貢舉事了，蘇軾就得認真考慮自家的出處了。
上年冬季，趙君錫所提出的葉祖洽改官案，趙挺之彈劾的館試廖正一案，王覿的宜興一郡案等等，抨擊的本身，蘇軾認為不必辯白。不過，一案未平，一案又起，讓精神時間照這個樣子消耗折磨，實在太不值得，所以他就不提劾案，只以疾病的理由，連連上札，請求外放。
太皇太后召見，面問他：「何故屢入文字乞郡？」
蘇軾具以病狀為對，太后宣論：
「豈以台諫有言之故？你兄弟自來孤立，向來進用，皆是皇帝與老身主張，不因他人。今來但安心勿恤人言，不用更入文字求去。」
蘇軾退朝後，深感太皇太后恩德高厚，外放一言，再難啟齒，自知不容於人的真實原因，只是在於「寵祿過分，地勢侵迫」所致，倘然仍踞高位，謗訕一定不絕。因此他改乞朝廷罷免他翰林學士的位置，別給京師里任何一個閑差，可望免為台諫攻擊的目標。元祐三年三月下旬，上《乞罷學士除閑慢差遣札子》，剖析遭人攻訐的因由云：
臣退伏思念，頃自登州召還，至備員中書舍人以前，初無人言。只從參議役法，及蒙擢為學士後，便為朱光庭、王岩叟、賈易、韓川、趙挺之等攻擊不已，以致羅織語言，巧加醞釀，謂之誹謗。未入試院，先言任意取人。雖蒙聖主知臣無罪，然臣竊自惟，蓋緣臣賦性剛拙，議論不隨，而寵祿過分，地勢侵迫，故致紛紜，亦理之當然也。……
蘇軾但求給予一個秘書監、國子祭酒之類的閑官，俾資自保。札上，太皇太后只是「慰留」。
司馬光逝世後，朝內群臣既自分別派系，人事紛爭不已，而散在京外的那批熙豐之臣，蠢蠢欲動，不是惡意評騭朝廷的施政，就是從中挑撥離間，詭變無窮。
只愛談禪，不喜接見士大夫的太平宰相呂公著，際此內外交迫的境況，自己則又既老且病，實在無法支應，屢請罷相。至元祐三年四月，獲准解除實際政務，拜為司空同平章軍國事，和文潞公一樣，成為國家的元老。
相職的繼任是以中書侍郎呂大防為尚書左僕射兼門下侍郎，以同知樞密院范純仁為尚書右僕射兼中書侍郎。呂大防以不植黨羽，立朝公正無私而被重用。范純仁是范文正公（仲淹）的次子，字堯夫。他的政見不盡同於司馬溫公，看前述爭差免役法和主張恢複青苗放款以濟國用兩事，可以概見。純仁青年時代有個出名的「麥舟故事」。范文正公在睢陽，派堯夫到姑蘇去取麥五百斛，回程路上，舟次丹陽，遇見父執石曼卿，問他來此已有多久。曼卿說：「我已來了兩個月，原想將三具先人的靈柩運回西北去歸葬，但是沒處借錢。」堯夫就把麥子和船都送了他，自己騎馬回去。到了家裡，不敢對父親說，直到文正問道：「在東吳見到故舊沒有？」他才將遇見石曼卿的經過說了出來。文正便說：「那你何不就將麥舟送他。」堯夫才坦然道：「已經給他了。」其人品德之高，為人稱道。
宰相的更易，是何等重要的國家機密，所以必須先將學士召入翰林院，鎖院，然後面授詞頭，撰麻公布。
學士因「撰麻」鎖院，與試士不同。試士有預定的日程，一切可先準備；撰麻都是臨時宣召，或全番或半番快行差員，分批往學士邸第「傳宣」，須等各班快行分批到齊，則學士上馬，穿朝服，戴高帽，眾人簇擁入院。院內如別有直宿學士或直學士在，均須先行迴避出去。當夜，依照宣論撰麻，撰就進呈，一面通報閤門宣贊舍人 ，當晚由御史台閤門通報，明日「宣麻」 ，則文武百僚明晨均須集合赴文德殿聽宣。其鄭重有如此。
四月四日，蘇軾被傳鎖宿禁中，中使宣召入對，內東門小殿簾中，傳出除目。那是呂公著平章軍國事；呂大防、范純仁左右僕射，交他撰寫「麻制」。蘇軾承旨畢，太皇太后忽然說道：「官家在此。」
「適已起居（行禮）過了。」蘇軾恪恭謹對。
「有一事要問內翰（宋稱翰林學士），前年任何官職？」太后詢問。
「汝州團練副使。」
「今為何官？」太后再問。
「備員翰林，充學士。」
「何以至此？」
「遭遇陛下。」
「不關老身事。」
「那必定出自官家。」
「亦不關官家事。」
「莫非是大臣論薦？」蘇軾恭問。
「亦不關大臣事。」
蘇軾大驚，鄭重回道：「臣雖無狀，必不別有干請。」
「久待要學士知道，」太后說，「此是神宗皇帝的遺意。神宗皇帝飲膳中常看文字，看得停箸不舉時，內監們都知道定是蘇軾寫的什麼。他又常常稱道：奇才，奇才。不幸未及起用學士，就上仙了。」
蘇軾聽到此處，禁不住感情激動，失聲痛哭。太后和皇帝也都流下淚來。隨命賜坐，吃茶。
「內翰，內翰，直須盡心奉事官家，即是報答先帝的知遇。」太后鄭重叮嚀。
蘇軾拜辭，太后命撤御前金蓮燭，送學士歸院。
自此，蘇軾一面儘力經筵，教育這位年輕的官家，遇事直抒己見，不顧一切地言事，只為報答先帝和太皇太后的知遇。
蘇軾居常還有特派的外交任務，如元祐元年（1086）十二月在中國東北邊境，契丹人所建的遼國，派使者耶律永昌、劉霄來賀坤成節（宣仁太后誕辰），詔以狄詠（狄青之子）、蘇軾為「館伴」。宋制：番使入國門，即差館伴使副負責接待，陪同住在驛館，凡趨朝、見辭、游宴均相伴同。遼是宋朝最大的敵國外患，館伴的職責，混合外交和防諜的雙重任務，蘇軾表現得處處謹慎。
他們初與劉霄會食，蘇軾酒量本來不大，飲半，他已謝不勝酒力，劉霄便念起他的舊作來：「痛飲從今有幾日，西軒月色夜來新。公豈是不善飲酒的人？」蘇軾心裡很奇怪北虜也知他的詩。
宮廷賜宴回館，剛開始起步，蘇軾騎的那匹馬失足小蹶。劉霄立即下馬過來慰問：「受驚了，沒有受傷吧？」蘇軾回答：「銜勒在御，雖小失，無傷也。」他很鎮靜地保持著上國大臣的風度。
蘇軾陪契丹使入宮覲見時，望見文潞公（彥博）站在殿門外，使者卻立改容，小聲問道：「那位即是所謂以德服人的文潞公嗎？」又問潞公的年紀。蘇軾說：「今年八十三歲。」使者驚嘆：「何等強健！」
蘇軾說：「您只見他形貌，沒有聽他講話。他綜理庶務，酬酢事物，雖精練少年，也不如他。貫穿古今，博學強記，雖專門名家，亦有不逮。」使者拱手道：「真是天下異人！」 蘇軾後來撰富（弼）公碑，《答陳傳道書》說：
某頃伴虜使，頗能誦某文，乃知虜中皆有中原文字，故為此碑，欲使虜知通好用兵利害之所在也。
身為近臣的蘇軾，前曾奉派使遼，辭謝未去。至元祐四年八月，他在杭州任時，蘇轍奉派為賀遼國生辰的國信使，將行，蘇軾作《送子由使契丹》詩，引用唐史李揆的故事，諄諄以謙抑自己，宣示中朝人才之盛為囑。
李揆風儀俊美，口才很好，皇上嘆為門第、人物、文學都是當代第一。入番會盟，酋長說：「聞唐有第一人李揆，就是您嗎？」
揆懼為番人所留，騙他說：「彼李揆安肯來耶！」
蘇氏兄弟，一樣名揚北狄，所以蘇軾送行詩有「沙漠回看清禁月，湖山應夢武林春。單于若問君家世，莫道中朝第一人」那樣的話。
果然，蘇轍行至涿州，《神水館寄子瞻兄四絕》詩，便有那樣一首：
誰將家集過幽都，逢見胡人問大蘇。
莫把文章動蠻貊，恐妨談笑卧江湖。
蘇轍至遼，遼主派他們的侍讀學士王師儒為館伴。師儒就很能講說三蘇的文章，還能背誦蘇轍的《服茯苓賦》，但恨未見全集。蘇轍所見遼人，大都會向他問候：「大蘇學士安否？」
蘇軾文名，傳揚海外，雖為外夷所愛服，詎知他在國內，卻不見容於同列的朝士，只望能夠給予越州一郡，能夠逃過台諫們的凶鋒，就算很好的了。作《次韻子由使契丹至涿州見寄四首》之一，即言：
氈毳年來亦甚都，時時鴂舌問三蘇。
那知老病渾無用，欲向君王乞鑒湖。
蘇轍此行，帶了他的大兒子蘇遲侍行。蘇軾非常高興，稱讚他道：「隨翁萬里心如鐵，此子何勞為買田。」
此後若干年，蘇軾的門生張舜民（芸叟）也奉命出使大遼，見宿州館中有題蘇軾的《老人行》於壁間者，范陽書肆刻蘇軾詩數十篇，題曰《大蘇小集》 ，足見遼人研究中原文化的熱烈和對於蘇軾詩文的崇拜，亦不限於外交應對上一時之用而已。
元祐三年（1088）五月初一，皇帝在文德殿視朝，蘇軾以翰林學士兼侍讀，蘇轍以戶部侍郎輪值恰同「轉對」。按制，自侍從以次朝官，每五日各輪派一員上殿，為「輪當面對」，簡稱「輪對」或「轉對」。面對時，必須進呈有關時政的札