元祐二年（1087）八月，朝廷得到一件莫大的喜訊。
邊臣游師雄以種誼軍入洮州，生擒吐蕃首領青宜結鬼章，余均降撫。捷報到京，這是宋朝立國以來，受盡邊境寇患，第一次獲逮元兇的勝利，人心振奮，大家計畫拜表稱賀。
西蕃部落中，以唃廝啰最稱強大，朝廷封他西平王，用為屏藩。唃廝啰死，其子董氈非常桀黠。神宗朝，建昌軍司理王韶獻平戎策，建議利用他們家族間奪權的混亂，進兵剿治，雖然收復了若干城池，但是董氈的主力未動，而董的別將青宜結鬼章，就經常前來騷擾河州，歲為邊患。神宗曾命李憲懸巨額賞金，購買他的頭顱，十年不得。
這一次鬼章有意收復該族前失的故土，與西夏結合，約於事成後共分其地，遂引兵攻南川，城洮州，又派人鬻馬於漢界，要結合屬羌做他的內應。種誼得到情報，知道鬼章所駐洮州城內，兵力單薄，而西夏兵又遠水不救近火。於是，種誼便與邊將游師雄和熙河經略劉舜卿合議，分兵兩路，一直追到洮州把城包圍起來，乘有一天大霧，種誼親自指揮攻城，霧散，城也破了，鬼章坐在佛寺中，束手被擒。
但是，鬼章雖然被擒，而西蕃的主力阿里骨退走青塘，這一路兵打得怎樣，還沒有消息。蘇軾在滿朝官僚們一片阿諛聲中，獨以為「偏師獨克，固亦可慶」，但是阿里骨的巢穴未破，稱賀不免太早。而且他更認為「捷奏朝至，舉朝夕賀」，適足以助長邊軍將驕卒惰的風氣。這樣的議論，恰給眾人熱烘烘的興頭上，潑上一桶冷水，百官朝賀照樣舉行，他則不免為人側目。
西夏接應鬼章的軍隊，行至半途，聽說鬼章已經被擒，急忙回頭，沿途搶掠而去，一面卻又遣使請和，執政當局有意接受西夏的要求。蘇軾再上第二道札子，他說，猖狂之後，不能任其有求必獲，我們雖然以和平為國策，但是「為國不可以生事，既生事不可以畏事，今欲遽納夏使，是病未除而先止葯」。這意見顯然和執政當局發生衝突，然而他則「我言我見」，不顧一切。
同月下旬，他又三上札子，反對邊將貪功生事，請求朝廷節制進取。他更反對留質或殺戮鬼章，以為勢必激使他的舊臣與阿里骨會合，北交西夏，合力報仇，「進窺熙河，其患甚大」。所以，他又四上建議：利用鬼章號召他的舊部來討伐阿里骨，事成，許以生還！此正所謂「以夷制夷」之計。
被擒的青宜結鬼章，於同年十一月檻送闕下，獻於崇政殿，諭以聽招其子及其部屬歸附以自贖。鬼章表示服從，赦之，賜職陪戎校尉，遺居泰州。至於西夏的求和，執政當局還是接受了。
接著來的是禮部郎中葉祖洽改官案，這本來是件細事，但給事中趙君錫偏偏要把這十八年前的舊事牽扯出來，認為葉祖洽改官不當，予以封駁，理由是他當年進士廷試的對策，有訕及宗廟之語云雲。葉祖洽應進士試，殿試對策，一意投合執政當道的意思，說：「祖宗以來至於今，紀綱法度苟簡因循而不舉者，誠不為少，陛下即位，革而新之。」接下去則頌揚王安石、呂惠卿輩為忠智豪傑之臣。當時的初考官即是呂惠卿，定祖洽為第三等，中在甲科，且置於第一名及第；覆考官宋敏求定為第五等，應該黜落。蘇軾時任編排官，認為用詆毀祖宗來頌揚今上，竟可大魁天下，何以端正風氣，也奏請黜落，並且自擬一道「答進士策」獻呈神宗，神宗拿給王安石看，安石說蘇軾「所學不正」，遂無下文。
現在事隔十八年，趙君錫再把這件舊案牽扯出來，三省同奉聖旨，令翰林學士、中書舍人、諫議大夫共同參定。蘇軾今日的看法，則已與當時不同，蘇軾現在認為，政治社會中，士人為謀求出身，諛附權勢，是平常之至的現象，不必深究，倒是言語羅織，正是目前官僚群慣使的武器，為害政風甚大，為消滅趙君錫輩陰謀建立「語言罪人」的事例，復奏曰：「臣愚今詳君錫所駁，極為未允。臣取祖洽印本試策尋究，即無譏訕之言，不知君錫何以見其譏訕？」
後來，祖洽也上章承認「苟簡」二字是說錯的，「減落」出為淮西提刑。
十二月又試館職，蘇軾撰「策問」題：
……請借漢而論之，西漢十二世而有道之君六，雖成、哀失德，禍不及民，宜其立國之勢，強固不拔，而王莽以斗筲穿窬之才，談笑而取之。東漢自安、順以降，日趨於衰亂，而桓、靈之虐，甚於三季，其勢宜易動，而董、呂、二袁，皆以絕人之姿，欲取而不敢。曹操功蓋天下，其才百倍王莽，盡其智力，終身莫能得。夫治亂相絕，而安危之效，相反如此。願考其政，察其俗，悉陳其所以然者。
這次考試，蘇軾得一安州廖正一（明略），榜下，除秘書省正字。蘇門四學士外，蘇軾非常看重明略。
台諫官們並不放過這個機會，監察御史楊康國言：
學士院撰到召試廖正一館職策題，王莽曹操所以攘奪天下難易，莫不驚駭相視。撰題者，蘇軾也。
又監察御史趙挺之奏：
蘇軾舉自代，薦黃庭堅，庭堅罪惡尤大，尚列史局。按軾學術，本出《戰國策》蘇秦、張儀縱橫揣摩之說，近日學士院策試廖正一館職，乃以王莽、袁紹、董卓、曹操篡漢之術為問，公然欺罔二聖之聰明而無所畏憚，考其設心，罪不可赦。
趙挺之此奏，辭連黃庭堅，蓋此蘇軾當眾對他惡評，系得之於庭堅，仍然是公報私仇那一套，不足為奇。
翌年正月，王覿奏：
蘇軾長於辭華，而暗於理義。若使久在朝廷，則必立異妄作。宜且與一郡，稍為輕浮躁競之戒。
這些奏疏，太皇太后看厭了，「留中不報」，但是蘇軾本人不會完全不知道。趙挺之說「使軾得志，將無所不為」；王覿說「輕浮躁進，宜且與一郡」。蘇軾忍著這一切侮辱，不願辯白。《答劉貢父》述其此時心境曰：
某江湖之人，久留輦下，如在樊籠，豈復有佳思也。人情責望百端，而衰病不能應副，動是罪戾。故人知我，想復見憐耶？
這年冬天，他的眼病忽又複發，時間邁入元祐三年的正月，朝廷又詔蘇軾權知是年禮部的貢舉。宋人習稱「省試」，從全國的舉人中考選進士和明經，這是全國高等文官考試，規模與館職試大大不同。嘉祐二年（1057），禮部侍郎兼翰林侍讀學士歐陽修知貢舉，選拔了蘇氏兄弟，事隔三十一年，蘇軾也於元祐三年（1088）正月二十一日領禮部貢舉事了。玉尺掄才，是儒臣榮顯的任務，蘇軾全心全力要把這件工作做好。
上年冬末，汴京大雪成災，方圓數千里內，農夫失業，商旅不行。到開春以後，天氣還是很壞，不但雨雪交作，而且酷寒逾常。古人相信這是上天所示的警告，所以朝廷照例詔求直言。
蘇軾為了爭議役法，得罪過當朝宰相司馬光，仍然改行差役。差役不好，人人知道，台諫官們之所以不說，在當時是為逢迎相意。司馬逝世後，他們以為太后一定要維持司馬生前的舊政，仍不敢說。蘇軾對於此事，耿耿於懷，也曾屢與執政大臣們提起，雖都接受他的意見，但以紛更為不便，並無結果，現在朝廷詔求直言，他就決然上了《大雪論差役不便札子》。
蘇軾此札，雖然無用，但是傷了台諫的權威，且使司馬門人更加把他當做「叛徒」看待了。