提舉杭州洞霄宮的章惇，既相天下，接替了呂大防的地位，他這一幫人物，便競先報怨，其中以張商英的表現最為兇悍。初被召為右正言，立即上疏言：
元祐諸臣，一切所為，無非翦除陛下羽翼於內，擊逐股肱於外，天下之勢，岌岌殆矣。今天日清明，誅賞未正，乞下禁省，檢索前後章牘，付臣等看詳，簽揭以上。
商英是個熱衷利祿的小人，但也頗有才幹。元祐以來，極不得意，他要報復，遂定下了「一網打盡」的毒計。倘如照他疏述辦理，就檔存章牘來尋資料，則在當時盡廢新法的國策之下，一切語言文字，皆是有憑有據的罪證，元祐臣工，還有誰能逃過這天羅地網？
哲宗朝紹述之禍的慘烈，從張商英言，「類編元祐群臣章疏及更改事條」一節，是肆毒縉紳、衣冠塗炭的一大始機。
五月間，章惇又把出名的兇手黃履引進朝來。秋七月，台諫官們便交章論司馬光等變更先朝之法，為叛道逆理。竟然主張掘司馬光、呂公著的墳墓，斷棺暴屍。幸而哲宗將此問於許將，將對曰「此非盛德事」，才未實現，改為追奪贈謚，將墓上所立的神道碑，統統撲毀。
其時，朝中還留著一個鐵面無私、剛正敢言的監察御史常安民，是他首先揭發蔡京之奸，又說：「今大臣為紹述之說，皆藉此名以報復私怨。」指斥道：「張商英求官於呂公著，諛佞無恥，近乃乞毀司馬光、呂公著神道碑；周秩為博士，親定光謚為文正，近乃乞斫棺鞭屍。陛下察此輩之言，出於公論乎？」章疏前後至數十百上，皆不報。
新政派人人彈冠相慶，唯有資格最老的呂惠卿頂不得意，蓋因他在政治舞台上演慣了戲，做工太好，一旦被人揭穿，便變得一文不值了。冬十月，詔以呂惠卿知大名府時，常安民進言於帝曰：「北都重鎮，而除惠卿？惠卿賦性深險，背王安石者，其事君可知？今將過闕，必言先帝而泣，感動陛下，希望留京矣。」皇上很注意他這句話，決定試試看。呂惠卿至京，請面對，見了哲宗，一說到先皇帝時，果然伏地大哭。皇上厭惡極了，正色不答，惠卿之計不售。
常安民再論章惇顓國植黨，乞收主柄，而抑其權。終被論為「黨於蘇軾兄弟」，出為滁州監酒稅。
章惇黨既已整肅死人，當然不會放過活口。虞策再攻蘇轍以漢武帝比先朝，止守近郡，罪大責輕，請遠謫以懲其咎。哲宗說：「已謫矣，可止也。」但右正言上官均又並攻呂大防和蘇轍，說他二人「擅權欺君，竊弄威福，朋邪誣罔，同惡相濟」，列舉六大罪狀，同時牽入李之純和現在一力投靠的楊畏、虞策、來之邵等，說他們以前都是大防、蘇轍的黨羽，現在皆應同時清算。
於是，蘇轍被特降為左朝議大夫知袁州。
這篇謫詞，也出於林希的手筆，開頭就說：「太中大夫知汝州蘇轍，父子兄弟，挾機權變詐之學，驚愚惑眾。……」
蘇轍讀到時，雙手捧著告詞，哭了。他說：「某兄弟固無足言，先人何罪耶！」
這篇告詞中，說到宣仁太皇太后之任用蘇轍，則曰：「垂簾之初，老奸擅國，置在言路，使詆先朝。」林希代皇上撰文，竟使孫兒大罵祖母為「老奸」，陷哲宗於忤逆不道。利令智昏，連他自己想想也良心不安，據說某日，草制罷，擲筆於地曰：「壞了名節矣！」
言官有言，三省同議，認為呂大防、劉摯、蘇轍三人，所受處分，不過落職降官，黜知小郡，實在「罪重謫輕，情法相違」，請求更加詳酌；而監察御史周秩則說：「摯與轍譏斥先朝，不減於軾，大防又用軾之所謀所言，而得罪輕於蘇軾，天下必以為非。」章惇等又編了一張黑名單，列文彥博以次三十人，擬全部竄逐嶺外。李清臣為反對章惇，所以進言：「更先帝法度，不能無過，然皆累朝先臣，若從惇言，必大駭物聽。」皇上乃下詔曰：「大臣朋黨，司馬光以下各以輕重議罰，其布告天下。」這張黑名單中的元祐大臣，才得暫時倖免遠謫，改為：
降授知隨州的呂大防行秘書監，分司南京，郢州居住；降授知黃州的劉摯，試光祿卿，分司南京，蘄州居住；降授知袁州的蘇轍，試少府監，分司南京，筠州居住。在蘇軾到達惠州之前，轍已回到元豐年間曾監酒稅的江西高安去了。
章惇與蘇軾之間，為何有這樣的深仇大恨，文獻無征，不甚明白。
哲宗紹述熙豐新政的這個時代，剛一揭幕，那些見風轉舵的言官們，放下在京朝的執政大臣不論，第一個拿來開刀的，即是遠在定州的蘇軾，這情形甚不可解，有人解釋為：其時哲宗已有召章惇為相之意，朝中做官的，都想拿打垮蘇軾來作晉見新相的見面禮。果然如此，則章惇對蘇軾「欲得之而甘心」的毒念，在當時的官僚社會裡，必是盡人皆知的常識了。
蘇軾被責知英州為閏四月初三，後二十餘日，章惇才到京任職。他一登上相位，果有重議蘇軾訕謗罪責之論，續有責授建昌軍司馬、惠州安置的後命，則章惇對蘇軾的惡意，果是事實。
蘇軾與章惇交識甚早，同遊仙游潭時，蘇軾不敢走兩谷間的獨木橋，章惇平步而過，毫不畏懼。蘇軾說笑道：「子厚他日必能殺人。」
元祐初，同在京師，又一類似的故事：
章子厚與蘇子瞻少為莫逆交。一日，子厚坦腹而卧，適子瞻自外來，摩其腹以問子瞻曰：「公道此中何所有？」子瞻曰：「都是謀反的家事。」
當時戲言，殊不知章惇今日，所要謀反的，所要殺的，卻是蘇軾。
有人說熙寧八年（1075），章惇知湖州，蘇作《和章七出守湖州二首》詩，有「方丈仙人」一聯，使章惇疑在譏嘲他的出身，因此結怨。
這話有個故事的背景：章惇的父親章俞，少年時，行為很不檢點，與他早寡的岳母楊氏私通，生了章惇。原想將這私生兒溺斃算了，幸得楊氏之母不忍，勸她留了一手，用一大盒，將這新生兒緘封在內，送與章俞。
章俞推算這孩子的五行（八字）很好，斷定將來可以光大門楣，所以僱用乳母，將他養大了。後來登第做官，與蘇軾相交，蘇作《送章七出守湖州》詩，首聯：「方丈仙人出渺茫，高情猶愛水雲鄉。」章惇疑心是在嘲笑他這不大體面的出身，因此懷恨在心。至紹聖開元，得相天下，遂逼令蘇軾渡海，意在報復云云。 此說流傳甚廣，人云亦云，其實不確。
章惇出知湖州後五年，蘇軾因詩獄一案，被謫黃州。那時候，憂讒畏譏，非至親知交，不敢以文字與人，獨與章子厚書，坦述自己和弟轍經濟窘迫的情況，娓娓詳道黃州的生活；可見他們之間的交情依然深切。宰相王珪在神宗面前讒害蘇軾，章惇代抱不平，蘇軾貽書有「子厚平居遺我藥石，及困急，又有以救恤之」的話，兩人交誼何嘗有所芥蒂？
元祐初，章惇知樞密院事，與司馬光時時發生摩擦，司馬不堪虐侮，幸賴蘇軾居中調護和疏通，才得稍解。
這許多事實，皆足證明章惇於元祐元年春出知汶州，退出中樞政府之前，與蘇軾的交誼還是非常完滿的，並無嫌怨。可是，章惇這次離京以後，惇軾之間，確也再無往來形跡。
當然，元祐時期，蘇章二人的政治立場不同，內外有別，使他們疏遠了，這是非常自然的情勢，不足以發生深仇大恨。所以，章惇相天下，首欲除掉並不在朝的蘇軾，後又千方百計，非欲置之死地不可，恐怕私怨的成分不大，而是政治奪權的情勢下，嚴重的猜疑所造成的禍患。
問題的癥結，恐怕還是在於蘇軾與哲宗的關係。
哲宗皇帝生性仁厚，少時有「不踐螻蟻」的美德，所以絕對不是一個毫無人性的帝王，只因年少識淺，感情衝動，心理不太正常，便被小人利用而已。
哲宗的仁厚，從下面的事例可以看得出來。蘇轍當廷頂撞，皇帝已經盛怒；但於出知汝州，侍御史虞策以為罪重責輕，乞加遠戍時，哲宗便說：「已謫矣，可止也。」呂大防既謫安州，他的哥哥大忠自涇原入朝，哲宗還問：「大防安否？」而且說：「執政欲遷諸嶺南，朕獨令處安陸（湖北），為朕寄聲問之。大防樸直，為人所賣，二三年可復見也。」
可見這青年皇帝，還算是個非常念舊的人。
哲宗之與蘇軾，關係更不平常，自他十歲登位以來，蘇軾即是侍從的近臣；經筵講讀，師生之間，相處融洽，又與程頤說書不同。翰林學士，職司天子的侍從兼顧問，天子任何行動，翰林學士皆預坐，幾乎時時不離左右；至為翰林承旨，更獨承天子的密旨，論君臣關係之近密，更無逾於此職者。任何人都會想到，哲宗對這舊臣，不會永遠棄置的。即如蘇軾已經出知杭州，宮中有派使者赴杭之便，哲宗還悄悄地親自緘封一包茶葉，密賜蘇軾。
更可察知皇上對蘇軾的感情，與一般臣工不同。
皇上對於蘇軾這種潛在而又深厚的感情，植根於少年時期的信賴心，可以被強烈的報復衝動所迷亂，矇混於一時，使蘇軾在那一陣政治風暴的銳勢上，做了第一號犧牲品；