古代社會缺乏公共衛生設施，任何地方水旱災荒之後，一定會發生瘟疫，瘟疫蔓延，也必有大批大批的人死亡。
果然，杭州於乾旱之後，翌（五）年三月間，氣候轉暖，疫病隨即大作，照蘇軾說：「杭州是水陸交通之區，因疫病死者，比他處常多。」
蘇軾立即實行兩項救濟措施：一是設置病坊，一是施藥。
他撥出結餘官錢兩千貫，自捐私款黃金五十兩，在城中眾安橋設置病坊一所，取名「安樂」，遴選僧人主持施醫的工作。規定每年從錢糧（即田賦）中留出病坊的常年經費，三年內醫逾千人者，對主持僧人，呈由朝廷賜與紫衣。
既設病坊，他又自費修合藥劑——聖散子，施送貧病。這聖散子的功效，蘇軾自記：
昔嘗覽千金方三建散云：風冷痰飲，症癖痎瘧，無所不治。而孫思邈特為著論，以謂此方用藥節度，不近人情，至於救急，其驗特異。乃知神物效靈，不拘常制，至理開惑，智不能知。今仆所蓄聖散子，殆此類耶？
據他說，此葯表裡虛實，一切不問，凡陰陽二毒狀至危急者，連續飲服數劑，立即汗出氣通。如遇時疫流行，於天明時用大釜煎煮，不問老少良賤，各服一大盞，就能使疫氣不入其門；如是平常疾病，空腹一服，也能飲食倍常，百病不生，真是「濟世之具，衛家之寶」。
這聖散子藥效如此神奇，簡直就是萬應靈丹；而且所用都是中下品的藥科，每服成本只要一錢。所以蘇軾勸人施藥，必曰「千錢可救千命」。四年春間杭州這場時疫中，蘇軾自費修合此葯，廣事施捨，據說，「得此葯全活者，不可勝數」。
這個秘方，蘇軾得來不易：
其方不知所從出，得之於眉山人巢君谷。谷多學，好方秘，惜此方不傳其子，余苦求得之。謫居黃州，比年時疫，合此葯散之，所活不可勝數。巢初與余約不傳人，指江水為盟。余竊隘之，乃以傳蘄水人龐君安時。安時以善醫聞於世，又善著書，欲以傳後，故以授之，亦使巢君之名與此方同不朽也。
一千多年前的蘇軾，就反對家傳秘方，認為應將驗方公開，博施濟眾。
蘇軾初從巢谷手上得到這個秘方的時候，他在黃州貶所，經濟情況很不寬裕，然而還是合這個葯，施捨別人。
疫病期間，失時曠業，饑民必然驟增，蘇軾又命人設廠煮粥，普施貧病。
蘇軾去任後，所設病坊，改名「安濟」，從城中眾安橋遷至西湖上，辦了沒有幾年，就停廢了。南宋周煇言：四十年前見到祥符寺一老僧，稱其先師曾隸安濟坊，現在杭州雖為陪都，卻不見官府再辦這種拯民疾苦的社會事業。
飲水，與人們的健康和防止疾病傳布，關係非常密切。蘇軾為解救杭州旱災，費了半年功夫，浚治了茆河、鹽橋兩道運河，疏通了航運，供給了居民洗濯用的水，但還不能解決人民日常飲水的問題。
杭州，本在水底，由滄海變成桑田，故雖漸為城市，而水泉咸苦，居民還甚稀少。唐李泌始造六井，汲引西湖群山所出的淡水，供應民飲；白居易繼復治湖浚井，築石函隔絕江水，飲水問題才獲充分解決。
至熙寧五年（1072），錢塘六井年久失修，居民又苦水不夠飲。時陳襄來知杭州，蘇軾為通判，命僧人仲文、子珪、如正、思坦等負責修整，自擘劃以至工程的點驗，蘇軾亦均參與其事。錢塘六井對於杭州居民飲水的關係，蘇軾有極深的了解，當時並應陳襄之請，為撰《錢塘六井記》一文，石刻於相國井之亭上。
十六年後，沈公井又告淤塞了，時又災旱，軍民皆苦無水。蘇軾想起前事，就各處尋覓熙寧年間負責修井的這幾個和尚。四人中只剩下子珪一僧尚在人間，雖然已七十，但幸精力未衰。蘇軾問他：「沈公井何以又壞了？」他說：「熙寧中雖已修好，但當時系用毛竹來做水管，所以容易腐壞。」於是改用瓦筒作管，又將瓦筒盛在石槽中，兩邊以磚石培瓷固護，底蓋力求堅厚，錮捍周密，費時不過一二月，即已完工。井既修復，則西湖淡水，幾乎遍於全城，家家都有可飲之水了。
子珪僧從前已獲朝廷賜予紫衣，這次蘇軾又上狀為他請得「惠遷」師號，用以酬謝他兩次修井的營幹勞苦。
然而問題是一個接著一個發生的，錢塘六井雖然修好了，但是六井的水源則在西湖；若是西湖的水源不足，不但六井歸於無用，即辛苦浚治的運河，不得不取給於江水，江滿必挾泥沙以俱來，仍將三年一浚，勞民傷財事小，為患閭里之害更大。
西湖湖水不但供給居民飲用而已，白樂天治湖，做石函泄水，湖水灌溉附近的田畝，達千頃之巨。吳越王時代，特置撩湖兵士千人，日夜開浚。自入宋朝以後，西湖被定為皇家放生池，就疏忽了浚湖的工作，每年乾旱時節，水草叢生，橫長蔓出，在湖面上出現了一塊一塊的葑田，葑田佔據了湖面，湖水無所容納，便越來越少了。蘇軾說，他做本州通判時，湖上葑田還只佔十之二三，到現在相距不過十五六年，湖面已經堙塞了將近一半。
開浚西湖工程，先由杭州父老農民一百一十五人到帥府來請願，他們說：「西湖之利，上自運河，下及民田，億萬生聚飲食所資，非止為游觀之美。而近年以來，水面日減，茭葑日滋，更二十年無西湖矣。」蘇軾奮然道：「使杭州而無西湖，如人去其眉目，豈復為人乎！」
錢塘縣尉許敦仁也建議「西湖可開」，他說：「議者欲開西湖久矣，自太守鄭公戩以來，苟有志於民者，莫不以此為急，然皆用工滅裂，又無以善其後。……」
所以始終無人辦好。但看西湖形勢，三面環山，一角通江，雖以風景名勝騰譽天下，其實卻是杭州城的一大蓄水潭，群山所受的雨水，流注西湖，乾旱時期的農田灌溉和全城居民的飲水，莫不取給於此。西湖堙塞了，山水無所容蓄，稍遇乾旱，即成災害。所以開湖是民生樂利的水利工程，並非只為「游觀之美」。
蘇軾和各方面商議決定，既是為民興利的事，必須克服任何困難，說到做到。蘇軾遂於元祐五年四月二十九日，上《乞開杭州西湖狀》，請再賜度牒五十道，配合本州賑饑餘款，就可將湖面葑草二十五萬丈清除乾淨，使西湖復唐之舊。照宋朝立法，本州節餘款項，知州有權動用。蘇軾就利用手頭現有一萬貫錢、一萬石米的節餘，足夠支應十萬人工。以每工開葑一丈計算，就可添得十萬丈的水面，全湖積葑二十五萬丈，已可消除十分之四。所以拜發奏狀前一日——元祐五年四月二十八日，他已差派捍江船務等兵士五百名，先已動手剷除葑草，搬載湖泥；一面再分派民工參加作業，這些民工都是仰賴救濟的災民，以工代賑，減少政府的負擔。
自開工之日起，蘇軾閑日一至湖上，親自督察工事的進行，奔走於礫石泥淖之中，甚至忘記回家吃飯，好在他生活習慣簡率，就便與堤工同吃。施德操《北窗炙輠錄》說：「築新堤，坡日往視之。一日，飢令具食，食未至，遂於堤上取築堤人飯器，滿貯其陳倉米一器，盡之。」
他借錢塘門外大佛頭山，即石佛院的十三間樓，作他的臨時辦公處。這石佛頭山舊稱始皇纜船石，僧人思凈刻山為佛，築院，與壽星院為鄰，都在萬松嶺山麓。開工後七日即是端午假日，遊人都出錢塘門到十三間樓來玩，蘇軾也在那裡督工，看到湖上遊人如織，那樣熱鬧，心裡好不高興。作《南歌子》詞，題為「杭州端午」：
山與歌眉斂，波同醉眼流。遊人都上十三樓，不羨竹西歌吹古揚州。
菰黍連昌歜，瓊彝倒玉舟。誰家水調唱歌頭，聲繞碧山飛去晚雲留。
輔佐蘇軾主持開湖工程最力的，一是駐杭州的兩浙兵馬都監劉季孫，所用的兵工，完全靠他調度和督率，他每日由萬松嶺以至新堤，往來奔走，不辭勞怨；第二個是監杭州商稅的蘇堅，他嫻習水道工程，故能擔當這個非常重要的角色；第三個是錢塘縣尉許敦仁，他首先建議西湖可開，且又是他所轄屬地區的分內公事。所以此一工程中，這三個人的貢獻都很大。
治湖所需最重要的條件：一是人力，二是船隻。
人力方面，工兵自有常業，調撥有一定的限度，加上以工代賑的夫役，還是不夠，船隻缺乏的情形更嚴重，等到奉准全面開湖之日，這兩項短缺，就成了非常困擾的問題。蘇軾親自寫信給秀州的章致平求救，要他集合秀州人船前來助役，語氣迫切，可見當時工程緊張的情況：
公見勸開西湖，已動手成倫理矣，想不惜見助。贓罰船子，告為盡數剗刷，多多益佳。……仍告差人駕來，本州諸般，全然闕兵也。至懇！至懇！
湖中剗下來的葑草，挖出來的濕泥，往哪裡放呢？蘇軾周視良久，口中喃喃：「今欲去葑田，葑田如雲，將安所置之？」後來他從西湖原有自西至東的長堤和白樂天築堤得到靈感。那兩道湖堤是這樣的：
西湖原來有道自西至東的長堤，歷史非常久遠，長慶年間白居易浚治西湖以前，便已存在。堤岸西邊，密植