烏台詩案前後，趙頊並沒有停止改革進程，除親自對熙寧年間的變法措施進行調整、繼續推行新法外，還著手對官制進行了一次大的改革。
宋初的官制是沿襲唐朝的舊制，但三師（太師、太傅、太保）、三公（太尉、司徒、司空）很少設置。
同平章事為宰相，參知政事為副宰相。
宮中設置中書、樞密院，中書管朝政，樞密院管軍事，稱為二府。三司主管財政，御史台主管糾察彈劾，
三省（尚書令、侍中、中書令）；六部（吏、戶、禮、兵、刑、工）；九寺（太常、宗正、光祿、衛尉、太僕、大理、鴻臚、司農、大府）；六監（國子、少府、將作、軍器、都水、司天）等都不設專官，由其他官員兼任。
知制誥起草對外詔書，稱外製；翰林學士起草對內詔書，稱內製，合稱為兩制。
修史由三館負責（昭文館、史館、集賢院），首相任昭文館大學士，副相任集賢院大學士。有時設置三相，分領三館。
館中各員都稱學士，但必須經過考試才能取得這個職位，一旦獲得學士職位，便成為名流。還有殿閣等官，也分大學士及學士名稱，但沒有定員，大多由其他官員兼領虛名。
元豐三年（1080年），趙頊決定對官制進行改革，命翰林學士張璪、樞密副都承旨張誠一兩人負責這件事。九月，出台新的官制，凡舊有虛銜，一律罷去，改為官階。自開府儀同三司至將仕郎，分作二十四階。如領侍中、中書令、同平章事等名，改為開府儀同三司；領左右僕射，改為特進等等。至此，宋朝才有了一定的官制。
北宋初年，朝廷官員的派系之爭並不很明顯。其原因在於，自太祖立國以來，宋王朝的最高統治者就下大力氣防範臣僚結黨，在群臣當中，只要有結朋黨的苗頭，都會遭到懲罰，或罷官，或逐出京城。例如在仁宗慶曆年間，范仲淹主持新政，有人攻擊范仲淹等人拉幫結派，是「朋黨」，歐陽修寫了著名的《朋黨論》，以表示對范仲淹的支持。結果，范仲淹、富弼、歐陽修、石介四人被認為是朋黨，一齊被逐出京城，貶到地方去了。使得轟轟烈烈的慶曆新政猶如曇花一現，宣告失敗。
自從王安石推行新法以後，朝廷的官員就分為新舊兩派，或稱新舊兩黨。
新派以王安石為首，王珪、蔡確的政治觀念繼承了王安石的衣缽，屬於新派。
舊派是以富弼、文彥博、司馬光一班人為首。
還有道學一派，以胡瑗、周敦頤、孫復、程灝、程頤、邵雍、張載一班人為首要，他們的政治觀念與舊派相同，都是主張守舊。世稱胡瑗做安定先生；孫復做泰山先生，周敦頤做濂溪先生；邵雍做康節先生；張載作橫渠先生；程灝、程頤為道學二程。
新舊兩派勢同水火，極不相容，打破了宋初無朋黨的格局。新派雖然在人數上不佔優勢，但有皇帝趙頊撐腰，而且還長期佔據宰相之位。因此，在氣勢上，新派壓過了舊派，舊派一直處於被打壓的境地，很多舊派人物都因為反對新法而被貶出京城。
趙頊改革了官制後，有意在新舊兩派之間一碗水端平，適當引用被壓制的舊派人物，並向新派人物王珪、蔡確表達了起用司馬光為御史大夫的想法。司馬光目前賦閑在西京洛陽。
王珪、蔡確聽趙頊說要用司馬光，非常驚慌，因為司馬光重新出山，勢必使舊派人物得到重用，這樣就會減弱新派的勢力，動搖新派的政治地位。
吳充此時已經退職，王珪位居首相。他退朝之後，擔心司馬光出任御史大夫後會削弱新派的地位，便找蔡確商量對策。
為了阻止司馬光進京，為了個人的利益，蔡確竟然不顧國家利益，想出了一個收復靈州的辦法，以轉移趙頊的工作重心，藉以阻止司馬光入朝。
趙頊欲端平一碗水，平衡新、舊兩派的力量，竟然被王珪、蔡確從中搗鬼，引發了一場宋朝與西夏的戰爭。
王珪採用蔡確的建議，向朝廷推薦俞充出任慶州知州，隨後，指使俞充向朝廷上平西夏的策略。好大喜功的趙頊看了俞充的奏表，果然產生了極大的興趣，立即將注意力轉移到與西夏一戰的問題上，無暇顧及司馬光的問題。
趙頊仍然命王珪為左僕射，兼門下侍郎；蔡確為尚書右僕射，兼中書侍郎；章惇為門下侍郎，張璪為中書侍郎，蒲宗孟為尚書左丞，王安禮為尚書右丞。命馮京為樞密使，薛向、孫固、呂公著為樞密副使。下令百姓養馬，準備西征。
薛向認為養馬會給百姓帶來不便，建議取消這項政策，以致遭到御史舒亶的彈劾，被貶往潁州做了知州。馮京也請求離職了。趙頊便命孫固知樞密院事，呂公著、韓縝同知樞密院事。
熙寧四年（1081年）四月，俞充又從慶州傳來消息，說西夏出現內亂，梁太后發動政變，囚禁了國主秉常，處死了親宋的夏將李清，奪取了西夏政權。他建議朝廷乘機出兵，攻佔西夏。
趙頊認為征伐西夏的機會來了，立即詔令熙河經制李憲等人，召集陝西、河東的五路兵馬，準備征伐西夏，並命鄜延副總管種諤立即進京彙報情況。
種諤是一個夸夸其談，言不顧行，行不顧言的人。熙寧初年，他曾擅自向西夏開戰，點燃了宋西面的火藥桶而受到朝廷的處罰。他在邊廷接到詔命後，立即快馬加鞭地趕往汴梁。當他得知趙頊欲西征的意圖，並向他探聽西夏虛實的時候，立即來了精神，認為在皇上面前表現的機會到了。他不假思索，口若懸河地說，西夏沒有人才，李秉常只是個小孩子，梁太后篡政後，西夏是女人當國，人心不穩，宋軍一到，即可踏平西夏，活捉李秉常。言下之意，宋軍征討西夏猶如探囊取物，馬到成功。
趙頊聽了種諤的奏對，更加堅定了征伐西夏的決心。他以為西夏不足畏，取西夏猶如到自家菜園摘菜一樣容易。
熙寧初年，趙頊曾向老宰相富弼詢問富國強兵之道，富弼當時曾經告誡說：「陛下即位之初，當布德行惠，願二十年口不言兵。」熙寧七年（1074年），宋、遼因邊界問題出現糾紛，趙頊欲興兵伐遼，當時太皇太后曾語重心長地告誡他：「遼國如果容易征服，太祖、太宗皇帝早就早收復了，何必要等到今天？」其實，太皇太后的這句話，放到現在仍然適用。可惜，趙頊將富弼與太皇太后的話忘得一乾二淨，發動了一場不該發生的戰爭。
第二天，趙頊召開御前軍事會議，宣布了西征的決定。儘管遭到了孫固和呂公著的極力勸諫，仍然沒有改變他西征的決定。
趙頊下達了出征命令：李憲從熙河、種諤從鄜延、高遵裕從環慶、劉昌祚從涇原、王中正從河東，兵分五路，同時向西夏進軍。並詔命吐蕃首領董氈帶兵一起出征。
孫固見朝廷命李憲為帥，非常吃驚，他認為李憲是個宦官，根本就不會領兵打仗，不能勝任西征軍統帥之職。
「宦官不能為帥嗎？」趙頊反問。
「當然不行。」孫固肯定地說，「出兵打仗是軍國大事，以一個閹人為帥，難道說朝中無將、中國無人嗎？前線將士，能聽一個閹人的命令嗎？」
趙頊不耐煩地說：「這是朕的命令，誰敢不聽？」
孫固見趙頊鐵了心要命李憲為帥，只好不再說這件事，接著又提出了一個問題：「五路出兵，誰統一指揮，如果沒有一個統一發號施令的人，在戰場上會亂套的。」
「朕豈不知要有總帥嗎？」趙頊說，「只是還沒人能勝任總帥之職。」
呂公著附和著說：「如此重大軍事行動，當然要有一個總指揮，既然無人能勝任總指揮的職務，就不要出兵吧！」
孫固介面說：「公著所言極是，請陛下三思！」
趙頊沉著臉說：「朕意已決，你們不要多說了。」
孫固、呂公著撞了一鼻子灰，只好作罷。
退朝之後，趙頊剛剛坐定，高太后打發人請他立即進宮，他不知發生了什麼事，連忙趕進宮，見過禮之後，高太后劈頭蓋臉地問：「聽說皇帝分兵五路征伐西夏，可有此事？」
「是！」趙頊緊張地問，「有什麼問題嗎？」
高太后問道：「高遵裕為其中一路的主帥？」
趙頊點點頭，表示有這麼回事。
「不行！」高太后斷然說，「這一路軍馬要撤回來，不然要誤大事。」
趙頊不解地問：「為什麼呢？」
「高遵裕是我的伯父，我對他的為人最清楚。」高太后說，「他對朝廷的忠心無話可說，但有一個致命的缺點，就是氣度太小，貪功，命他鎮守邊關可以，命他領兵打仗不行，不但不能建功，恐怕還要誤事。」
「母后不必多慮。」趙頊說，「經略使（高遵裕）在環慶威聲很高，不會臨陣失機！何況是五路兵馬並進，他既然容不得別人戰功高過他，打起仗來肯定是不甘人後，這正可以促成他爭建戰功。」
高太后知道趙頊個性剛愎，聽不進勸告，只得說：「我可把話說前