元祐七年（1092）九月，蘇軾以兵部尚書兼侍讀，再度還朝。將至都門，為門下侍郎的老弟蘇轍已經奏請得旨，準備出省來迎，蘇軾先寄以詩——《召還至都門先寄子由》：
老身倦馬河堤永，踏盡黃榆綠槐影。
荒雞號月未三更，客夢還家時一頃。
歸老江湖無歲月，未填溝壑猶朝請。
黃門殿中奏事罷，詔許來迎先出省。
已飛青蓋在河梁，定餉黃封兼賜茗。
遠來無物可相贈，一味豐年說淮潁。
三十多年前，兄弟倆長途跋涉，初至京師，接連忙著舉人試、進士試的那份熱望，那份興奮，如今早已消失凈盡。幾十年的仕歷，只是一場春夢。最可哀的是病倦老馬，重來汴河堤邊，卻還回不得家鄉。即使夢裡還鄉，但夢境卻又那麼短促，那麼遙遠而且蒼白。
蘇軾和上次一樣，仍然寄寓興國院東堂，表示伺候過皇上郊祀典禮的差使後，縱使不能言辭，亦將堅決要求外放。另一方面，蘇轍是當今執政的副相，他是外臣，必須遠避嫌疑，不便住到他的東府官邸去。
十一月十二日，皇帝駕幸景靈宮，蘇軾為鹵簿使，導駕前行。他的朋友蔣之奇、錢勰都是從駕的官員。
景靈宮建於祥符五年，在汴京端禮街之東，供奉宋太祖以次歷代帝後的御容。皇帝親祀郊廟，先至景靈宮行禮，謂之「朝獻」。十三日宿齋太廟，行禮畢，啟駕往開封府城南熏門外的南郊壇去，這是宋朝祭天的齋宮。
帝駕將至青城，儀衛森嚴肅穆，南郊大禮五使——宰相為大禮使、學士為禮儀使和鹵簿使、御使中丞為儀仗使、開封府為橋道頓遞使——的乘車剛到景靈宮東欞星門外時，忽然有赭傘覆蓋的犢車和青蓋犢車十餘輛，爭道不避儀仗，衝突而來。
蘇軾大驚，馬上叫御營巡檢使去擋在車前，喝問：「西來者是誰？敢爾亂行！」車上人答道：「皇后、某國太夫人和大長公主。」
所謂某國太夫人者，通稱國婆婆，是皇帝的乳母。
蘇軾要他們補個狀來。
駕抵郊壇，禮畢，蘇軾對擔任儀仗使的御史中丞李之純說：「中丞職當肅政，不可不聞。」意思是要他出面糾舉。李端伯因為這是皇后，表示不敢。蘇軾便道：「某自奏之！」
他就在當日當地（青城），出疏上奏皇帝。先引漢成帝郊祀，趙昭儀從在屬車間，揚雄獻賦諫諍的故事，申明自古婦女不當參與齋祠的原則，繼言今日之事，則是：
……郊祀既成，乘輿還齋宮，改服通天冠，絳紗袍，教坊鈞容作樂，還內。然後后妃之屬中道迎謁，已非典禮。況當祀事未畢，而中宮掖庭得在勾陳豹尾之間乎！……臣愚，竊恐於觀望有損，不敢不奏，乞賜約束。
皇帝看了，交給使者，那蘇奏原疏馳送宣仁太后，明日中使傳命，「申敕有司，嚴整仗衛」。
照往例，次日法駕回宮，皇后在朱雀門下迎接。這一天，宮中后妃也都未出宮門。
蘇軾來京，沿途章奏不絕，初則請辭新命，但朝廷的指揮是「為已差充鹵簿使，大禮日迫，不許遷延」。繼在南都再奏：「乞候過南郊，依前除臣一郡。」而今，南郊祀典已過，蘇軾便立即奏乞越州。
越州即是浙東紹興一帶，與杭州為鄰郡，相隔一條錢塘江而已。蘇軾還很樂觀，以為太皇太后會接受他的請求，遇到前在杭州、助其開治西湖的蘇堅（伯固），便和他說笑道：「伯固可以再來同開會稽（紹興）的鏡湖！」
不料朝廷告下，非但不允外放越州的請求，且是詔遷端明殿學士兼翰林侍讀學士、守禮部尚書的重任。
一身兼兩學士職，在當時也是久未得見的「異數」。蘇軾大出意外，惶恐力辭，札言：「聞命悸恐，不知所措。……豈徒內愧，必致人言。」然而，降詔依然不允。
蘇軾在如此難以違拗的情勢之下，逼不得已，只好收起這幾年來無時無刻不在心中盤旋的鄉心。一切退休生活的熱望，恍如滾湯澆雪，霎時間消融得不見蹤影。即此塊然一身，繞室彷徨，不知如何自措起來。
從政以來，歷經患難，數被污衊，現在已是年近花甲的老人了，怎還可以再住京師，受狂熱獵官的後輩任意糟蹋。於此，不能不使他記起老師歐陽修來。他們師徒二人，在性格上有很多相同的地方，《宋史》說「修論事切直，人視之如仇，帝獨獎其敢言」。又曰：「修平生與人盡言，無所隱。及執政，士大夫有所干請，輒面諭可否。雖台諫官論事，亦必以是非詰之，以是怨誹益眾。」以至於在議論如何追崇皇帝生父濮王這件事上，被台諫御史們結夥圍剿，焦頭爛額；後來又被小人勾結罪犯，誣告他與己所撫養的甥女不乾不淨，製造帷薄不修的謠言來中傷他，摧辱他。歐陽修痛心之餘，未及引年，請告老致仕。
盛德如歐陽修尚且如此下場，蘇軾焉能不怕政治上全不講理的機阱，他如再稍戀棧，則前途的吉凶禍福不卜可知，放逐流離，還是細事。
朝廷不可留，外放不獲准。蘇軾再三思量，只剩下一條路可行，請求給予一個重難邊郡的任務。
治邊的主要任務在於邊防軍務，而宋朝的傳統，重文輕武，《宋史·余玠傳》說：
今世胄之彥，場屋之士，田裡之豪，一或即戎，即指之為粗人，斥之為噲伍。
所以，守邊之吏，如用文人，也大抵都是政治上很不得意的人才去邊郡。這條路，志在獵取功名富貴的人，是不屑一顧的。蘇軾決心「人棄我取」，以避禍患。
何況，這些年來，邊疆政治和邊防軍務，久被中朝忽視，兩皆敗壞不堪。蘇軾認為，與其讓寶貴的生命在如此混沌的政治社會裡平白浪費，不如效力於需人做事的邊疆，比較有點意義。
談兵是蘇軾的家學，軾轍兄弟，議兵議財，皆有特見。蘇軾肯定自己能夠做好這份工作。
這狀子呈遞上去後，朝廷仍然不肯接納，而且詔令「斷來章」，使他不能再說什麼，只好硬著頭皮，於十二月初到兩學士守禮部尚書任上去了。
蘇軾既已就任侍讀學士，就以全副心力來繼續擔任輔弼聖學的工作。
依照中國的歷史傳統，君權是至高無上的。為防止絕對的君權發生權力泛濫的弊害，儒家只能從兩個方向來約束它：一是抬出比君主更高的力量來作精神上的限制，這就是漢儒的「天」和宋儒的「理」；另一更具體的努力是用教育方式來把皇帝塑造於一定的理想模式中，即是「輔弼聖學」。這些努力雖然並不產生決定性的效果，但多少能夠馴化權勢，尤其對皇帝所施文化教育，所發揮的政治影響力，常常大於儒家在政治方面其他直接的成就。
基於此一認識，蘇軾願意傾力於此。
然而成長中的哲宗皇帝，相別雖僅四五年，面目卻已完全不同。一個十七八歲的青年，正是對任何權威和成規心懷敵視的反抗時期。況自正位以來，太皇太后垂簾聽政，朝廷大臣都當他是個不足論事的孩子，實際政務非但沒有讓他插手，甚至並不向他關白；即使指事垂詢，大臣也不具對，自司馬光開始，就是如此。皇帝漸漸長大了，宣仁太皇太后曾在宮中問他說：「彼大臣奏事，乃胸間且謂何，奈無一語耶？」皇上說：「娘娘已處分，俾臣道何語。」後來蔡京傳說：「皇上說，垂簾時期，朕只見臀背。」 內心蘊藏不平，已非一日，終於造成心理上一道敵視的壁壘，一副偏激的成見，不願聽取太皇太后所用大臣們的任何言語，他只冷冷地等待「親政」那一天的到來。
蘇軾是看他從小到大的近臣，從眼前這青年皇帝的態度上，不會感覺不到那種乖異的不合作的態度，不願聽言的淡漠的神情。他抱著甚深的憂慮。
但他認為，皇帝總還年輕，假以時日，他會慢慢成熟起來的，身為保傅的人，目前只有加倍努力來開導這個青年的基本觀念，指引正確的趨向，其重要等於搶救未來的國運。
蘇軾邇英進讀，第一次就講漢武帝和唐太宗的不同，說武帝厭聞汲黯的忠言，太宗思念虞世南的耿直，所以，貞觀大治，而武帝之世，盜賊半天下云云。從這個講題推想，也許正為矯治這位青年官家不肯接納他人意見的反抗態度而發，亦未可知。
蘇軾這次呈遞的到任謝表，內容簡直就是一封諫書。他向這位皇帝學生掬誠進言道：
……乃知為國安危之本，只在聽言得失之間。陛下即位以來，學如不及。問道八年，寒暑不廢。講讀之官，談王而不談霸，言義而不言利。八年之間，指陳至理，何啻千萬。雖所論不同，然其要不出六事：一曰慈，二曰儉，三曰勤，四曰慎，五曰誠，六曰明。……此六者皆先王之陳述，老生之常談，言無新奇，人所忽易。譬之飲膳，則為穀米羊豕，雖非異味而有益於人；譬之藥石，則為蓍術參苓，雖無近效而有益於命。若陛下信受此言，如御飲膳，如服藥石。則天人自應，福祿難量。而臣等所學先王之道，亦不為無補於世。若陛下聽而不受，受而不信，信而不行，如聞春禽