蘇軾自海外北歸，還至儀真，聽說故鄉蟆頤山他家祖墳邊的老翁泉，曾經一度枯竭，心裡覺得很奇怪，寫信去問數十年來代他照顧墳庄的楊濟甫的兒子子微，書曰：
某與舍弟，流落天涯，墳墓免於樵牧者，尊公之賜也。承示諭，感愧不可言。聞井水嘗竭而復溢，信否？現今如何？因見，細喻。
又有一個傳說：「蜀有老彭山，東坡生則童，東坡死復青。」 傳說這一年老彭山果然又長起草木來了。
這種傳說的意思，是以老翁那股泉水，象徵蘇軾生命的源頭。而老彭山傑秀之氣，本來獨鍾蘇軾一身，所以草木不生；現在泉水復溢、彭山復青，都是蘇軾生命垂盡的兆頭。
蜀中出了蘇軾這樣的一個人物，蜀人對他當然非常關切。蘇軾剛向朝廷請准「致仕」，鄉人父老，便紛紛表示希望他能還鄉。沒想到這時候，他的病勢已很沉重，不久，逝世的噩耗，就接著來了。
蘇軾逝世的消息，很快傳遍了全國，浙西、淮南、京東、河北等，都是他曾經留下「甘棠遺愛」的地方，老百姓們哀悼這個肯替他們說話、能替他們做事的好官，奔走相告，嗟嘆出涕。秦隴楚粵之間，只要是蘇軾生前曾經到過的地方，大家覺得和他有那麼一份淵源、一份情緣存在，同聲痛惜。
文教界所受的衝擊，當然更大。士人們邀約同道，私祭於家。如京師太學裡的教授和學生，不顧政治干礙，數百人集合在慧林佛舍，舉行飯僧之會。
京師內外的故交，紛紛祭悼。當時的士大夫以及蘇軾的朋友和門生，撰述的紀念文字一定多得不可勝計。但因後來黨禍復作，都不存稿，所以流傳甚少，只有李廌在蘇軾會葬的齋筵上，作致語曰：「……道大莫容，才高為累。惟才能之蓋世，致忌嫉之深仇。久蹭蹬于禁林，遂飄零於瘴海。……皇天后土，知一生忠義之心；名山大川，還千古英靈之氣。……」為天下所傳誦。此因蘇軾逝世時，李方叔還是一介布衣，顧忌較少，所以敢於直抒這番「士林公論」 。
做官的人，便不那樣自由了。張耒當時，在知潁州任上，聞訃，舉哀成服，自己掏出俸錢來在薦福禪寺做了一場佛事，本來只是盡其門生的本分，致其師弟之哀而已，不料這也遭到台諫的議論，被貶房州別駕、黃州安置。
世以「蘇黃」並稱，但是黃庭堅本人，並不敢這樣想。蘇軾過世後，庭堅在宅內供奉他的畫像，每日晨起，整肅衣冠，在遺像前上香恭揖。有人問道：「大家都以為你們二人，聲名相上下耳，你以為如何？」庭堅驚惶起立道：「庭堅望能為東坡門下弟子，豈敢失尊卑之序！」
余如李昭玘、廖正一等人，皆因是蘇門中人，終生廢黜以卒。思想先驅者，生前要遭受現實社會的迫害，古今中外，幾乎沒有例外，而門下弟子也必須忍受池魚之殃，則是政治的酷虐。
蘇軾還沒有下葬，黨禍就發作了。
韓忠彥是個忠厚、懦弱的貴族子弟，實在不懂政治權術，大權旁落而不自覺，直到曾布布置完備，專政的局面已成，他才想起來與他抗衡，憤懣中更自放棄原則，認為：「爾主紹述，我覓一最善紹述者勝之。」一錯再錯，他把虎狼引進來了。
蔡京為開封府尹時，與宮廷內侍都有交情，後在杭州，又與宮廷供奉童貫勾搭上了，代他呈獻珍奇古玩，天天在皇帝面前替他說好話。出入宮禁的道士徐知常又常在元符皇后劉氏前盛道蔡京的才幹。由此，宮妾宦官，眾口一詞地稱譽蔡京，生長深宮的皇帝，大都歡喜聽信妾宦的話，所以蔡京尚未入京之前，徽宗就有意起用他作宰相了。
鄧綰的兒子洵武在徽宗御前密陳道：「陛下是神宗之子，今相忠彥是韓琦之子。韓琦反對新法，現在忠彥就變更神宗之法。為人臣者尚能子承父志，我皇上反而不能紹述先帝，何其悖逆。」故崇寧元年五月，韓忠彥便罷相了，並以蔡京、趙挺之為尚書左右丞。同時，再經諫官彭汝霖發動，黨禍復起。
曾布和蔡京，原有嫌怨。忠彥既去，蔡京便正面攻擊曾布以爵祿私其親戚。布憤辯失儀，亦罷。七月，蔡京就順利地登上了相位。
崇寧元年（1102）九月，黨禍終於在蔡京手上發生了。朝廷詔籍元祐奸黨九十八人。宰執以文彥博為首惡，待制以上官以蘇軾為首惡，蘇轍名列宰臣之內，而蘇門四學士黃、秦、張、晁都列名在「余官」條下。罰狀謂之奸黨，請皇帝御書，刻成石碑，樹立在端禮門前。
二年二月，蔡京做了尚書左僕射兼門下侍郎，已是大權在握的首相了。四月，詔毀東坡文集、傳說、奏議、墨跡、書版、碑銘和崖志，同時並毀范祖禹的《唐鑒》，蘇洵、蘇轍、程頤、黃庭堅、秦觀諸人的文集。
然而，書物是愈禁止愈流行的。讀書人秘密傳誦，稱蘇軾為「毗陵先生」而不敢名。朱弁《風月堂詩話》一則，可證其事：
崇寧、大觀間，（東坡）海外詩盛行，後生不復有言歐（陽修）公者。是時，朝廷雖嘗禁止，賞錢增至八十萬，往往以多相誇。士大夫不能誦坡詩者，便自覺氣索，而人或謂之不韻。
政府的禁令，可以說是很嚴格的了，不但毀版絕印，甚至不準持有和攜帶。但是東坡文字，秘密中流傳愈廣，對它的崇拜也更熱烈。費袞《梁溪漫志》有一則故事云：
宣和間，申禁東坡文字甚嚴，有士人竊攜坡集出城，為閽者所獲，執送有司，見集後有一詩云：「文星落處天地泣，此老已亡吾道窮。才力漫超生仲達，功名猶忌死姚崇。人間便覺無清氣，海內何曾識古風。平日萬篇誰愛惜，六丁收拾上瑤宮。」京尹義其人，陰縱之。
崇寧三年（1104）六月，蔡京重籍奸黨，將元符末年徽宗初政時期的臣僚和上書人加了進去，又將他所厭惡的及元祐大臣的子弟都一網打盡，所以人數增加到三百零九人之多。宰執群中改以司馬光為首惡，待制以上官中，首惡仍是蘇軾。御書勒碑，置文德殿門東壁。蔡京又自寫一份，詔頒天下州軍令刻石置於監司長吏廳堂，俾眾共見，說是「永為萬世臣子之戒」。其間，發生兩則類似的故事，一見於《宋史》：
有長安石工安民，當鐫字，辭曰：「民愚人，固不知立碑之意。但如司馬相公者，海內稱其正直，今謂之姦邪，民不忍刻也。」府君怒，欲加之罪。民泣曰：「被役不敢辭，乞免鐫安民二字於石末，恐得罪後世。」聞者愧之。
無獨有偶，還有個九江碑工李仲寧。王明清《揮麈三錄》云：
九江碑工李仲寧，黃（廷堅）太史題其居曰瑑玉坊。崇寧初，詔郡國刊元祐黨籍姓名，太守呼仲寧，使劖之。仲寧曰：「小人家舊貧窶，因開蘇內翰詞翰，遂至飽暖。今日以奸人為名，誠不忍下手。」守義之，曰：「賢哉，士大夫之所不及也！」饋以酒肉而從其請。
政治權力，看似挾有雷霆萬鈞之勢，神聖不可侵犯，其實，古往今來，邪惡的政權常在真正的民意之前，戰慄頹敗。蔡京可以挾天子以令天下郡縣，遍立黨籍碑，被以姦邪惡名，妄圖傳之「萬世」，不料即使當時，人們的評價便已適得其反，魏了翁《鶴山題跋》云：
崇寧定元祐為奸黨，元符上書人為邪等，以附元祐之末。且姦邪之名，人所甚惡；而子孫矜以為榮，作史者又以奸魁邪上為最榮。然則，謂隨夷溷，謂跖蹻廉，千數百年間用事之臣，蓋一轍也。
除出人們內心裡一致的公意之外，還有天變。
崇寧五年（1106）正月，彗星出現於西方，尾長竟天，太白晝見。某夜，暴風雷雨大作，無巧不巧，單單將黨籍碑打碎了。當風雷毀碑時，蔡京厲聲道：「碑可毀，名不可滅！」但是，徽宗皇帝怕了，立即詔除朝堂外處的黨禁石刻，下詔自咎，求直言，罷方田、歲貢、科斂、市易、香鹽礬茶諸事。
二月，遂罷蔡京，畏天怒也。但所重用為右相的卻是趙挺之。
政和改元，崇信道教的徽宗皇帝於寶籙宮內設醮祈禳，道士焚章伏地，歷時甚久，才起來。皇上問是何故，答曰：「適才到了玉皇大帝殿上，恰逢奎星奏事，等他完事後，才得上達。」皇上問：「奎星何神？」答曰：「就是本朝的蘇軾。」徽宗大驚，隨即下詔追贈龍圖閣待制，時在蘇軾逝世後十年。
這是道士以神道設教的故技，諫諍皇帝的神話，徽宗也歡喜受騙。能夠管束皇帝的，畢竟只有「天」。
靖康元年（1126）金兵圍京師，移文開封府指名索取《東坡文集》、司馬光《資治通鑒》諸書。大概因為金人都那麼敬愛蘇軾的著作，所以這一年又詔復翰林侍讀學士的官銜。
宋高宗朝的建炎二年（1128），詔復甦軾為端明殿學士，盡還該得的恩數。紹興元年（1131）特贈朝奉大夫，資政殿學士。紹興九年（1139）詔賜汝州郟城縣墳寺名為旌賢廣惠寺。
宋孝宗說得上是蘇軾的「異代知己」，他愛好蘇軾的詩文，以一個日理萬機的皇帝，卻能挪出時間來精讀蘇軾卷帙不少的全部著作，已經難得；又甚敬重他的高風