元祐三年（1088）五月間，進御史中丞胡宗愈為尚書右丞。宗愈是一個不主黨派的人物，洛蜀交爭時期，他曾撰進《君子無黨論》一篇，大意說：「君子指小人為奸，則小人指君子為黨。陛下能擇中立之士而用之，則黨禍熄矣。」他這建議，太后印象很深，所以這次呂公著病辭，她就起用戇直無黨的呂大防，公正無私的范純仁為相，並以胡宗愈為尚書右丞，參與執政。從這一次改組政府的人選，看出太后對於黨爭的厭惡，已經非常明顯。
諫議大夫王覿正是一個專搞朋黨的言官，對於胡宗愈的議論甚是不滿，於是他就疏論宗愈不可執政，言：「胡宗愈自為御史中丞，論事建言，多出私意，與蘇軾、孔文仲各以親舊，相為比朋。」甚且指元老文彥博是他們的後台，這正是太后最憎惡的黨同伐異，立刻由宮中內批出來：「王覿論議不當，落職，與外任差遣。」
後二日，范純仁、呂公著、文彥博三人辯於太后簾前。公著說：「王覿若只為論列宗愈，便行責降，不協眾情。」純仁說：「朝臣本無黨，但善惡邪正各以類分而已。彥博、公著都是累朝舊臣，決不會共同罔上的。」他又極言慶曆黨禍的經過，並錄歐陽修所作《朋黨論》進上。然而太后之怒，終不可解，宣仁太后認為諫官必須超然，如諫官與執政勾結，參與黨爭，後果不堪設想，她堅持出王覿知潤州。
自從太皇太后和皇帝便殿召見之後，蘇軾認定朝廷既以國士待我，此身已非己有，一念只在如何報答知遇，心中不再有絲毫安危禍福的顧忌，下定決心，要把內外臣工聯合起來矇騙朝廷的幾件弊案，揭發出來。元祐三年（1088）九月五日乘邇英進讀時，上《述災沴論賞罰及修河事繳進歐陽修議狀札子》。他說：「近四年來，水旱天災迭見，陰陽失和，由於朝廷賞罰不明，舉措不當之咎。」如：
一、去年，熙河諸將生擒鬼章，這是一件奇功，加官賜金，理所當然；但是涇原諸將，閉門自守，使賊寇大掠而去，如入無人之境，他們也一樣加官賜金，賞罰不公，至於如此。二、廣東妖賊岑探造反，兵圍新州，差將官童政往救，他卻賊殺平民數千，朝廷派江西提刑傅燮往查，燮畏避權勢，歸罪於新州官吏。但是又言新州官吏卻有守城之功，乞以功過相抵，愚弄上下，有同兒戲。三、蔡州捕盜，吏卒殺平民一家五六口，皆是無辜的婦人，卻屠割屍體，冒充男子首級請賞，守倅不按，監司不問。等到臣僚上言，行下本路徹查，卻說殺時男女不可辨認。蘇軾論曰：「白日殺人，不辨男女，豈有此理！」似此紀綱頹弛，偷惰成風，則天下之亂，可坐而待。
關於河事，他說，黃河故道淤塞，水決向西北行者為時已久，豈能以人力築堤堵塞？現在一個都水使者王孝先，偏要興工堵塞北京南開孫村河，妄求河復故道。內自工部侍郎、都水屬官，外至安撫轉運使及外監丞，大家知道黃河故道高仰，勢如登屋，水性向下，堤工必然無功，而且禍患不測。如能趕快停工，損失還小，假使再聽任他搞下去，後患不堪設想。朝廷又「何苦徇一夫之私計，逆萬人之公論，以興必不可行之役」。蘇軾所指「一夫私計」這四個字，裡面包括許多文章。
這次回河東流的主意，表面上是知樞密院的安燾所奏請，幕後卻是元老文彥博和宰相呂大防所同意支持的。蘇轍已先往謁左相公呂公著建言：
「河決而北，先帝不能回，而諸公回之，是自謂過先帝也。元豐河決，導之北流，何不一仍其舊，修其未備即可。」
公著說：「我們來想辦法。」但是後來就無下文。
蘇軾性不忍事，就直截了當上了這樣的札子，而且語氣還那麼鋒利。兄弟二人，一樣以知識良心報國，而臨事的態度與方法完全不同。雖然結果一樣無法挽回大老的決計，但蘇轍不招怨，蘇軾則因此議，為當局所痛惡。
後來，蘇轍在論河事章奏中，還追述此事說：「臣兄軾前在經筵，因論河事，為眾人所疾，跡不自安，遂求隱遁。」即指此事。
蘇軾在此札中，還連帶繳進歐陽修舊作《修河議狀》兩篇，以加重他的論據。札尾又「貼黃」言：
臣為衰病眼昏，所言機密，又不敢令別人寫錄，書字不謹，伏望聖慈，特賜寬赦。
蘇軾的眼病，始於黃州，此後時發時愈，至今年十二月主館職試時，目昏更甚，至今未愈。而黃州看田沙湖道中，淋了冷雨，左手腫痛的毛病，現已轉成慢性的麻痹不仁，終不脫體。
自程頤罷去，洛黨解體後，朔派指使言路，一力攻訐蘇軾，太后知道蘇軾說話，有時不免疏忽和誇張，但卻本於謀國的忠誠，從不聽納間言。朔派憤無所泄，就使出別一戰略：要斫大樹，先去枝葉；要殺鷹隼，先除羽翼。所以這兩年來，凡是蘇軾所引薦的人，如黃庭堅、歐陽棐、秦觀等，都被台諫彈劾過，幾乎無一倖免。如元祐元年八月，蘇軾薦舉王鞏，台諫便論鞏本姦邪，離間宗室，因能諂事蘇軾，所以獲薦。蘇軾大為憤怒，十一月上章力辯。他說：「如王鞏固是姦邪，則司馬光生前擢升他為宗正寺丞時，台諫何不論奏？王鞏疏論『疏遠宗室，不當稱皇叔皇伯』，意在尊君，何名離間？此議當時原有多人並不贊成，獨司馬光深然其說，所以行下有司，台諫官也無一人說話。只因現在司馬光死了，王鞏就變成了姦邪，就被戴上了『離間宗室』的罪名。至於臣與王鞏，自幼相知，從我為學，何名『諂事』？總而言之，台諫要攻擊的本來是我，王鞏被我連累而已，『誣罔之漸，懼者甚眾』。」反駁雖然激烈，而王鞏依然被攻出京，初除西京通判。元祐二年秋間，自西京改調揚州通判，在任不到一年，又被攻了下來。後因蘇轍之薦，除知宿州，便掀起絕大風波，未能蒞職。王鞏則因與蘇氏兄弟交好之故，終元祐之世，始終不得抬頭，蹭蹬不堪。
蘇軾特立獨行，非但議論不肯苟與人同，做事也我行我素，絕不遷就別人，所以，在朝一向孤立，很少有政治上聲應氣求的朋友。真正和他往來密熟，互相關顧者，只有幾個門生而已，如被蔡京以蜀黨列入黨籍碑的，只有王鞏、黃庭堅、秦觀、晁補之、張耒、陳師道、畢仲游、李之儀、廖正一、李昭玘等十人。除了王鞏的遭遇，已如前述，其餘諸人，只因出自蘇門，便逃不過被「剿治」的命運，沒有一人在宦途上得意過。
如黃庭堅至元祐三年（1088）五月，始得除命為著作郎，便被趙挺之攻擊得體無完膚，詆為「操行邪穢，罪惡尤大」，降歸原職，一度為起居郎，旋又被攻責降。秦觀得一秘書省正字的任命，馬上遭賈易的嚴劾，狼狽出京；畢仲游被列為五鬼之一，為劉安世、孔文仲所攻；晁補之、廖正一、李昭玘竟至不能安於館職，並出為吏；張耒「苜蓿自甘」，在館八年，一無進展；李之儀在樞密院沉浮下吏；陳師道不保一個地方學官的職位。他們之中，沒有一人能夠躋身言路，也沒有一人能獲得有為的地位，儘是冠蓋京華里，坐冷板凳的廣文先生；而且因為沾上了蘇門的色彩，稍一活動，便被痛擊。雖然這些人對師門的敬愛依舊，而老師心裡的遺憾與痛苦，則更甚於自己之遭遇侮辱與損害。
蘇軾對於現實政治的醜惡，幾已到了絕望的地步。他的老朋友，權知開封府尹的錢勰（穆父），以奏報獄空不實的罪名，被人檢舉，出知越州（今浙江紹興）。蘇軾表示非常羨慕，而且勸他千萬不要回來。作《送錢穆父出守越州》詩曰：
若耶溪水雲門寺，賀監荷花空自開。
我恨今猶在泥滓，勸君莫棹酒船回。
錢勰出知越州，右正言劉安世還認為罪重責輕，譊譊不已，蘇軾與他力爭，所以後來兩次和穆父詩中，一曰：「年來齒頰生荊棘，習氣因君又一言。」一曰：「欲息波瀾須引去，吾儕豈獨坐多言。」政壇上敵對的形勢一經造成，即使能效金人三緘其口，對方也不會放鬆你一步的。
蘇軾實在再也不堪在這泥淖里受罪，至十月十七日，他便以左臂不仁、兩目昏暗的理由，上章堅乞一郡。
這次，他決心將自己遭遇的前因後果，統統說個明白，從他還朝以來，怎樣與司馬光因爭役法而結怨台諫；范百祿與韓維爭議刑名，韓維又怎樣把他牽扯進去，稱他們為川黨；又將與趙挺之結怨的緣由，坦白陳告，所以如最近草一麻詞，用了《詩經》上一句「民亦勞止」的話，便被趙挺之指責比神宗為周厲王，舉為誹謗先帝，其心狠毒，甚於李定、舒亶；王覿論胡宗愈，又指他與孫覺為黨，說丁騭是他的親家。他說：「二年之中，四遭口語，發策草麻，皆謂之誹謗。未出省榜，先言其失士。以至臣所薦士，例加誣衊。」動輒得咎，他已斷然不見容於儕輩了。
蘇軾引用漢宣帝殺蓋寬饒，唐太宗殺劉洎為例，說明讒言積毀的可怕，請求太皇太后體諒他的處境，給他一個「不爭之地」。
上了這個陳情乞郡札後，即便告了病假，在家靜候朝廷發落。
這次病假，拖延竟達一月之久，太皇太后只是三日兩頭地遣使問疾，賜葯賜膳，督促蘇軾定個朝參的日