元祐五年（1090）六月初，蘇軾讀邸報，知朝廷因各路旱災，內出手詔兩道，廣徵言事。他便於同月初九日，懷著悲憫的心情，就地方所見病民的弊政，奮筆疾書《應詔論事狀》。
他首先說：陛下即位改元，於今五年，已經三出此言。雖聖人不惜罪己，而臣子實不忍聞。因是出守外服，不能盡知朝政，所以只能就親眼目睹的人民疾苦，州縣官吏日夜在做那些傷殘人民肌體，離散人民父子，破壞老百姓的生業，為國家斂怨而又毫無裨益國家財用的四事：
一、人民現欠市易被籍納的產業，朝廷准許給還或收贖，而有司另創籍納折納法，使十之八九，不能還贖。
二、積欠鹽錢，朝廷已許照產場本價歸償，余俱除放，但提舉鹽事司官執文害意，謂非貧乏，不在此數。
三、登極大赦前人戶以產當酒的欠款，應該只納官本。
四、元豐四年揀選剔除的上供和買絹，抑勒配賣與民，不住地鞭笞催繳，請依今年四月九日聖旨除放。
狀末言：「以上所有四事，伏乞出敕施行，若有一件不如所言，臣甘服罔上誤朝之罪。」
不料進呈此狀後，經過一百零八天，杳無音訊。蘇軾於九月二十七日上狀查問，直至六年一月才接到尚書省札子，方知三省並未進呈，甚且說：「不曾承受前狀。」事情揭穿後，三省同奉聖旨，令別具呈奏。蘇軾於同月九日即上《繳進元祐五年六月應詔所論四事狀》，為時已經拖過半年多了。而且，即使這是奉旨補呈之件，仍如石沉大海，渺無下文。
元祐後期的政事，已經顢頇到了這種程度，官僚只會爭奪權位，粉飾太平，對於生民的疾苦，不但漠不關心，甚至是他們的忌諱。太后詔求直言的結果，竟然如此，史言「元祐之治」，亦不過爾爾。
旱荒的善後救濟工作，剛剛放下，而元祐五年之初，浙西數郡，忽又大雨成災，太湖泛濫，淹沒兩岸的農田，災害的情勢，甚於去年的乾旱。太湖區域是兩浙主要的產米地區，太湖一鬧災荒，兩浙的糧食全都失了調劑，來年的饑荒，是可以明顯預見的。
蘇軾早於七月十五日就首上《浙西七州災傷狀》。他說，今年春夏之交，雨水調勻，浙人舉債播種，力事農作，原來希望今歲能夠豐收，彌補去年的災荒。不料一場淫雨風濤，全部沖光。他叫將官劉季孫往蘇州沿路勘訪，不單是豪雨成災，又多大風，鼓動潮浪，沖壞堤堰，水勢泛濫的範圍一擴大，就更不可收拾了。湖州水入城中，民家浸水尺余，受災更重。轉運判官張璹自常、潤回來，親見吳江、平望、八尺間，合家田苗沒在深水底里，父子聚哭的慘象。
繼說：「救災恤患，尤當在早，救之於未飢時，用物約而所及廣。」何況，「去年之災，如人初病；今歲之災，如病再發。病狀雖同，氣力衰耗，恐難再持」。所以他請求朝廷行下戶部及本路轉運提刑、兩路鈐轄司及早相度準備，於秋冬間不惜高價，多糴常平米，以便明年平糴救荒。
十日後，即七月二十五日，續上第二狀。
蓋因拜發第一狀後不過六天，忽又風雨大作，一連數日，晝夜不停。蘇軾於風雨聲中，繞室彷徨，恍如眼見州民男婦老幼在一片汪洋中，被狂風豪雨所摧殘，老百姓的產業和作物，被大水所吞沒，一陣陣戰慄呼號的聲音似從耳邊響起，他推窗望雨，憂心如焚，不管前狀之發，不過數日，忍不住於七月二十五日，又挑燈夜起，手寫第二狀，如言：
前乞下戶部及本路提轉鈐轄司相度，未蒙施行。本月廿一至廿三日，晝夜大風雨；二十四日雨稍止，至夜復大雨。料蘇、湖等州風濤所損，必加於前，若不早作擘劃，必有流殍之憂。
如這類事，在後來台諫官的彈章中，指他虛報災情，都是罪狀。
蘇軾一面奏報朝廷，一面再以私人名義，分函有關地方監司守令，勸他們廣糴備災，合議救災方策，等等。如《寄新任秀州太守胡深父書》云：
浙西數郡，例被霪雨颶風之患，而秀之官吏，獨以為無災，以故紛紛至此。公下車，倍加綏撫，不惜高價廣糴，以為嗣歲之備。憲司行文，欲收糴米，此最良策，而榷戶專斗所不樂，故妄造言語，聰明所照，必不搖也。
救災恤傷，提刑司是主管單位。當時兩浙提刑馬瑊（中玉）初自淮南路調來，蘇軾迫不及待，要和他覿面商討。函招不至，他只好寫信給他的老朋友越州太守錢勰，代他促駕。書言：
浙西諸郡，水潦既甚，而七月二十一、二、三三日，大雨暴風，幾至掃盡。災傷既不減去歲，而常平之備已空，此憂在仆與中玉。事有當面議，不可以尺書盡者，屢以此意招之，絕不蒙留意雲。冬初方過浙西，雖子功旦夕到，然此大事，得聚議乃濟，數舍之勞，譬如來一看潮，亦自佳事。試告公以此意勸之，勿雲仆言也。
事隔一個月後，災勢已成，缺糧的情形已很嚴重，價亦高漲，九月初七始奉旨將此案交由都省關牒本路轉運提刑司相度施行。
蘇軾焦急不堪，認為現在再從調查開始，時已不及，而且事情交到這班本位主義的官僚手裡，調查也不會確實，上狀力爭說：
……深恐轉運司官吏，職在供饋，所有寬減額斛，難於自言，伏乞聖明以一方生靈為心，決自聖意，指揮三省更不下有司往複勘當施行。
蘇軾先在本州價購糧米，歷時一月，無人赴倉賣米；原想提高收購價格，卻怕刺激糧價上漲，而且進價太高，官本遂重，明年出糴為難。所以唯一希望，只能請求朝廷，准向年成豐熟的近便州軍購糧五十萬石，儲為明年平糴救濟之用。此項購糧的經費，則可以從本路常平錢項下撥償。
——這第二狀（相度準備賑濟第二狀），是九月十七日拜發的。
四天後的二十一日，續上第三狀，控告提刑司吝惜兩三錢，不肯遍行公文，禁止抑價收購。抑價收購，必然買不到米，他舉例說：指揮杭州依舊作斗米七十文收糴，亦不過糴得三萬餘石，其餘轄屬諸郡，也不敢有違，聞得蘇、秀出米地方，現今不過糴得二三萬石。照此情形，本區收購存糧，現在已經不易，務請詔下於收成好的近便州軍糴買五十萬石，儲備救濟來年饑荒之用。
到元祐五年（1090）的十一月間，蘇軾七月間所上浙西七州災傷狀才蒙聖旨行下，令發運司兌撥錢一百萬貫，趁時糴買斛斗封樁，準備移用，余依所奏施行。然而，發運司官吏奏稱：淮南江東，米價高昂，不肯收糴。蘇軾痛心疾首地叫喊道：「使聖主已行之命頓成空言，饑民待哺之心，中途失望。」（《再乞發運司應副浙西米狀》）但是官僚政治的本位主義牢不可破，再怎樣力竭聲嘶地呼籲，也是徒然。
十一月下旬，蘇、湖、杭、秀等州的米價開始上漲，官價糴購計畫顯然已經行不通了。蘇軾清查杭州義倉存米四萬餘石，遇上災荒年份是准許俵散的。蘇軾上相度賑濟七州第四狀，就在報告他的計畫：「開春米價增漲，即將義倉常平米賤價出糶，則一郡之民，人人受賜。所收錢並用填還常平所虧官本。仍下浙西諸郡，依此體例施行。」——這是他職權範圍之內可以做的事，雖區區四萬石，還不足原定賑濟所需的十分之一。
蘇軾與水有緣，他在杭州，十足只有一年半的時間，疏運河，築堰閘，治六井，開西湖，最後還遇上一場遍及所轄七州的大水災；他的最大政事，幾乎無一不是與水有關。及至六年二月，已經有內召為吏部尚書的消息時，他還在孜孜兀兀地和同官商討、勘察、計畫於錢塘江上流的石門，開一運河，以避浮山之險。
錢塘江為天下之險，而浮山是險中之最。浙東溫、台、明、越諸州往來者，雖從西興直渡杭州，可以不涉浮山，但自浙東的衢、睦、處、婺，皖之宣、歙，贛之饒、信及福建路八州往來者，都須從龍山進出，因為江灘水淺，必須候潮水來時，方能乘潮而行。
浙江潮自海門東來，勢如雷霆，浮山峙立江中，與魚浦諸山犬牙交錯，擋住了奔騰的潮水，亂了流勢，洄漩怒射，狀如鬼神。往往在深水中忽然湧出十數里的陵阜，旦夕之間，又忽然消失了。縱使是熟練的船老大、潛水夫，也不能預測航道的深淺，冒險乘潮行駛的船隻，就無法逃避翻覆的命運，每年溺沒人貨，不計其數，公私坐視，無可如何。
衢、睦等州，地曠人稀，糧食生產不足，仰賴蘇州、秀州運米到桐廬，散銷各地；而杭州一帶居民所需燃料（薪炭），都取給從上江運來：兩者都因浮山之險，覆溺阻礙之故，數州的柴價米價都較別處為貴。
其時有個前任知信州軍州事的侯臨（敦夫），為葬生母於杭州的南盪，往來江濱，注意到這個問題，乘便實地考察地形，訪問當地的父老和船家，反覆研究，寫成一本《開石門河利害事狀》，送請蘇軾參考。
蘇軾根據侯臨的建議，邀集前任轉運使葉溫叟、兩浙轉運判官張璹、創議人侯臨以及張弼等同往江上，實地踏勘，再經共同商討，擬定開石門河的計畫：
從浙江上游，地