元豐二年（1079年），是蘇軾最黑暗的歲月。這一年，他調任湖州太守，這已經是他自熙寧三年（1070年）離開京城後第四個任職的地方。此前，他在杭州任滿之後，調任密州太守，密州任滿後調任徐州太守，徐州任滿後再調任湖州太守。
按照慣例，官員調任，都要禮節性地向皇帝上表致謝，內容無非是謝主隆恩之類的客套話。蘇軾卻不同，用他自己的話說，他對生活的態度是嫉惡如仇，遇有邪惡之事，則「如蠅在食，吐之乃已」，俗話說，禍從口出，蘇軾吐得多了，給人留下把柄的機會也就多了，何況還有很多人睜大眼睛盯著他，巴不得從他身上挑出一點材料修理他呢！這一次，蘇軾就因為他的臭脾氣，給人落下了話柄。他在謝恩表中有這樣一句話：
陛下知其生不逢時，難以追陪新進。察其老不生事，或能牧野小民。
蘇軾在這裡以自己同「新進」相對，說自己不「生事」，就是暗示「新進」人物「生事」。古代文人因為客觀環境使然，總是習慣於在譴詞造句上表現得十分微妙，而讀者也養成一種習慣，本能地尋求字裡行間的含義。
六月，監察御史何大正在蘇軾的謝恩表中聞到了某種氣味，便將其中的「新進」、「生事」等語摘引下來上奏，給蘇軾扣上「愚弄朝廷，妄自尊大」的帽子。明明是蘇軾在諷刺他們，而他們反說蘇軾愚弄朝廷。偷梁換柱正是小人們的慣用伎倆。
關於「新進」、「生事」的出處，還有一段背景。
「新進」一詞是蘇軾對王安石引薦的新人的貶稱，他曾在《上神宗皇帝》書里說王安石「招來新進勇銳之人，以圖一切速成之效」，結果是「近來樸拙之人愈少，而巧進之士益多」。後來正是曾擁護過王安石的「巧進之士」呂惠卿把王安石出賣了，使其罷相。
「生事」一詞出自司馬光寫給王安石的一封信中。司馬光對王安石變法持反對意見，他曾給王安石寫了一封長信，信中指責變法是「生事」，於是，「生事」一詞成了攻擊變法的習慣用語。
蘇軾的謝恩表，在定期出版的廷報全文刊載，他是名士，其手筆照例要引起人們的注意。謝恩表刊出之後，那些「新進」們自然就成了讀者心目中的笑柄。
御史中丞李定，是一個睚眥必報的小人。當年因隱瞞母喪，被司馬光罵為禽獸不如，蘇軾在贈朱壽昌的詩中，也曾影射過他，故對蘇軾一直懷恨在心，一直在等待機會進行報復。他從蘇軾的謝恩表中聞到了一股味道，立即上表彈劾蘇軾，指責蘇軾以「謝表」為名，行譏諷朝廷之實，妄自尊大，發泄對新法的不滿，要求對蘇軾嚴加查辦。
然而，單憑蘇軾謝恩表上的一兩句話，是不足以扳倒蘇軾的。湊巧當時出版了一本名為《元豐續添蘇子瞻學士錢塘集》，給御史台的新人提供了收集蘇軾犯罪證據的機會。監察御史舒亶經過潛心鑽研，找了幾首蘇軾的詩，斷章取義，作為彈劾蘇軾的證據。
蘇軾因對新法不滿而貶杭州，歷任密州太守、徐州太守，再到湖州太守，一路上他遊山玩水，放情詩酒，消磨著鬱郁不得志的煩惱歲月。在這段時期內，他隨感而發，創作了很多膾炙人口的詩，詩可以抒情，詩可以言志，蘇軾在他的詩中，難免會吐露自己的心聲，抒發對王安石推行的新法的不滿情緒，進而譏諷朝政。
李定等人將蘇軾的這些詩搜集起來，斷章取義地作為蘇軾攻擊朝廷的犯罪證據。
比如詠青苗的兩句：
贏得兒童語音好，一年強半在城中。
詠課吏的兩句：
讀書萬卷不讀律，致君堯舜終無術。
詠水利的兩句：
東海若知明主意，應教斥鹵變桑田。
詠鹽禁的兩句：
豈是聞韶解忘味，邇來三月食無鹽。
詠檜樹的兩句：
根到九泉無曲處，世間惟有蜇龍知。
這些詩句，都是詩人隨感而作，並不是真的存有什麼大不敬的心思、怨謗君父，且在當時還被傳誦一時。然而，李定、舒亶一班小人硬是把這些詩句作為蘇軾譏諷朝廷、攻擊新法的證據。特別是詠檜樹的「根到九泉無曲處，世間惟有蜇龍知」更是說成是影射皇帝，他們說：「皇上如飛龍在天，蘇軾卻要在九泉下對蜇龍，不臣之心，莫過於此！」
趙頊一時也被讒言所蔽，以為蘇軾真箇是逆臣。下詔將蘇軾就地免職，逮捕押送進京，交御史台審訊。
「烏台」是御史台的別稱，《漢書?朱博傳》記載，御史府（台）中有許多柏樹，常有數千隻烏鴉棲息在樹上，晨去暮來，號為「朝夕烏」。因此，後人將御史台稱為「烏台」。
由於蘇軾這次是因詩而獲罪的案子，是由幾名御史一手製造，後又在御史台獄受審，御史台自漢代以來即別稱「烏台」，所以，此案在歷史上稱為「烏台詩案」。
李定欲置蘇軾於死地，他挑選一個名叫皇甫遵的官員到湖州傳達聖旨，免去蘇軾的官職，再押解入京受審。御史們向皇帝請示，說蘇軾在押回京師途中，每天夜晚必須關進監獄裡過夜。趙頊沒有答應御史的請求，因為自始至終，他並無殺害蘇軾之意，案子既然有人控告，他必須依法辦事，但他更願意給蘇軾一個解釋的機會。
蘇軾有一個好友駙馬王詵，《元豐續添蘇子瞻學士錢塘集》就是他印刷的，當他得知詩集給蘇軾惹來大禍的消息後，趕忙派人去給身在南部的蘇軾的弟弟蘇轍送信，蘇轍立即派人告訴蘇軾。這可以說是使者之間的一次賽跑。
朝廷使者帶兩名御史台的衙役和兒子前往湖州拘捕蘇軾。在靖江因事耽誤了半天行程，結果是蘇轍派的使者先到湖州。蘇軾知道消息，立即請假，由祖通判代行太守之職。
皇甫遵到達湖州，太守官衙的人慌作一團，不知會有什麼事發生。蘇軾也不敢出來，他與通判商量，通判說躲避朝廷使者也無濟於事，最好還是依禮迎接他，並以正式官階出現。於是蘇軾穿上官衣官靴，面見官差皇甫遵。
兩名差官一個手執御史台的公文，一個手提包裹，包裹中的刀劍隱約可見，他們面容冷漠，一言不發，氣氛非常緊張。蘇軾開口打破僵局，說他知道自己犯下了滔天大罪，必死無疑。請求回家與家人告別，然後隨上差赴京伏法。
皇甫遵淡淡地說：「事情還沒有嚴重到如此地步！」
祖通判謙恭地說：「請上差出示公文。」
皇甫遵問明了祖通判的身份後，便命隨行衙役將御史台的公文正式移交給祖通判。祖通判打開一看，原來只是一份普通公文，免去蘇軾的職務，傳喚進京而已，要蘇軾立即啟程。
皇甫遵同意了蘇軾向家人告別的請求。
蘇軾歸看家人時，全家大哭。蘇軾笑著說了一個故事安慰他們：
在宋真宗時代，皇帝要在林泉之間訪求真正大儒。有人推薦楊朴出來。楊樸實在不願意，但是仍然在護衛之下啟程前往京師，覲見皇帝。
皇帝問道：「朕聽說你會作詩？」
楊朴回答說：「臣不會。」他想掩飾自己的才學，因為他抵死不願做官。
皇帝又問：「朋友們送你時，贈給你幾首詩沒有？」
楊朴回答說：「沒有，只有拙荊作了一首。」
皇帝又問：「是什麼詩，可以告訴我嗎？」
於是楊朴把臨行時太太作的詩念出來：
更休落魄貪酒杯，且莫猖狂愛詠詩。
今日捉將宮裡去，這回斷送老頭皮。
蘇夫人聽了這首詩，破涕為笑，心裡稍安。是否真的有這個故事，或由蘇軾現編藉以安慰家人，不得而知。
蘇軾辭別家人上路的時候，湖州太守衙門的人都嚇得不知所措，個個躲躲閃閃，倒是老百姓都出來看太守啟程。後來據蘇軾回憶，說皇差逮捕太守猶如捕盜。
有人說蘇軾在赴京途中曾想自殺，在揚州渡江時，就有過跳江自盡的念頭。他不知道自己要判什麼罪，並且擔心案子會牽涉到很多朋友，而且還會牽涉到弟弟蘇轍，因為蘇轍提前給他通風報信。思之再三，他終於打消了自殺的念頭，平安地到達京城。
蘇軾進京後，被關進了御史台的皇家監獄。
蘇軾七月底被拘捕，八月十八日被關進御史台的皇家監獄。
蘇軾被關進大牢後，一方面，要隨時接受訊問，另一方面，要他自己交待問題。
御史們也沒有閑著，他們到處搜集蘇軾的犯罪證據。到九月份，從四面八方抄獲蘇軾寄贈他人的詩詞一百多首，在審問時呈閱，受牽連的有三十九人，無論哪首詩，只要有疑問，蘇軾都得作出解釋。
蘇軾對大部分指控都供認不諱，承認在詩中批評新政。
蘇軾在受審期間，也有很多人仗義相救。
宰相吳充上表，說陛下以堯舜為榜樣，輕視魏武帝曹操。曹操雖然疑心重，但卻能容忍禰衡，陛下難道就容不下一個蘇軾嗎？
同修起居注王