《大乘院寺社雜事記》）足利義政對義就的行為憤怒不已，遂讓畠山政長做了畠山氏家督。
當年閏九月三日，足利義政命令管領細川勝元以下各位大名及畿內周邊的主要武士討伐畠山義就。但是，大軍將畠山義就包圍，使其不出河內之後，並沒有主動攻擊義就一方的興趣。此外，給大和各勢力的出兵命令由細川勝元通過成身院光宣下發。（《大乘院寺社雜事記》）無疑，推進本次家督交替與義就討伐的正是細川勝元、成身院光宣。
當月九日，畠山政長從京都前往奈良。成身院光宣為他安排了住處，筒井順永前往迎接。好奇心旺盛的經覺前去觀看了他們的軍陣。（《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）當月十日、十一日，畠山政長的部隊侵入大和國宇智郡，攻打牧野城。政長本人沒有隨軍出征，而是留在奈良。（《大乘院寺社雜事記》《經覺私要》）從這裡能夠看出畠山政長的性格比較穩重。
當月十四日，畠山政長一方在宇智郡取勝，義就一方從宇智郡撤退。（《大乘院寺社雜事記》）宇智郡與義就的老巢河內相鄰，佔領宇智郡意味著政長一方控制住了進攻河內的交通線。
當月十六日，畠山政長進攻河內，與成身院光宣等一道將軍陣移到大和國龍田城（今奈良縣生駒郡斑鳩町龍田南）。處罰義就的綸旨也下發下來。但是，畠山政長一方卻在這裡停滯不前了。這是因為兵力並未如預想一般集結過來。越智、番條、小泉、萬歲等表示「曾受畠山義就的大恩，無法背叛他」，拒絕協助政長。依據《經覺私要鈔》，畠山政長的兵力只有二三十騎，步兵三百；依據《大乘院寺社雜事記》則是一百騎。經覺嘲笑說：「畠山政長只有這點兵力，單憑幕府的威望就想和畠山義就的大軍決戰，簡直可悲。」政長一方在紀伊方面佔優勢，但紀州武士對進攻河內十分消極，無法指望他們。
畠山義就在人數上佔優，並不在河內據守，而是轉守為攻，積極進攻政長一方。十月十日拂曉，越智家榮等率兵五百，進攻政長所據的龍田城，另一支兵力則進攻平野郡島氏的城池。這時的成身院光宣本來正不慌不忙地去禪定院泡澡，因為接到筒井城的筒井順永的急報，未等入浴便飛奔而逃。
筒井氏不知敵人虛實，未敢輕舉妄動，不過倒因此撿了便宜。筒井順永手下五十人與成身院光宣的部卒從正進攻龍田城的義就軍背後發動襲擊，偶然形成了夾擊之勢。義就一方的越智家國和越智彥三郎等戰死，殘兵三百人逃往河鍋山（神奈備山，奈良縣生駒郡斑鳩町神南三室山的別稱），政長一方乘勝追擊，游佐國助、譽田金寶、譽田祥榮和甲斐庄等義就一方主將戰死。進攻島城的別動隊也敗退了。（《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）
畠山義就本人在信貴山布陣，但聽說前鋒軍戰敗之後就撤退了。十一日，筒井、十市等政長一方侵入河內。尋尊的日記中記載了「一向筒井高名」這樣一句。與其說是由於筒井的奮戰，不如說是處於優勢地位的畠山義就驕兵而敗，總之無論如何，大和的畠山義就一方勢力被一掃而空。
卧薪嘗膽的畠山義就與焦躁的斯波義廉
畠山義就據守南河內岳山城（位於今大阪府富田林市）。義就的抵抗非常頑強，縱然幕府投入了細川勝元同族的細川成之、山名宗全之子山名是豐等眾多武將，戰況卻並不順利。這是因為幕府軍戰意低迷。
最終，竭力奮戰的只有成身院光宣、筒井順永、箸尾宗信等大和國武士。光宣與順永終日往返於大和興福寺與河內岳山之間。寬正三年（1462）五月，筒井順永攻克岳山城的支城金胎寺城。（《大乘院寺社雜事記》《經覺私要鈔》）寬正四年四月十五日，光宣使計，岳山城陷落，義就逃往高野山。（《大乘院日記目錄》《經覺私要鈔》）之後光宣等繼續追擊義就，畠山義就被迫逃到吉野。
寬正四年八月，足利義政的生母日野重子逝去，十一月舉行了百日供養法會 。借著這個機會，足利義政大赦罪人，畠山義就也得以赦免。雖說如此，畠山政長依然是家督，因此畠山義就繼續在吉野深處的天川潛伏。（《大乘院日記目錄》）從經濟上支援著不得意的畠山義就的是越智家榮。（《大乘院寺社雜事記》）另一方面，筒井順永將女兒嫁給畠山政長家臣、河內守護代游佐長直，在政長那邊頗費心力。
此時，斯波義敏也與畠山義就一同被赦免了。斯波義敏於長祿三年（1459）五月敗於甲斐常治，投靠周防的大內教弘去了。他的斯波氏家督之位也被足利義政剝奪。但是，因寬正四年的大赦，他的罪得以赦免。這是他的親戚伊勢貞親在將軍面前說了情的緣故。
已成為斯波氏新家督的斯波義廉聞訊大為震驚。義廉是澀川義鏡之子，得到斯波氏重臣甲斐敏光（甲斐常治之子）、朝倉孝景等的支持，做了斯波氏的養子。伊勢貞親等足利義政的親信謀劃讓斯波義敏重返家督之位，這對義廉而言是個巨大威脅。因此，義廉娶了山名宗全的女兒，與山名氏聯姻，以此來和斯波義敏對抗。山名宗全敵視那些試圖復興赤松氏的足利義政的親信，所以對於山名宗全而言，這樁婚事頗有好處。
斯波義廉還在摸索與畠山義就的合作關係。寬正六年十一月，畠山義就在天川興兵，朝倉孝景向