元符二年，歲又將盡，蘇軾無聊益甚，夜間做了一個夢。夢中登惠州之合江樓，月色如水，韓魏公（琦）跨鶴來，對他說：「奉命管領天上重要曹事，故來相報，你不久就可以回中原去了。」
醒來想想，意氣用事的皇帝春秋正盛，堅持「獨元祐臣僚不赦」的權臣依然在位，實在不能相信會有這種奇蹟發生，然而心裡又不願不信。
某日清晨，他對蘇過道：「我曾告訴過你，我決不為海外人。近日胸中感覺有一種將還中州的氣象。」說畢，洗硯，索紙筆，焚香端坐，續言道：「我寫平生所作八賦卜之，果如吾言，當不脫漏一字。」
寫畢，自讀一過，大喜道：「吾歸無疑矣！」
果然，一跨出新年，大局發生劇變，奇蹟出現了。
元符三年（1100）庚辰正月初九，哲宗皇帝崩逝，年只二十五歲。上年九月，劉妃生子茂，遂得正位中宮，被立為後。但這皇子生後兩三月間即告夭觴。越年，帝崩。
皇太后向氏對宰臣哭道：「國家不幸，大行皇帝無嗣，事須先定。」
「論禮與法，當立母弟簡王似。」章惇抗聲道。
「老身無子，諸王都是神宗的庶子，莫難如此分別。」
「論長，則申王佖當立。」章惇再說。
「申王眼睛有毛病，依次應立端王佶。」太后說。
「端王輕佻，不可以君天下。」
章惇言猶未畢，曾布叱道：「章惇未曾與臣商議。如皇太后聖諭，甚為得當。」
蔡卞、許將跟著說：「合依聖旨。」
太后又曰：「先帝嘗言端王有福壽，且仁孝。」
章惇默不作聲。於是論定，即召端王入宮，即位於柩前。群臣請向太后權同處分軍國事，太后以帝已年長辭，帝拜泣堅請，太后才答應。端王，哲宗之弟，神宗第十一子，是即徽宗。
二月底、三月初，海南始得皇帝崩逝的消息，蘇軾遵製成服，因是罪官，不敢作輓詞。
吳復古在廣州，聽到朝廷敘復元祐臣僚，蘇氏兄弟有內遷的消息，又聽到司馬溫公贈太尉，曾布將為右相等等馬路新聞，他非常興奮，即刻再度過海，來報這個喜訊。
宦海升沉，人間富貴，在一個飽經憂患的人看來，毫無真實的意義。只是那些為了鞏固權位、無所不為的人，今將安往？蘇軾不禁產生一股憐憫之情，作《次韻子由贈吳子野先生二絕句》之一，即云：
江令蒼苔圍故宅，謝家語燕集華堂。
先生笑說江南事，只有青山繞建康。
蘇軾的希望非常卑微，只望能回到惠州白鶴峰去住，於願已足。他作《和陶始經曲阿》詩：「北郊有大賚，南冠解囚拘。眷言羅浮下，白鶴返故廬。」
秦觀自橫州謫徙雷州，至本年三四月間始到，開始和老師通問。這時候，他先得到蘇軾內遷廉州的消息，立即專差送信來報告。蘇軾答書略云：
前所聞，果的否？若信然，得文字後，亦須得半月乃行。自此徑乘蜑船至徐聞出路，不知猶及一見否？……
文潛、無咎（張耒、晁補之）得消耗否？魯直雲宣義監鄂酒。廉州若得安居，取小子（蘇過）一房來，終焉可也。生如暫寓，亦何所擇。果行，沖冒慎重。
徽宗即位，大赦天下。封章惇為申國公，以韓忠彥為尚書右僕射兼中書侍郎，李清臣為門下侍郎，黃履尚書右丞，蔣之奇同知樞密院事。一面則詔求直言，登進鄒浩、陳瓘、任伯雨、龔夬、張廷堅、陳祐為台諫官。其次是決定敘復元祐臣僚：范純仁、劉奉世、呂希純、吳安詩、韓川等，並任分司；呂希哲希績兄弟、呂陶等並給宮觀；蘇軾徙廉州，蘇轍徙岳州，劉安世徙衡州；王古、楊畏、晁補之、張耒等並與知州；黃庭堅、賈易等並與監當官的差遣。秦觀奉命放還，準備徑還衡州，所以蘇軾給他信中有「果行，沖冒慎重」的叮嚀，不幸他後來竟以跋涉長途，中暑死於道路。
章惇雖仍在位，但已喪失了權勢，如他的內應劉後，雖仍被尊為元符皇后，但已毫無作用，而內侍郝隨、劉友端等皆被逐出宮外。
徽宗初即位，確也銳意圖治，虛心納諫，延用忠鯁之士，史家認為頗有一點慶曆之治的氣象，想不到後來卻壞在曾布、蔡京手上。
元符三年（1100）四月丁巳（二十一日）詔范純仁等復宮觀，蘇軾等徙內郡。五月，告下儋州，蘇軾以瓊州別駕、廉州安置，不得簽書公事。軾進上謝表，有驚魂復甦、喜出望外之意。如言：
使命遠臨，初聞喪膽。詔詞溫厚，亟返驚魂。拜望闕庭，喜溢顏面。否極泰遇，雖物理之常然；昔棄今收，豈罪余之敢望。……
蘇轍告授濠州團練副使、岳州居住，即自湞陽峽上溯韶州，度嶺，由章貢出九江而赴武昌。蘇軾赴廉，兄弟二人，不得越境相會。本來可能是一個最後見面的機會，格於法令，終未能得。
消息傳布，鄰里來集，向他道賀。經營海舶的許珏首願載他們從石排渡海。蘇軾預算二十五六日間方可登船，沿海岸行一日至石排，渡海亦須一日，但要候風色順利，才能過渡。蘇軾致函秦觀，約在徐聞相見，同時托徐聞縣令吳君為雇夫役二十人在遞角場相候，搬取行李。
蘇軾將向姜唐佐借的《煙蘿子》《吳志》《會要》等書，作書附還，鄭嘉會船運所借諸書，因為他已去官，所以只好海運寄與蘇邁，要他訪查鄭某現在的下落，妥慎歸納。
謫居海南三年，飲鹹食腥，陵暴颶霧，蘇軾認為如今幸得生還，皆叨山川之神的保佑，所以作《峻靈王廟碑》，西向而辭。
范祖禹歿於化州貶所，其子請求歸葬，朝廷未許。蘇軾對於這個平生知己流落異鄉的殯宮，念念不忘，一再函唁他的兒子，一再痛悼。此次赴廉，又不敢違法越境往吊，最為遺憾。與其子沖（元長）書言：
海外粗聞近事，南來諸人，恐有北轅之漸。而吾友翰林公，獨隔幽顯，言之痛裂忘生。矧昆仲純篤之性，感慟摧割，如何可言。奈何，奈何！……惟昆仲深自愛，得歸，亦勿亟遽，俟秋稍涼而行為佳。
其深欲一見左右，赴合浦，不惜數舍之迂，但再三思慮，不敢耳。……熱甚，萬萬節哀自重。謹啟。
六月，將離昌化，向符、黎諸家辭行。見到黎民表時，為他寫了一首別詩：
我本海南民，寄生西蜀州。
忽然跨海去，譬如事遠遊。
平生生死夢，三者無劣優。
知君不再見，欲去且少留。
軾居與黎家甚近，所以黎民表曾說：「東坡幾乎沒有一天不來我家，向我討取園栽的蔬菜。」此來辭行，民表置酒款待，蘇軾於詩後綴以跋語曰：
「新釀甚佳，求一具理。臨行寫此，以折菜錢。」
許珏船出航未歸，蘇軾不及等待，決定仍由瓊山出海。當離昌化時，當地土著朋友，皆有饋遺，一概謝辭不受。十數父老攜帶酒饌，沿途送別，執手涕泣言道：
「此回與內翰相別後，不知甚時再得相見。」
蘇軾與過及吳復古同行，先抵澄邁。所畜一條土狗名曰「烏嘴」者，非常勇猛，途經長橋，它泅水過河，路人驚喜聚觀。過趙夢得家，宿澄邁驛，題通潮閣詩二首。稍後，有人見該地望海亭柱間，有擘窠大字一聯：「貪看白鷺橫秋浦，不覺青林沒晚潮。」即是詩中之語。
赴瓊山，學生薑唐佐來見，約與同餐，又再親訪其家。《冷齋夜話》的作者釋惠洪後來往游海南，特訪姜唐佐，唐佐不在，只見到他的老母。她笑迎這位遠來的和尚，請他吃檳榔。惠洪問：「老夫人也曾見過蘇公嗎？」老夫人說：「認識。這位老先生真好吟詩，嘗策杖而來，自己坐到西邊那張木凳上，問道：『秀才哪裡去了？』我說：『到村裡去，還未回來。』座邊恰有一張包燈心紙，老先生就用手撕開，寫滿了字，交給我說：『秀才回來，給他看。』這張紙，現在還在。」惠洪要來看，醉墨欹斜，寫的是「張睢陽生猶罵賊，嚼齒空齦；顏平原死不忘君，握拳透爪」 。
六月二十日登舟，是夜渡海。
蘇軾將三年間，這一番海上來去的感慨，寫成一詩：
參橫斗轉欲三更，苦雨終風也解晴。
雲散月明誰點綴，天容海色本澄清。
空餘魯叟乘桴意，粗識軒轅奏樂聲。
九死南荒吾不恨，茲游奇絕冠平生。
此詩寄意，平和深遠，意為不論怎樣的狂風暴雨，總有還晴的時候，雲散了，月亮也就重現光明，天和海，本身就是清澄不含渣滓的。雖然在南荒瀕臨死境，但不如此，也就失此海外奇游的機會。
二十一日登遞角場，作《伏波廟祀事碑銘》。徐聞縣令代雇的夫役已在岸邊等候，蘇軾很順利地到了徐聞，與秦觀和觀的好友海康令歐陽元老相會。
范沖在雷州等了很久，不及相見，趕回化州去辦理扶櫬還籍的大事，留書重申為其父撰傳之請；但是，范沖實在糊塗，不