元祐二年（1087）七月，告下，詔蘇軾兼官侍讀。蘇軾對於此一參加經筵的任命，衷誠地歡喜接受。
一則是皇帝的教育成敗，直接影響未來的國運，他要用循循善誘的功夫，將少年皇帝引向對知識、對歷史、對治術逐漸發生興趣的路子上去，培植聖學，陶鑄人格。
二則照當時的制度，臣子要陛見進言，並不容易。太皇太后垂簾以來，除了執政的宰輔、台諫、開封府尹和經筵講官外，其他一切臣工，都不易得到面見的機會。翰林學士雖說是侍從近臣，平常亦只能從內侍手中承受文件，無由當面論政。現在得此侍讀經筵的機會，就可以面向皇帝說自己要說的話，隨時有進言的機會，提供任何必要的意見。《辭免侍讀狀》說：「入侍邇英，其選至重，非獨分摘章句，實以仰備顧問。」皇帝年紀還小，蘇軾要將自己的思想、史識和政見，灌輸給少年皇帝，培養皇帝知人論事的能力，則五六年後親政時，希望以皇帝的權力與他所肯定的拯物濟時的見解互相結合起來，就可使理想變成現實。這是儒者最高的機會，蘇軾熱烈嚮往。有人勸他少在皇帝面前說話，免被別人疑忌，蘇軾認為以他所受恩禮之重，若復喑默不言，則是耳目盡廢了，拒不接受。
據說當時程頤在經筵說書的情形，非常糟：「借無根之語，以搖撼聖聽；推難考之跡，以眩惑聰明。上德未有嗜好，而常啟以無近女色；上意未有信向，而常開以勿用小人。豈惟勸導以所不為，實亦矯欺以所無有。每至講罷，常自誇道：『雖孔子復生為陛下陳說，不過如此。』」（元祐二年八月孔文仲疏語）當時哲宗皇帝還只有十二歲，不但不能接受他這種無影無蹤的說教，對他那種高岸不遜的態度，尤其反感。
蘇軾力矯程頤之弊，逢到他輪值進講的時候，就揀選歷史故事做教材，以夾敘夾議的方式，講述治亂興衰、邪正得失的緣由，希望這種富有啟迪性的教材和方法，易為童齡皇帝所接受。
至於講述的方法，也很重要，蘇軾怎麼講，固無記載可見。但他曾經讚譽范祖禹的講書：「言簡而當，無一冗事，無一長語，義理明白而成文粲然，已得講書三昧。」 推為經筵官第一。他對講書的理想如此，他的口才本來很好，其動聽當亦不在范淳父之下。
講讀的期日，每年分春秋兩期，春二月至端午為上期，秋八月至冬至為下期。遇單日皇帝御邇英閣，輪官講讀。
邇英閣在崇政殿西南，前槐後竹，氣象幽深。殿前一對古槐，枝幹插天，柯葉覆地，狀如龍蛇，人稱「鳳凰槐」。蘇轍於元祐元年九月除起居郎，十月入侍邇英，記其所見，作詩曰：
銅瓶灑遍不勝寒，雨點勻圓凍未乾。
回首曈曨朝日上，槐龍對舞覆衣冠。
自蘇轍之為起居郎，兄弟二人，遂得同時入侍皇帝講筵。蘇軾欣幸老弟的得步青雲，他認為宋代大臣，從講筵間出身的為多，細數當今朝中大老，如僕射呂公著、門下侍郎韓維、尚書右丞劉摯，莫不如此。故為兄弟相繼入侍邇英，作絕句四章，其第一首即曰：
曈曈日腳曉猶清，細細槐花暖欲零。
坐閱諸公半廊廟，時看黃色起天庭。
蘇軾覺得自己這幾年來的經歷，很像唐人白樂天。樂天自江州司馬除忠州刺史，旋以主客郎中知制誥，拜中書舍人；與他自謫居黃州，起知登州，召為禮部郎中，拜中書舍人，出處老少，大略相同。樂天罷官，悠遊林下，所以他也希望：「復享此翁晚節閑適之樂。」詩曰：
微生偶脫風波地，歲晚猶存鐵石心。
定似香山老居士，世緣終淺道根深。
是年九月十五日，講《論語》終篇，皇帝召執政、講讀和史官，舉行秋宴於資善堂，以御書唐人詩，分贈與宴的近臣，這是前所未有的「異典」。蘇軾所得是一首詠紫薇花的絕句：
絲綸閣下文書靜，鐘鼓樓中刻漏長。
獨坐黃昏誰是伴，紫薇花對紫微郎。
連詩題及款共三十四字。按唐制：翰林學士帶知制誥，許綴中書舍人班；唐天寶元年，改中書為紫微省，舍人曰紫微郎，故所賜白居易前詩，恰符蘇軾身份。
在這段期間內，蘇軾剛正率直的性格，開罪於小人之處很多，舉例述之。
館職試題所引起的那場風波，平息未久，二年五月，朝命秘閣校理諸城趙挺之為監察御史。蘇軾聽說此人元豐末年任德州通判時，逢迎提舉官楊景棻的意旨，大力推行市易法，搞得商市大亂，當時監本州島德安鎮的黃庭堅向他請求道：「德安鎮小民貧，不堪誅求，乞稍寬緩一步。」挺之悍然不許。現在因大臣之薦改職，須應館試，蘇軾當眾批評道：「挺之聚斂小人，學行無取，豈堪此選。」
又挺之的岳父郭概當西蜀提刑時，本路提舉官韓玠違法虐民，朝旨委令郭概調查，他卻附會隱蔽，被蘇轍彈劾，郭概、韓玠並行黜責。積此怨尤，趙挺之把蘇氏兄弟恨入骨髓，等到朋黨勢成，他便出盡死力，做了攻訐蘇軾的先鋒。
還有一個張商英，字天覺，是章惇薦與王荊公，與薛向同為新法時期的理財能手。後來被舒亶出賣，宦途一直不很得意。蘇軾早在鳳翔簽判時，就已與他相識。元祐初，司馬光曾經有意要用張商英，來問蘇軾，軾曰：
犢子雖俊可喜，終敗人事，不如求負重有力而馴良服轅者，使安行於八達之衢，為不誤人也。
溫公因此打消了原意。
現在他任權開封府的推官，眼看蘇軾位望日隆，自恃與他相熟，便寫信給蘇軾說：
覺老近來見解，與往時不同，若得一把茅蓋頭，老僧欲往烏寺為公呵佛罵祖。
他的意思是要蘇軾舉薦（所謂一把茅草蓋頭，暗指薦字），薦他召入台省，他可以台諫的地位助他排斥異己。這種話，只使蘇軾對他非常鄙視，呂相也知道了這件事，很不高興，便將張商英調離中樞，出為提舉河東刑獄。從此伏下禍根，到哲宗親政時，張商英首先疏劾元祐諸臣，其因在此。
自從館職試題案後，洛學方面的上官均和蜀人呂陶互為攻訐，幾無寧日，太皇太后和執政大臣都已非常厭煩。於是把這兩人同時調離諫職，出呂陶為京西轉運副使，調上官均為禮部員外郎。這個處分，使程頤門人右司諫賈易心甚不平，他看出目前這一形勢，對於各派非常不利，單獨上言：「呂陶和上官均的互相攻訐，事由蘇軾、程頤交惡而起，如朝廷真欲澄清黨爭，應該並逐蘇、程二人。」又說：「呂陶依附蘇軾兄弟為黨，幕後實由太師文彥博從中主持。」同時又對范純仁橫加指摘，語皆無根。太皇太后認為賈易居然敢於侵犯國家元老，大為憤怒，一定要嚴加懲處，以肅政風。宰相呂公著奏言：「賈易的話也還正直，不過詆謗大臣太甚而已。」因此才得從輕發落，罷知懷州。
公著退朝，對同官道：「諫官所言，本來不能議論得失。不過主上現在年幼，將來如有諛惑上心的，仍要依賴左右諍臣，不可預使人主輕厭言路。」不錯，尊重台諫，是宋朝的政治傳統，但是台諫橫言，使人人畏避，國家事，有誰敢做呢？
蘇軾答慰呂陶外放書，有曰：
中間承進職，雖少慰人望。然公當在廟堂，此豈足賀也。此間語言紛紛，比來尤甚，士大夫相顧避罪而已，何暇及中外利害大計乎？示諭，但憫然而已。
是年八月間，程頤因一細事，燒起了滿朝怒火。
有一天，皇帝因患瘡痛，不能御邇英閣聽講。恰巧這天程頤輪值，所以先得這個消息，便往見宰相呂公著，當面責問道：「上不御殿，您知道嗎？」
公著遜謝未知。程頤道：「人主有疾，而宰相不知，實在令人寒心。」
他再推進一步，搬出禮法來：「二聖臨朝，上不御殿，太皇太后不當獨坐。」第二天，宰相及其以次大臣，就根據程頤的消息，入宮請安。太后問他們從何得知，他們把程頤的話都據實奏了，太后很不高興。
於是由御史中丞胡宗愈、給事中顧臨首先發難，連章力詆程頤不宜再在經筵。諫議大夫孔文仲奏文措辭非常激烈，他說：「程頤污下𪫺巧，素無鄉行。經筵陳說，僭橫忘分。遍謁貴臣，歷造台諫，騰口閑亂，以償恩仇。致市井目為五鬼之魁。請放還田裡，以示典刑。」此時，司馬門下的劉安世、劉摯也都參加進來，攻擊程頤。器之說：「程頤、歐陽棐、畢仲游、楊國寶、孫朴，交結執政子弟，縉紳之間，號為五鬼。……方今士大夫無不出入權勢，何不盡得鬼名？惟其陰邪潛伏，進不以道，故頤等五人，獨被惡名。」孫覺說：「若夫紛紛之論，致疑於頤者，非獨臣言也。直以自古以來，先生處士，皆盜虛名，無益於用。若頤者，特以迂闊之學，要君索價而已。」蘇軾也上章說：「臣素疾程某之奸，未嘗假以辭色。」又指他為「縉紳之所共疾，清議之所不容」。在此千手所指之下，程頤終於被黜，出為管勾西京國子監。
程頤曾說：「天下重位，惟宰相與經筵。天下治亂系宰相，君德成就責經筵。」以程頤當時在